XLOC_032819


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_032819
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007117.7
NCBI id CM002890.2
chromosome length 60270059
location 20610192 ~ 20613182 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00065145
aggagttaatccccacatttgaaggtatgtaataatattttacttggttcattgtaatcattagggctgcccttgtctaaacatttgtctggttgacttgtgatgtttatttgaagcattagttgaataattacagatttattaataaaccttttattcattgattcattttctttttgactcagtccctttattaatctggggtcgccacagcagaatgaaccgccaacttatccagcatattttttacacagcggattcatgCAGCATACATTGACTTTGCCAGTGTGGACTTTTTTTCTGCAACTAATAAATTTTGGGGTgcatggtgacgcagtgggtagcacattcgcctcatagcaacaaggtcacttgatcgatccttggctgggtcaataggcgtttctgtgtggagtttgcatgttctccccgtgttcgcgtgggtttcctccaggtgccccggtttccaaagacatgtggtaaaggtgaattgggtagactaaattgtcaatggtgtatgtgtgtgaatgagtatttgcttcccagtgatgggttgcagctgaaagggcatctgctgcataaaacttatgctggatatgttggtggttcattccattgtggttaccccagattaataaagcgacaaagctgaaaagaaaatgaatgaatgaataataaatttttagttgACTAATGGTTATTCAATTATTAGGGGGCAGCCCTAGTAATCATTAGCCACTTCAACACTTCAAACTGAGAGATTAAACTTTAATGCCAATTTGTCTTTGtctggttattttttaaaatctgctgtTCATGCAATTAGTGACattctcttgttttatttttagcacagGAGCGAACCTTTCCTCGTTTTTAGGTCAATTTGAATAGAATTCAGAGGGTAAGGATTCAATTAAAGGTTTCTCGATGcataatgatgcatttaatgcataatgcttgtcttagttattttattaacaatgaaaatgttatttttatgtttgttattaggGTGGCATGGGGGCGCactgggtagtgctgtcgcctcacagcaagatggtcgctggtttgagcctcggatgggtttcccctccacagtccaatgacatgcggtgtagctgaattgggtaagctaaattgtccatagtgtgtgtgtaaatgagagtgtgatgggttgcagttgaaagggcatctgctgcgtaaaacataaaaagatgaCGGTTTTGTGAAAGTTGTGATTTGGTCACAGCTATGGTTTATCAATTTTTTTCTGGTAAGATGCTTTATATAGATAGTGAATGCAACAAACTCTAAATGGCCTGTAAGccaattattttcattaaaggaGAAGTCCACTTCCAACAAAAGATTCACACATAATGTTCTCACCCCCTTGTCACCCAAGATGTTCATGTCATTCTTTCTTcagtcagaaagatttttttttaggaaaatatttcAGCAATTTTATCCATCTTCATAGACTGAGATTGTGCCTCATTTATTAAGTgcttaaagaaaatttaaatgtgGCTTCAAATGATACAAATACGGTTGCAAACAGTCCCAGCTCAGGAAGAAGGGTCTTATCTATTCTCattaagaaaacacaattaaatacttaataatttcaaatgctcatcttgccttactattacttattaaaaaaagttccttAGGCAAACCTGTTGTTGCATTGTCATCTTCACTCGGGCCAAAAAATTGCAGCATGGTGCCATGGTCAGTGGTTAACTAATGCCAACACTGGCTGATAGCTTGGTGTGTTATGGCCTTAATTGCTTCTAAAGGTATTTTAGGTGTTCTAAAGTTAACTCTAAAGATATTTAACTTTTacacttttgagtttttaataaatcttaattctatttattttttcagattgggaCCAATATTGCTGAGTATCTTCATCCATTGAATTCAAGAATCTATTGAGTTTCCTCATGTTCTCGTCCTTGGAGACCACCACTTCTTTCAAGCCTTTGCTCACGTGCTGTGCTATTTATTATTGCAAAGTACATTACTTGCTAAAGTGGACGTTTGCTATAAAGCATTCTACATCTTTGGTGTGAACTACCCCAAGCAGTGTTCCCTGGTGTGGCAGACTGTGGTTTATTAGGGTTCTGCTAGCATTAatttttgctgacaaacagtaatcattaatactgtgacctcactgcttccttggattctgtgttctttaacttgtacttt
>TCONS_00064727
GATCGGTGGACGGGAAAGCGCGCATGGCATCGGAAGGAGCTTGAAAAGTATAAGgtgatgacagtaagtaacgtTACTGTGATTTGTGATCTTTCTGAGGTGTTAACTGTAAAGCAatggataattgcgtgaaaatcaaactaaaagaatgcaatcttgaggagttaatccccacatttgaaggtatgtaataatattttacttggttcattgtaatcattagggctg

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko03070 Bacterial secretion system
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00065145 False 2235 lncRNA 0.37 1 20610192 20612426
TCONS_00064727 True 228 lncRNA 0.39 3 20612358 20613182

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_032818 NA coding downstream 46073 20563033 ~ 20564119 (-)
XLOC_032817 NA coding downstream 72023 20537799 ~ 20538169 (-)
XLOC_032816 NA coding downstream 116814 20492143 ~ 20493378 (-)
XLOC_032815 NA coding downstream 118745 20490988 ~ 20491447 (-)
XLOC_032814 BX927341.4 coding downstream 145693 20464402 ~ 20464499 (-)
XLOC_032820 LO018113.1 coding upstream 34045 20647227 ~ 20647333 (-)
XLOC_032821 col18a1b coding upstream 65708 20678890 ~ 20707846 (-)
XLOC_032822 tns1a coding upstream 151666 20764848 ~ 20875111 (-)
XLOC_032823 igfbp2a coding upstream 308360 20921542 ~ 20952187 (-)
XLOC_032824 NA coding upstream 399424 21012606 ~ 21013047 (-)
XLOC_032825 NA non-coding upstream 417259 21030441 ~ 21030708 (-)
XLOC_032829 NA non-coding upstream 883297 21496479 ~ 21498035 (-)
XLOC_032830 NA non-coding upstream 891321 21504503 ~ 21509039 (-)

Expression


Co-expression Network