XLOC_033038


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_033038
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007117.7
NCBI id CM002890.2
chromosome length 60270059
location 40038692 ~ 40044111 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00065201
GGAGTGTTTACTGGGTGACCCGACGCTGGAAGAGAAATTCAGGCGATTTAAAAAGCGTGATTTGACAGAAACGTACCGATTTCAAATGGCATGTGGTTTGTTGGGACAGCGAAAATGCAGCAGTAGTGCCTTTAGGAAGCATATTATGGATAAAATGAGCATCTTTCCCCCAACTCGTCCGCAGCCAACATGCCATGACGCTCGACCTGCTGTACCTGCATCAGATCACAGTGGCGCTACTGCTCAGTTATTTTACAACCGCTTCCCTGAAGACAAACCCGCCGAACACCCTGACTGGATCAGCGACAGGAGAGCCTTCAGACGGGCGGTGGACGGGATGGGAAATCTGCGCAAATGGATCAATAATAAACCGATACTCTCCGACCTGGAGATTCACATCGCGGAACGAGACAGACGAGCTAAGCGGATTTCAGCATCTTTCCCTCCAGAAGCAAGTATTTGTACACCACCACCATAGGATgccaaagtaggagtaaaaattATTGATAGTTCAAACTTAGATTGAATTGAATTGTGGCTCTAGAACAGGGGTcaacaaccctgttcctggagagctaccttcctgcagaattcagtcccaaccctgatcaaacacctGAACCCGTTAATAGTACctaagcagcacttgataattacaatcAGGTGtatttggtcagggttgcaactgaaatgtgcaggaaggtagctctccaggaacagggttggtgacccctgctctagaaagTGTATGAATTCAGTTGCAGTAGTagagaaacatttgaaaaaaagatttcagACATTGCAGGTCAATATTAGAACTTCTCAGTTGATTACAGAAATACactcatgtttttaaaaatatggaaATATATTATGCATGATCAGGATCAATGAAGCGTGTGCTAATTTTCATTCtagcacacgcacacgcacacgcagaaaataaaatctaaatattggttgaatttttttgtttcgtttttagACGGACTGTCAGTAGCCTATTTTGCAGAGGaggtttttgagatttttttatcATTCCGATGCATTCGGAGATTTTACAatctaaaatgtttataattgtggaaattatttattttggatgtgtattttttatgttttcttatTAGACGATAAACACTTCACACATTTCAAAACTGACAGGTGCTTACTGCATTTTGCTTGGAGTATATCTAAACcaaataaatttcaaaaactatattaaacaaactatttttttctatatattcAATAGATTCATATTTTCAGCAAAACATTTGTCTTTTCCAGTCTCATCGCACACTTCAGCGTGACGTTGAAGAAGTGAAGTGTTTTCTGCGCATGCGTGAAGCCTGCAGTTTCTCTAAACTCTTGGATTGGAATGGGACTGGAAGATTAAAGCGAGCAGATCTGTCTACTCTGTTTAAGAAGGTGTGTGCATATGCAGATTTAGTTTTTTGGACTTCACAGAAATATTGTTTCTAAAACCAGAACAGCAAGATTAACCAGAACAGCTAAtttgtgttttggtttgtttgtagAAAGGCTTCTTGATCCCACCTGAGCGAATGAATGTGCTGATGTCCTCTTTAAATAGTAAGGATGGAGACTCAGTGACTGTGGATGACCTGGCAGCTGCTATTCAGACCTGGAGCAGAAAGCATCAGGAAAGAGAACTAAACTTAAACCCTGGTATGTTTTGTTCAGAGGTTAAATGGATGGGCAAGAACTTCTACAAGTGCAAAGATGTGATTGTGAACATGAATTTCTTTCAGAGTGTGATATCATGGggtattttgttttatgttattgGAATGCAGACAATGAGAAAGAGATTTCATCAGGACCTCACTTTAAAACTCATGTAGACCAGAGAGATGACCAGGTAGAGCATCACATGAACATTATTATAGCAGGCCATTATTAAGAATTGATTTCATTACCAATACCAACAGCAAATACATGAATGTGATATTTGATCACAGTATTTATTTTCATATCATGTACAATGTACATCCATGTACCATGTAAATACAGGTAAAGGTAGTATaggtaaaattattagcccctctgagaaaaaaaaacttggctgttttttttttattttttttaatattattgttttttttattattttttctcatGAGGTTAATATTATTTGCCACCTTAAGAAATGATTTAATTCCAATTAGCTACTGAACACAGTAACTAGTGAAATATTAAGttctgtcatcaaggcaaagacaaatcagttattagaaatgagttattaaactattatgtttggaaatgtcttgaaaaatcttctgttcattaaacagcacttgataaaTAGTAGAAAAAGAGTTTAAatgtcacaggagggctaataattttgccatcAACTGGACTTGAGTCAAAGATGAAAAAGCATTTTCAGTTTTCAGAGCAATACATGTTCAATGTAGCTGTTTATTCCCCATATAAttcaacattatttattgaactcattatttattaatagtaacacttaattttataattaaatattaataatagtatcaAATTATTCCAGCTGATTTAAGATTCAAGCAGCACTACTGCAGATGTATATGTGTTTAGGAGGGTCTTCAGGATGTGGAGGTGTTTGTAATCATGCGCAGATGTCTGAGCTCTTCCCCTTCTGCCCTGAGCGGGTCTATGGCCAGAGAAGTGGATCGTTTCAGAAGACTTTGCTCTAGTGCATACCTGAAATCACTGGAGCAATGCCAACGACAGGGGCTTAATGTGAGCCAAGCCACTCTACAGAGAGGTAATATACAGTAGAAACTGCACATATGCGCTATAGCACATTCACAGGACAGAATGAATGCATGCAGAACACGAATGCAAACTGACATTGTCTCCATCTGTTAGTTCTGCTGCACCCTAGTGACCTGAACCTGTATAGTTCCAAATTGCAGGGGAAAGCTCACTTAGGCTGTCGAGGACCAGAACAAGGTCTGACGTTCATCAGGAAACCCAAAACACTTCAAGTCCAAAATGGAGCACACAGAGACAAGTAAGTCTCTTAATGAGGAACAATCTACTgattacactaaaaaaaaaaaagagttgctgtttgttcaaactaattatttcaaataagctgaaacaacacaattcttgagttgttTTTGGGACAAACTAAGTGTTTTATGTTGAACCCACaccaagagtttacacttagatgTTGTTTcagtttgacatgctgtcccgggagagaaccctgagcttggagagcCCAGGGTACCTGCCTGGTCAGTTAGCATGTTAGGGGGTCCAAGATCAGgcaggtctcgagagctcccctgctAAATGAGGAAAagaaggagatggggtggaatGGGTGATTCCAAAATAAAGATAAGGCTGTAGGGTGAAATAggtctatttattgtaggcttggatcagtctgattggattattgcttATTACGGATGAGAGACCAGCCTTGATCATTTATAGCACGTGCTGCTCTCAAAATGAGTTTATaaaaccacttaaatttgtaaaaactaacaagcTAACTTAGTTCCTTtgtgttgtctcaacacaaatcgattgtgtggaacccagatttttttacagtgcaggtccAAGATGATtttaattgatttcttttttttctgagccaaaaaacaacaaatttgaAACATGATTTATTCTGGTCTTAATGAATTATTCTGGTATGTAATAAAATgtctatattaaataatataaattatttatattatattattcataattgatatattatacatattttcaTTCAATTATGCAAAATATTATAAGATCAGTTCTTGCTGAAAATGGGTTCAATGTcttctaaatatgcctgacaagattAGATAGACTTCTATATCTGTTAATGTTACACTGAAGCACTTTTTAGGTGTTTTCTGCAATTTCTTTGTCTCTCTTTCTTCAGTCTTATCCAggaaaaaaagtaaatcaaaaaaGAAAGTAATTTTGATGTGTTTTGTAGGAAGAAGCAGTCAACTGGATGGGCAGATTCTAATGCCTTTTGGCCTGGAAAGGAAGATCATGTGCGCTTGTTTCTGCCTGTAAAGACAAGTTCTCCTGCAATGGTTTTATTTCAGCATATTGAACGCACTGCTGTGCCGAGTCCCGGACACTGGCCTGTGAACCATTTGGGATATTCAACCTCTGGAGATATAGAAGCTCGCAAGATGTACAGCCTCTAGGACATTTTTGAATCATTGCCTATATTGAACGTAACGCTGACTACATTTACAAGGACATCAGTGATCGAATTATtggccttaatctgaataagataataatatgattaaggtgttttcaTGAGTTGCTttctgaatgttcctttcatgattctGTTTTttcatgttatagcacataattcgattaacgtcattgcgtcgcCATGCTGTCCacattaggcatgggatgataaccggtttcaaggtttaccgcgatttggaaaagtcaaggttttaataacGCTAAAATGTTTTGTTACTATTCTCaaggtatatgtaaggttttttaaatatattttttatgtgttgtaaagaaatctatgtttttgaaactaatgaatagAGCagaagttaatgatttatttaaaatatttaccctgacatgtttactgctccaaaatattatgctTTGTACAATAAAATCTCGAttggtgcagagaatagtgtcataAAGCCGTGTATGTATGAattatcctgtcgcaaaatgcgacTAAAAGTCTAACATGACGGTAAttgtttgattaaggtgtttacaagTCTGCACTGCatcagtttagttcaattatgaccttaatcggattaaattaatcaaaaatcactttTTACATGGTCGACTTGTAATGAGTACCTATTGTCTTtgtcggattattggtgtccaaaATGTACtgattgtttgaatttttttaccATCAGAGGGTGGCACATAATGCTGAAATACCCCTTATACTGCTATTTAAA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>TCONS_00064208
gtttgactttaatatgatttaataattaAGTCCATGACTGTCTTGAGTGAAAAGAAGAACAGGTTTGACCTTTGAGTCAGAAGAATGGCTGTCATGGATACATATGTAAACTTGCCACCCATAGACTACTGCAGATCCTTCTTAACATTCTCCACAGCTACACAGGCTATAAGAAGCAAGTAGGTGgcgtttaataaaaatacattaattaaattgtgtttatttcgttaggatttttagtttttggagatttaattttttaacaatgacTAAAAGTCCTACAATGGGTATGGAGTGTTTACTGGGTGACCCGACGCTGGAAGAGAAATTCAGGCGATTTAAAAAGCGTGATTTGACAGAAACGTACCGATTTCAAATGGCATGTGGTTTGTTGGGACAGCGAAAATGCAGCAGTAGTGCCTTTAGGAAGCATATTATGGATAAAATGAGCATCTTTCCCCCAACTCGTCCGCAGCCAACATGCCATGACGCTCGACCTGCTGTACCTGCATCAGATCACAGTGGCGCTACTGCTCAGTTATTTTACAACCGCTTCCCTGAAGACAAACCCGCCGAACACCCTGACTGGATCAGCGACAGGAGAGCCTTCAGACGGGCGGTGGACGGGATGGGAAATCTGCGCAAATGGATCAATAATAAACCGATACTCTCCGACCTGGAGATTCACATCGCGGAACGAGACAGACGAGCTAAGCGGATTTCAGCATCTTTCCCTCCAGAAGCAATCTCATCGCACACTTCAGCGTGACGTTGAAGAAGTGAAGTGTTTTCTGCGCATGCGTGAAGCCTGCAGTTTCTCTAAACTCTTGGATTGGAATGGGACTGGAAGATTAAAGCGAGCAGATCTGTCTACTCTGTTTAAGAAGAAAGGCTTCTTGATCCCACCTGAGCGAATGAATGTGCTGATGTCCTCTTTAAATAGTAAGGATGGAGACTCAGTGACTGTGGATGACCTGGCAGCTGCTATTCAGACCTGGAGCAGAAAGCATCAGGAAAGAGAACTAAACTTAAACCCTGACAATGAGAAAGAGATTTCATCAGGACCTCACTTTAAAACTCATGTAGACCAGAGAGATGACCAGGAGGGTCTTCAGGATGTGGAGGTGTTTGTAATCATGCGCAGATGTCTGAGCTCTTCCCCTTCTGCCCTGAGCGGGTCTATGGCCAGAGAAGTGGATCGTTTCAGAAGACTTTGCTCTAGTGCATACCTGAAATCACTGGAGCAATGCCAACGACAGGGGCTTAATGTGAGCCAAGCCACTCTACAGAGAGTTCTGCTGCACCCTAGTGACCTGAACCTGTATAGTTCCAAATTGCAGGGGAAAGCTCACTTAGGCTGTCGAGGACCAGAACAAGGTCTGACGTTCATCAGGAAACCCAAAACACTTCAAGTCCAAAATGGAGCACACAGAGACAAGAAGAAGCAGTCAACTGGATGGGCAGATTCTAATGCCTTTTGGCCTGGAAAGGAAGATCATGTGCGCTTGTTTCTGCCTGTAAAGACAAGTTCTCCTGCAATGGTTTTATTTCAGCATATTGAACGCACTGCTGTGCCGAGTCCCGGACACTGGCCTGTGAACCATTTGGGATATTCAACCTCTGGAGATATAGAAGCTCGCAAGATGTACAGCCTCTAGGACATTTTTGAATCATTGCCTATATTGAACGTAACGCTGACTACATTTACAAGGACATCAG

Function

GO:

id name namespace
GO:0044444 obsolete cytoplasmic part cellular_component
GO:0012505 endomembrane system cellular_component
GO:0005737 cytoplasm cellular_component

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

ZFIN:

id description
ZDB-GENE-131121-633 No description available

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000096949

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00065201 False 5129 lncRNA 0.36 1 40038692 40043820
TCONS_00064208 True 1719 mRNA 0.45 7 40039534 40044111

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_033037 si:dkey-197j19.6 coding downstream 149 40031007 ~ 40038543 (-)
XLOC_033036 pfkfb4b coding downstream 9269 39993605 ~ 40029423 (-)
XLOC_033035 sumf1 coding downstream 118587 39913853 ~ 39920105 (-)
XLOC_033034 tsfm coding downstream 135261 39897543 ~ 39903431 (-)
XLOC_033033 myl6 coding downstream 145166 39874177 ~ 39893526 (-)
XLOC_033039 uroc1 coding upstream 924 40045035 ~ 40058686 (-)
XLOC_033040 chchd4b coding upstream 16298 40060409 ~ 40063464 (-)
XLOC_033041 sec61a1 coding upstream 21090 40065201 ~ 40071899 (-)
XLOC_033042 ip6k2b coding upstream 45632 40089743 ~ 40162750 (-)
XLOC_033043 NA coding upstream 129117 40173228 ~ 40182520 (-)
XLOC_033025 CU467856.1 non-coding downstream 513187 39524924 ~ 39525505 (-)
XLOC_033024 NA non-coding downstream 516860 39491846 ~ 39521832 (-)
XLOC_033009 NA non-coding downstream 1274366 38759546 ~ 38764326 (-)
XLOC_033008 CR628341.2 non-coding downstream 1440908 38597669 ~ 38597784 (-)
XLOC_033006 CR407584.1 non-coding downstream 1680612 38132511 ~ 38358080 (-)
XLOC_033046 NA non-coding upstream 339313 40383424 ~ 40409125 (-)
XLOC_033052 NA non-coding upstream 433319 40477430 ~ 40482198 (-)
XLOC_033055 CU855953.1 non-coding upstream 581193 40625304 ~ 40625420 (-)
XLOC_033056 NA non-coding upstream 581520 40625631 ~ 40629161 (-)

Expression


Co-expression Network