LOC110491323


Basic Information

Item Value
gene id LOC110491323
gene name NA
gene type coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048580.1
NCBI id CM023234.2
chromosome length 78541548
location 9163483 ~ 9171479 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XR_002468804.2
agagagagagagagagagagagagagagagagagaacgtgttgCATGCCTTCTCAACAGTCTTCAGGTAGGGTAGAGATTGTCTCCACCGAATCTCTTCTCTCACAGTTATTTTCTGGGACACTGCACAATACAACTTTATTTGACGGCAGGACATTCAGAGGCTGTAAGCTTGACACATGGCAAAATGCTTCTGCTGTTTCTGAGTCTCGGTTTGCTCACTTCTAATGTCCAGTCAGAAAAACAAGGGGTTGATGTAACGTGTGAAAATCAATCGGTTGTAGCAGGACAGAACCACAACCTGACATGTAGAGTGGAATACAGTGATGCATATCAGAATAAGAAGGGTGATGTAGGTAACAGTGAGATGGGATGTAAAACTGAACAGTATTTCTGGAAGGATAAATCAAAAACTCCAATACGAAATTGTGATTGTACAAAAGATTGTAACACTACGATAACAACCAACACCTACTTTTGTGAGATCAAAAATGTTACCAACGCTGATGAGGGAAACTACACTTTTACCATTAACACAGACTGTGGCAACGGACATGGCACATTGACTGTTTCATTGAGAAATGAAAAACAAGCGTTTCTGGGATCGTCAGGTCACCTATCGTCAGTATCATCACTGTTCTGGGTGTTCTACTGTTTCTCATCTTAAGACTTAATAGTTCCTTGAGAAACAATGACAAAGCTACCAGAGAGGCCCTAAACCAGAAGCCTGCATAACTTTCAATCTGgaagagtggtgtgtgtgtgtgtgtgtatgtgtgtgtgttggttctaTTATCCTTGTGGGGACAGAAAAATCTCATTTACACAAGTAGTCAAACTCCTAAGTCAATAAATACTTTGTGGAAGCTCTTTTTGCATTGATTGCAGCTGTGAGTCtgtctgggtacgtctctaagtcaatactttgtggaAGCTCCTTTGGCATTGAATAGAGCTGTGAATCtgtctgggtacgtctctaagagatTTCCACATCTGGATTGTTCAACATTTcctcattattcttttcaaaattcttcaagctctaccAAATTGGCTGTTGATCATAGCTAGAGAACCATTTTcagatcttgccatagattgACTGTCTTCTTGGCAActctagtgtagatttggccatgggttattgtccagttgaaaggtgaattcatctcccagcgTCTAGTGTATTGGATTTACATAaaaaataacactttgtattcaggacaaaaactgAATTACTTTGCCATGTTTTTTTGCAGTACTACAATAGTGCCTTGTTTCAAACATGATgcttgttttggaatatttttattctgtacaggcttccttttcactcagtcaattattattaatttacctttatttaactagacaggtCAGtgatgaacaaattcttatttacaatgacagtctaccggggaacagtgggttaactgccttgtccaggtgcagaacaacaggtttttaccttgtcagctcggggattcgatccaggaACCTATTGGTTAATGgcacaacactctaaccactaggctacctgccgccccaccaaACTAGTCaaggttagtgttgtggagtaactacaatgtgtttgatccatcctcagtgttctcctatcacagccattaaactctgtaactgttttaaagtcaccattggcctcatggtgaaattcatGAGCGGCTTCCTTCCTGTctgacaactgagttaggaaggacacctgtatctttgtagtgactggatgtattgatacaccacccaaagtcAAGTTAGTAACTCCACCAAGCTCAAAGGactattcaatgtctgctttttgttttacccatctaccaataggttccctttaCAAGGcatttggaaaacctccctggtctttgtgcttgaatctgtgtttgaaattccctgctcgtccgagagaccttacagataattgtatgtgtggggtacagagaggaggtagtcattaaaaaatcatgttaaaacactattattgcacacagagtgagtccatgcaatttattatgtgatttgttaagcaaatgtttactcatgaacttatttagacttgtcataacaaaggggttgaacacttttttactcaagacatttaagatttttatttttttcattatttgtaaaacctttgaaaaacctaattccactttgacattatgggctattgtgtgtggACCAGTGACCCAAACATCTCAGCTGAATCTATTTtcaattcaggctttaacacaacaaaatgtgaacaaagtcaaggggtgtgaatactttctgaaggcactgtgtcaTGTGATGTGTTGTATTATTCTGTAAAACTCACAAGCAGTGATTTACCACTAAGATTGGTTTGTATAATTGATGTAATATTCTAAATGGGAATTTTGTTATGAATATCGTTATTGATTTATGTACAAATACACTTTTGGAAATAACCAGTCGTTATAATGATACTTCTATCATATAGAGCTTGTTGTCTTGTATTTAATTATTATCTACACCAATCATGTATATTTCAGACATCACAGTACCTACCGTAGCtcgcaggttgacatttatttgGACTCATGTAtgtggaggcagctctgcagagtggtcactagctggcacaacAACAAAGTCATAAAACCGAACCATAACTTTAACCCTAGATAGCATTATTCAGATCAACATTTTTACATCTacagtgttaaatgtaacactgAAAGTGTATATGTGACCCATCAGAATAGTGTTACTAAACTAACACTTTTCAAAGTGTTGACAAACTAACACTCCTAGAGCGTTGGTTCCCTAACACCATGGGTTATTCAGACTTTAAAACTATTAGAGATGATGCTGCTACACTTTTTAGGTTAGTTCCATAACACAGTATTTTGGGGAGAGTGTTGTTTTTAACTCAAATACTTAGTAAGTTCAATGAAAAGTAATTATTACTTAAACGGACTCCAAACTAAATGAGAAGTCAAATCAACAACATTATGCATGCTCTACTGCATGTCCATTTTTGTGAATTGTTTCTAAAATCTGTGTTTTTGCCAGAACATCAAGTGATTTATTGATTAATCTTATGCTGCACAAAGATCAATAAAACATGTCTAAACTAATCATTTAGTTTTTTTGCACCCTTACTGAAATGGCTGTAATtcctgccaaagatgcttcaacaaagtactgagtaaagggtctgaa
>XR_002468805.2
agagagagagagagagagagagagagagagagagaacgtgttgCATGCCTTCTCAACAGTCTTCAGGTAGGGTAGAGATTGTCTCCACCGAATCTCTTCTCTCACAGTTATTTTCTGGGACACTGCACAATACAACTTTATTTGACGGCAGGACATTCAGAGGCTGTAAGCTTGACACATGGCAAAATGCTTCTGCTGTTTCTGAGTCTCGGTTTGCTCACTTCTAATGTCCAGTCAGAAAAACAAGGGGTTGATGTAACGTGTGAAAATCAATCGGTTGTAGCAGGACAGAACCACAACCTGACATGTAGAGTGGAATACAGTGATGCATATCAGAATAAGAAGGGTGATGTAGGTAACAGTGAGATGGGATGTAAAACTGAACAGTATTTCTGGAAGGATAAATCAAAAACTCCAATACGAAATTGTGATTGTACAAAAGATTGTAACACTACGATAACAACCAACACCTACTTTTGTGAGATCAAAAATGTTACCAACGCTGATGAGGGAAACTACACTTTTACCATTAACACAGACTGTGGCAACGGACATGGCACATTGACTGTTTCATGTAAGTTACATTGAGAAATGAAAAACAAGCGTTTCTGGGATCGTCAGGTCACCTATCGTCAGTATCATCACTGTTCTGGGTGTTCTACTGTTTCTCATCTTAAGACTTAATAGTTCCTTGAGAAACAATGACAAAGCTACCAGAGAGGCCCTAAACCAGAAGCCTGCATAACTTTCAATCTGgaagagtggtgtgtgtgtgtgtgtgtatgtgtgtgtgttggttctaTTATCCTTGTGGGGACAGAAAAATCTCATTTACACAAGTAGTCAAACTCCTAAGTCAATAAATACTTTGTGGAAGCTCTTTTTGCATTGATTGCAGCTGTGAGTCtgtctgggtacgtctctaagtcaatactttgtggaAGCTCCTTTGGCATTGAATAGAGCTGTGAATCtgtctgggtacgtctctaagagatTTCCACATCTGGATTGTTCAACATTTcctcattattcttttcaaaattcttcaagctctaccAAATTGGCTGTTGATCATAGCTAGAGAACCATTTTcagatcttgccatagattgACTGTCTTCTTGGCAActctagtgtagatttggccatgggttattgtccagttgaaaggtgaattcatctcccagcgTCTAGTGTATTGGATTTACATAaaaaataacactttgtattcaggacaaaaactgAATTACTTTGCCATGTTTTTTTGCAGTACTACAATAGTGCCTTGTTTCAAACATGATgcttgttttggaatatttttattctgtacaggcttccttttcactcagtcaattattattaatttacctttatttaactagacaggtCAGtgatgaacaaattcttatttacaatgacagtctaccggggaacagtgggttaactgccttgtccaggtgcagaacaacaggtttttaccttgtcagctcggggattcgatccaggaACCTATTGGTTAATGgcacaacactctaaccactaggctacctgccgccccaccaaACTAGTCaaggttagtgttgtggagtaactacaatgtgtttgatccatcctcagtgttctcctatcacagccattaaactctgtaactgttttaaagtcaccattggcctcatggtgaaattcatGAGCGGCTTCCTTCCTGTctgacaactgagttaggaaggacacctgtatctttgtagtgactggatgtattgatacaccacccaaagtcAAGTTAGTAACTCCACCAAGCTCAAAGGactattcaatgtctgctttttgttttacccatctaccaataggttccctttaCAAGGcatttggaaaacctccctggtctttgtgcttgaatctgtgtttgaaattccctgctcgtccgagagaccttacagataattgtatgtgtggggtacagagaggaggtagtcattaaaaaatcatgttaaaacactattattgcacacagagtgagtccatgcaatttattatgtgatttgttaagcaaatgtttactcatgaacttatttagacttgtcataacaaaggggttgaacacttttttactcaagacatttaagatttttatttttttcattatttgtaaaacctttgaaaaacctaattccactttgacattatgggctattgtgtgtggACCAGTGACCCAAACATCTCAGCTGAATCTATTTtcaattcaggctttaacacaacaaaatgtgaacaaagtcaaggggtgtgaatactttctgaaggcactgtgtcaTGTGATGTGTTGTATTATTCTGTAAAACTCACAAGCAGTGATTTACCACTAAGATTGGTTTGTATAATTGATGTAATATTCTAAATGGGAATTTTGTTATGAATATCGTTATTGATTTATGTACAAATACACTTTTGGAAATAACCAGTCGTTATAATGATACTTCTATCATATAGAGCTTGTTGTCTTGTATTTAATTATTATCTACACCAATCATGTATATTTCAGACATCACAGTACCTACCGTAGCtcgcaggttgacatttatttgGACTCATGTAtgtggaggcagctctgcagagtggtcactagctggcacaacAACAAAGTCATAAAACCGAACCATAACTTTAACCCTAGATAGCATTATTCAGATCAACATTTTTACATCTacagtgttaaatgtaacactgAAAGTGTATATGTGACCCATCAGAATAGTGTTACTAAACTAACACTTTTCAAAGTGTTGACAAACTAACACTCCTAGAGCGTTGGTTCCCTAACACCATGGGTTATTCAGACTTTAAAACTATTAGAGATGATGCTGCTACACTTTTTAGGTTAGTTCCATAACACAGTATTTTGGGGAGAGTGTTGTTTTTAACTCAAATACTTAGTAAGTTCAATGAAAAGTAATTATTACTTAAACGGACTCCAAACTAAATGAGAAGTCAAATCAACAACATTATGCATGCTCTACTGCATGTCCATTTTTGTGAATTGTTTCTAAAATCTGTGTTTTTGCCAGAACATCAAGTGATTTATTGATTAATCTTATGCTGCACAAAGATCAATAAAACATGTCTAAACTAATCATTTAGTTTTTTTGCACCCTTACTGAAATGGCTGTAATtcctgccaaagatgcttcaacaaagtactgagtaaagggtctgaat

Function

NR:

description
unnamed protein product

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XR_002468804.2 False 3200 mRNA 0.38 4 9163483 9171478
XR_002468805.2 True 3212 mRNA 0.38 4 9163483 9171479

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110491321 mrpl38 coding upstream 19811 9084767 ~ 9143672 (+)
LOC110491320 LOC106578876 coding upstream 32090 9124217 ~ 9131393 (+)
LOC110492817 LOC106578874 coding upstream 55276 9091144 ~ 9108207 (+)
LOC110492816 LOC106578871 coding upstream 108935 9023761 ~ 9054548 (+)
LOC110492815 LOC106578870 coding upstream 154697 8978243 ~ 9008786 (+)
LOC110491327 LOC106578881 coding downstream 62546 9234025 ~ 9237375 (+)
LOC118939487 ogfod3 coding downstream 67502 9238981 ~ 9255876 (+)
galk1 galk1 coding downstream 1055739 10227218 ~ 10237422 (+)
llgl2 LOC106578897 coding downstream 1066075 10237554 ~ 10270791 (+)
myo15b LOC106578894 coding downstream 1118374 10289853 ~ 10320827 (+)
G1338556 NA non-coding upstream 16974 9146272 ~ 9146509 (+)
G1338551 NA non-coding upstream 37075 9126044 ~ 9126408 (+)
G1338540 NA non-coding upstream 78753 9084418 ~ 9084730 (+)
G1338348 NA non-coding upstream 148856 9014338 ~ 9014627 (+)
G1338569 NA non-coding downstream 2331 9173810 ~ 9173996 (+)
G1338578 NA non-coding downstream 36348 9207827 ~ 9208112 (+)
G1338579 NA non-coding downstream 36920 9208399 ~ 9208740 (+)
G1338597 NA non-coding downstream 59835 9231314 ~ 9231824 (+)
G1338736 NA non-coding downstream 140843 9312322 ~ 9312624 (+)
G1338523 NA other upstream 100337 9060652 ~ 9063146 (+)
G1337942 NA other upstream 524312 8637166 ~ 8639171 (+)
G1337438 NA other upstream 956110 8206833 ~ 8207373 (+)
G1338571 NA other downstream 6568 9178047 ~ 9183173 (+)
G1339018 NA other downstream 454460 9625939 ~ 9626400 (+)
G1339045 NA other downstream 530496 9701975 ~ 9702380 (+)
G1339525 NA other downstream 888399 10059878 ~ 10060130 (+)
G1341172 NA other downstream 2610249 11781728 ~ 11782891 (+)

Expression


Co-expression Network