LOC110492164 (mitf)


Basic Information

Item Value
gene id LOC110492164
gene name mitf
gene type misc
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048580.1
NCBI id CM023234.2
chromosome length 78541548
location 48282132 ~ 48331926 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XM_021566224.2
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>TU1578405
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Function

symbol description
mitf Enables DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific and E-box binding activity. Involved in several processes, including negative regulation of cell migration; positive regulation of gene expression; and regulation of transcription, DNA-templated. Located in cytoplasm and nucleus. Part of protein-containing complex. Implicated in Tietz syndrome; Tietze's syndrome; Waardenburg syndrome type 2A; Waardenburg's syndrome; and familial melanoma. Biomarker of melanoma.

NR:

description
PREDICTED: microphthalmia-associated transcription factor isoform X4

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
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XM_021566222.2 False 4979 mRNA 0.44 10 48282135 48331926
XM_021566221.2 False 4979 mRNA 0.44 10 48282138 48331926
TU1578405 True 358 TUCP 0.49 2 48282210 48312816

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110492162 LOC106567276 coding upstream 46614 48231344 ~ 48235518 (+)
LOC110492157 fam19a1 coding upstream 110244 48145652 ~ 48171888 (+)
LOC110491082 LOC106572406 coding upstream 168620 48101686 ~ 48113512 (+)
LOC118939547 LOC106567266 coding upstream 255363 48010169 ~ 48026769 (+)
LOC110492154 LOC106567264 coding upstream 272094 48006228 ~ 48010038 (+)
LOC110492169 LOC106567283 coding downstream 51616 48383542 ~ 48393271 (+)
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oard1 LOC106567351 coding downstream 71353 48403279 ~ 48405646 (+)
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LOC110492179 NA coding downstream 692075 49024001 ~ 49034167 (+)
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G1381963 NA non-coding downstream 193127 48525053 ~ 48526802 (+)
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tuba5 LOC106572477 other upstream 2089403 46185921 ~ 46193971 (+)
G1379272 NA other upstream 2574683 45705739 ~ 45707449 (+)
LOC110492182 LOC106566913 other downstream 913656 49202107 ~ 49258042 (+)
LOC110492210 LOC106566890 other downstream 2158372 50490237 ~ 50796195 (+)
G1384247 NA other downstream 2240766 50572692 ~ 50573050 (+)
nphp4 nphp4 other downstream 2949477 51118978 ~ 51310839 (+)
G1381849 NA non-coding downstream 469 48313285 ~ 48313498 (+)

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