LOC110494652 (LOC106565979)


Basic Information

Item Value
gene id LOC110494652
gene name LOC106565979
gene type coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048581.1
NCBI id CM023235.2
chromosome length 95212422
location 79351772 ~ 79355509 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

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>XM_021569908.2
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Function

NR:

description
unnamed protein product

GO:

id name namespace
GO:0035556 intracellular signal transduction biological_process
GO:0016567 protein ubiquitination biological_process

KEGG:

id description
K04701 CISH; cytokine inducible SH2-containing protein

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_036948255.1 False 2611 mRNA 0.46 2 79351772 79355461
XM_036948256.1 False 2411 mRNA 0.46 3 79351782 79355461
XM_021569908.2 True 2445 mRNA 0.46 3 79351782 79355509

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC118936427 LOC106582800 coding upstream 1190 79338634 ~ 79350582 (+)
LOC110493267 LOC106565976 coding upstream 15696 79321093 ~ 79336076 (+)
LOC110494644 LOC106565971 coding upstream 36898 79298520 ~ 79314874 (+)
LOC110493266 LOC106582806 coding upstream 63122 79277301 ~ 79288650 (+)
LOC110494642 LOC106565969 coding upstream 78327 79221280 ~ 79273445 (+)
nprl2 tusc4 coding downstream 3769 79359278 ~ 79366137 (+)
LOC110494653 rassf1 coding downstream 15310 79370819 ~ 79382289 (+)
tusc2 tusc2 coding downstream 26908 79382417 ~ 79387551 (+)
LOC110494654 LOC106565981 coding downstream 33724 79389233 ~ 79393180 (+)
hyal1 LOC106565982 coding downstream 43131 79398640 ~ 79401885 (+)
G1493174 NA non-coding upstream 58522 79245955 ~ 79293250 (+)
G1493185 NA non-coding upstream 59805 79290296 ~ 79291967 (+)
G1493309 NA non-coding downstream 149879 79505388 ~ 79505593 (+)
G1493318 NA non-coding downstream 161273 79516782 ~ 79517163 (+)
G1493488 NA non-coding downstream 161788 79517297 ~ 79517805 (+)
G1493498 NA non-coding downstream 167515 79523024 ~ 79523296 (+)
G1493511 NA non-coding downstream 188937 79544446 ~ 79544948 (+)
G1492310 NA other upstream 576045 78770747 ~ 78775727 (+)
G1492003 NA other upstream 1098464 78252629 ~ 78253308 (+)
G1491963 NA other upstream 1161482 78189012 ~ 78190290 (+)
G1491899 NA other upstream 1331956 78018368 ~ 78019816 (+)
G1495346 NA other downstream 1937931 81293440 ~ 81293926 (+)
G1495362 NA other downstream 1981508 81337017 ~ 81338163 (+)
LOC110494696 LOC106582736 other downstream 2076702 81432188 ~ 81602161 (+)
LOC110494698 LOC106566043 other downstream 2473223 81828571 ~ 81847540 (+)

Expression


Co-expression Network