XLOC_033105 (frmd4ba)



Basic Information


Item Value
gene id XLOC_033105
gene name frmd4ba
gene type coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information


Item Value
chromosome id NC_007117.7
NCBI id CM002890.2
chromosome length 60270059
location 43220191 ~ 43387920 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence


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>TCONS_00064334
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>TCONS_00064335
GTGGTGGAACACTTGCGGGGTTGGTACAATAGACAGCACAAACCACAAGGGTATGATGCGTACAGGGCGCCACAGCAGAGTTTGAACTACAGGACCATGTCAACGAGTTATGTACGCAGCGACAGTACAGCTTCCTACTCAACAGTTGGTTCGGGGAACTGGCACGGTCAACCAGTCATGGCAATGTCAGAGTATGAAATGCCTCTCGCACACCATCAGTCCTACGGCTACAACACTGTCCATCACAGTCACCCGTTACACAGCAGATCCTACATAGACGTGAGCCAGCACGATTCCCACACCAGCAGCCCGATGGACAGCAGCTTTGACTCTGAAGACCAGCAGACGATATACTGGCATGAAGACTCCAAACCTGGAACAATAGTGTAGAGAGTGAGACAAACTGTTTTCTGTTCGCTCTCAGGTGCCTTCTTATGCTTATTAATGGCAGAAAAGTTTTTAACTTGAGGAATGCAGCCAGACGAGAGGCATGCGGAGTCGATCCTGCCAGGCGACTTGAGAGAGGGAGGACAATGCATTCTCTCTATGAACACTTATGGGATAGCACTTCACCTTCAACACACAGAGACACTGTGGGGGAGGTTTTTTTTCCGATGCTGTGGGGCTGAATGAACTGGGTATGCTGTTTAAACCCCAGTCTGTGACATTGAAGGATTTGACATTAATACTTCACTATGATATGAAGGATTCAAAGCAGATTTCTCTTTCTTGTGTGCAAACATATTCTGCAATGCTGATCTTTAGTTCTTTTTAAGTTGTGTGTTCATAGACTGAACACAAAACTGCGCGACAGCTTTTCCTTCAGTGTTTCATTCATTCGCATTCAGCATAACCGGGTCTTTTACTGGAAAATTGAAACTCTCAACAACTATATTCACACTTGTATTCTTC
>TCONS_00064336
CAGTTGGTTCGGGGAACTGGCACGGTCAACCAGTCATGGCAATGTCAGAGTATGAAATGCCTCTCGCACACCATCAGTCCTACGGCTACAACACTGTCCATCACAGTCACCCGTTACACAGCAGCTCGCACCCTAAACGTGCTTGGCACTGCCCCGCCAGCCCTCAATACTATCATCCTCGTTTTTCCCAAGCTTGCTCTTCCTCCCTCCCTCCCCGT
>TCONS_00064337
taaaatgtaagttaCATCAGCTACAAAACtttaaacagtattttataaACACGTGACCCTTATCGCTGTAGGCTAGACTAAATGGCAACCTTCTTAATCCTGTGAACTTGTTTTGTCTTAGACGAGCCGTCACAGAGACAGCGTTCGCGTTCAGTACAGTATTCTCCGCTTCCCAACTCCTCTGGCTCCTTCACTGCATCCTACCATTCAGATCAACTAGATCACGCCAATGACGACTACAGCAACTGCAGCAGATTAAATTATGCTGAAGTCCAAGAACCTGTTGCCTATATTCACGAAGATGCCTTATCGACGCACAGCAGCCCTTACCGGCAACCTTTGCGACAACCTTCCGACTCGCGGAGCATGCCACCAACACCTCAGCTTCCCCGCAACGCCTACAGCAGCATCCAGCTCA
>TCONS_00064338
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Function


symbol description
frmd4ba Predicted to enable cytoskeletal protein binding activity. Predicted to be located in cytoplasm; cytoskeleton; and membrane. Predicted to be integral component of membrane. Predicted to be active in adherens junction and bicellular tight junction. Orthologous to human FRMD4B (FERM domain containing 4B).

GO:

id name namespace
GO:0005856 cytoskeleton cellular_component
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GO:0016020 membrane cellular_component
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GO:0008092 cytoskeletal protein binding molecular_function

KEGG: NA

ZFIN:

id description
ZDB-GENE-040625-176 Predicted to enable RNA binding activity and nucleotidyltransferase activity. Acts upstream of or within several processes, including tRNA processing; thigmotaxis; and visual behavior. Is expressed in brain; heart; pectoral fin; retina; and trunk. Used to study sideroblastic anemia with B-cell immunodeficiency, periodic fevers, and developmental delay. Human ortholog(s) of this gene implicated in sideroblastic anemia with B-cell immunodeficiency, periodic fevers, and developmental delay. Orthologous to human TRNT1 (tRNA nucleotidyl transferase 1).
ZDB-GENE-130412-1 Predicted to enable cytoskeletal protein binding activity. Predicted to be located in cytoplasm; cytoskeleton; and membrane. Predicted to be integral component of membrane. Predicted to be active in adherens junction and bicellular tight junction. Orthologous to human FRMD4B (FERM domain containing 4B).

RNA


RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00064329 False 159 mRNA 0.32 6 43220191 43251192
TCONS_00064330 False 5094 mRNA 0.36 7 43222524 43233373
TCONS_00064331 False 1921 mRNA 0.45 8 43225795 43233700
TCONS_00064332 False 6515 mRNA 0.40 11 43248106 43270160
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TCONS_00064335 False 912 mRNA 0.46 3 43251548 43262400
TCONS_00064336 False 218 processed_transcript 0.56 2 43257845 43260324
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TCONS_00064338 True 909 lncRNA 0.45 10 43268509 43294761

Neighbor


gene id symbol gene type direction distance location
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XLOC_033100 si:ch73-361p23.3 coding downstream 212927 43001964 ~ 43007264 (-)
XLOC_033099 tnfrsf18 coding downstream 236348 42975278 ~ 42983843 (-)
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XLOC_033121 BX005101.1 non-coding upstream 2780097 46168017 ~ 46251940 (-)
XLOC_033122 BX005101.2 non-coding upstream 2840197 46228117 ~ 46228232 (-)
XLOC_033123 CU041346.1 non-coding upstream 2906441 46294361 ~ 46310011 (-)

Expression



Co-expression Network