LOC118939588


Basic Information

Item Value
gene id LOC118939588
gene name NA
gene type coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048580.1
NCBI id CM023234.2
chromosome length 78541548
location 72766542 ~ 72769227 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XM_036947741.1
agTCATGAGCATGAACCTTGTAGACTGACTCATATGTCTATTTAATAATAGGAGTAGACTAGCGTGAGTCTTCTGTAGACTTTAGTACATACAGAACGTACATACGGTAGCtatacacatagaaatagaatgactttATATTACTTCCTGGCATGGGTACATTCATTTTGGCCACCGGGCCACCCATCACAGAACTGACTTGGATGGGAATGTCTGTTCtaataattatatttctatgcatatacccctccaccacccacagacagacagacaggccagagTTGGCCAAATACAACAACATGGTAACCAGATTCAGTGTTGGCCAAATACAACAACATGGTCACCAGATTCAGTGTTGGccaaacacaacaacatggatacCAGATTCAGTGTTGGCCAAACAACAACATGGTCACCAGATTCAGTGTTGGCCAAATACAACAACATGGTAACCAGATTCAGTGTTGGCCAAATACAACAACATGGATACCAGATTCAGTGTTGGCCAAACAACAACATGGTCACCAGATTCAGTGTTGGCcaaacaacaacatggacaccAGATTCAGAGTTGGCCAAATACAACAACATGGTCACCAGATTCAGAGTTGGCCAAATACAACAACATGGTCACCAGATTCAGAGTTGGCCAGATACAACAACATGGTCACCAGATTCAGAGTTGGCCAGATACAACAACATGGTCACCAGATTCAGAGTTGGCcaaacaacaacatggacaccAGATTCAGTGTTGGAAAAATACAACAACATGGTCACCAGATCCAGAGTTGGccaaacacaacaacatggacaTCAGATTCAGAGTTGGccaaacacaacaacatggacaTCAGATTCAGAGTTGGCCAGATACAACAACATGGACACCAGATTCAGAGTTGGCCAGATACAACAACATGGACACCAGATTCAGAGTTggccaaacaacaacaacatggacaccAGATTCAGAGTTGGccaaacacaacaacatggacacCAGATTCAGTGTTGGCcaaacaacaacatggacaccAGATTCAGAGTTGGccaaacacaacaacatggacacCAGATTCAGAGTTGGccaaacacaacaacatggacacCAGATTCAGAGTTGGCCAGATACAACAACATGGACACCAGATTCAGAGTTGGCCAGATACAACAACATGGACACCAGATTCAGAGTTGGccaaacacaacaacatggacacCAGATTCAGAGTTGGCCAGATACAACAACATGGACACCAGATTCAGAGTTGGccaaacacaacaacatggacacCAGATTCAGAGTTGGccaaacacaacaacatggacacCAGATTCAGAGTTGGCcaaacaacaacatggacaccAGATTCAGAGTTGGCCAGATACAACAACATGGACACCAGATTCAGAGTTGGccaaacacaacaacatggacacCAGATTCAGAGTTGGccaaacacaacaacatggacacCAGATTCAGAGTTGGCcaaacaacaacatggacaccAGATTCAGAGTTGGCCAGATACAACAACATGGACACCAGATTCAGAGTTGGccaaacacaacaacatggacacCAGATTCAGAGTTGGccaaacacaacaacatggacacCAGATTCAGAGTTGGccaaacacaacaacatggacacCAGATTCAGAGTTGGCcaaacaacaacatggacaccAGATTCAGAGTTGGccaaacacaacaacatggacacCAGATTCAGAGTTGGCcaaacaacaacatggacaccAGATTCAGAGTTGGccaaacacaacaacatggtCACCAGATTCAGAGTTGGCCAGATACAACAACATGGACACCAGATTCAGAGTTggccaaacaacaacaacatggacaccAGATTCAGAGTTGGCcaaacaacaacatggacaccAGATTCAGAGTTGGccaaacacaacaacatggacacCAGATTCAGAGTTGGCcaaacaacaacatggacaccAGATTCAGAGTTGGCCAGATACAACAACATGGACACCAGATTCAGAGTTGGccaaacacaacaacatggacacCAGATTCAGAGTTGGCcaaacaacaacatggacaccAGATTCAGAGTTGGccaaacacaacaacatggacacCAGATTCAGTGTTGGCcaaacaacaacatggacaccAGATTCAGTGTTGGAAAAATACAACAACATGGTCACCAGATCCAGAGTTGGccaaacacaacaacatggacacCAGATTCAGAGTTGGccaaacacaacaacatggacacCAGATTCAGAGTTGGCCAAACATAGTAACTGTAAATTGTGCTACAACGGATTGAATCGAGCCTTTAGGTACCTCTCTGGTCATGAATAGTCAGAACCAGTGATTCACACTGAAGAGGAACAGCCATGTTATAAACAAACATCACACTACAGCCCAGAGACCAGACTGAGTGGGCCTGTGAGTGGGAACCAGGAAATGTAGCTTATAACATGAGTGTGACTTATTTTACACTCTCAAGTAGGCAGACTGCTAGGTCAGATTATTTATTTAGTCATAATGAGATAGCAATAGAGCGGAATAGCATAATAAAAGTTCATTGTGGTTCACCTTTA

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_036947741.1 True 2612 mRNA 0.44 2 72766542 72769227

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
sypl2b LOC106566367 coding upstream 56928 72702438 ~ 72709614 (+)
LOC118939587 NA coding upstream 59538 72706333 ~ 72707004 (+)
ngrn ngrn coding upstream 120534 72641881 ~ 72646008 (+)
LOC110491175 LOC106566388 coding upstream 347182 72371494 ~ 72419360 (+)
LOC110492916 LOC106592833 coding upstream 433210 72236985 ~ 72333332 (+)
LOC110492598 LOC106566362 coding downstream 45120 72808730 ~ 72818165 (+)
LOC110491159 LOC105013496 coding downstream 55768 72824995 ~ 72894201 (+)
LOC110491160 LOC103367831 coding downstream 197900 72967127 ~ 73019850 (+)
LOC110492601 LOC106566372 coding downstream 257667 73026894 ~ 73031749 (+)
LOC110492599 LOC106566375 coding downstream 278903 73048130 ~ 73068867 (+)
amigo1 LOC106566368 non-coding upstream 10763 72754083 ~ 72768074 (+)
G1407505 NA non-coding upstream 15350 72750869 ~ 72751192 (+)
G1407503 NA non-coding upstream 24815 72741223 ~ 72741727 (+)
G1407502 NA non-coding upstream 49563 72716778 ~ 72716979 (+)
G1407501 NA non-coding upstream 53840 72712448 ~ 72712702 (+)
G1407517 NA non-coding downstream 17945 72787172 ~ 72788181 (+)
G1407521 NA non-coding downstream 26083 72795310 ~ 72795551 (+)
G1407522 NA non-coding downstream 29043 72798270 ~ 72798518 (+)
G1407525 NA non-coding downstream 33843 72803070 ~ 72803331 (+)
G1407558 NA non-coding downstream 89524 72858751 ~ 72859002 (+)
G1407199 LOC106566391 other upstream 486987 72216313 ~ 72279555 (+)
G1407190 NA other upstream 662701 72103386 ~ 72103841 (+)
G1406555 NA other upstream 1350115 71413557 ~ 71416427 (+)
G1406510 NA other upstream 1509565 71255979 ~ 71256977 (+)
G1407566 NA other downstream 142756 72911983 ~ 72929719 (+)
G1408176 NA other downstream 656520 73425747 ~ 73426266 (+)
LOC110491178 LOC106572904 other downstream 891268 73324102 ~ 73662832 (+)

Expression


Co-expression Network