XLOC_032287


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_032287
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007117.7
NCBI id CM002890.2
chromosome length 60270059
location 43597596 ~ 43601872 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00064941
gcagtgtttttgtatttaaatccTTAAAATAATTTGACTTAAAAGCAGAATTgcgtttttaaaccattttactgGAAAACAAGAATAACAGCGATTaagaaaacgttttttttttctcccgttGTGCTGTAGAGAACAAACACCTGCTTTTACAGCTAATCTAGAGCAGAAAAACAGGATCTTTCTGagcacattaaaaacagcttaacACCAGCAAAGAAGAGAAAGAGCGTACAAACCGCTCCGGTCAATGATAACACAGACAAATCTGTTTTCTATTCTACAGTTTTAAGAATCCAAAAACGGAGGATTATCCCCGGATCCATTCCCTCCCCTCTTGCTCACAGATGTCTGCAACTttccttttttcccccttttgctCCAGAAAAAAAGAGCAAGGATTATGAAGTCAATGACATCTGCAGCAGTTTGGCTATATTGAAATACATACAGCAGTAGCTcgtttttctgtgtttttcccACTTGTTTTAATAGTAAATACAAAGCAGTTGTGATAAAGCAAACATGGTGATACAAACATTACTTTCCCTTCTCTGAAAAGAGAAAATGAGAGGACACACAAGCTATAAATGTGGTGTATGTACAAGAACAGAGACAGCAAACAGTTTACCGCATGTGAGAAGCAAAATAAATGGAAGAAGAAGCCTTTCTTAGCTATGTAACAGAAAAAGCCTGAGGTTTGGattgctttaaaacaataaaaaggggAGATCCTGATGATAAACAAGCTCTGATTTGAATAGAATTGTCTCTCTTAAAATAGTTTGCTACAGTTTTAGACTAAACATGCAGGACATACGACTAAGTGCAACTGAGTGAAATTGTACATCTTTTTTTCTAGTCATTCCCTATAGGTTTGAACTGAGGTATGCAGACTAATCATGCTGTATTTCTTCAGTAATGCCGAGCTACACATGCGGCGAACGCTCTCGTCATCCCTCTCCATATATAACAGAAGCATCACTCGGAGGCTCCGTTCGTTCTAGTGAATCAGTAAGAAATGCTTGAATCGATTTACAAATAGTAGTAACTGCCATTAAAGTACCTTGTACCCAGCTCATTGGTTGACAGGagtgttttttaatataaaaaagtaataagtTGACAGACACTAAAACACAATCATAGAGCATTGGCAAGGTTAACAAAAGGACATCCCGTTTTTCGAATTTACAAGTGGCATACAATCGTTTCAAAgaataaaatgaccaaaaaaaaagaagctaaatTATGAGAACAAACGAAATGCTCATCATTGTGTGGTCCAGTTTGAAGTTCAGTTCACATTGTGTTATGCAAATGTTTTCCCCCTCCTGGACTTCAATTTCCTGTGACGACAGCGAACACAGTTTTAAAACTCTTTCATCCGTATCCTTCTCCGTTATAGCCATCATTTCCTGATAGAACACTCCCTTTTTTCCCTTTTGGTTGGCCCGAAGACAACATTGCTTTGATTTGGTCGTGTGTTGGTCTCCATCTCTGCCTCTCCTCTACTATTTTGGTCACAGGCAAAGACATACAGCTGCCCATCCAACAGCCCCTTtggcttttttcttcttttttttcttttcttcgcCAGACGTTTGCATTGGGGAGCGCTAAAAGGATATTTGGCCTTTCGTTCAGCTATTGCATGGAACATAGAATATATCTCGTCTTGTAGTATCTTTGGTAGTCACAGATAAAACATAAACACAGGCGAAAgcaaatgacaataaaaatggAAGTAATAAATAAGAACACAAAGTGGTTGCTTAAAgtcattcaaaacaaaacaaaaggattGGTCTGGTCTTTGAATCTAATCTAGCGGGCGACAGCAGCTTTCAATTTAGAGCCGTGGTTCGACAATCATGTGGCAAGAATGGTCATAGTGGGCTGCCCCAGTGCCGTAATGCTCAGTGGTCATAGACGTCGGCTTGTAATCCCTTTAACATTTCTCCGGTGTGTAATTATTATCATGTCACTGATGTGGGGGAATGCAGTTTAAAGTCATCCAGACATTACAGAACTCAATCAAAAGACAAAACTAAAGTCATACATGCCGTTCAGGAATCACAATTAGCTTCCTTGGTGATATTTTCTTGACATTTCATGTTTGCAGAGGGTTTCGATCGGTGATTTGGTTGACGCTGACATGCATCACCTCcaaaggggatttttttttttttgagagtatcATTTCAGAACGATAAACGTTAACCTGCGCTGATTTCTCTGTCATTCATTCCACGTGGAAATTAAACTTCATTGGTGCGTGGAGAGGGAGCCTTCATTACGAGTAGTGCATTTGCAGATGGACTTCATGAGCGGGAAAGagcacgagtgtgtgtgtgtgtgtcgtatgCAAGGGCAATGTGACTGCAACGTGAAACGCTAGGaacaaatgacagaaaaatacTAGACGGTAATGCGACATTCTGCTTGAGTTTGGAAAGGAAGAGGGGGAAAAACAAAAGAGAGAGCATGAGAAGCCTAAACATTCATCCAGTGCTGAGCACACCATAACTCCACATCaacaacaacaaaataaaaggaTATATAGCTAACAGCACAGAGTAATGAGAGGACACTACGTTTCAATTATTCGCCTAGGAACCCTCAAAACACTGGACAGATATTCTCCAGCTGCCACGACAGAAAACCTAAAGAAATAGTGCACTTGacaaatgaacattctgtcatttatCCCTGCCTTTTTTTATCCATGAaaacacaaaatgagatattttgaGGATTGTACCTGCTGCTCTTTTAATACGGTTTAATTTAATGCAAAGTGAAGCGTTCATACTTCATAAAAGACACAAAACATGGTCgtgtgatttaaaataaaagtgaattaaattatatttggCTTCAGCGTTGTATGGTTAAATAAATACGACATTCAAACTACAAGTAGGTGGTGGCAATCCCCTGTTTTAATAAGCGATTCACTGAATCATTGATTCAAATGGTTCGTTCAAAACAGCTGATCCATTAAGTTAATAAACAGGAGGCTTTAATGTCCGCGGGCTTATTCATTTTTACATGCATGATGATAAAAGTTTAGACTGTCAATGCATGATTTGGTTtggttttttttgtaaaatgagtGACAAAGTCAGTTAGCATACTGTTAaaacaattcatattttatagcATTAATAACTTTAACATTTTATAGTACATACCAGTGGTCCCGAACCCCCCAGtaccggtccgtggatcaattggaCACCGGGCCGCACAAAAActcattaattatttcagttttattaattATCTGAGTCTCAatgagcttttattttgaaaaatgaccatattgtCTCTGTTAAATCTcagtcacttgagcgcccaaatttaacctaCATGTTAGCaaaaacagacgtctttggaaagtttctttgctaagaggAAAAGGTCCAGAGATGAACCAACGAACTGCTAAGGACTGGATCTGCAACCCAATTGTCAACAAATGAGGTGAATCCAGCTTGTCTGCGAAGAAGATCAACAGCTGGAGATCGCAAACGACAGTTAATTTAGGGGCCGTTCACATGCCACACTTATTCCgtgtgcaagttcgttatttccaatggagggtcACTCATACTGGAAACAACGTGCACAAGCAATCCTGCAAGTGTactgcgagtcacgtgacaaggaactgaccgatcagcttcaccTTGTATAGAATATACAGatttcagtagactaattacttcagacaaacacagaacccCCAGCAGGgcttttttattttgtctataaataagcaatgttttgtcagctcaCCAGCTTCTCAGAAAACTGTTAGCAATCTACATAGAACCCATCTAAAATCTCCCACCTAAGACTCCccgcggtgataaaaaggttggggaccgcTGGTTTATGTAGATaagagacaaaacaaaatacaagcaGAAATTCACTCAAATTATAAACTTGATTGAAACTGAGAATCAGTCTGATGTGTGAACTGATCCACTGgaatttcagtatgttgattatatttaaaaaatcaattgaATATACACCTCAAAATGAATCATTTTGTGTTTCGCAAAAGAACGAGAGTAATCTGGGTTTAAAAAATCTCAAGTGGTCCAGAACAACATGATGACAGAATCACATTTTTGGGTGCATCATCTCTTCAAGAGTATCTGAAGGCAGAGACAATGAATTAAAGTCACATACGTACACGCACACTGTGA
>TCONS_00064942
CCTTCATTACGAGTAGTGCATTTGCAGATGGACTTCATGAGCGGGAAAGagcacgagtgtgtgtgtgtgtgtcgtatgCAAGGGCAATGTGACTGCAACGTGAAACGCTAGGaacaaatgacagaaaaatacTAGACGGTAATGCGACATTCTGCTTGAGTTTGGAAAGGAAGAGGGGGAAAAACAAAAGAGAGAGCATGAGAAGCCTAAACATTCATCCAGTGCTGAGCACACCATAACTCCACATCaacaacaaaataaaaggaTATATAGCTAACAGCACAGAGTAATGAGAGGACACTACGTTTCAATTATTCGCCTAGGAACCCTCAAAACACTGGACAGATATTCTCCAGCTGCCACGACAGAAAACCTAAAGAAATAGTGCACTTGacaaatgaacattctgtcatttatCCCTGCCTTTTTTTATCCATGAaaacacaaaatgagatattttgaGGATTGTACCTGCTGCTCTTTTAATACGGTTTAATTTAATGCAAAGTGAAGCGTTCATACTTCATAAAAGACACAAAACATGGTCgtgtgatttaaaataaaagtgaattaaattatatttggCTTCAGCGTTGTATGGTTAAATAAATACGACATTCAAACTACAAGTAGGTGGTGGCAATCCCCTGTTTTAATAAGCGATTCACTGAATCATTGATTCAAATGGTTCGTTCAAAACAGCTGATCCATTAAGTTAATAAACAGGAGGCTTTAATGTCCGCGGGCTTATTCATTTTTACATGCATGATGATAAAAGTTTAGACTGTCAATGCATGATTTGGTTtggttttttttgtaaaatgagtGACAAAGTCAGTTAGCATACTGTTAaaacaattcatattttatagcATTAATAACTTTAACATTTTATAGTACATACCAGTGGTCCCGAACCCCCCAGtaccggtccgtggatcaattggaCACCGGGCCGCACAAAAActcattaattatttcagttttattaattATCTGAGTCTCAatgagcttttattttgaaaaatgaccatattgtCTCTGTTAAATCTcagtcacttgagcgcccaaatttaacctaCATGTTAGCaaaaacagacgtctttggaaagtttctttgctaagaggAAAAGGTCCAGAGATGAACCAACGAACTGCTAAGGACTGGATCTGCAACCCAATTGTCAACAAATGAGGTGAATCCAGCTTGTCTGCGAAGAAGATCAACAGCTGGAGATCGCAAACGACAGTTAATTTAGGGGCCGTTCACATGCCACACTTATTCCgtgtgcaagttcgttatttccaatggagggtcACTCATACTGGAAACAACGTGCACAAGCAATCCTGCAAGTGTactgcgagtcacgtgacaaggaactgaccgatcagcttcaccTTGTATAGAATATACAGatttcagtagactaattacttcagacaaacacagaacccCCAGCAGGgcttttttattttgtctataaataagcaatgttttgtcagctcaCCAGCTTCTCAGAAAACTGTTAGCAATCTACATAGAACCCATCTAAAATCTCCCACCTAAGACTCCccgcggtgataaaaaggttggggaccgcTGGTTTATGTAGATaagagacaaaacaaaatacaagcaGAAATTCACTCAAATTATAAACTTGATTGAAACTGAGAATCAGTCTGATGTGTGAACTGATCCACTGgaatttcagtatgttgattatatttaaaaaatcaattgaATATACACCTCAAAATGAATCATTTTGTGTTTCGCAAAAGAACGAGAGTAATCTGGGTTTAAAAAATCTCAAGTGGTCCAGAACAACATGATGACAGAATCACATTTTTGGGTGCATCATCTCTTCAAGAGTATCTGAAGGCAGAGACAATGAATTAAAGTCACATACGTACACGCACACTGTGA

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00064941 False 4226 lncRNA 0.38 2 43597596 43601872
TCONS_00064942 True 1933 lncRNA 0.38 2 43599886 43601872

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_032286 NA coding upstream 50608 43498980 ~ 43546988 (+)
XLOC_032285 zgc:113054 coding upstream 122839 43450221 ~ 43474757 (+)
XLOC_032284 mitfa coding upstream 164319 43390387 ~ 43433277 (+)
XLOC_032283 BX927362.2 coding upstream 236370 43353271 ~ 43361226 (+)
XLOC_032282 NA coding upstream 250023 43341943 ~ 43347573 (+)
XLOC_032288 gpr27 coding downstream 301337 43903209 ~ 43907321 (+)
XLOC_032289 BX119974.1 coding downstream 531096 44132968 ~ 44133082 (+)
XLOC_032290 gxylt2 coding downstream 561855 44163727 ~ 44193740 (+)
XLOC_032291 ppp4r2b coding downstream 595227 44197099 ~ 44209390 (+)
XLOC_032292 NA coding downstream 798770 44400642 ~ 44805588 (+)
XLOC_032277 NA non-coding upstream 845837 42692622 ~ 42751759 (+)
XLOC_032275 NA non-coding upstream 931588 42656713 ~ 42666008 (+)
XLOC_032274 BX005129.3 non-coding upstream 944171 42646411 ~ 42653425 (+)
XLOC_032293 NA non-coding downstream 1119320 44721192 ~ 44797559 (+)
XLOC_032295 NA non-coding downstream 1385756 44987628 ~ 45083289 (+)
XLOC_032298 CABZ01009812.1 non-coding downstream 1753537 45355409 ~ 45355525 (+)

Expression


Co-expression Network