XLOC_032286


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_032286
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007117.7
NCBI id CM002890.2
chromosome length 60270059
location 43498980 ~ 43546988 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00064939
TTTCGTTTCTCTCAGACTCCCGCTAGTCGTCACTGCTGGTTTAAAGAGAGCTCCAGCTTTGACTGACGTGTCTGACACACCCGATGACGTCGTGACGGTTATTGCGTTTGACAACACAAGTCAAGATGCATATTAGATGCTGCTGCTTCTTCAAGATGTCGCACTTTTCCCCCTCACACAAGTGTTGCTTCAACTTCAGAATAAGTGGCCTGCTAACTGAAAATATATGAAGCCTTGATCCAGTGGACTTTACCAAATGCCTTGCCAAAAACCAAGTGAAGTGCATTGAACCCCGTCATCAAAGTCAACTGTTCTCtacgtctcaagtccgccgatgtacaaTATCTGCAAGACACTGGACAAAATGGtgacagcgggaaagccgtccatatggaagTTGGTGATCAGCTGCTTGTggaaaaaggaacagcgtcataccaccctatagcattcattttaaagacaaaatgcattcATGCATACGAAGGTTACATAATtcacaatatacaatatacaatctCCAAATATGTATGTAGGGGTATGTTTTAAAAAAGAGCCTATGTTGGTGTTTTATGAAAAAAAGAGATTcacaaaataaatttgaatacaAGATGTCCAAAACCTGACTTCATCCAATGTTTGGAAAATGTattagaaatgtatgcaaatctgtgcatatataatgaaataatgcctcatttgcatatacCATTTCAT
>TCONS_00064938
TTTCGTTTCTCTCAGACTCCCGCTAGTCGTCACTGCTGGTTTAAAGAGAGCTCCAGCTTTGACTGACGTGTCTGACACACCCGATGACGTCGTGACGGTTATTGCGTTTGACAACACAAGTCAAGAATAAGTGGCCTGCTAACTGAAAATATATGAAGCCTTGATCCAGTGGACTTTACCAAATGCCTTGCCAAAAACCAAGTGAAGTGCATTGAACCCCGTCATCAAAGTCAACTGTTCTCtacgtctcaagtccgccgatgtacaaTATCTGCAAGACACTGGACAAAATGGtgacagcgggaaagccgtccatatggaagTTGGTGATCAGCTGCTTGTggaaaaaggaacagcgtcataccaccctatagcattcattttaaagacaaaatgcattcATGCATACGAAGGTTACATAATtcacaatatacaatatacaatctCCAAATATGTATGTAGGGGTATGTTTTAAAAAAGAGCCTATGTTGGTGTTTTATGAAAAAAAGAGATTcacaaaataaatttgaatacaAGATGTCCAAAACCTGACTTCATCCAATGTTTGGAAAATGTattagaaatgtatgcaaatctgtgcatatataatgaaataatgcctcatttgcatatacCATTTCAT
>TCONS_00064940
CACACCCGATGACGTCGTGACGGTTATTGCGTTTGACAACACAAGTCAAGGTAACGATGCGTTTTCTAATGTTTGTCAttcaaaaatgattaatttagcGCTAGATCTCATTATCCACGTTCAAACACGTCTTCAGATGCATATTAGATGCTGCTGCTTCTTCAAGATGTCGCACTTTTCCCCCTCACACAAGTGTTGCTTCAACTTCAGGTAACCTCATTTTGCCTCTGTAAAAATAAACCCTTAAAACACAGTATCAATGGTCTTCTGTGTTTAAAAGCAGACATAAGTGCTTCACAAAGGACTCACATGCCACTCACccatgttttgtgtgttttatttttctcaaCGCCACCTCAATTTAATTTCCACcatctacaaaaaataaaaaaatgagacCTAAATCTGCCATGGAAATGATGACGGTGGGAATTACATTTTGTTTAGCTACAATAAGATATCATACTTGGTCTTACTTTaagattaattaatatatatatttttattaaatactttgcTCATTTATTTGGCACTATAAAATATAGCCAAGGGCGGATTTAGAGATTTGGGGGCTAAATATACCAAAGTTGCCATGATAAATTcctatttgaataataataaaaaaaataaataataaataaataaatatatatatatatatattatattatatatgtttttacattttataatatattttttgaaatataatttgaaatatatgtgtcctaataatgttttaagcaacgtgtaacatatttatATGTCAACATCTAAAATAATTCTGTTttagggtttcatgaccctttaaaatatttgattaattcacaacatttaattgaaacaacatttaatttttgcttttttttgtagctcagcaatttaacaaactaacaaacaaacaaacaaacaaacaaaaagaaaaggctgtgttaaattagaaattacgATTTCTGTTTGAGGGATTTTCAGCCCAACCTTTCCCATCATTTGTGCCCATCTGATTggttggtgggccaaatcaaaggttaccataggcCTTAATTTGTGCATCTCTCCCCTACagcatacatttaaaaagttttgacTGTTTGTTTACACTGTAATCGTTTGCCTGTTTTTAGAATACATTTATTATAGATTTTCATCCTGTATGACTAAAAGCCTTTTCACTGAAAGTTATATCAAATCTGTGCATGAAAGGTATTGGAAAACTAATGAATCAATGCATGGTAAAAACTTTTCAAGACAGTTTTGAATGTGATCTGGAtataacaaaagtaaaaaagtttTAAGTGTTAATAAAAATCCACCCTAGAGACATAAAAGTGTCAGAAGTTGAAGAAACACCCAATTATGAATCTACTTTGCAAggaaaaaaacttttattctgaACCGTATGCTGTAGCCTGCAGCATAACTgcggtaaagtttttttttttactgcacacAAACATGTCTGCACTGTCTCTACCTGTTCCCACAAAACCATCTTAGTTCAGTTTTCACACATGATTCTCATATAAAAGCCAGTCAACAGAGATAAACTGATAATGAGCTCTATTCAGATTTCTCAAGGTTTACAAGCCTGCCAATTTACTCTAACTAGCCTGCAGATTAGAGTTGCATTTTAAAGGGGACCCTGCTGTGTTTGCATATGCTTAGAGAACAAGGGGCCCGCTAATTGAAAAATTAAGATGTGGGAATGTTTGTGGCAGTGGGCTTTGCCAGATTCTGCAACAGTGAGTGCTGCTTAAGTGTGAAAAGCACCCGCTGGAGGAATATTGCATGCCGAAAACAACAGACTGGATACAGATTAAACTAAATGCATGTTCATCGTagggaaaatgtttatttaagggCCCTCTTTCAGatggttactttaaaaaaaataaataaaaattaagtccaGTATCATAGATGCTAACAAGCCAACTCCTAACACACCTACGAAAAATTGACACACTTCAACCTGAAATAAATTAGGTgcaatttacattattttaaagattacattatttaaaaacaattaattattagtaggcgaggcagtggcgcagtaggtagtgctgtcgcctcacagcaagaaggtcgctgcgtcgctggttcgaacctcggctcagttggcgtttctgtgtggagtttgcatgttctccctgccttcgcgtgggttttctccaggtgctccggtttcccccacagtctaaagacatgcggtacaggtgaattaggaaggctaaattgtccgtagtgtatgagtgtaaatgtgtgtgtggatgtttcccaaagatgggttgcggctggaagggcatccgctgcgtaaaaacttgctggataagttggcagttcattccgctgtggcgactccggattaataaagggactaagctgacaagaaaatgaatgaatgaataattattagtAAATTCCTGAAAAACAAGTTCATTAACAGTATGTGTATTTGTAAATCTCTACTTTACACCACTAGAACTGCTAGACGAAACACAGATTTTTTGGGGAAAGACTTTATTGTGTTTAGTTAGATTTTTGGTGACTTTTGTGATTTGCATAATCTATAATCACTTGCTGTTGCTTACTTAAAAGGGatctattttacctcttttataAGAGTATGCATGATGTGTTGACTCTAGTTTTAGTTTTCCTTAGCCTAAAACTAAACAGTCAGTGTGTTAAAAGGAATAATAAAAGTGGCATTTTTCTCCTCACAGTTCATTCATCACATATTAAAGGGAAACTTACATTCAAATCACATTCAGCGGACCATAAATAACCACCCTAAAAACTCTAATCAATGCTTCACCTGCATaggtataaaacaaaaacaactatatttagtcactttgtaaagaaacactaTGGACACACACTGTACATAGTGGCTTCTGAATAGACAGAACAGGTATTATAATATGCACATGCATGACATCTTGAAAGCTTCCAAAATCTGAACAGCTGAAATGCatacaaaatgctttttttgctATTGAAAACAGTTTCAGATTAATGTGCGCTAAACAAACGGGTAATAATATgtaatttgcatttgttttgtgtgCATATTTTTACAGAATAAGTGGCCTGCTAACTGAAAATATATGAAGCCTTGATCCAGTGGACTTTACCAAATGCCTTGCCAAAAACCAAGTGAAGTG
>TCONS_00063042
GTGACGGTTATTGCGTTTGACAACACAAGTCAAGATGCATATTAGATGCTGCTGCTTCTTCAAGATGTCGCACTTTTCCCCCTCACACAAGTGTTGCTTCAACTTCAGAATAAGTGGCCTGCTAACTGAAAATATATGAAGCCTTGATCCAGTGGACTTTACCAAATGCCTTGCCAAAAACCAAGTGAAGTGGTAAGTGCTGTATTTAATCTCTATGTCATGAGGAAAACATCCAATCCAT

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000097710

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00064939 False 717 lncRNA 0.40 4 43498980 43546988
TCONS_00064938 False 643 lncRNA 0.39 3 43498980 43546988
TCONS_00064940 False 3176 lncRNA 0.35 1 43499055 43502230
TCONS_00063042 True 241 processed_transcript 0.41 3 43499071 43502279

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_032285 zgc:113054 coding upstream 24223 43450221 ~ 43474757 (+)
XLOC_032284 mitfa coding upstream 65703 43390387 ~ 43433277 (+)
XLOC_032283 BX927362.2 coding upstream 137754 43353271 ~ 43361226 (+)
XLOC_032282 NA coding upstream 151407 43341943 ~ 43347573 (+)
XLOC_032281 arl6ip5a coding upstream 257349 43234213 ~ 43241631 (+)
XLOC_032287 NA coding downstream 50608 43597596 ~ 43601872 (+)
XLOC_032288 gpr27 coding downstream 356221 43903209 ~ 43907321 (+)
XLOC_032289 BX119974.1 coding downstream 585980 44132968 ~ 44133082 (+)
XLOC_032290 gxylt2 coding downstream 616739 44163727 ~ 44193740 (+)
XLOC_032291 ppp4r2b coding downstream 650111 44197099 ~ 44209390 (+)
XLOC_032277 NA non-coding upstream 747221 42692622 ~ 42751759 (+)
XLOC_032275 NA non-coding upstream 832972 42656713 ~ 42666008 (+)
XLOC_032274 BX005129.3 non-coding upstream 845555 42646411 ~ 42653425 (+)
XLOC_032273 BX005129.5 non-coding upstream 855947 42635960 ~ 42643033 (+)
XLOC_032292 NA non-coding downstream 853654 44400642 ~ 44805588 (+)
XLOC_032293 NA non-coding downstream 1174204 44721192 ~ 44797559 (+)
XLOC_032295 NA non-coding downstream 1440640 44987628 ~ 45083289 (+)

Expression


Co-expression Network