G1402707 (LOC106566505)


Basic Information

Item Value
gene id G1402707
gene name LOC106566505
gene type misc
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048580.1
NCBI id CM023234.2
chromosome length 78541548
location 66484901 ~ 66494667 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU1601943
GTCTTTAATTTGGggaaaatacaacacattactgagtatcactctaCATATTCTCAACAccgtggtggctgcatcatgttatgggtatgcttgtaatcattaaggaccggtgagtttttcaagataaaaaagaaatggaatggagctaagcacaggcaaaacccTAGATGTGGTCTAATTGCACCTATCCTGACCGACAGTCCCCTCACCCTATCACCAACCACCATCCCCCTGTCCAATCCCCCTCCAGCAGAGGAGGGACTCCAGCTCCTTCACAACCTTTAAATTCCCACACCTGTCACTAATCAGTGTGGCAAATCTTACCATTTCTGTTTGTAAGTGGTTTGCTACAAGACACCTTTTCTCTTGTAACCCTTTCCTTTGTGTATTTGGATGCTTATGACCAAGTAACCATCCCATCCATACATCCTCAAACATGTTATCATCTGTCATCATTATCTTCACCAATTTAACTGAAATAATAAACCACAATCTCTAATGGGAACTGCACCACGCCCTAACTCAAACCAACAGTTACAGCAAGATACAGTCCTTTTACCAACACAACTCAGATCAGTTTTTAcactagagaaaaacctggttcagtctgctttccaccagataccgggagatgaattcaccttccagcaggacaataacctaaaacacaaaaccaGATCCACACtggggttgcttaccaagaagacagtgaatgttcctgaatggccgagttacagttatgacttaaatctacttgaaaatctctggcaagacctgaaaatagttgtctagcaatgattaacagCGCTTGAAGAATTCTGTAAAGAATACTAGGAAAATGTCCAGGTGTGGAacgctcttagagacgtacccagaaagactcacagctgtaatcgctgccaaaggtgcttctacaaagtattgactcaggggtgtgaatacttatataaatgagatatttctgtatttcattttcaacacatttgcaagcatttctaaaaacatgttttcactttgttatgaTGAActtttgtgtgtagatgggtgagaaaaacacTCCATGTTAttgattttgaattcaggctgtaacacaacaacatgtggaaataAGTCAAGCGGTAGGAgtactttatgaaggcactgtaactgacCCAATGTTTTCGTAATGATAAATTCGGTAATGATCTTAGGATGTACATGTTGTTTAAGTTAGAGTTATGTCAAATGTAGGTTTGGCAAGGTACTCGTCTGAGCACGACCCATCCTTTGCGATGTTAATAAAGACATTAATTGGATTTAAGCATTTGTCCGTTGTTCTCAATATCTTCATTATCATCACAACTCCAAACCCTTCATTACAAAGATGGGTTCAAAATAATCTGAGTAAAATCCATCATTAAAAATACGAATGTTCAGCAAATCTTGCAAGTATTAAACAATTGATGCCTGACAAGCAAGGTTTACAATTGATAAATTAATTTATAGGGCAGCAGGTAGtgtagcggttaagagcgttgggccagtaaccaaacggttgctggtttgaatcctggAACCAACTTGGTGAAAAATCGaccaacgtgcccttgagcaaagaacttaaccctaattgctcctgtaagttgctctgtataagtgtctactaaatgactaacatgtaataTACAACAATTTTACAAAATGTGAAGCATAAAGAATATAATGTAAAGCACTGCATTTTACTGTAATCACATCAGAAATATGGTAATAAGATGACTTCCTGATTTTATTCATCTTGGTTTGACTCCTATTACACAACACTAAGTAGTTTTAAACCGTCAAATAAAGGCTTTGTGAATAGGGACAATACACCCGCCCTTCCTTTTTGTGCTCCACTATGGCAGACGGAAGGATACAGAGAGCTCATTTAAATTAAACCCACATGGCAGTATTTACGCAGTAGTGTCAAAATGGTGCTGGGTCCTCTAAAAGTAGCAGGTAGGCCTTCCTTACAGACAGGTcagtgctatccgggatccttgggatgtccctaccaTAAAATGTAACCCTTACCCAACCTTAACCTTTACACTTACTTTAAccataaccattttaaatgtaaacttcaatggaccagggatgtcccaaggatcccaatTGCACAGAGCCTTTCAGATAGATGTTTTGTTTTCACAGTGCCACTCCTTAGTGTGTACATGGGCAGTAGGTAAGTAAACAAAGATACTGGATAAACATAGGTGCGGTAGGTGTTATTGAATATGAACCACGGCCTGTCACGTCTTTATCCCAAGAACACAGATTTCTCCAGGCCATCCTCCACTTTAGTGTACTCCAGGTGGGATTTGAAATATTTGCTCTCGTACCGGGGGCTGTTCCTGACATACTCCAAGTAGTCAGGGGTTCCAGGACAGATGACATTGTCTGCTAGCAGTATGGATCCTTTCCTCAGCAGCTGACACTCCTCTAGAAGTTTGATATCAGGCAGGTAGCGGTCTTTCCAGTGGTCCAAGAAGACAAAATCAAACGTTTTAATCCCAAATAGCTCCTGCATCTTGGGGATTAGATCTCCTGAGGCTCCTTCCACCAGACAAATCTGCCAAAACATCATGGGAGTTTGAATAACATAAATATGATTGACTCTGTCTACTGTAAACCTGTTTGGAATTCAGTCAACACACCAGAGCAATGTTTAAGCATACATAAAGATCACAATGTGTGTTCTATTGAATTCAGCCCGTCTGTCCATAGCACCCTCACCTTGTCCTGGAGCCCAGAATACTCAATGATCTGACGAGCCACAGCGGCATAGTCTGGGTTGAACTCCAGGGTAATGAGCTTGGTGCCAGGGGGCAGCAGGCGGGCAATACGAACAGTGGAATAACCACAGTACGTACCCAGCTCCAGGGCAGTGGATGGACTAACCTCGCACACCACAGAGTCCAAGATGGCCCCTTTCTCATCTCCCACATTCATGGCCCATTCAGAATGCCTGCAGAAGTAATCGATAGTAGAGATGACACTCTGAGGGTCTCCTTTGATTGCCTTCTTCTGAACTGCTCTCAGAAGACGCTGGGGTCGGGTGGATCGGGTGAGGATATTGAGTGCCCTCTCTACAATGGTGTCGTGCCAGAGCAGGGCCCACCATGCATTGTACTGCACAGCTGCAGGGATCAGCCAGGAATACAGGACATACAGAACAGCTGCTCCGCCACAGCACAAAGCCAGGAAAGACAGCAACATGTTCCTGCTGATGTCTCCACGCTAAGAGCTGCTTCTCCACAACCTCTTATCCTTTGTTGCCTATTTCCCCTTTAAGTCCCCCACCACACTACGGGGCacgctcctctctcactctctctttctctctttctctctttctctcgctctgtacTCTCTCGCTATTACTCTCCCAGGCAGATTTGACGTGAGCTGAAAGGAATGTGCAGCTTTAGGTCAAACTGCAGAGCTTGGCTCAGttgcacacacacagtgacatagCATAAGCCccaaaacacacccacacaaagaGAGAAAGGCTAATCAACAGCCAACTGGGCAGAGTTTTAAATCCCTCTTTAGCCAATCATGCAATaatcctatctctctctttcttcctcttg
>TU1601940
GTCTTTAATTTGGggaaaatacaacacattactgagtatcactctaCATATTCTCAACAccgtggtggctgcatcatgttatgggtatgcttgtaatcattaaggaccggtgagtttttcaagataaaaaagaaatggaatggagctaagcacaggcaaaacccTAGATGTGGTCTAATTGCACCTATCCTGACCGACAGTCCCCTCACCCTATCACCAACCACCATCCCCCTGTCCAATCCCCCTCCAGCAGAGGAGGGACTCCAGCTCCTTCACAACCTTTAAATTCCCACACCTGTCACTAATCAGTGTGGCAAATCTTACCATTTCTGTTTGTAAGTGGTTTGCTACAAGACACCTTTTCTCTTGTAACCCTTTCCTTTGTGTATTTGGATGCTTATGACCAAGTAACCATCCCATCCATACATCCTCAAACATGTTATCATCTGTCATCATTATCTTCACCAATTTAACTGAAATAATAAACCACAATCTCTAATGGGAACTGCACCACGCCCTAACTCAAACCAACAGTTACAGCAAGATACAGTCCTTTTACCAACACAACTCAGATCAGTTTTTAcactagagaaaaacctggttcagtctgctttccaccagataccgggagatgaattcaccttccagcaggacaataacctaaaacacaaaaccaGATCCACACtggggttgcttaccaagaagacagtgaatgttcctgaatggccgagttacagttatgacttaaatctacttgaaaatctctggcaagacctgaaaatagttgtctagcaatgattaacagCGCTTGAAGAATTCTGTAAAGAATACTAGGAAAATGTCCAGGTGTGGAacgctcttagagacgtacccagaaagactcacagctgtaatcgctgccaaaggtgcttctacaaagtattgactcaggggtgtgaatacttatataaatgagatatttctgtatttcattttcaacacatttgcaagcatttctaaaaacatgttttcactttgttatgaTGAActtttgtgtgtagatgggtgagaaaaacacTCCATGTTAttgattttgaattcaggctgtaacacaacaacatgtggaaataAGTCAAGCGGTAGGAgtactttatgaaggcactgtaactgacCCAATGTTTTCGTAATGATAAATTCGGTAATGATCTTAGGATGTACATGTTGTTTAAGTTAGAGTTATGTCAAATGTAGGTTTGGCAAGGTACTCGTCTGAGCACGACCCATCCTTTGCGATGTTAATAAAGACATTAATTGGATTTAAGCATTTGTCCGTTGTTCTCAATATCTTCATTATCATCACAACTCCAAACCCTTCATTACAAAGATGGGTTCAAAATAATCTGAGTAAAATCCATCATTAAAAATACGAATGTTCAGCAAATCTTGCAAGTATTAAACAATTGATGCCTGACAAGCAAGGTTTACAATTGATAAATTAATTTATAGGGCAGCAGGTAGtgtagcggttaagagcgttgggccagtaaccaaacggttgctggtttgaatcctggAACCAACTTGGTGAAAAATCGaccaacgtgcccttgagcaaagaacttaaccctaattgctcctgtaagttgctctgtataagtgtctactaaatgactaacatgtaataTACAACAATTTTACAAAATGTGAAGCATAAAGAATATAATGTAAAGCACTGCATTTTACTGTAATCACATCAGAAATATGGTAATAAGATGACTTCCTGATTTTATTCATCTTGGTTTGACTCCTATTACACAACACTAAGTAGTTTTAAACCGTCAAATAAAGGCTTTGTGAATAGGGACAATACACCCGCCCTTCCTTTTTGTGCTCCACTATGGCAGACGGAAGGATACAGAGAGCTCATTTAAATTAAACCCACATGGCAGTATTTACGCAGTAGTGTCAAAATGGTGCTGGGTCCTCTAAAAGTAGCAGGTAGGCCTTCCTTACAGACAGGTcagtgctatccgggatccttgggatgtccctaccaTAAAATGTAACCCTTACCCAACCTTAACCTTTACACTTACTTTAAccataaccattttaaatgtaaacttcaatggaccagggatgtcccaaggatcccaatTGCACAGAGCCTTTCAGATAGATGTTTTGTTTTCACAGTGCCACTCCTTAGTGTGTACATGGGCAGTAGGTAAGTAAACAAAGATACTGGATAAACATAGGTGCGGTAGGTGTTATTGAATATGAACCACGGCCTGTCACGTCTTTATCCCAAGAACACAGATTTCTCCAGGCCATCCTCCACTTTAGTGTACTCCAGGTGGGATTTGAAATATTTGCTCTCGTACCGGGGGCTGTTCCTGACATACTCCAAGTAGTCAGGGGTTCCAGGACAGATGACATTGTCTGCTAGCAGTATGGATCCTTTCCTCAGCAGCTGACACTCCTGACGAAAGATGCAAAGGAAGAAGGGAAGAATTGGCTGCTGTTCATTTTCATGCAAAGTAATACGGTACATGTACAGGGTAATTGCAGACATATACAGCTGTTTTTTTACCTCTAGAAGTTTGATATCAGGCAGGTAGCGGTCTTTCCAGTGGTCCAAGAAGACAAAATCAAACGTTTTAATCCCAAATAGCTCCTGCATCTTGGGGATTAGATCTCCTGAGGCTCCTTCCACCAGACAAATCTTGTCCTGGAGCCCAGAATACTCAATGATCTGACGAGCCACAGCGGCATAGTCTGGGTTGAACTCCAGGGTAATGAGCTTGGTGCCAGGGGGCAGCAGGCGGGCAATACGAACAGTGGAATAACCACAGTACGTACCCAGCTCCAGGGCAGTGGATGGACTAACCTCGCACACCACAGAGTCCAAGATGGCCCCTAAATACACAGACAGGACAATaatgtgactaacataactacaCAGTTCTTTGTGTAGTTTCCTAGGTAACATATGGCATATTACCACATACCAGTATATATTCAATAGTAACCGGTTATTTGACTGCCTGTGCTTGTGGCATGTGCTTCtggcacatgtgtgtgtgtcaagtacCCTTCTATGCATGTGCAGTCATGCAGATGTTTTATTGACCCAGAGAAACAGTACATTCATGACTGAGCTGTGATAAGTCTTAAGGCTATTCTCTCACAAAACAAGATAGACttgtagagggagggaagaatcCACAGGTCAACATTCAAGAGAGTGTGTAAGAACACACTGAGAGAGGAGGCAACCAGGAAATGCACGTGAAAGCAGAACACAAGGTGTACAATACCTTTCTCATCTCCCACATTCATGGCCCATTCAGAATGCCTGCAGAAGTAATCGATAGTAGAGATGACACTCTGAGGGTCTCCTTTGATTGCCTTCTTCTGAACTGCTCTCAGAAGACGCTGGGCATCAGAGGGAGAATGAGGGTTTGTGTGAGAAGAACCAGACCAGAAGAAACTTCTGATATTAATACAGGGGAaagatgtttttttaaagaagctaTGATATCTTCATCTTCTATCACTTTTCTGCACTAAAAAACGAGTGAATGTAACTGAGTAAACATGAGTTCCAAAGGGTGAAAGGTCTGAGAGGTCACCTGGGGTCGGGTGGATCGGGTGAGGATATTGAGTGCCCTCTCTACAATGGTGTCGTGCCAGAGCAGGGCCCACCATGCATTGTACTGCACAGCTGCAGGGATCAGCCAGGAATACAGGACATACAGAACAGCTGCTCCGCCACAGCACAAAGCCAGGAAAGACAGCAACATGCTGGGGAGGAAAAGACCAGACACACTGTTATAGGAGAGCACACTAGGGTACTGTTTCCCTA
>TU1601945
GTCTTTAATTTGGggaaaatacaacacattactgagtatcactctaCATATTCTCAACAccgtggtggctgcatcatgttatgggtatgcttgtaatcattaaggaccggtgagtttttcaagataaaaaagaaatggaatggagctaagcacaggcaaaacccTAGATGTGGTCTAATTGCACCTATCCTGACCGACAGTCCCCTCACCCTATCACCAACCACCATCCCCCTGTCCAATCCCCCTCCAGCAGAGGAGGGACTCCAGCTCCTTCACAACCTTTAAATTCCCACACCTGTCACTAATCAGTGTGGCAAATCTTACCATTTCTGTTTGTAAGTGGTTTGCTACAAGACACCTTTTCTCTTGTAACCCTTTCCTTTGTGTATTTGGATGCTTATGACCAAGTAACCATCCCATCCATACATCCTCAAACATGTTATCATCTGTCATCATTATCTTCACCAATTTAACTGAAATAATAAACCACAATCTCTAATGGGAACTGCACCACGCCCTAACTCAAACCAACAGTTACAGCAAGATACAGTCCTTTTACCAACACAACTCAGATCAGTTTTTAcactagagaaaaacctggttcagtctgctttccaccagataccgggagatgaattcaccttccagcaggacaataacctaaaacacaaaaccaGATCCACACtggggttgcttaccaagaagacagtgaatgttcctgaatggccgagttacagttatgacttaaatctacttgaaaatctctggcaagacctgaaaatagttgtctagcaatgattaacagCGCTTGAAGAATTCTGTAAAGAATACTAGGAAAATGTCCAGGTGTGGAacgctcttagagacgtacccagaaagactcacagctgtaatcgctgccaaaggtgcttctacaaagtattgactcaggggtgtgaatacttatataaatgagatatttctgtatttcattttcaacacatttgcaagcatttctaaaaacatgttttcactttgttatgaTGAActtttgtgtgtagatgggtgagaaaaacacTCCATGTTAttgattttgaattcaggctgtaacacaacaacatgtggaaataAGTCAAGCGGTAGGAgtactttatgaaggcactgtaactgacCCAATGTTTTCGTAATGATAAATTCGGTAATGATCTTAGGATGTACATGTTGTTTAAGTTAGAGTTATGTCAAATGTAGGTTTGGCAAGGTACTCGTCTGAGCACGACCCATCCTTTGCGATGTTAATAAAGACATTAATTGGATTTAAGCATTTGTCCGTTGTTCTCAATATCTTCATTATCATCACAACTCCAAACCCTTCATTACAAAGATGGGTTCAAAATAATCTGAGTAAAATCCATCATTAAAAATACGAATGTTCAGCAAATCTTGCAAGTATTAAACAATTGATGCCTGACAAGCAAGGTTTACAATTGATAAATTAATTTATAGGGCAGCAGGTAGtgtagcggttaagagcgttgggccagtaaccaaacggttgctggtttgaatcctggAACCAACTTGGTGAAAAATCGaccaacgtgcccttgagcaaagaacttaaccctaattgctcctgtaagttgctctgtataagtgtctactaaatgactaacatgtaataTACAACAATTTTACAAAATGTGAAGCATAAAGAATATAATGTAAAGCACTGCATTTTACTGTAATCACATCAGAAATATGGTAATAAGATGACTTCCTGATTTTATTCATCTTGGTTTGACTCCTATTACACAACACTAAGTAGTTTTAAACCGTCAAATAAAGGCTTTGTGAATAGGGACAATACACCCGCCCTTCCTTTTTGTGCTCCACTATGGCAGACGGAAGGATACAGAGAGCTCATTTAAATTAAACCCACATGGCAGTATTTACGCAGTAGTGTCAAAATGGTGCTGGGTCCTCTAAAAGTAGCAGGTAGGCCTTCCTTACAGACAGGTcagtgctatccgggatccttgggatgtccctaccaTAAAATGTAACCCTTACCCAACCTTAACCTTTACACTTACTTTAAccataaccattttaaatgtaaacttcaatggaccagggatgtcccaaggatcccaatTGCACAGAGCCTTTCAGATAGATGTTTTGTTTTCACAGTGCCACTCCTTAGTGTGTACATGGGCAGTAGGTAAGTAAACAAAGATACTGGATAAACATAGGTGCGGTAGGTGTTATTGAATATGAACCACGGCCTGTCACGTCTTTATCCCAAGAACACAGATTTCTCCAGGCCATCCTCCACTTTAGTGTACTCCAGGTGGGATTTGAAATATTTGCTCTCGTACCGGGGGCTGTTCCTGACATACTCCAAGTAGTCAGGGGTTCCAGAATACTCAATGATCTGACGAGCCACAGCGGCATAGTCTGGGTTGAACTCCAGGGTAATGAGCTTGGTGCCAGGGGGCAGCAGGCGGGCAATACGAACAGTGGAATAACCACAGTACGTACCCAGCTCCAGGGCAGTGGATGGACTAACCTCGCACACCACAGAGTCCAAGATGGCCCCTAAATACACAGACAGGACAATaatgtgactaacataactacaCAGTTCTTTGTGTAGTTTCCTAGGTAACATATGGCATATTACCACATACCAGTATATATTCAATAGTAACCGGTTATTTGACTGCCTGTGCTTGTGGCATGTGCTTCtggcacatgtgtgtgtgtcaagtacCCTTCTATGCATGTGCAGTCATGCAGATGTTTTATTGACCCAGAGAAACAGTACATTCATGACTGAGCTGTGATAAGTCTTAAGGCTATTCTCTCACAAAACAAGATAGACttgtagagggagggaagaatcCACAGGTCAACATTCAAGAGAGTGTGTAAGAACACACTGAGAGAGGAGGCAACCAGGAAATGCACGTGAAAGCAGAACACAAGGTGTACAATACCTTTCTCATCTCCCACATTCATGGCCCATTCAGAATGCCTGCAGAAGTAATCGATAGTAGAGATGACACTCTGAGGGTCTCCTTTGATTGCCTTCTTCTGAACTGCTCTCAGAAGACGCTGGGCATCAGAGGGAGAATGAGGGTTTGTGTGAGAAGAACCAGACCAGAAGAAACTTCTGATATTAATACAGGGGAaagatgtttttttaaagaagctaTGATATCTTCATCTTCTATCACTTTTCTGCACTAAAAAACGAGTGAATGTAACTGAGTAAACATGAGTTCCAAAGGGTGAAAGGTCTGAGAGGTCACCTGGGGTCGGGTGGATCGGGTGAGGATATTGAGTGCCCTCTCTACAATGGTGTCGTGCCAGAGCAGGGCCCACCATGCATTGTACTGCACAGCTGCAGGGATCAGCCAGGAATACAGGACATACAGAACAGCTGCTCCGCCACAGCACAAAGCCAGGAAAGACAGCAACATGCTGGGGAGGAAAAGACCAGACACACTGTTATAGGAGAGCACACTAGGGTACTGTTTCCCTA

Function

NR:

description
unnamed protein product

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU1601943 False 3620 TUCP 0.43 5 66484901 66494667
TU1601940 False 3847 lncRNA 0.42 2 66490657 66494667
TU1601945 True 3532 lncRNA 0.42 2 66490657 66494667

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
cdk16 cdk16 coding downstream 11515 66442214 ~ 66479142 (-)
tsr2 tsr2 coding downstream 53755 66433948 ~ 66436902 (-)
si:dkey-32e6.6 LOC106566508 coding downstream 69593 66382003 ~ 66421064 (-)
bgnb bgn coding downstream 145014 66320422 ~ 66345643 (-)
b4galt3 b4galt3 coding downstream 182590 66303589 ~ 66308067 (-)
abt1 abt1 coding upstream 7365 66502032 ~ 66503955 (-)
zgc:86609 LOC106566500 coding upstream 88436 66583103 ~ 66587055 (-)
LOC118939570 NA coding upstream 203971 66698638 ~ 66706256 (-)
slc6a8 slc6a8 coding upstream 243659 66738326 ~ 66767036 (-)
LOC110492586 LOC106566493 coding upstream 327667 66822334 ~ 67012161 (-)
G1402659 NA non-coding downstream 113817 66359441 ~ 66376840 (-)
G1402604 NA non-coding downstream 172941 66234253 ~ 66317716 (-)
G1402620 NA non-coding downstream 189140 66299646 ~ 66301517 (-)
G1402588 NA non-coding downstream 284417 66205628 ~ 66206240 (-)
G1402728 NA non-coding upstream 30059 66524726 ~ 66525092 (-)
G1402731 LOC106566502 non-coding upstream 36689 66531356 ~ 66531965 (-)
G1402732 NA non-coding upstream 37981 66532648 ~ 66533823 (-)
G1402739 NA non-coding upstream 52558 66547225 ~ 66547438 (-)
G1402741 NA non-coding upstream 54783 66549450 ~ 66549712 (-)
G1402686 srpk3 other downstream 64335 66425551 ~ 66426322 (-)
LOC110492562 LOC106568106 other downstream 736047 65715711 ~ 65754610 (-)
G1401617 NA other downstream 854285 65635482 ~ 65636372 (-)
si:ch211-117c9.5 LOC106566567 other downstream 2042185 64445355 ~ 64485638 (-)
G1400578 NA other downstream 2180201 64309883 ~ 64310456 (-)
G1403498 NA other upstream 948754 67443421 ~ 67444179 (-)
LOC118939478 LOC106566484 other upstream 2296522 68791189 ~ 68795025 (-)
G1404974 LOC106566438 other upstream 2708619 69203286 ~ 69207158 (-)
G1405016 nsfl1c other upstream 2783160 69277827 ~ 69280359 (-)
G1405172 NA other upstream 3023088 69517755 ~ 69518113 (-)

Expression


Co-expression Network