XLOC_032292


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_032292
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007117.7
NCBI id CM002890.2
chromosome length 60270059
location 44400642 ~ 44805588 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00064943
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>TCONS_00064945
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>TCONS_00064946
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>TCONS_00063048
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>TCONS_00064948
GTTCTTCTACAGCGGTGTGCtgtttacctttatttctGTTCAGAGGTGCTGGGTTTTCTAATGCATATTGTCAGCTGGAAAGGAAGAGCTCTCTCAAAGGCAGAGCTGCTTCTAATCATGGCCTGCAATCAAACGCCTGTCACTGGGGATGAATCCTTCATCACAGCCCTGCACAGGGTGGAGATGGACCAGGTGGACCAGAAGATGATGCGGAGGAGCCAGGCACACCGATATATGGAAAGAGGGACCGGGATAAACCACACTAGAGGGCAGATATGCAGACACTAGAGATCACAGGAAACGAGAGTGcaccccagctgccagacattgaggctgtgtctgaaatcgcttactactcagtagAGAGGGGAAAAAATGGCATCAAACAGAATATGATCCCTCATTTGGTGGAAATCCTGCTGGGGTTTGTGAACTTCAAAGCTGGGCAGGTGACACAGATCCATCTGGTTCCCCTATAGGCTTTGAGCAAATCAAGGGTACCGCAATGCTTATTCAGCATGGCATTGCTTTCATTGTATTCTCTAGACAGTGCAGCGTGTCTTATTTGTGCATTCTCGAGACAACGATAAGCTTGTGTGATATACTTTCTGCCAAACTACACTTCTTTTGTATCTCCTTTTTCCTAATTGGCACCTACGGCTCAGTCAACTTGAATAATGCTTCAATACATTGTTTGCAATTGCAGTTGATTTAAAATTATATTCTTAGTGCACATCtgaatttaaatgaacaattaatcATGACATTATATGTTTTCAGTTAGTTGTaagttattaaactaagttaatcatgttctaacttaattgtgTATGTTACGCAAgctttttaagtcagtttaatataatataagtgaCTCGTGGTTAATTTAaatcagcttaaaaatgtaaggcaaccagaATTTTACTGTATAGAGTTTGAACAATAGGAGT

Function

GO:

id name namespace
GO:0002193 MAML1-RBP-Jkappa- ICN1 complex cellular_component

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000097338

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00064943 False 445 lncRNA 0.46 4 44400642 44582954
TCONS_00064944 False 1283 lncRNA 0.38 4 44400642 44593150
TCONS_00064945 False 1188 lncRNA 0.42 6 44400642 44720504
TCONS_00064946 False 1178 lncRNA 0.43 7 44400747 44720504
TCONS_00063048 False 248 lncRNA 0.50 3 44400757 44418551
TCONS_00064947 False 2365 lncRNA 0.40 5 44400764 44805588
TCONS_00064948 True 950 lncRNA 0.41 5 44486080 44720504

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_032291 ppp4r2b coding upstream 191252 44197099 ~ 44209390 (+)
XLOC_032290 gxylt2 coding upstream 206902 44163727 ~ 44193740 (+)
XLOC_032289 BX119974.1 coding upstream 267560 44132968 ~ 44133082 (+)
XLOC_032288 gpr27 coding upstream 493321 43903209 ~ 43907321 (+)
XLOC_032287 NA coding upstream 798770 43597596 ~ 43601872 (+)
XLOC_032294 chl1b coding downstream 6856 44812444 ~ 44977428 (+)
XLOC_032295 NA coding downstream 182040 44987628 ~ 45083289 (+)
XLOC_032296 BX942846.1 coding downstream 309025 45114613 ~ 45328910 (+)
XLOC_032297 LO017951.1 coding downstream 541220 45346808 ~ 45376758 (+)
XLOC_032298 CABZ01009812.1 coding downstream 549821 45355409 ~ 45355525 (+)
XLOC_032286 NA non-coding upstream 853654 43498980 ~ 43546988 (+)
XLOC_032282 NA non-coding upstream 1053069 43341943 ~ 43347573 (+)
XLOC_032277 NA non-coding upstream 1648883 42692622 ~ 42751759 (+)
XLOC_032300 LO018004.1 non-coding downstream 799692 45605280 ~ 45605396 (+)
XLOC_032304 BX663614.1 non-coding downstream 1220258 46025846 ~ 46025963 (+)
XLOC_032306 NA non-coding downstream 1504148 46309736 ~ 46320528 (+)

Expression


Co-expression Network