G1319560


Basic Information

Item Value
gene id G1319560
gene name NA
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048579.1
NCBI id CM023233.2
chromosome length 81569517
location 66514279 ~ 66516219 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU1505857
GACAGGCATATCTATAAGGACCATTAAACATAATGTGGACAGGCATATCTATAAGGACCATTAAATATAATGTGGACAGGCATATCTATAAGGACCATTAAATATAATGTGGACAGGCATATCTATAAGGACCATTAAACATAATGTGGACAGGCATATCTATAAGGGCCATTAAATATAATGTGGACAGGCATATCTATAAGGACCATTAAATATAATGTGGACAGGCATATCTATAAGGACCATTAAATATAATGTGGACAGGCATATCTATAAGGACCATTAAATATAATGTGGACAGGCATATCTATAAGGACCATTAAATATAATGTGGACAGGCATATCTATAAGGACCATTAAACATAATGTGGGACAGGCATATCTATAAGGACCATTAAATATAATGTGGACAGGCATATCTATAAGGACCATTAAACATATTGTGTTCAGGCATATCTATAAGGACCATTAAATATATTGTGGTCAGGCATATCTATAAGGACCACGTAGGAATCTATCTGGCTGCTGAAAATGTGCAAGTGTTCGACCAAGGAGGATACAGATGGTTGTTTGTTGTGTGACAATGAAttgagaaacatttcactttttGTACGTACTTATGGatgatttttgtattattatttgtgaTTAAAAAAGAAGAAAGGTTTTTGAATACATAAAACGTTAACCGTCCGTGCACATTGTTTACTGTTAGTAGAGTTGTATCTATCCACTATGTGGGCTTAATGGCCATATTAGCCAGGAGGACAAAGGTTTGTGTTCCAAATGGGACCCTAGAGCCTTtaaagtgcactacatttgaccaggcccatagagctctgatcaCAAGTAGTGAACTATCTAGAGAAGAGGGTGGGGAGGATGTACTACTAATGGACTTGAATGTTGTGATTAGTTCTCTCCTTGTCCGCCATAATAACCACAGTAGTAACTATTTAAAAATCTGATATAAGCTGTACATATTGTATGTATGTTTTAATAATGAAATGTACATGTTTGGAGGGCAGCACAAGGAGAGGTGCAGGCCTTAAACAGCTGTTTGTGTTGTTCCTACTACTGAGGGGAAAAGGGGGTTTTATCTTCTACTGTACGACTGGACATCGGTTCACTGAATACTTGCTGGTGCGGAGGAAATATGTTGCCATTAATCTGTATTCCAActcttgtagtgtttattcaaAAAAACAACAGACCAAAACTAAAATCTAAAACTTAGCTATAACTAAAACAGTGTGTTGAGTAATTGTTTTGGTGGTTTACTGAGGGTTTAGTACTGAAGCCATGCTATGAACTTTagactatattactgtactgtacatggaATATTCCTGGATGTTACTCTACTACCCTGTGTTGTGCAGAGTTGTACTACGTTGGGAGTACTACGTTGAGAGTTGTACTACCTTGAGAGTACTACGTTGAGAGTTGTACTACCTTGAGAGTACTACGTTGAGAGTTGTACTACCTTGAGAGTACTACCTTGAGAGTACTACATTGAGAGTTGTACTACCTTGACTAGACAGTTAGCGGCTTGAAGATGCCACTAAACTGCCCTGTACCTAAACAGAAAATGATACTGTACCTAATGAAACTGCTGATACTGTACCTAATGAAACTGCtgatactgtatctactgtaagaCGTTGACTTTATAGTCCCTACTGCCAATAAAGAGAAACTGTTTCGAACGATC
>TU1505858
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>TU1505859
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Function

GO: NA

KEGG:

id description

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU1505857 False 1714 lncRNA 0.37 2 66514279 66516219
TU1505858 False 1879 lncRNA 0.38 2 66514279 66516219
TU1505859 True 1879 lncRNA 0.38 3 66514279 66516219

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC118938831 LOC106609809 coding downstream 755 66417454 ~ 66513524 (-)
LOC110519161 NA coding downstream 98127 66413335 ~ 66416251 (-)
LOC110499708 LOC106576651 coding downstream 466380 66033061 ~ 66047899 (-)
LOC110500955 cpsf6 coding downstream 504813 65987246 ~ 66009466 (-)
LOC110499707 LOC106609801 coding downstream 527844 65981641 ~ 65986435 (-)
LOC110515929 ptprr coding upstream 3499 66518773 ~ 66553585 (-)
LOC110519130 LOC106609628 coding upstream 48699 66564918 ~ 66638625 (-)
LOC110501008 LOC105020375 coding upstream 138979 66655198 ~ 66713032 (-)
LOC110490781 LOC106576552 coding upstream 292190 66808409 ~ 66920061 (-)
LOC110490597 LOC106609625 coding upstream 407823 66924042 ~ 66940668 (-)
G1319595 NA non-coding downstream 5928 66507810 ~ 66508351 (-)
G1319589 NA non-coding downstream 35910 66477813 ~ 66478369 (-)
G1319566 NA non-coding downstream 85414 66427794 ~ 66428865 (-)
G1319564 NA non-coding downstream 101140 66411949 ~ 66413139 (-)
G1319563 NA non-coding upstream 1513 66517732 ~ 66518664 (-)
G1319602 NA non-coding upstream 28709 66544928 ~ 66547948 (-)
G1319559 NA non-coding upstream 35618 66551837 ~ 66562591 (-)
G1319620 NA non-coding upstream 100877 66617096 ~ 66617707 (-)
G1319357 LOC106593594 other downstream 232171 66279045 ~ 66282108 (-)
G1318935 NA other downstream 1041115 65469967 ~ 65473164 (-)
G1318477 NA other downstream 1362879 65068277 ~ 65153287 (-)
LOC110499867 LOC106576572 other downstream 2028961 64481916 ~ 64636502 (-)
G1318164 LOC106576481 other downstream 2286604 64216504 ~ 64227675 (-)
G1319781 LOC106576551 other upstream 339960 66856179 ~ 66862281 (-)
G1319847 NA other upstream 444732 66960951 ~ 66961304 (-)
LOC110511902 LOC106609654 other upstream 564562 67079306 ~ 67084695 (-)
G1320139 NA other upstream 676897 67193116 ~ 67193493 (-)

Expression


Co-expression Network