LOC110494682 (edem1)


Basic Information

Item Value
gene id LOC110494682
gene name edem1
gene type coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048581.1
NCBI id CM023235.2
chromosome length 95212422
location 80038726 ~ 80047063 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>LOC110494682
aagtgactgagctcttcagtacatgccattccactgccaatgtttgtctatgaagattgcatggcggtgtgctttattttatacacccgtcagcagcgggtgtggctgaaatagacaaatccactaatttgaaggggtgtccacatacgcttgtatatatatatagtgtatgttaaTATACGTCACTGGGAAAGTATATGGACTTTCTGGTTTCCCTTCTTGTCTCTGTCATGTTCTACTGTGAGATTAACTGCTTTATGGCCGTTGCCTTTTTTTTGCCAAATCAAATTTTTGAGCAATGAATTATGTAAATAGTTCAGTAGCTAGGTATGTACAACTATCAAGCTGTTAAGATTTTTACTTATGTGAGCGCATATGGATATTTTATATTAATGTACTGATGGTCAAGATAGTGGGTTGGTTGTGTGGTTATCAGCCTTGTTTGTAATTTGCCTCAGTGAAATTATGTCTACTGCGGTCaatgagctgagagagagtggcagaattCAAAGTGCCTTGTGCAATATCTCATCTCTGAAGCAAACAGCATGCAAAGTGTGCTTTCCTGAGCAAAGATAAAACACCACTCCTATATAttcaagaaagaaagaaagaaacaagaAAGGCATTCTTGTTAATTTAGACATTGTACTGTTATCGTTGTTCACCCTCAGTTGCGATATTTTCTGTGGCGCatttttgaaatatatatttatggTGTCAATACTTTGGAATTATTTAGTAATTATGTTATCTGGGtggataaaaaaatgtaaactatGCTTAAAGATGAACTTTGTCATTAAAATTAAGGACAACATTTGACTACACTCATTGGACTAATACTTGTATCAATAATCATAGTTCGAGACTATTGGTAGTAGGCTATGATTTTAACTCGAAAACATCAGATTCGCAAACAAATGTcggaaagttaaaaaaaaaaaaagatttttatTCCTCCAGATTGGTTTTGACATGGGTATTTTCTGACTCTTCACCTGTCTGAGCCTCTACTTTTTAATGCCTGTGGATGTTTTCTATTGGTGCAAAGGTGATATTGCTTGACACACGGCAAGACTGACATGCATGGTAGCCAATTGCTGAAACGCGCCTGCCCCTTCTTTCTTGACGACATTCCTGGAGCTCCAATCACACCTTAAAACCGGGAACGTTTCAAACTGTTTCTTTCATATATTTTAAAATGCGAttttaaccttaaccacactgctaatctTATGCCAAACCTTTAATTAAGAGAACATATCTTAACGAAATCATGAATTGTTACCATATAGACATTTTACATTGTGGCAACTACTGACAACCGATGGGCTGGGTATATTGTCAAATATTGTCGATTTGAACTACGTATTTTAAGACCGATCCAGAACAAAGATGCAATGGAAGCCGATACTGGTTGGTCTCGTCGTACTCAGACTGACTTTCAGTAGTCTACTATAGCTAGCATTTGGACTGGGACCTAGCTGGGGGTTCAACTTCCCCCTACATTTAAAGGGAGAAGCACAAAGCAGGACCTCTTTAGCCTCTTTGAACGGAACAGAGATGACAGGAGATATAGCTCCTTCCCGGACACACTCAAGTTAAAGATGAAAGGCATGTTCTACTTTGGATACGATAACTACATGAAATATGCCTTTCCCGAAGATGAGCTCAATCCCATTGACTGTCAAGGGAGACGTTCTCAACCCATCAAACATCAACATCAATGATGTCTTGGGAAACTATTAATTGACACCCTAGACACACTACTGGTGCTGGGGAATGTGTCATAGTTCCATAGAGCTGTGAAGTTGGTGATAGACACGGTATCTTTCGACACTGGTGCAAGTGTTTGAGGCTAACATCAGGATCCCGGGTAGTCTCATCTCTGCTCACATCCTCCTGACTGACTCCAAGCATCCCTTCGGTGACGTGGGCATGGACGATTATGACAATGAGCTACTACACCTGGCCCACGACCTGGCAGTCCGCTTGCTGCCAGCCTTCGAGAACACCAGCACAGGCATCCCCCACCCCAGGGTGAACCTGAAGAGTGGTGTCTCTCCAGACAGCATCAATGAGACTTGCACATCTGGGGCTGGCTCCCTGATGGTGGAGTTTGGCATTCTGAGCCGTCTGATTGGTGACTCCACGTTTGAGTGGGTGGCAAGACGGGCTGTCCCAGCCCTGTGGAACCTGAGGAGCAACGAGACAGGCTTGCTAGGGAACGTGGGGAACATTCAAACGGGACAATGGGTTGGCATGCAAAGTGGCCTGGGAGCAGGGATGGACTCGTTCCTAGAGTACCTGCTTAAGTCTTACATCctgtttggagagagagaggactagcgGATGTTCCAAGCTTCTTATGAGAGCATCCAGAACCACCTGAGAATGGGGAGGGAGTCATGTAATGAGGGAGAAGGGGACCCTCCACTCTACGTCAATGTGAACATGTTCAACGGCCAGATCATAAACACCTGGATCGACTCCCTGCAAGCCTTCTTCCCTGGCCTCCTGGTGTTGAATGGTGGTGTTGAGGAGGCCATTTGCACGCATGCCTTCTACTACGCCATCTGGAAGCGCTTCGGGGCCCTGTCGGAGAGGTGCAACTGGCAGCTACAGGCGCCTGATGTGCTCTTCTACCCCCTGAGGCCAGAACTGGTGGAGTCCACCTATCTCCTCTACCAGGCAACCAAACATCCTTTGTATTTGCATGTAGGACTGGACATCCTCGAGAGCCTGGAAAAAAAGGACAAAGTCTGGTGTGGGTATGCCACTCTTCACCACATGGTGGACAAGTCCAAAGAGGATCGCATGGAGAGCTTTTTTCTCAGCGAGACCTGCAAATACCTTTACCTGCTGTTTGATGAAGACAACCCCTTGCACAAATCAGAGAACAAGTATATCTTCACCACAGAGGGCCATGTGGTACCTATTGATGCGCGCTTCCGGGAGAAGCAGTGGAATGACCTGTTCCCCTGTGAGGAGAGAGTGGTGACAGACCAGGAGACCTCCAACGGGTCATTTTCTATCAACAATAGCAATtgtgacagggtctctGAAGAGCCCAGGTACTCCCTGCCTTTGAAGAGTGTGTACATGAGACAGATCGATCACATGGTGGGACTGTTCTGAGGAGAGATCACTGCTGTGTCTGTGTCCTCAGTTTGTAGACTCACTAACTCAGGCACAGCTTGTTGTGTGAAGAGGACAAGAGGGGTCTCACCTCACCCTGCTCTACCGCTCTGCTGCTCGGGACCAAGGTGGACAATACTCTCTAGGACCTTTTTTAaaatagcatttcaattgtttttGCAGTATTGTTTTATAATATGCATCAGTTTATTTTGTAAAggacaatctttttttttttctccagtaaAAGGTTTGCTGGATTCCTGTTCCACAGCATTTTAAATGTGACTCATTGGGTGTTGTTTGGTGTCCATTATAACTGGGATGTTTTGGTTGAGGAATGAATGAAGCAGTGATGAGGGCTTTACTGTTCGAGCTTTGGTTTGGGTGTGTAGCTAGGTGTTCTGAACATACCGCCGAACTGTTATTGGGTTGGGGGAACAGTGCCATCCAGATACCTGTTTAATGTCCATAGCATCATTTTAAGTGCATTACGCAAAAAAATCGATATACAGGGTGACTAGTGCCTCACTAGGATTGTCAATGCTGACATGACCCCTTATTAGTGCAGACGTGACCCCTTATTAGTGCAGACGTGACCCCTTATTAGTGCAGACGTGACCCCTTATTAGTGCAGACGTGACCCCTTATTAGTGCAGACGTGACCCCTTATTAATGCAGACTTGGTATTAATGCAGACGTGACCCCTTATTAGTGCAGACGTGACCCCTTATTAATGCAGACTTGGTATTAGTGCAGACGTGACCCCTTATTAGTGCAGACGTGACCCCTTATTAGTGCAGACGTGACCCCTTATTAGTGCAGACGTGACCCCTTATTAATGCAGACTTGGTATTAGTGCAGACGTGACCCCTTATTAGTGCAGACGTGACCCCTTATTAGTGCAGACGTGACCCCTTATTAGTGCAGACGTGACCCCTTATTAATGCAGACTTGGTATTAATGCAGACGTGACCCCTTATTAGTGCAGACGTGACCCCTTATTAGTGCAGACGTGACCCCTTATTAGTGCAGACGTGACCCCTTATTAGTGCAGACGTGACCCCTTATTAGTGCAGACGTGACCCCTTATTAGTGCAGACTTGGTATTAATGCAGACGTGACCCCTTATTAGTGCAGACGTGACCCCTTATTAGTGCAGACGTGACCCCTTATTAGTGCAGACGTGACCCCTTATTAATGCAGACTTGGTATTAGTGCAGACGTGACCCCTTATTAGTGCAGACGTGACCCCTTATTAGTGCAGACGTGACCCCTTATTAGTGCAGACGTGACCCCTTATTAATGCAGACTTGGTATTAATGCAGACGTGACCCCTTATTAGTGCAGACGTGACCCCTTATTAGTGCAGACGTGACCCCTTATTAGTGCAGACGTGACCCCTTATTAGTGCAGACGTGACCCCTTATTAGTGCAGACGTGACCCCTTATTAGTGCAGACTTGGTATTAATGCAGACGTGACCCCTTATTAATGCAGACGTGACCCCTTATTAGTGCAGACGTGACCCCTTATTAATGCAGACTTGGTATTAATGCAGACGTGACCCCTTATTAATGCAGACGTGACCCCTTATTAGTGCAGACGTGACCCCTTATTAATGTAGACTTGGTATTAATGCAGACGTGACCCCTTATTAATGCAGACGTGACCCCTTATTAGTGCAGACGTGACCCCTTATTAGTGCAGACGTGACCCCTTATTAGTGCAGACGTGACCCCTTATTAGTGCAGACGTGACCCCTTATTAATGCAGACTTGGTATTAATGCAGACGTGACCCCTTATTAGTGCAGACGTGACCCCTTATTAGTGCAGACGTGACCCCTTATTAGTGCAGA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Function

symbol description
edem1 Predicted to enable calcium ion binding activity; hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds; and lytic transglycosylase activity. Predicted to act upstream of or within carbohydrate metabolic process. Predicted to be located in membrane. Is expressed in anterior axial hypoblast; hatching gland; liver; pharyngeal arch; and polster. Orthologous to human EDEM1 (ER degradation enhancing alpha-mannosidase like protein 1).

NR:

description
ER degradation-enhancing alpha-mannosidase-like 1

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
LOC110494682 True 5821 mRNA 0.44 12 80038726 80047063

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110495196 LOC106565991 coding upstream 20951 80015109 ~ 80017775 (+)
LOC110493270 LOC106565994 coding upstream 58631 79959861 ~ 79980095 (+)
LOC110494662 LOC106565996 coding upstream 107923 79926360 ~ 79930803 (+)
LOC110494661 LOC105025424 coding upstream 113348 79900018 ~ 79925378 (+)
LOC110494660 LOC106565999 coding upstream 156474 79874333 ~ 79882252 (+)
LOC118940652 NA coding downstream 239882 80286945 ~ 80286998 (+)
trnak-cuu-20 NA coding downstream 376815 80423878 ~ 80423950 (+)
trnak-cuu-21 NA coding downstream 377797 80424860 ~ 80424932 (+)
trnak-cuu-22 NA coding downstream 378778 80425841 ~ 80425913 (+)
trnak-cuu-23 NA coding downstream 380553 80427616 ~ 80427688 (+)
G1493756 NA non-coding upstream 19938 80018563 ~ 80018788 (+)
G1493744 NA non-coding upstream 38248 80000262 ~ 80000478 (+)
G1493740 LOC106565993 non-coding upstream 41547 79996639 ~ 79997179 (+)
G1493734 NA non-coding upstream 64213 79974132 ~ 79974513 (+)
G1493767 NA non-coding downstream 18042 80065105 ~ 80073213 (+)
G1494061 NA non-coding downstream 47826 80094889 ~ 80095135 (+)
G1494064 NA non-coding downstream 49088 80096151 ~ 80096441 (+)
G1494066 NA non-coding downstream 50166 80097229 ~ 80097768 (+)
G1494065 LOC106565988 non-coding downstream 51578 80098641 ~ 80101348 (+)
tusc2 tusc2 other upstream 653289 79382417 ~ 79387551 (+)
LOC110493267 LOC106565976 other upstream 702654 79321093 ~ 79336076 (+)
G1492310 NA other upstream 1262999 78770747 ~ 78775727 (+)
G1492003 NA other upstream 1785418 78252629 ~ 78253308 (+)
G1491963 NA other upstream 1848436 78189012 ~ 78190290 (+)
G1495346 NA other downstream 1246377 81293440 ~ 81293926 (+)
G1495362 NA other downstream 1289954 81337017 ~ 81338163 (+)
LOC110494696 LOC106582736 other downstream 1385148 81432188 ~ 81602161 (+)
LOC110494698 LOC106566043 other downstream 1781669 81828571 ~ 81847540 (+)
G1496351 LOC106566032 other downstream 2116143 82163138 ~ 82169750 (+)

Expression


Co-expression Network