XLOC_032275


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_032275
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007117.7
NCBI id CM002890.2
chromosome length 60270059
location 42656713 ~ 42666008 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00064931
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>TCONS_00064930
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>TCONS_00063024
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>TCONS_00063025
GGCGACATTTAACGTATATATCTATGGACGCTAACTAGTATTCACGTCGTATCATGCTCAACTCTTAATACTCTTTTACGCACTTTGAGAGTGTTTGCGTTATTTCAGAGAGATATTTAAGCACATATGAAGTAACAGTGCCATCTGTGTACTATAGCTACACAATGCAGCATTTAGCTCGCTCGTAAACATCGCTGCTGTCCTCAGATCATTGTCTGAGCAGAAGTTTCATCATTAGCCCTGCCTGTCAGATGCTCTTCATCTCAGGAGCTGTATTTTTAGATGCTTGATAACAGATATAAGGTGAGttaatagaacacagccaggaactcttCTGCGCGAGTCAGCGTGACGTGCGTGCGCGGGCTCATCATTTGAATTAAATAACGGACACAAGCAACGGGCGGAACGGTAATGAAAGAGATGGTCTCCTCGCAAGAGAAGCTAGCAGCATTGAATGGGGAAGCTTGCTATTTCTTTCGCTGGAATCTCCAATTGAAAACATCATCGTGTGCGCTTAGACTTCTGTTCCAGTTCTGACTACACACCACTCTGCTTATGTGGATCACTGACTACTATGTTCTCTgaagtgggggaaaccggagcacctggaggaaacccacgcaaactccacacagagacgccaactgatccagccaaggctcgaaccaacgaccttcttgctgtgaggcgccactGCAGCGCAGTACCAGAAgCAGGTGCAGCCAAACTGCGACACAACAGCCACGGAATTTACAGGGCCGTGAGAGATCACCTGTACGGTCTGGCGGTGGCAGACGCAGAGCGGAAAAACTATCtgatgcttttgttgttgttaatgttaaaTTGACCAATAcatgttttgtcattacttttgtCTGCAAATATTaggctaataaataatattttttaaacaaaatgttgaaTTTCTGAATCATGTGAATTTTCTAAAACGTTTATAAAGGTATTTCTCACAACCAAATTTCGACTTAAAATTGACGTATTTTCGACGACATGAAAAAGACGTCTTTTCACCTTTCACTTTCCCACCTGTTTTCCACGTTGTTTGGACGTCTTACAATTACGTTTTTTCGACGACATGAAAAAGACGTCTTTTCACCTTTCACTTTCCCACCTGTTTTCCACGTTGTTTGGACGTCTTACAATTACGTCTTTTCGACGACGTAAAAAAGACGTAGTTTCGTCTTTCACTTTCCCACCTGTTTTCCACGTTGTTTGGACGTCTGACAATGTCGTCTTTTCAACGTCTTTTCGACGAACTATTGCTGGGTGGggagctcatctgtttgtcggaactactagacacaatttttttatcaactataatgtgtttaattagttaatttaaaatttatttcattattccagcaataattgttgagtgaaagaatgcgctagaaatatgcattgcggctccctttattgtacaggcttattgcacttaaacttttttaggttcggctctcgaattagtaaggttatgagtaaatgttatttaaaatatttaaagcctgccatctag
>TCONS_00064932
GCTTGATAACAGATATAAGGTGAGttaatagaacacagccaggaactcttCTGCGCGAGTCAGCGTGACGTGCGTGCGCGGGCTCATCATTTGAATTAAATAACGGACACAAGCAACGGGCGGAACGGTAATGAAAGTTTCGCTGGAATCTCCAATTGAAAACATCATCGTGTGCGCTTAGACTTCTGTTCCAGTTCTGACTACACACCACTCTGCTTATGTGGATCACTGACTACTATGTTCTCTgaaggtattcattcattcatttattcattcagtcatttattctttttctttttggcttagtgcctttattaatctggggtcaccacagcggaatgaaccgccaacttatccagcatgtttttatgcagcggatgcccttccagcctcaatccatctctgggaaacatccacacttattcactacggacaattttagcctacccaattaacttttaccacatatctttggacagtgggggaaaccggagcacctggaggaaacccacgcaaactccacacagagacgccaactgatccagccaaggctcgaaccaacgaccttcttgctgtgaggcgccactGCAGCGCAGTACCAGAAgCAGGTGCAGCCAAACTGCGACACAACAGCCACGGAATTTACAGGGCCGTGAGAGATCACCTGTACGGTCTGGCGGTGGCAGACGCAGAGCGGAAAAACTATCtgatgcttttgttgttgttaatgttaaaTTGACCAATAcatgttttgtcattacttttgtCTGCAAATATTaggctaataaataatattttttaaacaaaatgttgaaTTTCTGAATCATGTGAATTTTCTAAAACGTTTATAAAGGTATTTCTCACAACCAAATTTCGACTTAAAATTGACGTATTTTCGACGACATGAAAAAGACGTCTTTTCACCTTTCACTTTCCCACCTGTTTTCCACGTTGTTTGGACGTCTTACAATTACGTTTTTTCGACGACATGAAAAAGACGTCTTTTCACCTTTCACTTTCCCACCTGTTTTCCACGTTGTTTGGACGTCTTACAATTACGTCTTTTCGACGACGTAAAAAAGACGTAGTTTCGTCTTTCACTTTCCCACCTGTTTTCCACGTTGTTTGGACGTCTGACAATGTCGTCTTTTCAACGTCTTTTCGACGAACTATTGCTGGGTGGggagctcatctgtttgtcggaactactagacacaatttttttatcaactataatgtgtttaattagttaatttaaaatttatttcattattccagcaataattgttgagtgaaagaatgcgctagaaatatgcattgcggctccctttattgtacaggcttattgcacttaaacttttttaggttcggctctcgaattagtaaggttatgagtaaatgttatttaaaatatttaaagcctgccatctag

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00064931 False 1467 lncRNA 0.40 4 42656713 42666008
TCONS_00064930 False 1593 lncRNA 0.41 5 42656713 42666008
TCONS_00063024 False 1530 lncRNA 0.41 4 42656722 42666008
TCONS_00063025 False 1543 lncRNA 0.41 5 42656765 42666008
TCONS_00064932 True 1432 lncRNA 0.41 3 42657049 42666008

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_032274 BX005129.3 coding upstream 3288 42646411 ~ 42653425 (+)
XLOC_032273 BX005129.5 coding upstream 13680 42635960 ~ 42643033 (+)
XLOC_032272 BX005129.4 coding upstream 34061 42618902 ~ 42622652 (+)
XLOC_032271 NA coding upstream 45778 42604241 ~ 42610935 (+)
XLOC_032270 camkva coding upstream 58385 42545797 ~ 42598328 (+)
XLOC_032276 rbm6 coding downstream 686 42666694 ~ 42690736 (+)
XLOC_032277 NA coding downstream 26614 42692622 ~ 42751759 (+)
XLOC_032278 sema3fa coding downstream 152955 42818963 ~ 42916343 (+)
XLOC_032279 gnat1 coding downstream 252925 42918933 ~ 42930302 (+)
XLOC_032280 tcta coding downstream 349908 43015916 ~ 43019222 (+)
XLOC_032268 BX957236.1 non-coding upstream 273267 42383194 ~ 42383446 (+)
XLOC_032282 NA non-coding downstream 675935 43341943 ~ 43347573 (+)
XLOC_032286 NA non-coding downstream 832972 43498980 ~ 43546988 (+)
XLOC_032287 NA non-coding downstream 931588 43597596 ~ 43601872 (+)
XLOC_032289 BX119974.1 non-coding downstream 1466960 44132968 ~ 44133082 (+)

Expression


Co-expression Network