XLOC_032822 (tns1a)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_032822
gene name tns1a
gene type coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007117.7
NCBI id CM002890.2
chromosome length 60270059
location 20764848 ~ 20875111 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00063828
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GCGCTTGAGTCTAATGCAAACATTGGAAGAAAATAATGAGGTGGACCTTCTCTACATCACAGAACGCATCATTGCTCTGTCCTTCCCAGGAGGAACAGAGGAGAACAAATACAGTGTACATCTGAGGGAGGTGACCAGCATGCTCCGTTCCAAACACCAACAGCACTATCTAatgCTTAATCTCAGTGAACGGAGGCATGACATCACCAAGCAGAACCCAAGAGTGCTGGACTTTGGTTGGCCTGATCATCATGCTCCCGCTCTAGACAAAATCTGCAGTATCTGTAAAGCCATGGACACCTGGCTTAATGCAGACCCTCACAATGTGGTGGTACTTCACAACAAGGTGATCATCATATCACGTCTGGTCTGCTCACCCAATATCCACCTCCTTCACCTTGCATGACTGTCTGGACTCTGGACTGATCTGCTGTTGTTATTTAGTATGCTGTAATTGGAAAGGAATTTACAATAAAGGTGATgttttataatttcatatttatatttttataactctTATTTAAAGTCATATGCTCACAGCTGAATATACTGAAGGATTCTTGTGATCTCAGA
>TCONS_00065146
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>TCONS_00064730
TTGAGAGCAGCGAGGAGGGATAAGCCAGAAGACTTTGAAGCTGTTCATTCCCACACCTTTAAGGCAAAGTCCTTTAAAAAAGCAAAGAGTTGTGCAGTGTGCAAGCAGGCTCTGACGAAGGAGGGCCTGGTCTGCAAAGATCACATGATTCTAAAAGTCCCTCCATGAGTTTGTGATTGGTGAAGCCTGGGCCTTCATGCTGGAACCTCTCAAGAGTTGTTACAAGCCATGTTTTTAAGACTGCCAATGACTTCAGTATCAGGGGCAGGCTTCATTCTCTTTCAGGATCAACTGTGTGCAAGTTGTCCTGCCATAAGAAATGTGAGGTAAAGGTAGCCACAGCCTGTGAATCCAATCCTACAACGAATCCTAACCAGAATCAGGCATCAACAAAATCACCCAATATGGACTTAAAACGAAGACCATCCAGGCGCTTGAGTCTAATGCAAACATTGGAAGAAAATAATGAGGTGGACCTTCTCTACATCACAGAACGCATCATTGCTCTGTCCTTCCCAGGAGGAACAGAGGAGAACAAATACAGTGTACATCTGAGGGAGGTGACCAGCATGCTCCGTTCCAAACACCAACAGCACTATCTAatgCTTAATCTCAGTGAACGGAGGCATGACATCACCAAGCAGAACCCAAGAGTG

Function

symbol description
tns1a Predicted to act upstream of or within intracellular signal transduction. Predicted to be located in cell junction. Orthologous to human TNS1 (tensin 1).

GO:

id name namespace
GO:0035556 intracellular signal transduction biological_process
GO:0046872 metal ion binding molecular_function

KEGG: NA

ZFIN:

id description
ZDB-GENE-120215-32 Predicted to act upstream of or within intracellular signal transduction. Predicted to be located in cell junction. Orthologous to human TNS1 (tensin 1).

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000078842

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00063828 False 9112 mRNA 0.43 32 20764848 20875111
TCONS_00063827 False 9190 mRNA 0.43 33 20764848 20875111
TCONS_00064728 False 392 lncRNA 0.46 2 20789878 20793634
TCONS_00064729 False 573 lncRNA 0.43 3 20814723 20822120
TCONS_00065146 False 1003 lncRNA 0.44 9 20814723 20874343
TCONS_00064730 True 656 lncRNA 0.46 8 20817508 20874343

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_032821 col18a1b coding downstream 57002 20678890 ~ 20707846 (-)
XLOC_032820 LO018113.1 coding downstream 117515 20647227 ~ 20647333 (-)
XLOC_032819 NA coding downstream 151666 20610192 ~ 20613182 (-)
XLOC_032818 NA coding downstream 200729 20563033 ~ 20564119 (-)
XLOC_032817 NA coding downstream 226679 20537799 ~ 20538169 (-)
XLOC_032823 igfbp2a coding upstream 46431 20921542 ~ 20952187 (-)
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XLOC_032825 NA coding upstream 155330 21030441 ~ 21030708 (-)
XLOC_032826 inha coding upstream 193672 21068783 ~ 21091948 (-)
XLOC_032827 obsl1a coding upstream 282084 21157195 ~ 21189295 (-)
XLOC_032816 NA non-coding downstream 271470 20492143 ~ 20493378 (-)
XLOC_032829 NA non-coding upstream 621368 21496479 ~ 21498035 (-)
XLOC_032830 NA non-coding upstream 629392 21504503 ~ 21509039 (-)
XLOC_032842 NA non-coding upstream 1306151 22181262 ~ 22181876 (-)

Expression


Co-expression Network