G1405954


Basic Information

Item Value
gene id G1405954
gene name NA
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048580.1
NCBI id CM023234.2
chromosome length 78541548
location 70104852 ~ 70106962 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU1605821
CCCCACAAACTTGTTCATGTACCAGCGCTGCTCAGGCACCTGGCGAGGGATCTGATTGGTGCGGACGGGGTTATCGTACGGCTGCTTGCGGAAGCCAAAGTAGTAGCCCAAGTAGACCAGCGGCATGGAGATACCGAACCACATGCAGAGTAGAGCCAGcatggtggtgaaggggacctgAAGAGGGAAGACGACGTCACAGGTTGAGATGGTCCACAACACCTGTCCTTGTTCTGAGGGCGGTAGACTGAATGTGTTGATGATATTCAGGGAACAGGTGTATTCCAGATCATTGTGGAGAATTGGAAAGCATGTGGATTTGACATATATTTTCTATGTCTTGTTTGAAAAACCAATGGCCCTCTCTGGGTCAAATAaagtggtcctatagacagtgAATGTGTTGCTATAcagtggtcctatagacagtggtcctatagacagtgAATGTGTTGCTATAcagtggtcctatagacagtggtcctatagacagtgGTCCTATAGACAGtgAATGTGTTGCTATAcagtggtcctatagacagtgGTCCTATAGACAGtggtcctatagacagtggtcctatagacagtgAATGTGTTGatagacagtgGTCCTATAGACAGCGGTCCTATAGACAGCGGTCCTATAGACAGTGAATGTGTTGCTATACAGCGCTCCTATAGACAGCGCTCCTATAGACAGCGCTCCTATAGACAGtgaatgtgttgatatacagtgggcctgtatgTAGGAgactagctagctcacagctccAGAAGAGTGCTCTCCCCAGATGAAACAGTTGAGGACGAAGCAGATGGAGAAGACCACAGCCGGGTACAGAGTGGCCGT
>TU1605823
CCCCACAAACTTGTTCATGTACCAGCGCTGCTCAGGCACCTGGCGAGGGATCTGATTGGTGCGGACGGGGTTATCGTACGGCTGCTTGCGGAAGCCAAAGTAGTAGCCCAAGTAGACCAGCGGCATGGAGATACCGAACCACATGCAGAGTAGAGCCAGcatggtggtgaaggggacctgAAGAGGGAAGACGACGTCACAGGTTGAGATGGTCCACAACACCTGTCCTTGTTCTGAGGGCGGTAGACTGAATGTGTTGATGATATTCAGGGAACAGGTGTATTCCAGATCATTGTGGAGAATTGGAAAGCATGTGGATTTGACATATATTTTCTATGTCTTGTTTGAAAAACCAATGGCCCTCTCTGGGTCAAATAaagtggtcctatagacagtgAATGTGTTGCTATAcagtggtcctatagacagtggtcctatagacagtgAATGTGTTGCTATAcagtggtcctatagacagtggtcctatagacagtgGTCCTATAGACAGtgAATGTGTTGCTATAcagtggtcctatagacagtgGTCCTATAGACAGtggtcctatagacagtggtcctatagacagtgAATGTGTTGCTAGAcagtggtcctatagacagtgGTCCTATAGACAGCGGTCCTATAGAcagtggtcctatagacagtgAATGTGTTGCTAGACAGTGGTCCTATAGACAGCGGTCCTATAGACAGCGGTCCTATAGACAGTGAATGTGTTGCTAGAcagCGCTCCTATAGACAGCGCTCCTATAGacagtgaatgtgttgatatacagtgggcctgtatgTAGGAgactagctagctcacagctccAGAAGAGTGCTCTCCCCAGATGAAACAGTTGAGGACGAAGCAGATGGAGAAGACCACAGCCGGGTACAGAGTGGCCGT
>TU1605828
CCCCACAAACTTGTTCATGTACCAGCGCTGCTCAGGCACCTGGCGAGGGATCTGATTGGTGCGGACGGGGTTATCGTACGGCTGCTTGCGGAAGCCAAAGTAGTAGCCCAAGTAGACCAGCGGCATGGAGATACCGAACCACATGCAGAGTAGAGCCAGcatggtggtgaaggggacctgAAGAGGGAAGACGACGTCACAGGTTGAGATGGTCCACAACACCTGTCCTTGTTCTGAGGGCGGTAGACTGAATGTGTTGATGATATTCAGGGAACAGGTGTATTCCAGATCATTGTGGAGAATTGGAAAGCATGTGGATTTGACATATATTTTCTATGTCTTGTTTGAAAAACCAATGGCCCTCTCTGGGTCAAATAaagtggtcctatagacagtgAATGTGTTGCTATAcagtggtcctatagacagtggtcctatagacagtgAATGTGTTGCTATAcagtggtcctatagacagtggtcctatagacagtgGTCCTATAGACAGtgAATGTGTTGCTATAcagtggtcctatagacagtgGTCCTATAGACAGtggtcctatagacagtggtcctatagacagtggtcctatagacagtggtcctatagacagtggtcctatagacagtgAATGTGTTGatagacagtgGTCCTATAGACAGCGGTCCTATAGACAGCGGTCCTATAGACAGTGAATGTGTTGCTATACAGCGCTCCTATAGACAGCGCTCCTATAGACAGCGCTCCTATAGACAGtgaatgtgttgatatacagtgggcctgtatgTAGGAgactagctagctcacagctccAGAAGAGTGCTCTCCCCAGATGAAACAGTTGAGGACGAAGCAGATGGAGAAGACCACAGCCGGGTACAGAGTGGCCGT
>TU1605830
CCCCACAAACTTGTTCATGTACCAGCGCTGCTCAGGCACCTGGCGAGGGATCTGATTGGTGCGGACGGGGTTATCGTACGGCTGCTTGCGGAAGCCAAAGTAGTAGCCCAAGTAGACCAGCGGCATGGAGATACCGAACCACATGCAGAGTAGAGCCAGcatggtggtgaaggggacctgAAGAGGGAAGACGACGTCACAGGTTGAGATGGTCCACAACACCTGTCCTTGTTCTGAGGGCGGTAGACTGAATGTGTTGATGATATTCAGGGAACAGGTGTATTCCAGATCATTGTGGAGAATTGGAAAGCATGTGGATTTGACATATATTTTCTATGTCTTGTTTGAAAAACCAATGGCCCTCTCTGGGTCAAATAaagtggtcctatagacagtgAATGTGTTGCTATAcagtggtcctatagacagtggtcctatagacagtgAATGTGTTGCTATAcagtggtcctatagacagtggtcctatagacagtgGTCCTATAGACAGtgAATGTGTTGCTATAcagtggtcctatagacagtgGTCCTATAGACAGtggtcctatagacagtggtcctatagacagtgAATGTGTTGatagacagtgGTCCTATAGACAGCGGTCCTATAGACAGTGAATGTGTTGCTATACAGCGCTCCTATAGACAGCGCTCCTATAGACAGCGCTCCTATAGACAGtgaatgtgttgatatacagtgggcctgtatgTAGGAgactagctagctcacagctccAGAAGAGTGCTCTCCCCAGATGAAACAGTTGAGGACGAAGCAGATGGAGAAGACCACAGCCGGGTACAGAGTGGCCGT
>TU1605831
CCCCACAAACTTGTTCATGTACCAGCGCTGCTCAGGCACCTGGCGAGGGATCTGATTGGTGCGGACGGGGTTATCGTACGGCTGCTTGCGGAAGCCAAAGTAGTAGCCCAAGTAGACCAGCGGCATGGAGATACCGAACCACATGCAGAGTAGAGCCAGcatggtggtgaaggggacctgAAGAGGGAAGACGACGTCACAGGTTGAGATGGTCCACAACACCTGTCCTTGTTCTGAGGGCGGTAGACTGAATGTGTTGATGATATTCAGGGAACAGGTGTATTCCAGATCATTGTGGAGAATTGGAAAGCATGTGGATTTGACATATATTTTCTATGTCTTGTTTGAAAAACCAATGGCCCTCTCTGGGTCAAATAaagtggtcctatagacagtgAATGTGTTGCTATAcagtggtcctatagacagtggtcctatagacagtgAATGTGTTGCTATAcagtggtcctatagacagtggtcctatagacagtgGTCCTATAGACAGtgAATGTGTTGCTATAcagtggtcctatagacagtgGTCCTATAGACAGtgAATGTGTTGCTAGAcagtggtcctatagacagtggtcctatagacagtggtcctatagacagtggtcctatagacagtggtcctatagacagtggtcctatagacagtgAATGTGTTGatagacagtgGTCCTATAGACAGCGGTCCTATAGACAGCGGTCCTATAGACAGTGAATGTGTTGCTATACAGCGCTCCTATAGACAGCGCTCCTATAGACAGCGCTCCTATAGACAGtgaatgtgttgatatacagtgggcctgtatgTAGGAgactagctagctcacagctccAGAAGAGTGCTCTCCCCAGATGAAACAGTTGAGGACGAAGCAGATGGAGAAGACCACAGCCGGGTACAGAGTGGCCGT
>TU1605833
CCCCACAAACTTGTTCATGTACCAGCGCTGCTCAGGCACCTGGCGAGGGATCTGATTGGTGCGGACGGGGTTATCGTACGGCTGCTTGCGGAAGCCAAAGTAGTAGCCCAAGTAGACCAGCGGCATGGAGATACCGAACCACATGCAGAGTAGAGCCAGcatggtggtgaaggggacctgAAGAGGGAAGACGACGTCACAGGTTGAGATGGTCCACAACACCTGTCCTTGTTCTGAGGGCGGTAGACTGAATGTGTTGATGATATTCAGGGAACAGGTGTATTCCAGATCATTGTGGAGAATTGGAAAGCATGTGGATTTGACATATATTTTCTATGTCTTGTTTGAAAAACCAATGGCCCTCTCTGGGTCAAATAaagtggtcctatagacagtgAATGTGTTGCTATAcagtggtcctatagacagtggtcctatagacagtggtcctatagacagtggtcctatagacagtggtcctatagacagtgAATGTGTTGCTATAcagtggtcctatagacagtgGTCCTATAGACAGtgAATGTGTTGCTAGAcagtggtcctatagacagtggtcctatagacagtggtcctatagacagtggtcctatagacagtggtcctatagacagtggtcctatagacagtgAATGTGTTGatagacagtgGTCCTATAGACAGCGGTCCTATAGACAGCGGTCCTATAGACAGTGAATGTGTTGCTATACAGCGCTCCTATAGACAGCGCTCCTATAGACAGCGCTCCTATAGACAGtgaatgtgttgatatacagtgggcctgtatgTAGGAgactagctagctcacagctccAGAAGAGTGCTCTCCCCAGATGAAACAGTTGAGGACGAAGCAGATGGAGAAGACCACAGCCGGGTACAGAGTGGCCGT

Function

NR:

description
unnamed protein product

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU1605821 False 850 lncRNA 0.48 6 70104852 70106962
TU1605823 False 914 lncRNA 0.48 4 70104852 70106962
TU1605828 False 895 lncRNA 0.48 6 70104852 70106962
TU1605830 False 835 lncRNA 0.48 5 70104852 70106962
TU1605831 False 929 lncRNA 0.48 6 70104852 70106962
TU1605833 True 910 lncRNA 0.48 7 70104852 70106962

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110491172 LOC106566442 coding downstream 438835 69577674 ~ 69666017 (-)
LOC118939576 NA coding downstream 529009 69571853 ~ 69575843 (-)
LOC110491170 LOC106566448 coding downstream 598836 69470416 ~ 69506016 (-)
LOC110492644 LOC106566447 coding downstream 725671 69354502 ~ 69379181 (-)
LOC110492636 LOC106566437 coding downstream 981386 69113016 ~ 69123466 (-)
LOC118936543 LOC106566425 coding upstream 20291 70127253 ~ 70133280 (-)
LOC118939578 NA coding upstream 78413 70185375 ~ 70187858 (-)
LOC110492660 LOC106566428 coding upstream 109576 70216538 ~ 70221552 (-)
LOC110492649 LOC106566409 coding upstream 122877 70229839 ~ 70282239 (-)
tmed4 LOC106566412 coding upstream 315467 70422429 ~ 70426035 (-)
G1405920 NA non-coding downstream 67461 70034724 ~ 70037391 (-)
G1405912 NA non-coding downstream 78367 70024699 ~ 70026485 (-)
G1405907 NA non-coding downstream 88696 70014596 ~ 70016156 (-)
G1405555 NA non-coding downstream 127041 69976709 ~ 69977811 (-)
G1405550 NA non-coding downstream 134093 69970516 ~ 69970759 (-)
G1405918 NA non-coding upstream 5937 70112899 ~ 70113881 (-)
G1405933 NA non-coding upstream 19089 70126051 ~ 70126294 (-)
G1405919 NA non-coding upstream 27808 70134770 ~ 70135100 (-)
G1405958 NA non-coding upstream 30425 70137387 ~ 70137737 (-)
G1405985 NA non-coding upstream 116200 70223162 ~ 70226004 (-)
G1405917 NA other downstream 9311 70078657 ~ 70095541 (-)
G1405172 NA other downstream 586739 69517755 ~ 69518113 (-)
G1405016 nsfl1c other downstream 824493 69277827 ~ 69280359 (-)
G1404974 LOC106566438 other downstream 897694 69203286 ~ 69207158 (-)
LOC118939478 LOC106566484 other downstream 1309827 68791189 ~ 68795025 (-)
G1406228 NA other upstream 628685 70735647 ~ 70742179 (-)
G1406514 NA other upstream 1153360 71260322 ~ 71260817 (-)
G1406752 NA other upstream 1395517 71501118 ~ 71547366 (-)
G1406760 NA other upstream 1432996 71539958 ~ 71543469 (-)

Expression


Co-expression Network