LOC110494570 (LOC106565767)


Basic Information

Item Value
gene id LOC110494570
gene name LOC106565767
gene type coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048581.1
NCBI id CM023235.2
chromosome length 95212422
location 74918264 ~ 74928441 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XM_036950657.1
CGTCAGCAACGCTGCACTGCAATGGTTCAGGCGTCAGCAACGCTGCTCTGCAATGGTTTCAGGCGTCAGCAACGCTGCTCTGCAATGGTTTCAGGCGTCAGCAACGCTGCTCTGCAATGGTTTCAGGCGTCAGCAACGCCTGGGCACAGGAAGATCTTTGCATAACGACAGTCTTAATTCATTATTTTGtaaccttagctagctaacatcggTATGGCCTAACTAGGCAGCCTGTCATGCCAGTAGAACCCGTTTCACTTTTTGCTAATTTTCTAACGTTAATCAGTCACTGCAAGTGATTTCAAATACAATTCAATTATTGAACTGGAATCAAACTAGTTAATTAATTCAATGTAACGTTATATCCTATGTGCCCGCTCAGACTGTGGCGGAAGCTCTGTCTGAACGCAAGTACCACTCGCAAGCGATACAGTTTTGGAAAAAATATGGAACGTAACTTTGATATCCGTGAAAAATAATTTTCTAAACACAAAAAGGTTAAATAACTATAGACTTTATGGCTAGCGTTTCTACACGGCCATATTTCCATTTTACATCGCTTGTTTACAAAGTCGGCgactacctgtgctaattagctatcggcatctctgaacacctgtgtgtaacggAAGGATGCCACAAACATATTGTAACTGAAAAATGGTCAACTTTCAACTGTGTAAagctgcaacCGAACTCTGAGCCATGTCGTCACGCTTGTTGCTTCGGCAGCAGCTGATGCGAGAACAAGCCCAGGAGCAAGAGAGACAGGAGGCCCAGGAGCAGGCCTCTGTGGCTCAGCTCAGGGCAACTGACTCCACCCCTGCTGTCGCTGTCACTCTGCCCCCAATAGCTGCTCGCCCTCTTTCCGCACAGGTGCCCGTGGAGGTTTTGAAGGTGCAGACCCACCTGGAGAACCCCACCAAGTTTCACATCCAGCAGTCTCAGAGGCAGCAGGTGAAGCAGCATCTCTCTGCCACCCTCTGCAATAAGGTGGCAATTCAGACCCTGGGTGTGTCTCCCCTGGCCCTGTCTAGCTCTGCCCCTGAGATGGATCCCATAGCCCGCAGTGTTACCAACAGCTCCATGGCTTCACACAACCTGGGATCCAACAAAGAGGAGCTCCCCTGGAACCTCCTGGAAGTTAACCATAGTCCTGGAATGGCAGTACCTACCCACACTGTCAGCAACTCCTGCCCTGTGGATCTAACCAATATTAAAAGGGAATACTCTGATAACAAAGCTcgggtgaaagagagacagaagaaagaCAACCATAACCTCATTGAGAGGAAGCGGAGGTTTAACATCAATGACCGCATAACAGAGCTGGGGTCCATAATACCCCATTCAAGGGACTCGGAGTTGCGCTGGAATAAGGGCACCATTCTGAAGGCCTCAGTGGACTACATCAGGAAGCTGCAGAAGGAGCAGCAGAGAGCCAAGGAGGTAGAGATGCGTCAGAAGAAGCTGGAACATGCTAACCACTGCTTGATGCTGCGCATCCAGGAGTTGGAAGTGCAGGCTCAGCTTCATGGACTCTCCAGCCCGATGTcctatggtctgagttcagacccctccttcccccagcagCAGCACCTTCAGCAGGGAGGTCATATACTTGGGCCCAGAACTGGAGTAGCCTGCTCCCAAACCTTTCTCAGCCTGGGTGATGCAGCCATGGCACAACCCATCCctacctccttcctctctccaccctcctctgaCTCCCCTGCGGGTGTGACCATAGGCAGCCCCCTCGACCTGGGCAGTCTGCGCTTTGCCGAGCTGGATGACCCCTCCAATGCTGGGCTGTTCCCAGGCGTGGGGTTGGGGGACATTGTCATGGATGAGGGGTGCACACAGTCCCCTGAGAGGGTGGACCCACTGTTTTTTGTGTCACCAGGTGCCTCAAAGACCAGCAGTCGTAGGAGCAGCTTCAGCATGGAGGAGGACTTGTAAAGGGTCTTATTAGCGTCAAGCTGATCGAGAGAGAAGGGATTTAGGGAATGAGAGGGctagggaaggaggaggagcacaGGAAAATAAGAGCCCCCAGTTAAAACACTGCATATGGCACTGGACTCTGCTTTAAAACAAACAGCCAATCGTTTAACTAAACAGGACTTTGATCTGAATCATGCATCAGTACAAAATAAATGACAATCCTTTCCTCTCTTACCAAGTTAATATCGGTCCCTGATCTTAGAAAAAGAAAAAAGCTTTTCGGTACATGAATCAATAGTAATGCAATCATTTTcaaatagaaaatagtaaaattagTTTTTGGATATGGACTATGGACATTGATTTTTGTTCTGTTTCTTGCAAGACTCAACTCAACCAAGAGTTCCCTGTAGAGAAATTAAAGAGGAAATAGTGGTGGTTTAATCAAGTACGTTATTGGTCCTTATAGAGCGTATACTTTGTGCACTTTGCAACTTTTGTGAGAGCAATGAGGTTCTTGTATCTATTTAGTGAAACTGGCATGAACTACATAACGGGTGTGCTATTGAATTGAGATATTTTTTAACTGACTTGAATCAGGATTTGTTAGCTTAAAGTCTGTCTATTTTTACACATCTCGGAAGGTTTGTCtaaaaaaacatatttgataacctgtaaaaaaaaaaaaaaatctagatttACTGTATCTTTAATTTACTTTCAAAACATGTTGTTGTGACTTTTTCTGTTGTCTATGCATTTACTTTTAACGCTTTTGTCTGTTGAATGGTTGTACAGCTGGCCAGTAACTCAACTAACAATGaccaagagaaggagagaagtaaAACAAAAGCTACTGCAGCTAGTTAGCCAAAGCAGGTCACCTTTCACAGAATGGTAATATATTTAAGTCATAATATGGGTGtgttatatattgttatatagtAAATGGACGTATAGCTTTAACGTATGTTAATCTCTGAAACACTGCATGctacatgtgtgtttgtgttgcaaaAACATGTACTGGGTTGTATGCAGTAATCTATTTCTGAGATGGTCATTTGTGATGATATGATAATGTTAAATAAGATTTATATAGCTGGTTTCCAAGGCCAAGTCACATAGACTTGGCCTCTAACtctttttttacatgttttatttttttacctttatttaactaggctagtcagttaagaacaaattcttattttcaatgacggcctaagaacagtgccTGTTCAGATTTGAACTTGAACCTttaagttactagtccaacgctctaaccactaggctaccctgccgctactTCCACTACCTTTTCCTTAGTCCTCTAATCTGAAAATGTGTATGGTCATGGGACTGTCTAACATTCCCCATGTTTTTCCCAGAGACTGAAATCTGTATATGGTTATCACTCCTCTAGCCTTCATACTCTTTCTTTAATTtgtattgacaagtttttcaaaGAAAAGTACATTCATTACCTGTATATGTTTAGGAatttgtttccatgtctgttttaTCTATTGCCATTGATGCTTCCCAGATGCTTGTCATTCTTGAAACAATTGTGCCTTTCCTCCATGTCAAGGAAGATCCCTGCAGTGTACTCTCCTAACGCAGGCTTTTTTTTCTGGAGATGAAAATGTTTGAGACAAACAATGCAATATCTATCTGATTATCTGTTTCTATTGCAAGTTgtagtgtttgtttgtgtcaatTAATCCCTTAAAAGATGGGTTGCCAACTGGCGATTTGACACACAATTAAATTTTTTCATTCATTGTCTGTGACTTGAATGTAGCTGTGGTTTGATATGAGATCCTATAATTTGAATcatttagaaaaaatatatatttttgttctgatTTTCAGTTATGGTTCTGCTTTTACTGGAATGCAAACCTCTAACAGCCTTAAAGGGAATATATTGTTGTTGGACACTTTTATATTTGAATGTGTATTGAATTACTAGCTTTTTCTATGCTCAGATAAGTAACCTGTCTAAATCTACACTATTGTCTggtgtgtttgtttattttaaaCTAAATAAAAATCAGGAAAAAA
>XM_021569749.2
CAACGCTGCACTGCAATGGTTCAGGCGTCAGCAACGCTGCTCTGCAATGGTTTCAGGCGTCAGCAACGCTGCTCTGCAATGGTTTCAGGCGTCAGCAACGCTGCTCTGCAATGGTTTCAGGCGTCAGCAACGCCTGGGCACAGGAAGATCTTTGCATAACGACAGTCTTAATTCATTATTTTGtaaccttagctagctaacatcggTATGGCCTAACTAGGCAGCCTGTCATGCCAGTAGAACCCGTTTCACTTTTTGCTAATTTTCTAACGTTAATCAGTCACTGCAAGTGATTTCAAATACAATTCAATTATTGAACTGGAATCAAACTAGTTAATTAATTCAATGTAACGTTATATCCTATGTGCCCGCTCAGACTGTGGCGGAAGCTCTGTCTGAACGCAAGTACCACTCGCAAGCGATACAGTTTTGGAAAAAATATGGAACGTAACTTTGATATCCGTGAAAAATAATTTTCTAAACACAAAAAGGTTAAATAACTATAGACTTTATGGCTAGCGTTTCTACACGGCCATATTTCCATTTTACATCGCTTGTTTACAAAGTCGGCgactacctgtgctaattagctatcggcatctctgaacacctgtgtgtaacggAAGGATGCCACAAACATATTGTAACTGAAAAATGGTCAACTTTCAACTGTGTAAagctgcaacCGAACTCTGAGCCATGTCGTCACGCTTGTTGCTTCGGCAGCAGCTGATGCGAGAACAAGCCCAGGAGCAAGAGAGACAGGAGGCCCAGGAGCAGGCCTCTGTGGCTCAGCTCAGGGCAACTGACTCCACCCCTGCTGTCGCTGTCACTCTGCCCCCAATAGCTGCTCGCCCTCTTTCCGCACAGGTGCCCGTGGAGGTTTTGAAGGTGCAGACCCACCTGGAGAACCCCACCAAGTTTCACATCCAGCAGTCTCAGAGGCAGCAGGTGAAGCAGCATCTCTCTGCCACCCTCTGCAATAAGGTGGCAATTCAGACCCTGGGTGTGTCTCCCCTGGCCCTGTCTAGCTCTGCCCCTGAGATGGATCCCATAGCCCGCAGTGTTACCAACAGCTCCATGGCTTCACACAACCTGGGATCCAACAAAGAGGAGCTCCCCTGGAACCTCCTGGAAGTTAACCATAGTCCTGGAATGGCAGTACCTACCCACACTGTCAGCAACTCCTGCCCTGTGGATCTAACCAATATTAAAAGGGAATACTCTGATGCAGATAACAAAGCTcgggtgaaagagagacagaagaaagaCAACCATAACCTCATTGAGAGGAAGCGGAGGTTTAACATCAATGACCGCATAACAGAGCTGGGGTCCATAATACCCCATTCAAGGGACTCGGAGTTGCGCTGGAATAAGGGCACCATTCTGAAGGCCTCAGTGGACTACATCAGGAAGCTGCAGAAGGAGCAGCAGAGAGCCAAGGAGGTAGAGATGCGTCAGAAGAAGCTGGAACATGCTAACCACTGCTTGATGCTGCGCATCCAGGAGTTGGAAGTGCAGGCTCAGCTTCATGGACTCTCCAGCCCGATGTcctatggtctgagttcagacccctccttcccccagcagCAGCACCTTCAGCAGGGAGGTCATATACTTGGGCCCAGAACTGGAGTAGCCTGCTCCCAAACCTTTCTCAGCCTGGGTGATGCAGCCATGGCACAACCCATCCctacctccttcctctctccaccctcctctgaCTCCCCTGCGGGTGTGACCATAGGCAGCCCCCTCGACCTGGGCAGTCTGCGCTTTGCCGAGCTGGATGACCCCTCCAATGCTGGGCTGTTCCCAGGCGTGGGGTTGGGGGACATTGTCATGGATGAGGGGTGCACACAGTCCCCTGAGAGGGTGGACCCACTGTTTTTTGTGTCACCAGGTGCCTCAAAGACCAGCAGTCGTAGGAGCAGCTTCAGCATGGAGGAGGACTTGTAAAGGGTCTTATTAGCGTCAAGCTGATCGAGAGAGAAGGGATTTAGGGAATGAGAGGGctagggaaggaggaggagcacaGGAAAATAAGAGCCCCCAGTTAAAACACTGCATATGGCACTGGACTCTGCTTTAAAACAAACAGCCAATCGTTTAACTAAACAGGACTTTGATCTGAATCATGCATCAGTACAAAATAAATGACAATCCTTTCCTCTCTTACCAAGTTAATATCGGTCCCTGATCTTAGAAAAAGAAAAAAGCTTTTCGGTACATGAATCAATAGTAATGCAATCATTTTcaaatagaaaatagtaaaattagTTTTTGGATATGGACTATGGACATTGATTTTTGTTCTGTTTCTTGCAAGACTCAACTCAACCAAGAGTTCCCTGTAGAGAAATTAAAGAGGAAATAGTGGTGGTTTAATCAAGTACGTTATTGGTCCTTATAGAGCGTATACTTTGTGCACTTTGCAACTTTTGTGAGAGCAATGAGGTTCTTGTATCTATTTAGTGAAACTGGCATGAACTACATAACGGGTGTGCTATTGAATTGAGATATTTTTTAACTGACTTGAATCAGGATTTGTTAGCTTAAAGTCTGTCTATTTTTACACATCTCGGAAGGTTTGTCtaaaaaaacatatttgataacctgtaaaaaaaaaaaaaaatctagatttACTGTATCTTTAATTTACTTTCAAAACATGTTGTTGTGACTTTTTCTGTTGTCTATGCATTTACTTTTAACGCTTTTGTCTGTTGAATGGTTGTACAGCTGGCCAGTAACTCAACTAACAATGaccaagagaaggagagaagtaaAACAAAAGCTACTGCAGCTAGTTAGCCAAAGCAGGTCACCTTTCACAGAATGGTAATATATTTAAGTCATAATATGGGTGtgttatatattgttatatagtAAATGGACGTATAGCTTTAACGTATGTTAATCTCTGAAACACTGCATGctacatgtgtgtttgtgttgcaaaAACATGTACTGGGTTGTATGCAGTAATCTATTTCTGAGATGGTCATTTGTGATGATATGATAATGTTAAATAAGATTTATATAGCTGGTTTCCAAGGCCAAGTCACATAGACTTGGCCTCTAACtctttttttacatgttttatttttttacctttatttaactaggctagtcagttaagaacaaattcttattttcaatgacggcctaagaacagtgccTGTTCAGATTTGAACTTGAACCTttaagttactagtccaacgctctaaccactaggctaccctgccgctactTCCACTACCTTTTCCTTAGTCCTCTAATCTGAAAATGTGTATGGTCATGGGACTGTCTAACATTCCCCATGTTTTTCCCAGAGACTGAAATCTGTATATGGTTATCACTCCTCTAGCCTTCATACTCTTTCTTTAATTtgtattgacaagtttttcaaaGAAAAGTACATTCATTACCTGTATATGTTTAGGAatttgtttccatgtctgttttaTCTATTGCCATTGATGCTTCCCAGATGCTTGTCATTCTTGAAACAATTGTGCCTTTCCTCCATGTCAAGGAAGATCCCTGCAGTGTACTCTCCTAACGCAGGCTTTTTTTTCTGGAGATGAAAATGTTTGAGACAAACAATGCAATATCTATCTGATTATCTGTTTCTATTGCAAGTTgtagtgtttgtttgtgtcaatTAATCCCTTAAAAGATGGGTTGCCAACTGGCGATTTGACACACAATTAAATTTTTTCATTCATTGTCTGTGACTTGAATGTAGCTGTGGTTTGATATGAGATCCTATAATTTGAATcatttagaaaaaatatatatttttgttctgatTTTCAGTTATGGTTCTGCTTTTACTGGAATGCAAACCTCTAACAGCCTTAAAGGGAATATATTGTTGTTGGACACTTTTATATTTGAATGTGTATTGAATTACTAGCTTTTTCTATGCTCAGATAAGTAACCTGTCTAAATCTACACTATTGTCTggtgtgtttgtttattttaaaCTAAATAAAAATCAGGAAAAAA

Function

NR:

description
transcription factor E3-like

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_036950657.1 False 4017 mRNA 0.43 8 74918264 74928441
XM_021569749.2 True 4017 mRNA 0.43 8 74918270 74928441

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
gnl3l gnl3l coding upstream 22801 74877193 ~ 74895463 (+)
LOC100135982 LOC100136940 coding upstream 56497 74858914 ~ 74861767 (+)
LOC110493256 LOC106565770 coding upstream 59952 74854126 ~ 74858312 (+)
opn1sw2 LOC100135984 coding upstream 76189 74839548 ~ 74842075 (+)
LOC118940106 NA coding upstream 148011 74768632 ~ 74770253 (+)
cxxc1b LOC106565764 coding downstream 9327 74937768 ~ 74943605 (+)
mbd1b LOC106565762 coding downstream 22257 74950698 ~ 74968199 (+)
ccdc120 LOC106565760 coding downstream 39916 74968357 ~ 74997618 (+)
LOC110494575 LOC106565759 coding downstream 71635 75000076 ~ 75014313 (+)
comtb NA coding downstream 80954 75009395 ~ 75011704 (+)
G1487790 NA non-coding upstream 18580 74899433 ~ 74899684 (+)
G1487778 NA non-coding upstream 42875 74875182 ~ 74875389 (+)
G1487771 NA non-coding upstream 46421 74871620 ~ 74871843 (+)
G1487650 NA non-coding upstream 130918 74787058 ~ 74787346 (+)
G1487644 NA non-coding upstream 145481 74772561 ~ 74772783 (+)
G1487809 NA non-coding downstream 1241 74929682 ~ 74929897 (+)
G1487813 NA non-coding downstream 16458 74944899 ~ 74945117 (+)
G1487838 LOC106582872 non-coding downstream 79025 75007466 ~ 75012176 (+)
G1487973 NA non-coding downstream 110556 75038997 ~ 75039259 (+)
G1487979 NA non-coding downstream 114496 75042937 ~ 75043140 (+)
LOC110493252 LOC106565788 other upstream 509075 74388428 ~ 74432420 (+)
G1486811 NA other upstream 938829 73978890 ~ 73979435 (+)
G1485819 NA other upstream 1636245 73281260 ~ 73282019 (+)
G1485260 NA other upstream 1792908 73122826 ~ 73125356 (+)
LOC110494525 LOC106565811 other upstream 1872676 73044346 ~ 73049958 (+)
G1490016 NA other downstream 1755158 76683599 ~ 76684020 (+)
G1491886 NA other downstream 3079849 78008290 ~ 78008799 (+)
G1491899 NA other downstream 3089927 78018368 ~ 78019816 (+)
G1491963 NA other downstream 3260571 78189012 ~ 78190290 (+)
G1492003 NA other downstream 3324188 78252629 ~ 78253308 (+)

Expression


Co-expression Network