LOC118939552


Basic Information

Item Value
gene id LOC118939552
gene name NA
gene type misc
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048580.1
NCBI id CM023234.2
chromosome length 78541548
location 48208293 ~ 48212220 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XR_005036537.1
TCTTCCATCTGGGCTACAGTTGCTTGATTGACTAGCTGACCTTGACTAGCTACGTTCGGTCAATGTCCTTTGCAAATGCCTTATTACTGACAAATGTTAATGTGTTAACGTGTAAATGTTAATTCATAGTAGTAACAGATATAATTTAACGTTTACGTTTAATGTTTCATGCATGGATTTTCTTACAATCCTAACGATACGTACGTTCAACCTTTTGGCAGCTATCTCGCTCCATATCTTTGGGACATCCCTAAACCCTATCTAACCTTAATAATTTTAACTTCAGTGGGGGTCGGGATGTTCAGGGATTCTGGATAGCACGGACATTTTGATTACACAAAGAGGTAGTTTCACCAGCCCAAATTAATTTAACTTTTTAGGATTATGATCATTTGATTTATTGTACATGGGTTAGTAGCTCTGGACTCTCTCACTAAATATATTTAACATGTGGCAATTTGTAGTCGACTGAAAAAAAAGTAGTTGACACCTACCTAAGCACAATAAGATGATCAGTACCACGGGgcagaaggtagcctagtggttagtgttgggcgaGTAATCGCAATGCAGCtgtatcgaatccccgagctgacaaggtaaaacatctgtcgttctgcccctgagcaagccAGGCTGGTGGGCAAGCCAGGCTGATGAGCAAGCCAGGCTGATGAGCAAGCCAGGCTGATGAGGATGAGCAAGCCAGGCTGGTGGGCAAGCCAGGCTGGTGAGGATGAGCAAGCCGGGCTGTCATTgtaatacgaatttgttcttaaactgactggTCTAATTACATTTAAAACAAATACCTTGGCGCCCCCTGACAACGGCGAGTCGAGAACATTTCTGGTTGCGACATATCGACGTCTGCAACCAAGAATAGCATTTGCCAAACACACCAGCGTGTTTTCTTTCTTTTCTGAAGTCATGGCGGGATCTTTAAACGCTAGAAGAGGACCATGGAAAAATATATTTCCTCAGGGAGAGATCTATGCCCTCCCAAGGGATGCAACACATTTTGCCTGATGTGGACCATAAGTGAGCATTGTTCAGGTGGTCGGGGAATGGGATTCCAGAGATGGACTTTGCCAGGGTTGACAAAATGTAGTGGGACCACCCTCCACCACCATCTGCAGCtcagtagagatggagagGGGAGCTGATAGGTTTGGAGTACCTCCTCGATCAGACTGGTTTGGTGCTGCAGGATCACAAGGCTGCCATTGAGGAACTAGAGACAGGTGATCCTGATGTCCAAGGGGAGGATGATGAGGGCTTTGTGGAGCTTGTGGAATTTCAGGGCCTGACAGTTCCAGTGGTGGAGACAGCCCTGCCTCTTGTTGGCACCTTTCGTCCTACTCCCACTCCCTCTACCAGCATCCAGTCCACAGCTGCATCAGTCagtcccctgtcctccactcctgTACGGGCTACTCCACCACCTGGGCCTCTGTCCTCCACACTTGTGCTCGTCAGTCCCCTGTTCCTGTTTGGCCTAACATTACTCCTTAGTCCATGGACCATAAATGTTCTTTTTAAAGTGTGATTTGGCTCTGGCAGTCAAAACAGCCAAATACCCCATCTAAAGGATTGAgatagtgaaatgttttgttgtttcggctctgtactccagcactttggatttgcaATGATACAAAGTGCatactgtcagctttaatttgagggtattttcatccatattacagcactttttattacagtactttttgtacatagtccccccatttaaGTGGAACCAAAAATATTGGGATAAATTCACtaatgtgtattaaagtagtcaaaagtttagcatttagtcccatattcctagcacgcaatgattacataaagcttgtgactctacaaacagTTGctctttgttttggttgtgtttcagattattttgtgcccaatagaaatgactggtaaataatgtattgtgtcattttaaagtcacttattgtaaataagaatagaatatgtttctaaacacttctacattaatgtggatgctaccaggaCTACGGATAGCCTGATGAATTgtgatgaatgagaaagttagacgcacaaatatcatacccccaagacatgctgtATGACAAGGGCTATGTTGAGAGgtagcttgcaagtaagcatttcattgcacTGTTTACACTGCACTGTATTCTGTAATTATGTATTAttaatacaattggatttgatttgatttttgacaGTAAGGATGCTTTCCAATTCAACAGACATAGTTCTAAAAGAAAGTACACCAGGGCTATACAGTATCTCTGGACAAATTTGGCCAGGAGGGCTGTACTGCTCAGAGTTGGCAACCCAgcaacaaggcacacttgttggATCAACATGAGATGCAGTTCAGCCTTTAGAGGAAGCAGACCTTCAAGTAGGTTGTTGAAAATGCTCTGTAGTATGCTGGGTATTTGGTGGCATTGATGAAGAGTGATGCAAAAAAACATGCTGCCAATCAGATGACTTTGTAGGAGTCCCAGCATCCATTCCACACCTCTAACCGCATCAGTTCTCTGCTCCTGTACGGACTACTCCACCACCAGCTGGTTCTCTGTCTGTGACCTTAACACCAGTGCCctcctgggcctctgtttatGATTTCCACATCTGTGCCCGGCTGGACCTCTGTTCATGCTCTCCACACCTGTGCCCGGCTGGGCCTCTGTCCATGCCCTTGATACCCGTGCCTGACACCTGTGCCctcctgggcctctgtttatGATTTCCACATCTGTGCCCGGCTGGGCCTCTGTTCATGATCTCCACATCTGTGCCCAGTTGGGCCTCTGTCTGTGCCCGACACCTATGCTCCTCTGCTCCTTACGGGCTAAGCATTCTGATGGAGCCAGCGATCAGGCGCTCTCCATTTTCAGTTAATTAtatataattgtaattatttgtgtTCAATTGTTTGTCCCTCTGGTGTCTAAAGTATCCTCCCCTTAAATCACTAAGGGCACAAAAGCCCTTAGCTGAATTATCTAATTGCATTTTGATCAATTAATGTCAGTCTTTGAATGCTCCATTGTATAAACTATTTAATTTT
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>TU1579523
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Function

NR:

description
uncharacterized protein LOC109879133

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XR_005036537.1 False 3073 mRNA 0.44 3 48208293 48212214
XR_005036536.1 False 3216 mRNA 0.44 3 48208293 48212220
TU1579523 True 486 lncRNA 0.47 1 48209611 48210096

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110491083 fam19a4 coding downstream 11596 48184977 ~ 48196697 (-)
LOC110492156 LOC106567270 coding downstream 114353 48089427 ~ 48093940 (-)
LOC118939551 LOC106567269 coding downstream 120704 48076504 ~ 48087589 (-)
LOC118939550 LOC106567268 coding downstream 133320 48042033 ~ 48074973 (-)
LOC118939549 LOC106567267 coding downstream 172233 48031902 ~ 48036060 (-)
LOC110492159 uba3 coding upstream 8538 48220758 ~ 48230211 (-)
LOC110492161 lmod3 coding upstream 22770 48232398 ~ 48241496 (-)
LOC110492160 frmd4b coding upstream 29838 48242058 ~ 48272289 (-)
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LOC110492167 NA coding upstream 130912 48343132 ~ 48347885 (-)
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G1382721 NA other downstream 262071 47943379 ~ 47946222 (-)
LOC110492148 LOC106567259 other downstream 759428 47409235 ~ 47908274 (-)
LOC110492137 LOC106567248 other downstream 1118763 47081938 ~ 47089563 (-)
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LOC110491077 LOC106567232 other downstream 1446827 46724969 ~ 46761466 (-)
G1382894 mitf other upstream 69993 48282213 ~ 48312958 (-)
LOC110492187 LOC106936674 other upstream 972088 49179653 ~ 49196706 (-)
LOC110491086 LOC106566907 other upstream 1390898 49576512 ~ 49719539 (-)
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Expression


Co-expression Network