G1332529


Basic Information

Item Value
gene id G1332529
gene name NA
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048580.1
NCBI id CM023234.2
chromosome length 78541548
location 2577600 ~ 2578872 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU1522972
gagaccgagtTCTACTGAGGAACATTACCTGCTATGTGATGATCCATGCTAACATGGGATGCGTGATTTCATGACTTCTGAAGGAAAAAAATCTATGGGAAAGATTGTTTGGAAGATGAAGTAATGGTTTAATATTTTTTGGGATTGCCTGTAAATAGTTGGTTGTTATTTAAAGGTAAATATAAAGACCCATTAAAAAAAGAACCTGAAAAATCAGATTGTGAACTTCACGAGTGGGATaataacgtcaacaaaacaatgtTACAAGGCATATCAACTCATGAGTCACGACCCACAGTTAATGATGTCACTCACGACCCACAGTTAATAGTCACGTACGACCCACATTTCATAAGATCACGTACGACCCACAGTTAATAAGATCACATACGACCCACAGTTAATAAGATACCGTACGACCCACAGTTAATAAGATCACATACGACCCACAGTTAATAAGATAACGTACGACCCACAGTTAATAAGATCACGTACGACCCACAGTTAATAAGATCACGTACGACCCACAGTTAATAAGATCACGTACGACCCACAGTTAAGGTCACATACGACCCACAGTTAATAGTCACGTACGACCCACAGTTAATAGTCACGTACGACCCACAGTTAATAAAGTCAAAATACGACCCACAGTTAAGTCAAACCACGACCCACAGTTAATAAAGTTGGTTTTTCACCTA
>TU1522973
gagaccgagtTCTACTGAGGAACATTACCTGCTATGTGATGATCCATGCTAACATGGGATGCGTGATTTCATGACTTCTGAAGGAAAAAAATCTATGGGAAAGATTGTTTGGAAGATGAAGTAATGGTTTAATATTTTTTGGGATTGCCTGTAAATAGTTGGTTGTTATTTAAAGGTAAATATAAAGACCCATTAAAAAAAGAACCTGAAAAATCAGATTGTGAACTTCACGAGTGGGATaataacgtcaacaaaacaatgtTACAAGGCATATCAACTCATGAGTCACGACCCACAGTTAATGATGTCACTCACGACCCACAGTTAATAGTCACGTACGACCCACATTTCATAAGATCACGTACGACCCACAGTTAATAAGATCACATACGACCCACAGTTAATAAGATACCGTACGACCCACAGTTAATAAGATCACATACGACCCACAGTTAATAAGATAACGTACGACCCACAGTTAATAAGATCACGTACGACCCACAGTTAATAAGGTCACGTACGACCCACAGTTAATAAGATCACGTACGACCCACAGTTAATAAGATCACGTACGACCCACAGTTAATAAGATCACGTACGACCCACAGCCAATAAGATCATGTACGACCCACAGTCAATAAGATCACGTACGACCCACAGTTAATAAGATCACGTACGACCCACAGTTAAGGTCACATACGACCCACAGTTAATAGTCACGTACGACCCACAGTTAATAGTCACGTACGACCCACAGTTAATAAAGTCAAAATACGACCCACAGTTAAGTCAAACCACGACCCACAGTTAATAAAGTTGGTTTTTCACCTA
>TU1522975
gagaccgagtTCTACTGAGGAACATTACCTGCTATGTGATGATCCATGCTAACATGGGATGCGTGATTTCATGACTTCTGAAGGAAAAAAATCTATGGGAAAGATTGTTTGGAAGATGAAGTAATGGTTTAATATTTTTTGGGATTGCCTGTAAATAGTTGGTTGTTATTTAAAGGTAAATATAAAGACCCATTAAAAAAAGAACCTGAAAAATCAGATTGTGAACTTCACGAGTGGGATaataacgtcaacaaaacaatgtTACAAGGCATATCAACTCATGAGTCACGACCCACAGTTAATGATGTCACTCACGACCCACAGTTAATAGTCACGTACGACCCACATTTCATAAGATCACGTACGACCCACAGTTAATAAGATCACATACGACCCACAGTTAATAAGATACCGTACGACCCACAGTTAATAAGATCACATACGACCCACAGTTAATAAGATAACGTACGACCCACAGTTAATAAGATCACGTACGACCCACAGTTAATAAGATCACGTACGACCCACAGTTAATAAGATCACATACGACCCACAGTTAATAAGATCACGTACGACCCACAGTTAATAAGATCACGTACGACCCACAGTTAAGGTCACATACGACCCACAGTTAATAGTCACGTACGACCCACAGTTAATAGTCACGTACGACCCACAGTTAATAAAGTCAAAATACGACCCACAGTTAAGTCAAACCACGACCCACAGTTAATAAAGTTGGTTTTTCACCTA
>TU1522976
gagaccgagtTCTACTGAGGAACATTACCTGCTATGTGATGATCCATGCTAACATGGGATGCGTGATTTCATGACTTCTGAAGGAAAAAAATCTATGGGAAAGATTGTTTGGAAGATGAAGTAATGGTTTAATATTTTTTGGGATTGCCTGTAAATAGTTGGTTGTTATTTAAAGGTAAATATAAAGACCCATTAAAAAAAGAACCTGAAAAATCAGATTGTGAACTTCACGAGTGGGATaataacgtcaacaaaacaatgtTACAAGGCATATCAACTCATGAGTCACGACCCACAGTTAATGATGTCACTCACGACCCACAGTTAATAGTCACGTACGACCCACATTTCATAAGATCACGTACGACCCACAGTTAATAAGATCACATACGACCCACAGTTAATAAGATACCGTACGACCCACAGTTAATAAGATCACATACGACCCACAGTTAATAAGATAACGTACGACCCACAGTTAATAAGATCACGTACGACCCACAGTTAATAAGATCACGTACGACCCACAGTTAATAAGATCACATACGACCCACAGTTAATAAGGTCACGTACGACCCACAGTTAATAAGATCACGTACGACCCACAGTTAATAAGATCACGTACGACCCACAGTTAATAAGATCACGTACGACCCACAGCCAATAAGATCATGTACGACCCACAGTCAATAAGATCACGTACGACCCACAGTTAATAAGATCACGTACGACCCACAGTTAAGGTCACATACGACCCACAGTTAATAGTCACGTACGACCCACAGTTAATAGTCACGTACGACCCACAGTTAATAAAGTCAAAATACGACCCACAGTTAAGTCAAACCACGACCCACAGTTAATAAAGTTGGTTTTTCACCTA
>TU1522977
gagaccgagtTCTACTGAGGAACATTACCTGCTATGTGATGATCCATGCTAACATGGGATGCGTGATTTCATGACTTCTGAAGGAAAAAAATCTATGGGAAAGATTGTTTGGAAGATGAAGTAATGGTTTAATATTTTTTGGGATTGCCTGTAAATAGTTGGTTGTTATTTAAAGGTAAATATAAAGACCCATTAAAAAAAGAACCTGAAAAATCAGATTGTGAACTTCACGAGTGGGATaataacgtcaacaaaacaatgtTACAAGGCATATCAACTCATGAGTCACGACCCACAGTTAATGATGTCACTCACGACCCACAGTTAATAGTCACGTACGACCCACATTTCATAAGATCACGTACGACCCACAGTTAATAAGATCACATACGACCCACAGTTAATAAGATACCGTACGACCCACAGTTAATAAGATCACATACGACCCACAGTTAATAAGATAACGTACGACCCACAGTTAATAAGATCACGTACGACCCACAGTTAATAAGATCACGTACGACCCACAGTTAATAAGATCACATACGACCCACAGTTAATAAGATCACGTACGACCCACAGTTAATAAGATCACGTACGACCCACAGTTAATAAGATCACGTACGACCCACAGCCAATAAGATCATGTACGACCCACAGTCAATAAGATCACGTACGACCCACAGTTAATAAGATCACGTACGACCCACAGTTAAGGTCACATACGACCCACAGTTAATAGTCACGTACGACCCACAGTTAATAGTCACGTACGACCCACAGTTAATAAAGTCAAAATACGACCCACAGTTAAGTCAAACCACGACCCACAGTTAATAAAGTTGGTTTTTCACCTA
>TU1522978
gagaccgagtTCTACTGAGGAACATTACCTGCTATGTGATGATCCATGCTAACATGGGATGCGTGATTTCATGACTTCTGAAGGAAAAAAATCTATGGGAAAGATTGTTTGGAAGATGAAGTAATGGTTTAATATTTTTTGGGATTGCCTGTAAATAGTTGGTTGTTATTTAAAGGTAAATATAAAGACCCATTAAAAAAAGAACCTGAAAAATCAGATTGTGAACTTCACGAGTGGGATaataacgtcaacaaaacaatgtTACAAGGCATATCAACTCATGAGTCACGACCCACAGTTAATGATGTCACTCACGACCCACAGTTAATAGTCACGTACGACCCACATTTCATAAGATCACGTACGACCCACAGTTAATAAGATCACATACGACCCACAGTTAATAAGATACCGTACGACCCACAGTTAATAAGATCACGTACGACCCACAGTTAAGGTCACATACGACCCACAGTTAATAGTCACGTACGACCCACAGTTAATAGTCACGTACGACCCACAGTTAATAAAGTCAAAATACGACCCACAGTTAAGTCAAACCACGACCCACAGTTAATAAAGTTGGTTTTTCACCTA
>TU1522979
gagaccgagtTCTACTGAGGAACATTACCTGCTATGTGATGATCCATGCTAACATGGGATGCGTGATTTCATGACTTCTGAAGGAAAAAAATCTATGGGAAAGATTGTTTGGAAGATGAAGTAATGGTTTAATATTTTTTGGGATTGCCTGTAAATAGTTGGTTGTTATTTAAAGGTAAATATAAAGACCCATTAAAAAAAGAACCTGAAAAATCAGATTGTGAACTTCACGAGTGGGATaataacgtcaacaaaacaatgtTACAAGGCATATCAACTCATGAGTCACGACCCACAGTTAATGATGTCACGTACGACCCACAGTTAATAAGATCACGTACGACCCACAGTTAATAAGATCACGTACGACCCACAGTTAATAAGATCACGTACGACCCACAGCCAATAAGATCATGTACGACCCACAGTCAATAAGATCACGTACGACCCACAGTTAATAAGATCACGTACGACCCACAGTTAAGGTCACATACGACCCACAGTTAATAGTCACGTACGACCCACAGTTAATAGTCACGTACGACCCACAGTTAATAAAGTCAAAATACGACCCACAGTTAAGTCAAACCACGACCCACAGTTAATAAAGTTGGTTTTTCACCTA
>TU1522980
gagaccgagtTCTACTGAGGAACATTACCTGCTATGTGATGATCCATGCTAACATGGGATGCGTGATTTCATGACTTCTGAAGGAAAAAAATCTATGGGAAAGATTGTTTGGAAGATGAAGTAATGGTTTAATATTTTTTGGGATTGCCTGTAAATAGTTGGTTGTTATTTAAAGGTAAATATAAAGACCCATTAAAAAAAGAACCTGAAAAATCAGATTGTGAACTTCACGAGTGGGATaataacgtcaacaaaacaatgtTACAAGGCATATCAACTCATGAGTCACGACCCACAGTTAATGATGTCACTCACGACCCACAGTTAATAATCACGTACGACCCACAGTTCATAAGATCACGTACGACCCACAGTTAATAAGATCACATACGACCCACAGTTAAGGTCACGTACGACCCACAGTTAATAAGATCACGTACGACCCACAGTTAATAAGATCACGTACGACCCACAGTTAATAAGATCACGTACGACCCACAGCCAATAAGATCATGTACGACCCACAGTCAATAAGATCACGTACGACCCACAGTTAATAAGATCACGTACGACCCACAGTTAAGGTCACATACGACCCACAGTTAATAGTCACGTACGACCCACAGTTAATAGTCACGTACGACCCACAGTTAATAAAGTCAAAATACGACCCACAGTTAAGTCAAACCACGACCCACAGTTAATAAAGTTGGTTTTTCACCTA
>TU1522981
gagaccgagtTCTACTGAGGAACATTACCTGCTATGTGATGATCCATGCTAACATGGGATGCGTGATTTCATGACTTCTGAAGGAAAAAAATCTATGGGAAAGATTGTTTGGAAGATGAAGTAATGGTTTAATATTTTTTGGGATTGCCTGTAAATAGTTGGTTGTTATTTAAAGGTAAATATAAAGACCCATTAAAAAAAGAACCTGAAAAATCAGATTGTGAACTTCACGAGTGGGATaataacgtcaacaaaacaatgtTACAAGGCATATCAACTCATGAGTCACGACCCACAGTTAATGATGTCACTCACGACCCACAGTTAATAATCACGTACGACCCACAGTTCATAAGATCACGTACGACCCACAGTTAATAAGATCACATACGACCCACAGTTAATAAGATACCGTACGACCCACAGTTAATAAGATCACATACGACCCACATTTAATAAGATCACGTACGACCCACAGTTAATAAGATCACATACGACCCACAGTTAATAAGGTCACGTACGACCCACAGTTAATAAGATCACGTACGACCCACAGTTAATAAGATCACGTACGACCCACAGTTAATAAGATCACGTACGACCCACAGCCAATAAGATCATGTACGACCCACAGTCAATAAGATCACGTACGACCCACAGTTAATAAGATCACGTACGACCCACAGTTAAGGTCACATACGACCCACAGTTAATAGTCACGTACGACCCACAGTTAATAGTCACGTACGACCCACAGTTAATAAAGTCAAAATACGACCCACAGTTAAGTCAAACCACGACCCACAGTTAATAAAGTTGGTTTTTCACCTA
>TU1522982
gagaccgagtTCTACTGAGGAACATTACCTGCTATGTGATGATCCATGCTAACATGGGATGCGTGATTTCATGACTTCTGAAGGAAAAAAATCTATGGGAAAGATTGTTTGGAAGATGAAGTAATGGTTTAATATTTTTTGGGATTGCCTGTAAATAGTTGGTTGTTATTTAAAGGTAAATATAAAGACCCATTAAAAAAAGAACCTGAAAAATCAGATTGTGAACTTCACGAGTGGGATaataacgtcaacaaaacaatgtTACAAGGCATATCAACTCATGAGTCACGACCCACAGTTAATGATGTCACTCACGACCCACAGTTAATAATCACGTACGACCCACAGTTCATAAGATCACGTACGACCCACAGTTAATAAGATCACATACGACCCACAGTTAATAAGATCACGTACGACCCACAGTTAATAAGATCACGTACGACCCACAGTTAAGGTCACATACGACCCACAGTTAATAGTCACGTACGACCCACAGTTAATAGTCACGTACGACCCACAGTTAATAAAGTCAAAATACGACCCACAGTTAAGTCAAACCACGACCCACAGTTAATAAAGTTGGTTTTTCACCTA

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU1522972 False 701 lncRNA 0.39 2 2577600 2578872
TU1522973 False 831 lncRNA 0.40 2 2577600 2578872
TU1522975 False 753 lncRNA 0.39 3 2577600 2578872
TU1522976 False 883 lncRNA 0.40 3 2577600 2578872
TU1522977 False 857 lncRNA 0.40 3 2577600 2578872
TU1522978 False 597 lncRNA 0.39 2 2577600 2578872
TU1522979 False 625 lncRNA 0.39 2 2577600 2578872
TU1522980 False 724 lncRNA 0.40 4 2577600 2578872
TU1522981 False 831 lncRNA 0.40 4 2577600 2578872
TU1522982 True 597 lncRNA 0.39 4 2577600 2578872

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
heatr5b LOC106578753 coding upstream 5841 2295839 ~ 2571759 (+)
LOC110491199 i2b2b coding upstream 595259 1978840 ~ 1982341 (+)
tomm20a tomm20 coding upstream 739440 1832028 ~ 1838160 (+)
arid4b arid4b coding upstream 751667 1611744 ~ 1825933 (+)
LOC118939496 NA coding upstream 803006 1771249 ~ 1774594 (+)
LOC110535007 LOC106578653 coding downstream 1421 2580293 ~ 2631155 (+)
LOC110491239 LOC106578780 coding downstream 352297 2931169 ~ 2939940 (+)
trnah-gug-6 NA coding downstream 366117 2944989 ~ 2945060 (+)
memo1 LOC106578779 coding downstream 366540 2945412 ~ 2969606 (+)
LOC110492798 LOC106590888 coding downstream 410331 2989203 ~ 3054026 (+)
G1332555 NA non-coding upstream 169387 2403748 ~ 2408213 (+)
G1332551 NA non-coding upstream 199463 2377267 ~ 2378137 (+)
G1332543 NA non-coding upstream 213036 2349975 ~ 2364564 (+)
G1332538 NA non-coding upstream 255304 2321434 ~ 2322296 (+)
G1332537 NA non-coding upstream 267528 2309718 ~ 2310072 (+)
G1332595 NA non-coding downstream 70228 2649100 ~ 2649956 (+)
G1332596 vit non-coding downstream 73608 2652480 ~ 2665933 (+)
G1332620 NA non-coding downstream 123499 2702371 ~ 2704465 (+)
G1332637 NA non-coding downstream 166867 2745739 ~ 2748138 (+)
G1332261 NA other upstream 646468 1930754 ~ 1931132 (+)
G1332260 NA other upstream 647127 1929324 ~ 1930473 (+)
G1331652 NA other upstream 1138475 1438787 ~ 1439125 (+)
LOC110491220 NA other upstream 2154326 330164 ~ 425574 (+)
G1332701 NA other downstream 393936 2972808 ~ 2973800 (+)
LOC110492796 slx4ip other downstream 486446 3065065 ~ 3201726 (+)
G1332826 NA other downstream 651327 3230199 ~ 3231407 (+)
G1333963 NA other downstream 1760966 4339838 ~ 4341823 (+)

Expression


Co-expression Network