XLOC_032315


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_032315
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007117.7
NCBI id CM002890.2
chromosome length 60270059
location 46770695 ~ 46975247 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00064951
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>TCONS_00064952
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>TCONS_00064954
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>TCONS_00064955
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>TCONS_00064683
GCCACCATCAGCCTGTCTTAGCAGAACAAAGAATGTGATGGTTGACGTTCCACCCACAAGATGGTGTCAGAGACTGCGTAATAAGTCCTTGAAGGGAGAAAATCTCAGCGTTTTCTCAACGTTAGTTTCAAACTATAGCTGAACaaattataaatcagGCCTATGGACGAACACAGATTCACTCACAGAAACACAAGACAGGGGAGAAGACGGGGAGGTTAAACcaataaaacataattattcaATCCACCAAGGGGTTGAATGTGAGATTACAATAGACAAGACTAAAGAAAAAGCAGACAAACTGGGAGGGAAATGAGACGTGTTTCACACCGCATACATTAGCAGCAGCTTTTTCTGCGTCTTCTTTTTCTGAAACAGTTCTCACACTGCTGTCTAGCTCAAGCTGTTGGTTTCTGCACAAAGCTTTTAACCCATCAGattaaattgtgaaaatataATTGACCACTTctgttttaaaattgcatttttgaGGCAGCATACTTACACGAACTAACTCACACCCTGATTGTTAAACATgacatgcatttattaaatttgaaCTAAAAGTTAAACATTTGCATGCCAGGCAGTAGTTGGCGATGTTACTTCAGTATGGAgtgtttacatttatgcattttttacTCGAGCATGTGCTTTACGCTTATTTGGTGCTGGTCTTTTAACTGTTCTCAACGTGGATAAAATTTATGGCACCCTTAATTGTGTAATTTTCTGCCCTTTGATATCCGGATTGGACAATCCAGAGTGTTTTGAAATCGTCACTTGAAAATGACTTTTGACTTTTTTAgggtagtttttttatttaatttatttttatttttaataatgtgatttca
>TCONS_00064956
CCGAGGTCTCGGATCGAAGCAACACATGTTTAAGgtcatcgtggtcaactcctctctgtgtctcaaatccactgacgtacatgacgagctaactggacaaatgTAACAGAGGGAAAGCCATCCaaatggagTGTTCGGTCAGCCAGCTGGAGGATTTCTGATGAACTGCCAGCTGTCAAGATGTCATTCTACACTGACCGCCTTCAAGGTCAACATCAGTGATGTTCTCCACCTGATCCACACAAACTATAAGAGTGGCTGGACAACTGATGAGAAGCTCCACGACACAATCTTTAAAATTTTAACATGTTGCTTTCTATGAGTGCTCACACACTGGCAAGGCCACTCAGGATCTGTCTGCATCACCCAGGTACCACTCGTACTGTTTTACTGCAGGTCTTCAAACGCAATATTTGCCTGGTGTGTTGACTTATCTTGAAAAAGTGAGTAACTCTAACTTGTAATTGTAACATTGACttaatttttagtttgtttaaataacactttttagtcctgtgaagtgctttaaatagtaaaaacaaaaaaacaaaaaactaaacaaaaacaaagccaacagtgttttgttttatcaccactCTGCCAGTGAGCGTAGTTAAACTTAAGTTCATCAAATGTggcatcttgaagggggcagggcatgtcagatactagagagcatttgattggttatgattttgTCATCTAGTTGATTTAAAAGCAACCAGATTACTCACCTTTTTTAAGTAACATCAACTAATTGATTTAAAAGCAACATGCATactcacttctttttttttgtcacccACCAGATTACTCACCTTTTTCAAGTAATGCCAGCTAATCGCTTTAAGGcgagtttacttacttttttaagtctactaatagctttaaaagcaacttgtttacttttttaaacataaagTCCACAGATTGTTTTGAATGCAACCAGTTTACTCACTTTGTAAAGTCAGCTAatcgttttttacagtgtgtatacattcaatcattttctttttggcttagttccttcatTAAcaaggagtcgccacagcggaatgtaccagcaacttatccagcatatgttttacgcagcagatgcgccttcagctgcaacccaacactgggaaacactcttgcattcacacacatacactacggcaaatttaacttattcaatttacctatatcgcatgtctttggactgtgggagaaaccggaggaaacccacgcaaacacggtgagaacatgcaaactccacacagaaatgccaactggcccagccagcgCTCAAACCTGCGACcatcttgatgtgaggcgatcgtACTAGccattgcgccaccgtgatgctagtgtatacaatattttattataagattTAGATTTACATTCATGTAAAAATCTGTCAACACGCatgtttgaaac

Function

GO:

id name namespace
GO:1903146 regulation of autophagy of mitochondrion biological_process
GO:0005777 peroxisome cellular_component
GO:0042579 microbody cellular_component

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00064951 False 665 lncRNA 0.47 5 46770695 46863211
TCONS_00064952 False 1570 lncRNA 0.40 5 46770695 46921102
TCONS_00064953 False 608 lncRNA 0.47 4 46770703 46849362
TCONS_00064954 False 526 lncRNA 0.47 5 46770703 46866582
TCONS_00064955 False 1158 lncRNA 0.43 6 46770714 46938032
TCONS_00064683 False 860 lncRNA 0.37 2 46847694 46920844
TCONS_00064956 True 1422 lncRNA 0.40 3 46937298 46975247

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_032314 CU639408.1 coding upstream 21071 46749506 ~ 46749624 (+)
XLOC_032313 tespa1 coding upstream 47802 46697710 ~ 46722893 (+)
XLOC_032312 oxtrl coding upstream 83616 46668717 ~ 46687079 (+)
XLOC_032311 si:dkey-7k24.5 coding upstream 276611 46481024 ~ 46494084 (+)
XLOC_032310 stau1 coding upstream 315872 46431848 ~ 46454823 (+)
XLOC_032317 NA coding downstream 4870 46980117 ~ 46981872 (+)
XLOC_032318 CABZ01055225.1 coding downstream 302892 47278139 ~ 47278257 (+)
XLOC_032319 si:ch211-286o17.1 coding downstream 449019 47424266 ~ 47462413 (+)
XLOC_032320 NA coding downstream 490521 47465768 ~ 47475780 (+)
XLOC_032321 padi2 coding downstream 868513 47843760 ~ 47865858 (+)
XLOC_032306 NA non-coding upstream 450167 46309736 ~ 46320528 (+)
XLOC_032304 BX663614.1 non-coding upstream 744732 46025846 ~ 46025963 (+)
XLOC_032300 LO018004.1 non-coding upstream 1165299 45605280 ~ 45605396 (+)
XLOC_032298 CABZ01009812.1 non-coding upstream 1415170 45355409 ~ 45355525 (+)
XLOC_032322 CU694362.1 non-coding downstream 999632 47974879 ~ 47975014 (+)
XLOC_032324 NA non-coding downstream 1089629 48064876 ~ 48066888 (+)

Expression


Co-expression Network