XLOC_033228


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_033228
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007117.7
NCBI id CM002890.2
chromosome length 60270059
location 55022836 ~ 55028913 (-)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00065252
AGCTATAAATCACATTTTGGATAGATTCAGCACTTAATTTGCAAGACTCAAGAAAGAACAGAGTTAACGAACGTTGTGGTTTATTATGACAGATGGACAACATCTCAGTGGTCATTTTTGCGAACATCCAAAGTGGCCAGTTCTCATGTATACCGGACCACTCCATCATTAACAAAAGCACAAATCTTCCATACAAACCACATTTCTTCATGacaatatgtgtttgttttttcttcttaaatGATTGTTGTTGCAGGGCCACGCTATGTACAATGTTTACATTAATAACGTTCTGTACAAAATGAAACCGAAGTTGTACAAACAATCATTTGGGGGGGAAATTACAAAGCAATATCATTCCTTTTACGACCCCAAATTAGGTAGAACACATCCGTAATTCTGCTTCACACCAAGGTGACATGCGTATACGACATTTAGAAACCCAATGCACGTTTTGAATTCTATCTTATAACCTTTCCTgcattaatattggattttttttaatcgatatcAAGCACTGCATGAAGTGAAGGGACTATTCAGCAACTTCTCACCACTCTGTGTCTGTAATATCCATACATTGGtcctcttattttattttatttttttatattattttattatttttattttatttgttttatttttttatttgatttgtttaatttctttttgttttattttttattttaatttctttttattttatttatgttttattttaatttatttcatttctttttattttatttatttttgattttatgttttttcttctttttcttttatttttatttgtatagttattttattttttatttattgttaatctcTTTCTATTTCAttcaataaaattttattttattaaaagtgtAAGTTCTGTTACTGAGGCCAGAAGGGGGCgctcaatctgtggtctgtgtgggccCTAAtcccccagtatattgatgggactctatactgctcagtgagcgccgtcttttgaatgtaactgaggtcctgactctctgtggtcattaacaatcctaggatgtccttcgaaaaagagttgGGGTTTAACCCCGGTATCTCAGCCAAATTTGCCcgctggcctttgtccatcatggcctccaaaccatccccatatcataactggcttcatctcctctccaccaattagctggtCTGTAGTGTGTGGACTGGcccaatatggctgccatcgcatcatccaggtggatgctgggTGGTGGacgaggagattcccccccaaaaatgtgtgtaaagcactttgagtgtccagaaaagtgctatataaatgtaagtaattattgttattattaaacctGATATGAAAGCCCCATCATCCATACATCCAACATACAATCAATACCCCTCTCGGTTCCTGACTCTGTTCAACACAAATTATTGCAACAATATAATATAACTCGCATTAAAAAAGTGCATTTAAGAGTGAAAAAGCAACAGATAAACAgtaaaatcaatgtaaaaaaaatccagtttTACCAATCACCATCCATGCGCTGTCGTCACAATCCCAGCACAGACAAACTAGACAGTAAAAAGTTGCTGAATTGTCTCGATAAATGGGTCTTTGCACAACACGGCACAGCTATCACACGGTTACAGGCACAATAACATGATGCAGACAGTGCACAGCGGCTTTAGTCACACTTCAAATGAGATTTCTACCACCGAATGAGATTTAGTCCCTCAACGATTAGCTTTATTCGCTGATCCAGATTCAATATCCAGGTAATTCAGCATTGAGGCGCTGTTATGAAATGGAGCATTCGCCACATTGCACAAATGCCATCTCTGAAATGTGCACAACAAAAGCCATTGACACACTGTCTTAAGTCTGGAATGTAATCAAATATAAATGTCACATATTAAGACTTTaaatcagcagcagcagcagcgcaaCTAAAGAAGGCTAAAAGAAAACCCAATCGTTTGGCCATCTTATGAATCTCTCTATTTGGCTAATAAACTCCACAAACCCGCAGAGAAGGAACTACGGAAATCATATTTACACAGTAATGATATTCTGATATATGAGATGCGATATAAAGGAGTGGAATGATttgagtaacttttttttttagcttacatCTCACCTACATGCATGTTTCGGATAGTAGATTCAGATGGGAAATTACTGGTCCACCACTGCTTTCTGTGAACAAATCCTCTTCTGTAAGagatatatacttatatatattaaGTGATGAGATTGATATTGATTATAACGAAATGTTTGATATGTTAAGTGTAGGAGATTCGTTTACTTTGATAGTGATTTTgtaatggatgtgtgtgtgtgtgtttgtgtgtgtgtgatgattaaACTACTACTATTTGATGCTTATTGTAACACTAAAATTAATTATTCAACTAAAATGATCCCTTGTTCCTATAGatgctcttaaagggatagttcacccaaaaatgtaattatgtcATATATTCATCCTGTTAGTCTCAATCCTAAAtgtccttcttctgttgaacacaaagagaGATATACTGAAGACTAAAtcaaccattgacttttatagtattttgaTGTAAATGGCTGGATTTTTCCAGCAGCCTTCAGAATATCGTCTTTCAAGAGTTAAcacttacactcactggccattttgttaggtacaccttactacagTAGTACCAGGCttgaccccttttgccttcagaactgccttaatccttggtggcaaagattcaagaaggtactggaaatatttctcagagattttgctccatattgacatgatagtatcacacaattgctgcagatttgtcggctgcacatccatgatgtgaatctcatattccaccatatcccaaaggtgctctattggattgacatctggtgactgtggaggccatttgagtacagtaaactcattgccatgtttaagaaaccagtctgagatgatgattcacactttatgacatgccgCATTATCtggctggaagtagccatcagaagatgggtacactgtggtcataaagggatggacatggtcagtaacaatactcaggtaggctgtggtgttgacacaatgctcaattggtactaatgggcccaaagtgttccaagaaaatatcccccagaccattacaccaccaccagcaacctgaaccattgatacaaggcaggatggatccatgctttcatgttgttgacgccaaattctgacccgaccatctgaatgtcgcagcagaaatggagactaatcagaccagacaacgtttccccaatcttctattgtccagttttggtgagcctgttcggtatgaactgcagcagatcgtcttgaccatgtctgcatgcctaaatgcacttttgagttgctgccatgtgattggctgatttgaaatttgcGTTAAGCAGTTGGAAAggtctacctaataaacaggtgatcctctcaaaattagtttataaatcaacttcactttgtgttcaacagaagaacaaaaTTCATAAAAAGCTACTTGAGTGTGTGTCCACACCAAAATTATCAGTTTATGATGAACCATCTCTTTAGAGACTACGATGATGAGTGATGTCAAGTGCGATTTTTGCTAAACCGAGACGTTTGGAAACCTTTTTCCTTAATATTAGAGTTAGCACCAAATAATCAAAGATAATCTTGGTTGGGGCAATCCTCTCCAAATAAAAGGCTCATACAGAATAAAGCACTGAGTATTTGGTTTCCTACATTTGCACCATTTGCTACAAAGAGAGCAGTTAACTGAGAAGATAGACAGCACTATATTGAATCTAACTAGAGAGGCCTGAGATAACCAAACCCCTGAGCTGAGATCAGTGTCAAAGCCGAGTCAGAAACGTCTCTACAGAACCAGTAAATCATAGTGCAGAGAAATAGTCAGTTTGTGATCTGGAACGTCTCTCTGGACACTAATTGTCTTTACAGCATGTTAGTGAGGTGCGCTTGAACACAAACTTGAGTTTTGAGAACACTGCCCCCTAGAGGGAGTATCACCTTTTAAAACAGGATGCAGAATTGTCGTTTTGATTTGGAATGAAGTATAATTAAAGTGGTACTACTGTAAAATTAAAGTGTTACTTCATGTCCTAACTATACCCAATGCAGCACTGTTAAACCAAGTTTTTTGTCTTTATCATACATAGCAATGCGCAAAATTCTTATTTTagaaacagtttctatttctgcgacattGCAGCAAAAcgacagcataaactactatgacaatgatcacctcaggtactgattatgtgcttaaTTCAGCTGtaaatgctaccaatgtgagtttaaatactattttacatgacatttattgccatactactgaaagcagctgcagatagttcacctcagatcttgtaaataaaataacaagcagaccattaaaaaaatgaaagtcaGAACTGCGACTCCAAAACCAACAaaaccaacaacatcagtcactcagcttatgtacttttattattgttaaatatacTAACTACCTGTTtatctaatatatataatgtCTAAGTTTTGTTTTAACCATCTGCGACAGCAATGCACAcattttctattttagaaacagttttttttttctgtgatgtcacagcaaaacaacaacataaactaCTATGTCAATAATCGCCTCAGGTAATGTGCTTAATTCAGCGTTAAATCttaccaatgtgagtttgaacaCTATTTTACATGACCATTAACTAGCAGACAGTCTGAAAATTAAAGTCAGAACTGTGACTTTTCTGTCACGTAGCGTTTGGTGCTTGTTACTGCTTGTCACTGGGACCTTGTCACATTGCATGTAGTTAGGACACAGTGTGTTTACTTAGTTTAAAAAATTAGCTGCATTGTAATAAATATCTATTGATCGGGGGTGTTTTCCTTTAGTTTACACTTCTGAATCGCATTTTGAGACACTTCTTGTCACCAATTTTGGGATTCTTTCTGTCCACTTTCAAACTTGGATATTTTAGagtaattgaa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Function

GO:

id name namespace
GO:0010564 regulation of cell cycle process biological_process

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00065252 True 5521 lncRNA 0.36 2 55022836 55028913

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_033227 NA coding downstream 136125 54876177 ~ 54886711 (-)
XLOC_033226 csrp1b coding downstream 177214 54838269 ~ 54845622 (-)
XLOC_033224 tnni1b coding downstream 196775 54805136 ~ 54826061 (-)
XLOC_033225 CU861466.1 coding downstream 207799 54814921 ~ 54815037 (-)
XLOC_033223 tnnt2b coding downstream 226764 54761141 ~ 54796072 (-)
XLOC_033229 nfatc2b coding upstream 192577 55221490 ~ 55254786 (-)
XLOC_033230 NA coding upstream 245093 55274006 ~ 55278163 (-)
XLOC_033231 ube2c coding upstream 258910 55287823 ~ 55297274 (-)
XLOC_033232 ube2c coding upstream 270598 55299511 ~ 55309190 (-)
XLOC_033233 pcif1 coding upstream 298996 55327909 ~ 55354004 (-)
XLOC_033222 NA non-coding downstream 268721 54747948 ~ 54754115 (-)
XLOC_033220 NA non-coding downstream 499385 54497804 ~ 54523451 (-)
XLOC_033221 dre-let-7a-6 non-coding downstream 516250 54506458 ~ 54506586 (-)
XLOC_033236 CR847793.2 non-coding upstream 518222 55547135 ~ 55547270 (-)
XLOC_033237 CR847793.1 non-coding upstream 526349 55555262 ~ 55555396 (-)
XLOC_033238 LO017956.1 non-coding upstream 621206 55650119 ~ 55650251 (-)
XLOC_033239 BX470154.1 non-coding upstream 785844 55814757 ~ 55827517 (-)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
eurasian perch (Perca fluviatilis) G26805 NA non-coding NC_053114.1 CM020911.1 11564684 ~ 11565380 (-)
striped catfish (Pangasianodon hypophthalmus) G30320 NA non-coding NC_047596.1 CM018542.1 20104252 ~ 20112518 (-)