XLOC_032915


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_032915
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007117.7
NCBI id CM002890.2
chromosome length 60270059
location 29851193 ~ 29860852 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00065177
GAGACAGTGGAGGACTTTATTACATTTATCTTCACTTTGAGTAATTAAATCTAAAGAAACTAGGTAAGGACCGCAGAACATCAGTCTTGTTCACAGTATGGAGGAAATGTAGACTATATTGTGTGCTGTATCTTTATTcttatcttcatttgtgtctttttaagcaaaaactttattttgtatataacttagcttagcttatttatttatgattcttTTAGTGTTTACAACATTGTGGGAAAAATAATTTACGTGAGATCACATCAATCCTCATCATAATCCATTAGCGTGTTTCTGCAAATGAAAATGGCTGTGATTGAGGTTTGAAGTGTCCTGAATTACCAGCTGGAATGATCAAAATCCTGCTTTACTTACTGATTGCCTGTACTGAGATTGGCCAATGcagaaatataatattaaatatgtcCTTGCAAACTTTATATTGCATGTTTTTCTCATAAATTGCTGAGAGCCTATCCTATAGACCAAAATCATAttttactatagattttttttatgtagccagtaaaatcaaatcaattttttttattgacacacattaaataaacaatgtgCGCAAGCTGTGTAATAAGCATTTACATAAAGACATGGTTTTGATATAACAATAATGATTACTCTTACATGCCGATAGAGTGCATATGTCATTTGCAAATAAGCATTTCCTTTCATGACTTATTACACATTAGTAAATTGCATTTATGATTTGAGCCGatgattaaactttaaaaaaatagactAACTAAATTTTGTAGTGACTCTGTGCAAAATAATCATTCcttcattttaataaactgccaacttatccagtatatgttttaggcagctggtactcttccagctgcaacccatcactgggaaacaaccatatactctcattcacacacatacactatggacaatttagcctacaaacTTCACCTATAACGCGTGTCTTTGGAtatgtggggcaaaccggagcacctacaggaaacccacaccaacatagaGCATGCAAAGTCCACACCGCGTGCACCATACAAAATAATAGTTTCATATTCACTTGTTGTAAACTTTACTTGGTCACATTATATGGTCTCATTTATTCACTATCATGTGGTTAAATATTTTACAGATACAATTAGcatatattcaaaatattttatacagtcagaattattagcgcccctttttctattattttataaatgcttaccctaacctaaccctaaccccctaaccctaacccaaatgatgtttaacaggccaagggaattttcacagtatgtctgataatattttttcttctggaaaaagtcttatttgttttatgtcggctagaataaaagcagtattaaatcttttaaacacccttttatggacaaaattattattataaattttttttgatagttttcagaacaaatcatcgctattcaataacttgcctaagtaccctaacctgcctagttaacctaattaacctatagttaagcctttaaatgtcactttaagctgtatagaagtgtcttaaaaaatatctagtcaaatattatttactgtcatcatggcaaagataaaatacatcagttattagaaattagttattaaaactattatgtttagaaatgtgctgaattttttttctcttttttttctctgttatagaaaaaataacagggggtctaataattcatgggggctaataatttttcaactgtatatacttgtATGTATAaacttgaactgtatatataatttttttcccatAAATGTTATTCACATAAGGCATCACATAgatcaaaaacatattttacatagATACAATTTTTATAGCTTATAAAGTTTTATCTAAAATCGAcccttattaaataaattataagatATGCAaggataataataaacaataataaacatataagtataataaaataataaacatttatataatgtttaataatatacatttatatagactataataataaacaatattcatttgtctaataaacatttacataacGACATAGCTTGGATatgaatagttttaaaaacatgagTTTATAATTACAATAACAGGCCGATATATATGAGATTTGCAAATGAGCGTTTCATTTCATCAGTAAATTATGTTTCTATGATTTGAGACATGATTAGACAAAAACTAAAAAgactaaaaactaaaatttataGTGACTCCatgaaaaacaatattttattaaaatattatgttcacATGTTGCATAACTGTACTTGTCTCATTGTATGCTCTCATTTATTCACTATTACTGTATGTGGTTAaatatttattcagtgtttaatgcAAATTAGTTTAATCATTtagttctgaaaaaaaaagattttgtttcaTAAATGGTGATAAATCCAGTGTCATCCTATCAATGGCACACTGTTACAAGCAAACACAAAGTGTGTCTATTCGCTCCAGCTTTTGTTAGTTGTTTTGATGTTTGAAATGGCTTTTGTCATTTGAATCTTGTGAAGGGTGGATGTCGAGTCACAGGGTGCTGTCACATTGCCACAGTTTGGGTGGGGTGAagtctgccacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacaaacacacacacacacacacacacacacacagacacacacacacacacatacacatacacacacacataaaacagtGGTGTCTTTTTAAAAACGCCCAGTAGAGTTATTTTCTAGAGCATTGCAGACACAAAGAAACTATGGTATGAATGGCCGTACAAGCAGTAAATATTCACAGATTTACAATGTCCCATTGATAAAAAATGTGTACAAATTCAAAGCCGAATGAATACCATGTCTGAGCGGTATTTCCACAATTTTGATAGATACTTCTGCCGCCCACACAGTTTGACAAGCCTGGTCTTGACTGCTTTTATTGTCTGGATATGCTTAGTGAATGCATTCTTACTATACAAATTCTATGCAAAATCTCAACCTGTTTTTCACACAATTCCTTATAAATGACCCAGACTGTTTGACATTAAAGTTGATAATATCACCACTGACTATTGTAGACCCCATTTCACCTCTGTAATATGCATATGTATCTTTATTTTTCAGTTATATACAGAAACTTACTTCTGTgtagctttaaataaataaagcttccATCCTTCAGTGGCTATGTATAATTACAGTTGCACACACCCATTGCTTTCTTTGGAGGCCTGTAAGTGAAGAGCCTTGACATGGAATGCGTGTCTGTAACCGGACCTGAGCACTTCTATCCCTTGATATCGAAACAAGGGGGCTTAATAGAGCATACACATCACATGGGCTGGCCAATAATGAAGAGCATTTTAAATGACTGGAAATGAACCAAGGATGTGTATCAGATTCAGATATTAGAATACAAACCACACACATAGTCTGTTTActgatttttaaattaatattgtgaTGTACACTCaacaaaaaaaggcaaaatagttttaaagaaacactacactttttttgggaaataaataaaaatccacatTTTACAACTGAAGTGTTgggcatcacagcaagaaggttgcttgtttaagccccggctgggtcagttgacatttctgtgtggagtttgcatattctccccgtgttggtgtgggtttcttcccggtgctccggtttcccccacagtccaaagacatgcgagtataggtgaattgaataagctaaattgactgtagtgtgtgtgaattcaagagtgtatgggtgtttcccagtgttgggttacagctggcagggcatctgttgtgtaaaacatgttggataagttggcgatttgtTCCAGTTCCagtttttaatccattcagctaatTTCCttgtggaagcacttttagcttagctttgcataaatcattaaattggaTAGAACGTTAGCATcttactcaaaaatgaccaaagagtttggATAATTTTTTGATTTAAGGCTGGAATATTCACTAGGTACATTGTGTATTAAGACAGATggaaaagttgacattttttagGCTCATATGACTAACTATACTCGTATTATGGCTTAATAATTAAAGAACTTtgttgctgtaccatggctgcagcaggcacaatgatattatgccACACATTAAATAGTCCCCAGAATCAAGCCCAAGTCTTATGCACACTATGAGCGACTCGCAGTGGCGCCATGCTACTTGAGCAACTTCTGACAACATTTGTCTATATGAGCCACTGCAACtgttggcgaccaggtgggcgtGTCAAGCGATGCTACAAagttcaactttatgcaaatgaagagcttCAGCAAAGCTCACATGATtctctctcagctcgctcagaggctGGTTGTATTCGTGCTGTATAGACCTACAAAATCCTACGTTTGCAGCATGTCGCCACCCAGAGAGACgagcagctacaaagtcgctgctagtgtgaatgaggcattactAGCACCACCAGTTATCTGCACTGCAAAAcatgctgtaaaatgtacagtattactggcaattttgtttgtcagtaatactgtaaaatttaaaagTGCACTCTACTACAATgtgaaacccaaaaagttaaggtaactcaaaccatttgacgAAAAACCATTTAaaagttcaaaaacaaatcctaaagagtacagtgaacttaatacatttgagtaaatgaagctatttgagcacagtaaagaAAAGAGAACTCAAattaactgagtactgtaaaacccaataagttagggCAACTCGAACCGTttcaggaaaccgattgctacaattcatttcaattaaaaaagtaatctatagtattgtgaacttacttaatattagttaaaataattgggtatttaattaactcatcacTTTCAACACTCAgttcaaaaatattttcaaatgagGAGAATTAACTTTCATTAAATGGAGTtaacattaatttaatttgataaagttgacttttgggttttacagtgtacaaaactACAGCAcaatgtaatt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Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00065177 True 9660 lncRNA 0.32 1 29851193 29860852

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_032914 NA coding downstream 2346 29846493 ~ 29848847 (-)
XLOC_032913 NA coding downstream 20006 29826454 ~ 29831187 (-)
XLOC_032912 NA coding downstream 61068 29771367 ~ 29790125 (-)
XLOC_032911 NA coding downstream 98836 29750960 ~ 29752357 (-)
XLOC_032910 NA coding downstream 191237 29657901 ~ 29659956 (-)
XLOC_032916 NA coding upstream 223094 30083946 ~ 30085602 (-)
XLOC_032917 lrrc7 coding upstream 263345 30124197 ~ 30210378 (-)
XLOC_032918 FP236850.2 coding upstream 342069 30202921 ~ 30203037 (-)
XLOC_032919 FP236850.1 coding upstream 360982 30221834 ~ 30221970 (-)
XLOC_032920 NA coding upstream 591435 30452287 ~ 30459015 (-)
XLOC_032927 CR847887.1 non-coding upstream 1208678 31069530 ~ 31147255 (-)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
grasscarp (Ctenopharyngodon idella) G487196 NA non-coding CI01000340 null 3923052 ~ 3924287 (+)