G1333263


Basic Information

Item Value
gene id G1333263
gene name NA
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048580.1
NCBI id CM023234.2
chromosome length 78541548
location 3369458 ~ 3371640 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU1523938
ACATGGTTATATTatcctccctgtaacatggttataTTATCCTCCCTGTGACATGGTTCTATTatcctccctgtaacatggttataatatcctccctgtaacatggttataGTATCCTCCCTGTAACATGGTTATATTatcctccctgtaacatggttatattatcctccctgtaacatggttatattatcctccctgtaacatggttatattatcctccctgtaacatggttatattatcctccctgtgacatggttatattatcctccctgtaacatggttataTTATCCT
>TU1523940
ACATGGTTATATTatcctccctgtaacatggttataTTATCCTCCCTGTGACATGGTTCTATTatcctccctgtaacatggttataatatcctccctgtaacatggttataGTATCCTCCCTGTAAGTTCTATTatcctccctgtaacatggttatattatcctccctgtaacatggttatattatcctccctgtaacATGGTTATACCActcctccctgtaacatggttatattatcctccctgtaacatggttctattatcctccctgtaacatggttatattatcctccctgtaacatggttctattatcctccctgtaacatggttatattatcctccctgtagcatggttatattatcctccctgtgacatggttatattatcctccctgtaacatggttatattatcctccctgtaacatggttatattatcc
>TU1523941
ACATGGTTATATTatcctccctgtaacatggttataTTATCCTCCCTGTGACATGGTTCTATTatcctccctgtaacatggttataatatcctccctgtaacatggttataGTATCCTCCCTGTAAgttatattatcctccctgtaacatggttatattatcctccctgtaacatggttatattatcctccctgtaacatggttatattatcctccctgtaacatggttataTTATCCTCCCTGTGACATGGATATATTatcctccctgtaacatggttcTATTATCCTCACTGTAACATGGTTATACCActcctccctgtaacatggttatattatcctccctgtaacatggttctattatcctccctgtaacatggttatattatcctccctgtaacatggttctattatcctccctgtaacatggttatattatcctccctgtagcatggttatattatcctccctgtgacatggttatattatcctccctgtaacatggttatattatcctccctgtaacatggttatattatcc
>TU1523948
ACATGGTTATATTatcctccctgtaacatggttataTTATCCTCCCTGTGACATGGTTCTATTatcctccctgtaacatggttataatatcctccctgtaacatggttataGTATCCTCCCTGTAAGTTCTATTatcctccctgtaacATGGTTATATTATCCTCCCTGTAGCATGGTTATATTatcctccctgtaacatggttatattatcctccctgtaacatggttatattatcctccctgtaacatggttatattatcctccctgtaacatggttataatatcctccctgtaacatggttataGTATCCTCCCTGTAAGTTCTATTatcctccctgtaacatggttatattatcctccctgtaacatggttatattatcctccctgtagcatggttatattatcctccctgtaacatggttatattatcctccctgtaacatggttatattatcctccctgtaacatggttcTATTA

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU1523938 False 293 lncRNA 0.37 2 3369458 3371173
TU1523940 False 439 lncRNA 0.38 3 3369458 3370397
TU1523941 False 539 lncRNA 0.38 3 3369458 3370397
TU1523948 True 481 lncRNA 0.37 3 3369458 3371640

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110492796 slx4ip coding upstream 167732 3065065 ~ 3201726 (+)
LOC110492798 LOC106590888 coding upstream 315970 2989203 ~ 3054026 (+)
memo1 LOC106578779 coding upstream 399852 2945412 ~ 2969606 (+)
trnah-gug-6 NA coding upstream 424398 2944989 ~ 2945060 (+)
LOC110491239 LOC106578780 coding upstream 429518 2931169 ~ 2939940 (+)
LOC118939483 NA coding downstream 314903 3686543 ~ 3687093 (+)
LOC118939498 LOC106591840 coding downstream 322958 3694598 ~ 3730931 (+)
btbd3b LOC106578575 coding downstream 494844 3866484 ~ 3902198 (+)
sptlc3 sptlc3 coding downstream 762777 4134417 ~ 4229378 (+)
tasp1 tasp1 coding downstream 873358 4244998 ~ 4337416 (+)
G1333242 NA non-coding upstream 46533 3322630 ~ 3322925 (+)
G1332865 NA non-coding upstream 65148 3303968 ~ 3304310 (+)
G1332851 NA non-coding upstream 102819 3265339 ~ 3266639 (+)
G1332817 jag1 non-coding upstream 153180 3213114 ~ 3216278 (+)
G1332812 NA non-coding upstream 162424 3206487 ~ 3207034 (+)
G1333272 NA non-coding downstream 4566 3376206 ~ 3376413 (+)
G1333276 NA non-coding downstream 7099 3378739 ~ 3378972 (+)
G1333282 NA non-coding downstream 16948 3388588 ~ 3398294 (+)
G1333304 NA non-coding downstream 51270 3422910 ~ 3423382 (+)
G1333310 NA non-coding downstream 56360 3428000 ~ 3430310 (+)
G1332826 NA other upstream 138051 3230199 ~ 3231407 (+)
G1332701 NA other upstream 395658 2972808 ~ 2973800 (+)
heatr5b LOC106578753 other upstream 1059891 2295839 ~ 2571759 (+)
G1333963 NA other downstream 968198 4339838 ~ 4341823 (+)
LOC110491218 LOC106578757 other downstream 1363149 4640198 ~ 4973348 (+)
G1334530 NA other downstream 2148300 5519940 ~ 5521230 (+)
G1334592 NA other downstream 2332195 5703835 ~ 5704946 (+)
G1335704 NA other downstream 3219336 6590976 ~ 6591915 (+)

Expression


Co-expression Network