G1333464


Basic Information

Item Value
gene id G1333464
gene name NA
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048580.1
NCBI id CM023234.2
chromosome length 78541548
location 3697414 ~ 3699982 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU1524205
cctgtaaaacaacacctatcatactactatgactgaccctgtaaaacaacacctatcatactactatgactgaccctgtacaacaacacctatcatactactaaccctgtaaaacaacacctatcatactactgaccctgtaaaacaacacctatcatactactgaccctataaaacaacacctatcatactactgaccctgtaaaacaacacctatcatactactatgactgaccctgtaaaacaacacctatcatactactatgactgaccctgtaaaacaacacctatcatactactatgactgaccctgtaaaacaacacctgtcatactactatgactgaccctgtaaaacaacacctatcatactactatgactgaccctgtaaaacaacacctatcacactactatggctgaccctgtaaaacaacacctatcatactactatggctgaccctgtaaaacaacacctatcatactactatgactgaccctgtaaaacaacaactatcatactactatgaatgaccctgtaaaacaacacctatcatactactatgactgaccctgtacaacaacacctatcatactactatggctgaccctgtacaacaacacctatcatactaatatgaatgaccctgtaaaacaacacctatcatactactatggctgacactgtaaaacaacacctatcatactactgaccctgtaaaacaacacctatcatactactatgactgaccctgtaaaacaacacctatcatactactatgactgaccctgtaaaacaacacctatcatactactatggctgaccctgtacaacaacacctatcatactactatgaatgaccctgtaaaacaacacctatcatactactatgactgaccctgtaaaacaacacctatcatactactgaccctgtaaaacaacacctatcatactactataactgactctgtaaaacaacacctatcatactactatgactgaccctgtaaaacaacacat
>TU1524202
actactatgactgaccctgtaaaacaacacctatcacactactgaccctgtaaaacaacacctatcatactactatggctgaccctgtacaacaacacctatcatactactatgactgaccctgtaaaacaacacctatcatactactatggctgaccctgtacaacaacacctatcatactactatgactgaccctgtaaaacaacacctatcatactactgaccctgtaaaacaacacctatcatactactataactgactctgtaaaacaacacctatcatactactatgactgaccctgtaaaacaacacat
>TU1524196
gttaagaacaaattcttattttcaatgacggcctgggaacagtgggttaactgcctgttcaggggcagaacgacagatttgtaccttgtcagctcgggggtttgaactcacaaccttccggttactagttcaacgctctaaccactaggctaccctgccgccccactactatgactgaccctgtaaaacaacacctatcatactactataactaaccctgtaaaacaacaactATCATGCTACTATGActaaccctgtaaaacaacaactATCATACTACttaccctgtaaaacaacacctatcatactactgactctataaaacaacacctatcatactgcttaccctgtaaaacaacacctatcatactactgaccctgtaaaacaacacctatcatactactatgactgaccctgtacaacaacacctatcatactactatgactgaccctgtacaacaacacctatcatactactatgactgaccctgtaaaacaacacctatcatactactaaccctgtaaaacaacacctatcatactactgaccctgtaaaacaacacctatcatactactgaccctataaaacaacacctatcatactactgaccctgtaaaacaacacctatcatactactatgactgaccctgtaaaacaacacctatcatactactatgactgaccctgtaaaacaacacctatcatactactatgactgaccctgtaaaacaacacctgtcatactactatgactgaccctgtaaaacaacacctatcatactactatgactgaccctgtaaaacaacacctatcacactactatggctgaccctgtaaaacaacacctatcatactactatggctgaccctgtaaaacaacacctatcatactactatgactgaccctgtaaaacaacacctatcatactactgaccctgtaaaacaacacctatcatactactataactgactctgtaaaacaacacctatcatactactatgactgaccctgtaaaacaacacat
>TU1524201
gttaagaacaaattcttattttcaatgacggcctgggaacagtgggttaactgcctgttcaggggcagaacgacagatttgtaccttgtcagctcgggggtttgaactcacaaccttccggttactagttcaacgctctaaccactaggctaccctgccgccccactactatgactgaccctgtaaaacaacacctatcatactactataactaaccctgtaaaacaacaactATCATGCTACTATGActaaccctgtaaaacaacaactATCATACTACttaccctgtaaaacaacacctatcatactactgactctataaaacaacacctatcatactgcttaccctgtaaaacaacacctatcatactactgaccctgtaaaacaacacctatcatactactgaccctgtaaaacaacacctatcatactactaaccctgtaaaacaacacctatcatactactgaccctgtaaaacaacacctatcatactactgaccctataaaacaacacctatcatactactgaccctgtaaaacaacacctatcatactactatgactgaccctgtaaaacaacacctatcatactactatggctgaccctgtaaaacaacacctatcatactactatgactgaccctgtaaaacaacacctatcatactactgaccctgtaaaacaacacctatcatactactataactgactctgtaaaacaacacctatcatactactatgactgaccctgtaaaacaacacat
>TU1524206
gttaagaacaaattcttattttcaatgacggcctgggaacagtgggttaactgcctgttcaggggcagaacgacagatttgtaccttgtcagctcgggggtttgaactcacaaccttccggttactagttcaacgctctaaccactaggctaccctgccgccccactactatgactgaccctgtaaaacaacacctatcatactactataactaaccctgtaaaacaacaactATCATGCTACTATGActaaccctgtaaaacaacaactATCATACTACttaccctgtaaaacaacacctatcatactactgactctataaaacaacacctatcatactgcttaccctgtaaaacaacacctatcatactactgaccctgtaaaacaacacctatcatactactgaccctgtaaaacaacacctatcatactactgaccctataaaacaacacctatcatactactatggctgaccctgtacaacaacacctatcatactactatgactgaccctgtaaaacaacacctatcatactactatggctgaccctgtacaacaacacctatcatactactatgactgaccctgtaaaacaacacctatcatactactgaccctgtaaaacaacacctatcatactactataactgactctgtaaaacaacacctatcatactactatgactgaccctgtaaaacaacacat

Function

NR:

description
PREDICTED: oligosaccharyltransferase complex subunit ostc isoform X1

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU1524205 False 1017 lncRNA 0.38 3 3697414 3699982
TU1524202 False 316 lncRNA 0.39 3 3697584 3699982
TU1524196 False 1030 lncRNA 0.40 2 3697781 3699982
TU1524201 False 765 lncRNA 0.39 4 3697781 3699982
TU1524206 True 709 lncRNA 0.40 4 3697781 3699982

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC118939483 NA coding upstream 10321 3686543 ~ 3687093 (+)
LOC110492796 slx4ip coding upstream 495688 3065065 ~ 3201726 (+)
LOC110492798 LOC106590888 coding upstream 643926 2989203 ~ 3054026 (+)
memo1 LOC106578779 coding upstream 727808 2945412 ~ 2969606 (+)
trnah-gug-6 NA coding upstream 752354 2944989 ~ 2945060 (+)
btbd3b LOC106578575 coding downstream 166502 3866484 ~ 3902198 (+)
sptlc3 sptlc3 coding downstream 434435 4134417 ~ 4229378 (+)
tasp1 tasp1 coding downstream 545016 4244998 ~ 4337416 (+)
LOC110491218 LOC106578757 coding downstream 940216 4640198 ~ 4973348 (+)
LOC110491219 LOC106578758 coding downstream 1275538 4975520 ~ 4978736 (+)
G1333403 NA non-coding upstream 115916 3580806 ~ 3581498 (+)
G1333333 NA non-coding upstream 206439 3489931 ~ 3490975 (+)
G1333324 NA non-coding upstream 235713 3461101 ~ 3461701 (+)
G1333310 NA non-coding upstream 267104 3428000 ~ 3430310 (+)
G1333304 NA non-coding upstream 274032 3422910 ~ 3423382 (+)
G1333447 NA non-coding downstream 34723 3734705 ~ 3735812 (+)
G1333570 NA non-coding downstream 47260 3747242 ~ 3747512 (+)
G1333574 NA non-coding downstream 50655 3750637 ~ 3751000 (+)
G1333584 NA non-coding downstream 60929 3760911 ~ 3761147 (+)
G1333586 NA non-coding downstream 62150 3762132 ~ 3762372 (+)
G1332826 NA other upstream 466007 3230199 ~ 3231407 (+)
G1332701 NA other upstream 723614 2972808 ~ 2973800 (+)
LOC110491239 LOC106578780 other upstream 757474 2931169 ~ 2939940 (+)
heatr5b LOC106578753 other upstream 1387847 2295839 ~ 2571759 (+)
G1333963 NA other downstream 639856 4339838 ~ 4341823 (+)
G1334530 NA other downstream 1819958 5519940 ~ 5521230 (+)
G1334592 NA other downstream 2003853 5703835 ~ 5704946 (+)
G1335704 NA other downstream 2890994 6590976 ~ 6591915 (+)

Expression


Co-expression Network