XLOC_032951 (tspan1)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_032951
gene name tspan1
gene type coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007117.7
NCBI id CM002890.2
chromosome length 60270059
location 33104544 ~ 33129312 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00064013
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>TCONS_00065182
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Function

symbol description
tspan1 Predicted to be located in membrane. Predicted to be integral component of membrane. Predicted to be integral component of plasma membrane. Is expressed in posterior lateral line neuromast.

GO: NA

KEGG:

id description
ko04147 Exosome

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000052027

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00064013 False 1935 mRNA 0.37 8 33104544 33129312
TCONS_00064014 False 729 mRNA 0.44 7 33105630 33129045
TCONS_00065182 True 10423 lncRNA 0.36 1 33118841 33129263

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_032950 si:dkey-170g13.2 coding downstream 28968 33070766 ~ 33075576 (-)
XLOC_032949 adcyap1r1a coding downstream 80799 32966750 ~ 33023745 (-)
XLOC_032948 zc3h3 coding downstream 270159 32717438 ~ 32834385 (-)
XLOC_032947 mafaa coding downstream 401227 32699359 ~ 32703317 (-)
XLOC_032946 NA coding downstream 417158 32687002 ~ 32687386 (-)
XLOC_032952 NA coding upstream 61270 33190582 ~ 33210388 (-)
XLOC_032953 CR933860.1 coding upstream 314022 33443334 ~ 33443455 (-)
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XLOC_032955 CR855206.1 coding upstream 596735 33726047 ~ 33726148 (-)
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XLOC_032964 CR385041.1 non-coding upstream 1514941 34644253 ~ 34644370 (-)

Expression


Co-expression Network