XLOC_033028 (larp4ab)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_033028
gene name larp4ab
gene type coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007117.7
NCBI id CM002890.2
chromosome length 60270059
location 39633065 ~ 39653972 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00064181
TATAATAACACGCACTAATCCGTTTTAAAAGGCCATTTTATTGCGTCGGCATGCAGGATTTAAAAGACATTGTACGTATTtcaacactcattcattcatttttatcagGCGTGTTCGGCATTTGTTTCAGCTGTCGCCACGTGCTCAGCAGTGATCTTGATGGCAGAGGTTGCAGTTCCGGTAATTTGAACATAGGTTTGACAGACGTGAGCCTGCTCCAATCAAACGGAGCTTCATTGTGACGTATTTCAGAACACACCTATCATATAATAGTAGGCGGGTAATATTCAAAGCGTGCCGCCGCATGTGATCACAAAAGAAGCAAAGGAAAGACCAATCAGACTCGTTAAGCACCGTGTCTGTGCTTACGCACAGCGGTTGATGCAGACGATGAGTGGCCGCGAAACGCTTTGGTTGTGAACTTGTACTTTTGCTTTAAACGGAACGACGTGGAATACGGAGCCCGTTGTCTTGAGCTAGATTAATTCACTTATAAAGTACCTAGCGAGTGAAAGCGTTGTCGGGGGAGAGGATcatgctgttgtttgtggagGTGACCACCAAGGGGGCTGGTCTGAATCCCAATGCTAAAGTGTGGCAGGAAGTGTCTGCACCAACCAGCCAGGCTCCAGAGGCAGCCACAGAGACATGCCATTGGCCACAAGCGGATCATGTCTCCACTGAGGAGATGGAGGGTTTCAAGGAGTATAGTGTTGGCTATGGTGACTCTGAGTCGGTCCCTGCTATGGAGACCGGCCTGATAAATGGCATTGAGTCAGTAGAACTGGCTTACCCACTTTACGAACCAGTGGAGGGTGAGACGCTTGAGGAGCCGCCTGCACTGTCCGAGGAGAGTCTTAAGGAGTCGCTGAAGAAGCAGCTGGAATTTTGTTTCTCGAGAGAGAATCTTTCCAAGGATCTTTACCTGATATCTCAAATGGACAGTGATCAGTTTGTCCCTATTTGGACCATTGCGAGCATGGAGGATGTGAAACTGCTGACTACTGATATGGACTTGATACTTGAGGTGTTGCGAGCATCTCCTATGGTGCAGGTAGATGAGAAGGGTGAGAAGGTACGGCCAAACCACAAGCGTTGCATCATCATCCTCAGAGAGGTCCCAGAGACCACCCCTGTAGAGGAGGTGGAGGCTCTGTTTAAAAGCGAAAAGTGTCCGCAGGTCATCAGCGTGGAATTTGCACACAATAACAACTGGTACATAACATTCCAGTCTGACACCGATGCTCAGCAGGCTTACAGATACTTGCGTGAGGAAGTCAAAACCTTTCAGGGCAAACCAATTATGGCTCGCATCAAGGCCATTAACACGTTCTTCGCTAAGAATGGTTTTGGGGCAGACTCTGGGGTTTACTCGAGTCCATCACAGTACTCGTCTCCAGTTTACCTGCAGCAGGTGTACCAGCCTCCACAGCAGTACCCGCTATATAGCCTACTGCCCCAGACGTGGACGCCTTCACCCACCCCATACTTTGAAACGCCACTGGCTCCATTTCCCAATAGCACATTTGTTAATGGCTTTGGCACAGCAGGAAACTACAAAACTGGCACTTCTCCAATCAGCCTTACACGCAACTACCCCCGCAACCGGAATCATGTAAAGCCTCGTGCTGATGTGGGTCAGCTAACTGAAACATCATCCGGTGCCGGCAGTCCACAGCCCCCATGCACCCCCTCTTCAGACAGCAACGCCTCCACCCTCACCCCACTCTCTGAACCACCCACTTCCCCCAGAGAGAACCAGCACTCTGACCTCTCCATCAGCAGTCGAGTCAGgagaggaagcTATCGTGGCATGAGGAGGAGGAGAGAAGATGAAAGAACGAGGCCGAATGCGGAATTGGAGGTGAAAGCTCCATCCCCAAAGTTTGACCTGGCAACCACTAATTTCCCGCCTTTGCCAGGGGGGGTGTCGGGGCATCTGCCAAGTGTGACCGTGCAAACAGAGTCTGTGTTGGAGAATCGCATGGCAGATGTGGTTAAGGGCATCAGCAAGGTGccAGAAGCAAGTAAGCAAGAGGTCAGTCAAGATACTGGAACGTGTCAAGGGGAAGCACAGACAACCGGACCCTCAGTTCCAGCACTGAAGCCTCCCACCACTAAAGTGGATCCACCTGTAGCTAGTGTTATACATCAAGTGAAGAAACCAGTGCTAGAGGTTCAGAATGCTGTCACGCTTCCAGATGCTGCTGCAGCAGTGACCGTAAACCACGTCCAGCTCATTTCCGCCCCCAAACCTACATGCAGCCAATCAACTCCAAGCACTGCTTCTACCCCACCTCTTCCAACAAGCACAATTGTACAGGAGCCTCGCAAGCTGAGCTATGCAGAGGTGTGTCAGAGGCCACCCAAAGACCCTCCCCCTGTCCCAGTTGCCCCGCCCAGCCCCACACCCTCTCCTTCTCCCACCCCAAACCAACCACTACGTGAACTTCGTGCCAACAAGGTGGATGGTCCAGCCTCATCCCGCTGCAGCCCTTGGGACAAATTAGAGAAAGGTGAGAGTCGGACGTCCAGAGAGCAGACTGGATACCAACGTGGTAACGGCTCAAGAGGGTCAGGATTTAAGCTCAGAGAGCAACAGAGACGACCTCCACAGGGTCGACGCTGCTCTCCACAGTTGGGATACAACAGACGCAGTGGAAAAGAACAAAACATCCCACCCAGATCGCCAAAGTAATGCCTCATGCCCACAACATGTGCACACTTGTGTGTATACCTAGATACACAACTTTTTTATATATCTATACACCCACAAAGCGAgtatataaatctatatataaatatctataatCTACATATGAAAACTGGACTATCGCACTGTGGTGTTGGAAGAAATCTCGGCTTCCTGAATGACTGATATCTGGGAAGTTGATCCTTAAAGAAAACTAGGAATTTACAGAAGATGAACAACCTCTTAAACTTGAAAAGAGAAACGGAGGCCATGCTTCCTGTATTGTCTGtgattttttacagatttatttagcTTGTGAATGAGTTTTGATTTTTACTTGGAGTGTTTAAGGTCCTGGCACTAGTGTACAATgctgtacattttaaatataaatatatttctttttttattatctatATATGGTGGTAGTGCTGTTGGTTGAAATCAAGCCAACACCTGTTTTCCACATGGAACAGATCATACAAAGACAAAACCTGTCAACCCACAGGTCCATAAATCACTGTTGTGCGTtccagtgtttgtttttgttattttttaagtgGAAGCAATTCCAAGAGTTGCTGAGGACATTTGGATTCAAATGTACTTTTACAAATTGTGTATTTGAAGTACAGCAACTCATAATAGTTAAGCATTTTGTTCTGTCAAAGTATCCAcaagatatttacaaatattgatATTGGTTCCCTTAATCTAGCTCAGACATATCAGTCGACTtttgatttattaacaaaaaaaagctGTTAACATGTAAACTGAGTTAACTCCATAAAGAACATGGAGTTGTGTAAAATGATGCGTATAGCATTTTCATATTCATGCCTAGCCACTTTTTGAGCAGCTCTTCTGGAAGTATTACAGTGTTATAAGCCATGACCCAAACCAACAAATTTTGATGCAAGAAATTGGACAAAATAAGAGCATGTACTTAATGGCATTGATGAGGGAAAGTTGCTGAAGTtaatttgcaaaatatgtatgcgtgtgtgaagAAAGCTAGATTAATTCATTTGCCACACTTTATCACAGTGGGAAAAAAGCATCCtgtcggtgcatccctaattgaAGTTTAGTATCAGCTTCACCATTAAAATGTTAAGTTAtgttagtaaatgttttttttttttttttttttctccctctgcAACATGAATTGCTCCCCGTATGCTCTTATCAAGTTACTTACTATAATCAACTTTTATACAATGCTCACAACAGGTACAAAATTCATGTTTTTCAAATGGGTGCatccatttttttgtattttttcttttttaaagcaaacttaaattttatatttgtttaccaCAAACACTTTTAGTCCTACCAGGAAAACCACCATTGGTGCAAATCTTAAGGGAGCCTATGGTGAATTATTTTAGCCATTCATGCGCCACTCTGTATGACGAGTCTAAATATTTAGTCATTGCAAACAGCTGTAAGATTGGAGAATTTACTGTAAGGATTGTTTGGGAATCCTGTCGATATGTGGCATGGAGTTTCAGTTCTATGATTCGTAAAACAGTGATTTCTTAAAGTCTGTTCTATATGCCATTTCATCAAAATTGCTTTGTAATTGAAATTGAGTTATGAGTTGCCTGTAGGATCTCATCACCAGTCTTAAACTGGGAGATCGGTTTGTTCAGACGAAGAAGGAAAAGTGTAGGTTTGAAGGGCCGAGTGAAGCTGAatgaaacatttgtcatgacaAATGGATGGAATAGTGCCAGACATGCATTGAACAAAAGATTCTGACAGAAACCAGTGGTGTATATTTAAGTTTGTTTCGAGTTGAGAGTGTCGTGCTGTTTAACGTCTGTGATTTTTGTCCAGTGATTTTTGAATGCTGGGTATGTCAGTAACGAAGATCAAGCTGCTtttaagctgaatgaatgaactccAATCATTCAAACAGATGAGTGAAGCCACTTTTTGTCTTCCTTTGCTTATTTGGAGTGAAAGTCTTGTTAATGTTTTTAGAGGTCAGGTTGTTTGTATTGTCGGCTCTTGACTGAATATCTATTTTCCGTCTGCTGTAGATGCTGGTGACAAATATCAGGTTGGATCTCAGTTAGTGCTGCTTCGCTGTTCATGTCCAGTTTGTGATATTGAGTTTGTCTTTTCTatgttttctttctgtttgtttgtttaataatttttatgtGACACTTACATTTATGCCTGAACATTTCAGGTAGGATTACATGTATTATACCTGCTACAGCACTCATCATTTACCTGTGTCATCTAATCTCATGTCTACTTTGGTAAAAGAGGGAACTCAGGACCTCAGAGAATTGATATGTATGACTGCTCATTTTGTCCTGTGGACTTTCTGCaggatttttatttgtttcttttcttgAATTGTAGCCTTTTGAGTTCAGTAATACTTTTTAGGGGTCTTAAGTTTCAGTTAATGATGTATATTGAATGTTTAATCGATGACACTGTATTGCATGATTCTCTCCTCAATTTGTCGTCCTTTTCTTGACCTGTTTTGCATCTGGTATAAAAGTAATGGTTCACCCATAAATGGGAAAATTACACTAGTTTACTCTCCATCGAATCATCCTCTGTGTATAAGACTTCTGTTCTGTCAGACCAACACAGTAGTTTAATTAATATTCTGGCTCTTCAGTGCTGTTTAAGGAGTAGTGGCCTTTTGCCAAAGGTTTTAATTGTATAAATGGGTTGTAAAACTAAAACACAAGCATCAGGTGATTAATGCATGTCTTATGAAGTAGATTGAATTGTTTTTGGAACAAAAGTAAATGGAGACCAAGGTCTGCCGAGAAAGTGTTGTGCGCATTTGGCAGTCACAGGAAGTCAGATTTGAGATTAGAATGTAAAAATTGAAAATATTGGAGGATTAATACAAGTAAGTTATAGGGTTGTTTCctaatttgggtgaactattccttctaAGGTGTTTTTGTTGATCCAATTACAAGCGGACAAGTGTAAATGGAAGgggaatgactttttttttttttttttttttttttttttttttgaaaattgcaAGAGCTTCTTTCTGAATTTTTTAGATCAGAAGAAGCCTATGAATGTTTTTCCCCAGAGAAACCTTACTCAAAGACGTTAGAAAAGTCATCTGAAGCAGACAGTGATTGATTAAAACTACTAGTGTTAGAGCAAATGTCTACATGTCTTTGATAAACCAAAGCCTCTTAATACCAGGTGAAAATAGGGTCTTAGTCTCATTCACATTTATGGATGGGCTGTGCACAAATCCAGACCAAAGTCAAATCAGCTGAGAGACAATCTCAGGaagtgctgtgtaaatgcagtagCTCCTCTCATCGTTCTGCCATGGGCAGGGCCACTGTTTAATGAATGAGTGGTTTTCATTTAGATGTTGAACAATGTACGCgttttgagtttgtgtgtgtgaccttATGAAGGTGTcctaatgaatatatatatttttttttttcaaaatcccCTTTTTATTTGGCTGTTGTAGGAAAAACGAAGGCATTGGAGGGAACTTTCATGCatcagttttaatttatttcaagttGTCTTGTTTAACTCTCAGTAGTGTCTTTCTTGCCCTAacgtttgtttgctttattagtTTGAGATTTTTTCAGACTTATTTTCTATATTTGGCTATATTATTCATGGGCGCAAACTATGTAGAAACTGCGCCAcacaaatgattaaaaatcagTGGACctggttttatttttgtaattcttTTATCTGAATTAATGGATTTGATTCATAACTGGTTGGTGAAATGAAATGTGTTGCATTTTGTTGCTAATCTTATATCCTATGTAGGCTGTAAGCTTTTTAGACATGAAATGGTGCAGTTACGAGTAGCAAGTCTTTTagcccaaaaacaaaaaaacagaaaaaagacaaGTTTTTGCCTTTTCTTTTAATTCTATAGGGGTTTAGGTTCTGTTTCGGAACAGAATTGACATAGCAACTGCTGAGTGAAATGTTTTGAATGATATTATTAGATGTTCAATGAAAAATGCTAAggagaaatggaagaaaaaaataaatgataaaatgacTTTAACCTGTGtgcttgtatttattattatgtgaAATGTTTAAGGGCTTCTAGTTgatgaataaactg
>TCONS_00064182
ATGCTGCTTGCTGGCTCGTTGTCATTGAGATGTGTTTTGTGTCACTCAGTGGAGGGTGAGACGCTTGAGGAGCCGCCTGCACTGTCCGAGGAGAGTCTTAAGGAGTCGCTGAAGAAGCAGCTGGAATTTTGTTTCTCGAGAGAGAATCTTTCCAAGGATCTTTACCTGATATCTCAAATGGACAGTGATCAGTTTGTCCCTATTTGGACCATTGCGAGCATGGAGGATGTGAAACTGCTGACTACTGATATGGACTTGATACTTGAGGTGTTGCGAGCATCTCCTATGGTGCAGGTAGATGAGAAGGGTGAGAAGGTACGGCCAAACCACAAGCGTTGCATCATCATCCTCAGAGAGGTCCCAGAGACCACCCCTGTAGAGGAGGTGGAGGCTCTGTTTAAAAGCGAAAAGTGTCCGCAGGTCATCAGCGTGGAATTTGCACACAATAACAACTGGTACATAACATTCCAGTCTGACACCGATGCTCAACGTGGACGCCTTCACCCACCCCATACTTTGAAACGCCACTGGTGA
>TCONS_00064183
ATGCTGCTTGCTGGCTCGTTGTCATTGAGATGTGTTTTGTGTCACTCAGTGGAGGGTGAGACGCTTGAGGAGCCGCCTGCACTGTCCGAGGAGAGTCTTAAGGAGTCGCTGAAGAAGCAGCTGGAATTTTGTTTCTCGAGAGAGAATCTTTCCAAGGATCTTTACCTGATATCTCAAATGGACAGTGATCAGTTTGTCCCTATTTGGACCATTGCGAGCATGGAGGATGTGAAACTGCTGACTACTGATATGGACTTGATACTTGAGGTGTTGCGAGCATCTCCTATGGTGCAGGTAGATGAGAAGGGTGAGAAGGTACGGCCAAACCACAAGCGTTGCATCATCATCCTCAGAGAGGTCCCAGAGACCACCCCTGTAGAGGAGGTGGAGGCTCTGTTTAAAAGCGAAAAGTGTCCGCAGGTCATCAGCGTGGAATTTGCACACAATAACAACTGGTACATAACATTCCAGTCTGACACCGATGCTCAGCAGGTATTCTTGACAAACACACTATCAAAAAGCCTTGCTCATGTAATACATGTGTAA

Function

symbol description
larp4ab Predicted to enable RNA binding activity. Orthologous to human LARP4 (La ribonucleoprotein 4).

GO:

id name namespace
GO:0003723 RNA binding molecular_function

KEGG: NA

ZFIN:

id description
ZDB-GENE-100729-2 Predicted to enable RNA binding activity. Orthologous to human LARP4 (La ribonucleoprotein 4).

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000074979

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00064181 False 6833 mRNA 0.41 16 39633065 39653972
TCONS_00064182 False 534 mRNA 0.49 5 39644266 39649504
TCONS_00064183 True 546 mRNA 0.47 4 39646434 39649504

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_033027 atf7b coding downstream 1884 39613357 ~ 39631181 (-)
XLOC_033026 dip2bb coding downstream 27331 39531135 ~ 39605734 (-)
XLOC_033025 CU467856.1 coding downstream 107560 39524924 ~ 39525505 (-)
XLOC_033024 NA coding downstream 111233 39491846 ~ 39521832 (-)
XLOC_033023 scn8ab coding downstream 143875 39392442 ~ 39489190 (-)
XLOC_033029 pfdn5 coding upstream 7616 39661588 ~ 39666722 (-)
XLOC_033030 espl1 coding upstream 14878 39668850 ~ 39700965 (-)
XLOC_033031 itgb7 coding upstream 49260 39703232 ~ 39727244 (-)
XLOC_033032 pfkmb coding upstream 83436 39737408 ~ 39765546 (-)
XLOC_033033 myl6 coding upstream 220205 39874177 ~ 39893526 (-)
XLOC_033009 NA non-coding downstream 868739 38759546 ~ 38764326 (-)
XLOC_033008 CR628341.2 non-coding downstream 1035281 38597669 ~ 38597784 (-)
XLOC_033006 CR407584.1 non-coding downstream 1274985 38132511 ~ 38358080 (-)
XLOC_033038 NA non-coding upstream 384720 40038692 ~ 40044111 (-)
XLOC_033043 NA non-coding upstream 519256 40173228 ~ 40182520 (-)
XLOC_033046 NA non-coding upstream 729452 40383424 ~ 40409125 (-)
XLOC_033052 NA non-coding upstream 823458 40477430 ~ 40482198 (-)
XLOC_033055 CU855953.1 non-coding upstream 971332 40625304 ~ 40625420 (-)

Expression


Co-expression Network