LOC110494143 (LOC106565389)


Basic Information

Item Value
gene id LOC110494143
gene name LOC106565389
gene type misc
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048581.1
NCBI id CM023235.2
chromosome length 95212422
location 56088149 ~ 56127481 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XM_021568915.2
GCCTCCCTTCTTCAGACCCCTCAATCAGTTCTGGACAGTTCCTGGAAGCTTGCTCAACTCTACTCCTTCACTGGCTATTCCATCTTTCATTTTTCCAAGTCAGATCTTCGCCCCTTTTTTCCCTCTTCTGAGTGGGGTTGTTCCTGTGCTGTGTACCATTCCTACAATTGGCTGAATTTCTGCCATTTGGCCattatttttccttttgttttctTTTGGCCTGAGATTTCTTCATCTCCTTTTGTTTTAACTTTCCCTTTTTCTTCATTGGTTGTTTTGTGGCTCGTCTCTCTTTTCATCTCGTTGGCTGTGTTTCCGCTCTTGTCGTCTGTTACCCACACCATGGCCCGTCCTCTGGCTCTGGAGCCGATAAGAGGGCATTTGGGTGTTAAGAGTTCCCTAAATGGGAGTGCAGACTTTGACAGACTTAGTTTTATGGGGGAACAGCACCCGCCACCTCCCCTCCACAGTTACCTGTGGTTAACAATCCTCACCTGCTTCTGCCCCGCGTACCCAGTCAACATTGTAGCTCTGGTCTTTTCAGTACTGTCCAGGAAAAGTTATGAGTTGCAAGACTATGACGGCTCGCGACGACTCGGCCAGAAAGCTCTCCAAGTGGCCATCGCCTCCATCATCATCGGCCTCCTCATCATCGCCATATTTATCATCGTTCACTTCACCACGTATAAATTGTAGAAGAGTTGCGCAGTATGCCTGGAAAAAGCCAAACAAAGTAAATGTCGCTCTCAAAGACATGGACTATGGACACCTCTCTGAATGGACTATGACAAGGGTTCTGGGGCCCCGGATTTGGCAGTAATCTCCATCCTCAAGAACGGGACTCCACTCCAGGTGTGGTATCCATCTTTTCTCGCCGTCACACATCCTCCACACCCAGCCTTTCTACTCTTCTATCTGGGAGAAGAACTTAAGAAGCAAGACTCTGCTTTTGAAAGACTGTATGGAACACTGACCTCTGGATCACATGATACCCACAGCACAAACCtcgcgcacgcatgcacgcacacagacacacacacagttttgtatTGCTATCTTTGTGGGGACCAAAGAATTGATTCCCatccaaaatcctattttccctcacTTCTAAAtataattctaaccttaaccttaagcctaaccttaaccccaaaccctaaaactatacctaaccctaactcctaaccctaattgtaacacTAACCCTAATTGCAACCCTAACGctaaacctaaaccctaaacctacaatagCGTTTTTCCTCGTGGGGACCagcaaaatgtccccacttgtctgaattttccttgttttactatccttgtgaggacttctggtaaataaacacacatacacacacattagaAGAGGAAGAAACAGCTGCCCATTCCTGTGTGCATTTATTGATAATGTGGGCTGTTGGACGAGTGAACAATTACTTTTTGCAGCGGTAACTGTGCGGTCACTGTAGCACTAACATGCTGACAATTACtgtatttatggtgctttcaagacaaccgGGAACTCTGGAAAAATTTGGTCAAATCATGATATCAGGGATTTTCAGGTCGGATAGAGTTCTAGAAGGATCCCCGAGTTTCCgaattggaattccgagttggatgacattTCAAAactattttcccagtcggagctattTTTTTCCCAGctgtcttgaatgcactgaacTGAAGTTGGAAGTAGAAGATGTCCAAGTACCCAGTTGTTCTGAACGTGGCATTATTGTGTCACTTGGGATGTTTGATGTGTCAATCACGTAACTGTCGAGTGTTTACTGTCATAAATGTATTTCGCTTTTTTACTTGATATTACATCTGCcaaatatgtacagtgcattctgaaagtattcagaccccttccctttatccacattttgttatgttaaagcCGTATTATAAAAtgtcctcctcaatctacacacaataccccactaTGACAATCCGAAAACAGgttttatttttgcaaatgtattacaaacaaAAATcagaccttatttacataagtattcagaccctttgctaagagattcaaaatt
>TU1676992
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Function

NR:

description
unnamed protein product

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_021568915.2 False 2054 mRNA 0.43 3 56088149 56094557
TU1676992 True 6995 TUCP 0.43 5 56088178 56127481

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110494131 LOC106565386 coding upstream 7092 56056291 ~ 56081057 (+)
LOC110494134 LOC106565385 coding upstream 48828 56030123 ~ 56039321 (+)
LOC110493222 NA coding upstream 141562 55933572 ~ 55946587 (+)
LOC118940477 NA coding upstream 259280 55824599 ~ 55828869 (+)
LOC110494141 LOC106565378 coding upstream 269823 55811948 ~ 55819195 (+)
LOC110494144 LOC106565388 coding downstream 13825 56108382 ~ 56112085 (+)
LOC110494146 fam219a coding downstream 76052 56170609 ~ 56192396 (+)
zgc:109965 LOC106565507 coding downstream 98204 56192761 ~ 56202852 (+)
LOC110494150 NA coding downstream 230229 56324591 ~ 56329073 (+)
LOC110494151 LOC106565395 coding downstream 273475 56368032 ~ 56374726 (+)
G1466124 NA non-coding upstream 89802 55996648 ~ 55998347 (+)
G1466121 LOC106565491 non-coding upstream 93975 55992417 ~ 55994174 (+)
G1466120 NA non-coding upstream 96922 55988451 ~ 55991227 (+)
G1466116 NA non-coding upstream 106218 55981494 ~ 55981931 (+)
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G1466592 NA non-coding downstream 183588 56278145 ~ 56278451 (+)
G1466594 NA non-coding downstream 184899 56279456 ~ 56279858 (+)
G1466625 NA non-coding downstream 227457 56322014 ~ 56322229 (+)
G1466131 NA other upstream 71536 56015577 ~ 56016613 (+)
LOC110494110 LOC106565356 other upstream 1613677 54471705 ~ 54474472 (+)
LOC110494100 LOC106565348 other upstream 1823533 54256327 ~ 54264616 (+)
G1464092 LOC106565344 other upstream 1898532 54147039 ~ 54189617 (+)
G1466224 gem other downstream 124685 56219242 ~ 56220946 (+)
LOC110494160 LOC105017078 other downstream 485834 56575737 ~ 56584088 (+)
G1467020 NA other downstream 1023145 57117702 ~ 57118886 (+)
G1467030 NA other downstream 1051956 57146488 ~ 57147741 (+)
G1467031 NA other downstream 1054746 57149303 ~ 57150343 (+)
LOC110494152 LOC106565396 coding downstream 319611 56447092 ~ 56452377 (+)

Expression


Co-expression Network