XLOC_003241


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_003241
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007122.7
NCBI id CM002895.2
chromosome length 45484837
location 10669135 ~ 10673008 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00008552
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>TCONS_00008553
ATTTGTAGTCACATTTATTCTGATGAAAAATTCTCACAGTTGTAGCATACATGTTCatctgaatgaataatttaataaacaacagAGGCTTCTTTAGGaagtaatgctttttttttttttttacagtgaaatcaACAGAATACTTTATTCTGTCGACATGTGCATGACGTAAATGTGCGTGTCGTGGTCTCATCAACCATATTCCCAAAATGGCAAAACACTGTAATAACACTGACAGTAACATGAAAACATTCATCTCCCCATTCTATACATATTTAAATCTATCCACAAGTTGAGTTATTTAAGATTATACACACAGACAAAAATACAGAATCACATGTACATGTGTCGATGATCACAGACCGTTTCTGGTTAGTACATGTTATAATGCCCCTCTTATGGCAATGAATATTATTGCATTTCTTGTATGGTTTTTGTATTCTCGGCAGTAATAGTTTAATTCGTTCGTCAGAGCGATGAGGTCTCTTTACGGCTTTTAAATGAGTCTTGAAGAGGAAACAGATGCCCTGTCACTCAGAAACATTGTCaaatacacttttattatatgcaacattttaacaaaatatatgtTTACTATTATTTGCATGGTCGAGTGCTACACAGAATGAGATAAAGCTTtgtgttcaaaaataaaaaaattaaaaacaacaaccacaacagcaagaaaaaaataataatcaagtaAATTTATGAACATGGGTGTGTTTCATATCAAGAGGTTCAAGAAAATTTAGATTAAAACAAGTACAAGTTTGTGTTTGTAGGGAAAAACTATAAAATTCCCCAAACTgttcataaaagtattttttacaaatattggTCACTGTTCGTAAGTAGTAAATGGTAACATCGAGTAATGTATGAAGTGATGTAACCGACGTTTTCAcgcagacatttttaaaagctgaTAGAACTATGTTTCTACGGAGAtccggaagggacgtgatggtggggaaaaaaacTGGGTTGGAGAAAAAAacgagtggaagaaaaaaaatagtgttaggaaaatatatatatttttaagtatttgcGTTCCCTCATTAAGATgttttgcgagggaatgcaaagatgttttgtgagggaatgcaaagatgttttgtgagggaatgcaaagatgacattttcACGCAGTCATTTTAAAAAGCTGATAGAACTATGTCTTACGAAGAACCAAAAGGGACGTGatagtgggggggggggggaaactgggttgaagaaaaaaaaatatgatgtttTGTGAGGGAATTCAAAGATGTTTTGTGAGGGAatgcaaagatgttttgtgagggaatgcaaagatgttttgtgagggaatgcaaagatgttttgtgagggaatgcaaagatgttttgtgagggaaggcaaagatgttttgtgagggaatgcaaagatgttttgtgaggGAAGGCAAAGATTTTTGTGAGGgaatgcaaagatgttttgtgagggaaggcaaagatgttttgtgagggaatgcaaagatgttttgtgaggGAAGGCAAAGATTTTTGTGAGGgaatgcaaagatgttttgtgaggGATTGCAAAGAAGTTTTAGCGTTCCCTCACAAAAAAttgttgtttgctgttttttcataaacacttcctgttcacttcatacatgtcaacctTTCCATTTTTgccaggattctcctgtattttaccattctttcctgttatcatcctatcattaagtactttcccatatttctcccatatttttaatcttgaaagcatactggaattaatataaaaatgtctcaCTTTCTCCCTaaaaagctgtgcgtcgatcatTGCTCTTCATATGCAACCCCTGAATCAGCGAATGTATGTATAAGCACTcaagatcagcttctgtacacgccgTTTAAAGCAACACCTCTGCTATCAaacaagtgaagagcagcaaataaatctctcgttttgttttgtttaataacagaggtgtcactgtaagaatgctcagatctataatgaaagcattcgaacACTTTAGTAACTATTTGTgctcatttaaaagaaaattagttgtgttcaAAATAAAACGCGCAAGacagacatgtttacatattattaagagTGTTTATCTGTTTAAACACGTATCCAAATCCCAAAGTGTCCTGCACTTTCGCTCCTCTTTAAATGGacatgtacagaagctgatctgggatcagtttatcataagAAGCGCATCTATCAGTCAGCGCTAATACTGTACATGCATTCGCAGATTCAAGGGGTTGCATATGAAGTGGGATGGTCGATGCACAGCATTATTGTAAAGAAGGTGAATGGagacatttttaatattaatgtttaatattacatgttttaatattaatgtaatatgaGAAATATGGAAAAttacttaatgataggatgataaTGGAATAGAATGGTACAACATTGGAGAATCCTGGCAAAATGGGTGtgttgacatgtatgaagtgaacaggaagtgtggCAGAAGagttttgcgagggaatgcaaaacatctttgcgagataaatCTTTTTgagggaatgtttttttttcctcacacccacttttttttctcccacccagttTTTTCCCCCACCATCACATCCCTTCCCAGGCTCTGTACATTTTGCATCTTCTATCAGAAATTGCTTCACGTTAATACAATATTTTAACTATGTGAATGAATATCAATCatttatgtgtaataaaaaaaatgaattgtatATTAAAAACACGTACAGGCTATAAGACGAGAGATTTCAATAGGATCTACagtcaaaaaaattataaaacatacaaaatacgGTCTACCTGGCTGAAAACAAAAGTAACCTTATTTTATTTACCTACAGGTGAAACTACAATTGGACCGTTAGACTGGAAAACGCAACCCAACAATCGTCCTTGTGGGTGGCAGATTCAATCATACAAATTCAGTCGCACTCATCTCCACACACGCGCTcaaacatatataaaaacatgtaaatataacATGTAAATACAACAAGTGCCTGGGCACAGACTGGCACACACAGACCTACAGAACAGAAGCATAAAGTAGTGCTTGTAGTGTGGCACGATACAGAGAGTTTCCAAATACATCAACTCACAAACTCGTCTCTCTATCCAAATCGTTCTCTTTGTCTTCATCGCTTCGCTCTTGTCCAGTGGCACCCATAACTGTTGAGCTGCACAACAATACACAAAGATTCACATCATCACAGTTTATAAGTCAGCCAGTAAACAGTGAGGTCAATATGTTGTACTTGGAGTAAAAGAAAAAGATTCATGCGAGTTAAAtgttaatgcttaaaaattaaagCAAGATTATTGGGATTCAAAAgtgtagatttgctcttgacattagTGAAGACATAAATCCCTAGAGTGCATGCATTGCGTAAATCCtttttgcacttttaaaaacaagaataaa

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00008552 False 3782 lncRNA 0.35 2 10669135 10673008
TCONS_00008553 True 3442 lncRNA 0.35 2 10669452 10673008

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_003240 b3gnt5a coding upstream 118758 10541258 ~ 10550377 (+)
XLOC_003239 CT990625.1 coding upstream 131732 10535456 ~ 10537403 (+)
XLOC_003238 BX005472.1 coding upstream 770505 9898513 ~ 9898630 (+)
XLOC_003237 NA coding upstream 1066065 9601745 ~ 9603070 (+)
XLOC_003236 CABZ01079837.1 coding upstream 1147062 9511533 ~ 9522073 (+)
XLOC_003242 rbms1a coding downstream 236175 10909183 ~ 10960394 (+)
XLOC_003243 itgb6 coding downstream 302004 10975012 ~ 11020857 (+)
XLOC_003244 pla2r1 coding downstream 348388 11021396 ~ 11109963 (+)
XLOC_003245 ly75 coding downstream 447524 11120532 ~ 11193205 (+)
XLOC_003246 CR847973.1 coding downstream 502806 11175814 ~ 11181077 (+)
XLOC_003250 BX324177.11 misc downstream 672795 11345803 ~ 11346099 (+)
XLOC_003255 BX324177.14 misc downstream 699878 11372886 ~ 11373182 (+)
XLOC_003257 BX324177.13 misc downstream 713354 11386362 ~ 11386658 (+)
XLOC_003260 BX324177.2 misc downstream 745025 11418033 ~ 11418323 (+)
XLOC_003262 BX324177.15 misc downstream 756385 11429393 ~ 11429689 (+)
XLOC_003235 NA non-coding upstream 1991415 8675969 ~ 8677720 (+)
XLOC_003252 BX324177.5 non-coding downstream 680451 11353459 ~ 11380887 (+)
XLOC_003253 NA non-coding downstream 686413 11359421 ~ 11359715 (+)
XLOC_003268 NA non-coding downstream 831006 11504014 ~ 11513985 (+)
XLOC_003269 CR556712.1 non-coding downstream 915070 11588078 ~ 11590676 (+)
XLOC_003271 CR848705.1 non-coding downstream 1119400 11792408 ~ 11796299 (+)

Expression


Co-expression Network