G1324401


Basic Information

Item Value
gene id G1324401
gene name NA
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048579.1
NCBI id CM023233.2
chromosome length 81569517
location 71982116 ~ 71983372 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU1512044
CAGTGATATGTAACAGGTTATGGTGGGCCCGTCAGGGATATGTAACAGATTATGGTGGGCCCACCAGGGATATGTAACAGGTTATGGTGGGCCCACCAGGGATATGTAACAGGTTATGGTGGGCCCGCCAGGGATATGTAACAGGTTATGGTGGGCCCGCCAGTGATATGTAACAGGTTATGGTGGGCCCACCAGGGATATGTAACAGGTTATGGTGGGCCCGTCAGGGATATGTAACAGGTTATGGTGGGCCCGCCAGGGATATGTAACAGGTTATGGTGGGCCCGTCAGGGATATGTAACAGGTTATGGTGGGCCCGTCAGGGATATGTAACAGGTTATGGTGGGCCCGTCAGGGATATGTAACAGGTGATGGTGGGCCCGTCAGGGATATGTAACAGGTTATGGTGGGCCCGTCAGGGATATGTAACAGGTTATGGTGGGCCCGTCAGGGATATGTAACAGGTTATGGTGGGCCCATTAGTGATAtgtaaaacattttgggggg
>TU1512046
GTAACAGGTTGTGGTGGGCCCACCAGGGATATGTAACAGGTTATGGTGGGCCCACCAGGGATATGTAACAGGTTATGGTGGGCCCACCAGGGATATGTAACAGGTTATGGTGGGCAGTGATATGTAACAGGTTATGGTGGGCCCACCAGGGATATGTAACAGGTTATGGTGGGCCCGTCAGGGATATGTAACAGGTTATGGTGGGCCCGTCAGGGATATGTAACAGGTTATGGTGGGCCCGTCAGGGATATGTAACAGGTTATGGTGGGCCCGTCAGGGATATGTAACAGGTGATGGTGGGCCCGTCAGGGATATGTAACAGGTGATGGTGGGCCCGTCAGGGATATGTAACAGGTTATGGTGGGCCCGCCAGGGATATGTAACAGGTTATGGTGGGCCCGTCAGGGATATGTAACAGGTTATGGTGGGCCCGTCAGGGATATGTAACAGGTTATGGTGGGCCCATTAGTGATAtgtaaaacattttgggggg
>TU1512047
CAGTGATATGTAACAGGTTATGGTGGGCCCGTCAGGGATATGTAACAGATTATGGTGGGCCCACCAGGGATATGTAACAGGTTATGGTGGGCCCACCAGGGATATGTAACAGGTTATGGTGGGCCCGCCAGGGATATGTAACAGGTTATGGTGGGCCCGCCAGTGATATGTAACAGGTTATGGTGGGCCCACCAGGGATATGTAACAGGTTATGGTGGGCCCGTCAGGGATATGTAACAGGTTATGGTGGGCCCGCCAGGGATATGTAACAGGTTATGGTGGGCCCGTCAGGGATATGTAACAGGTTATGGTGGGCCCGTCAGGGATATGTAACAGGTTATGGTGGGCCCGTCAGGGATATGTAACAGGTTATGGTGGGCCCGTCAGGGATATGTAACAGGTTATGGTGGGCCCATTAGTGATAtgtaaaacattttgggggg
>TU1512048
GTAACAGGTTGTGGTGGGCCCACCAGGGATATGTAACAGGTTATGGTGGGCCCACCAGGGATATGTAACAGGTTATGGTGGGCCCACCAGGGATATGTAACAGGTTATGGTGGGCAGTGATATGTAACAGGTTATGGTGGGCCCACCAGGGATATGTAACAGGTTATGGTGGGCCCGTCAGGGATATGTAACAGGTTATGGTGGGCCCGTCAGGGATATGTAACAGGTTATGGTGGGCCCGTCAGGGATATGTAACAGGTTATGGTGGGCCCGTCAGGGATATGTAACAGGTTATGGTGGGCCCGTCAGGGATATGTAACAGGTTATGGTGGGCCCATTAGTGATAtgtaaaacattttgggggg
>TU1512049
CAGTGATATGTAACAGGTTATGGTGGGCCCGTCAGGGATATGTAACAGATTATGGTGGGCCCACCAGGGATATGTAACAGGTTATGGTGGGCCCACCAGGGATATGTAACAGGTTATGGTGGGCCCGCCAGGGATATGTAACAGGTTATGGTGGGCCCGCCAGTGATATGTAACAGGTTATGGTGGGCCCGTCAGGGATATGTAACAGGTTATGGTGGGCCCGCCAGGGATATGTAACAGGTTATGGTGGGCCCGTCAGGGATATGTAACAGGTTATGGTGGGCCCGTCAGGGATATGTAACAGGTTATGGTGGGCCCGTCAGGGATATGTAACAGGTTATGGTGGGCCCGTCAGGGATATGTAACAGGTTATGGTGGGCCCATTAGTGATAtgtaaaacattttgggggg

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU1512044 False 507 lncRNA 0.52 3 71982116 71983102
TU1512046 False 493 lncRNA 0.53 5 71982116 71983372
TU1512047 False 443 lncRNA 0.52 3 71982116 71983102
TU1512048 False 365 lncRNA 0.52 4 71982116 71983372
TU1512049 True 411 lncRNA 0.52 4 71982116 71983102

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC118938840 LOC106576579 coding downstream 58853 71841725 ~ 71923263 (-)
LOC110490714 LOC106593546 coding downstream 247673 71687880 ~ 71734443 (-)
LOC118938900 NA coding downstream 710944 71270357 ~ 71271172 (-)
LOC118938931 LOC106592567 coding downstream 718534 71247916 ~ 71263582 (-)
LOC110490707 LOC106576520 coding downstream 749987 71228868 ~ 71232129 (-)
LOC110490787 LOC106593403 coding upstream 1356 71984728 ~ 72017048 (-)
LOC110500989 LOC106576674 coding upstream 39445 72022817 ~ 72150996 (-)
LOC110490626 LOC106576575 coding upstream 179289 72162661 ~ 72192809 (-)
LOC110499794 LOC106609728 coding upstream 227604 72210976 ~ 72225125 (-)
LOC110499807 lsm8 coding upstream 282318 72265690 ~ 72269495 (-)
G1324389 NA non-coding downstream 16762 71965129 ~ 71965354 (-)
G1323841 NA non-coding downstream 35839 71945957 ~ 71946277 (-)
G1323834 NA non-coding downstream 43346 71938552 ~ 71938770 (-)
G1323830 NA non-coding downstream 48169 71933552 ~ 71933947 (-)
G1323783 NA non-coding downstream 156122 71824391 ~ 71825994 (-)
G1324378 NA non-coding upstream 37563 72020935 ~ 72021763 (-)
G1324437 NA non-coding upstream 120455 72103827 ~ 72107185 (-)
G1324461 NA non-coding upstream 170192 72153564 ~ 72153857 (-)
G1324463 NA non-coding upstream 170923 72154295 ~ 72154513 (-)
G1324466 NA non-coding upstream 171879 72155251 ~ 72156144 (-)
G1323296 LOC106609674 other downstream 744270 71202500 ~ 71237846 (-)
G1323207 NA other downstream 942594 71025251 ~ 71039522 (-)
LOC110490645 LOC106576589 other downstream 1436896 70543356 ~ 70547418 (-)
G1323036 NA other downstream 1444977 70536452 ~ 70537139 (-)
G1324464 typh other upstream 257176 72240548 ~ 72260352 (-)
G1324512 NA other upstream 351988 72335360 ~ 72336984 (-)
G1324569 NA other upstream 424049 72407421 ~ 72407769 (-)

Expression


Co-expression Network