LOC110493277 (arhgef3)


Basic Information

Item Value
gene id LOC110493277
gene name arhgef3
gene type misc
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048581.1
NCBI id CM023235.2
chromosome length 95212422
location 83704163 ~ 83809312 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

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>TU1712575
TCAGCCCCCAGAGACCTCTGAGTCCTACAACACCTCCCCTCTCAGGAGCACTGTCCCCCCAGCCAGAGAGCATGGACCACAGTGACAGTGACTCGTCTGTAGACTCTCCAGATTGTAGCATGGACATGGACACGGCCGAGGCGTCTGACTCCACCACAGGCTGGCCTGGCTCCGCCCAGATGGACCAAACAGACTctagtagcagcagcaggccaGCAGAAGTGTGACCACTGGGGTGTCAAGGCTACACCTGGGCAGTATTGGTGGTAACATGGCGATGTTCTTTATATGCGGGAGGGAGGCAACATAGTGGGTGGATATTGTAGAGCACTTCTTTTCTCTACCCCTttttttcatttgtttgtttttctcttAACTTTCTTTCTATGAGacagtggtgtagtctatagcAGTGGTATCCATGTGTCTTAGCTGTGACTGGCAGGTCTACTATGGATGTCTACATGGAGAGGAAGGCAGCCATGACTGGGACCTCAGGACagtattgttgttgttgctcctGCTCTGACTCTTGACCTCTGCTGTGGGCGGAGTCCTCCTACCCTACAGACAGGCTCCTCTCATCACCTTCTCACCACAACTAGAAACACTGCCATCACCTCTTATCCCACTGCACTACTACTGTGGTCGCCCAGAGCAAAGAGAATACATGGATGATATTCCTTttatatatatagaatatattgTATGTAGGAATCTAGAGAACCTGTTGCGTTTGCAATAATTGACCCAGTCAAAATGACCAGACGAATGTTTTCAAAGACAATCAATATGatgatatgttgttgttgttgttgttaggactTGACATGGAGTTGGAGTTTATTTTGTTAAGGATGGGTTATAACAGTGTTAATGGGGCATAGTTGTTTGCTACAGATTCTTCCCACATCTTGGCCAGAACTAGGATGTTCCAGAACTATGGCGTTCCAGAACTATGGTGTTCCAGAACTATGGCGTTCCAGATCTAGGGCGTTCCAGAACTATGGTGTTCCAGAACTATGGCGTTCCAGATCTAGGGCGTTCCAGAACTATGGCGTTCCAGAACTATGGCGTTCCAGAACTATGGCGTTCCAGATCTAGGGCGTTCCAGATCTAGGGCGTTCCAGATCTATGGCGTTCCAGATCTATGGCGTTCCAGATCTATGGCGTTCCAGAGGTCAGCAATTGGCATCTAGAACTGGCCTCTTGGTAATGTAACCTATGATAAACACATAACTCAGAGGGGAGAGCTGTTATTATTTGTGGCTCAAGCTGGTTTGATTAATTgggtgtttattttttatatccTGTCTAAAGTTAAATTCTGCATTGGTGGGAAAGGGCTCATAAGTGAGCATTCActgtagtctacacctgttgtattctgcgcatgtgaccatttttttaaactttaaatTAATATGagttcaaaaaaaaaaatgataggaCCACCTATTTCTCCACAAGTAGGAAGTGGGAACAGAAGCATTTTACAGCAAGTAAACAGCCCTTCCTGGAAGAAGGAAGATTCTCCGTGGTGTTAAGAGTCAATGTCTTACAGAGAAGCTTTGTATTAAAAACAGTATTAAATGAATTACTTTTAGTGTGTTTTAGTAGTGTCAGGTTTTTATCACCCACAAAGTTCTTTACTCACTGGACATTTCTGTTAAAAAGCGATGCTGAGACTTCTGTATGGTTTAAAGAAGTAGTCGCATGTGTCATAGCTAAACTCAGACCAGTCCTCTGTCACTGGGTGCTCTCGGTGTTGAACTGATAAACTAGGACTGCTAAATCATTGGCAAAAATGTGTACGTGTCGGGTAATTATAATCTTGTGCAAGTTTACTTGTGGGGCCTCATGTTCTCTTTCATTTGAATAGAATGTCACGTGTTAAAAAAGGAATCAGTTTGACCAAGTAATCACTAAAAGAAATATccaaaatacagtatattattttattgttttttaaagaaatgtattGAAATGTATTCTTTAGGATGTCTATTTATAGTAATTGTTTTCTATGAATTAATGTTATATGCGTTTGTTTGGTTCATGCTGGAGACTAGAGGTGAGAATTATGGTTGTACAGGGAGATATGGGACTGGGAAGGGCCTAAAGAACTAGACTGGAAAGGAAGGGTTTCAGAACTAGCTACGTATGTGGCTGTAGGCTATGTAAACCTTCAGACACATGGACTTGAAAGGAAGGGTTTCAGATCTAGCTACGTATGTGGCTGTAGGCTATGTAAACCTTCAGACACATGGACTTGAAAGGAAGGGTTTCAGATCTAGCTACGTATGTGGCTGTAGGCTATGTAAACCTTCAGACACATGGACTTGAAAGGAAGGGTTTCAGAACTAGCTACGTATGTGGCTGTAGGCTATGTAAACCTTCAGACACATGGACTTGAAAGGAAGGGTTTCAGAACTAGCTACGTATGTGGCTGTAGGCTATGTAAACCTTCAGACACATGGACTTGAAAGGAAGGGTTTCAGAACTAGCTACGTATGTGGCTGTAGGCTATGTAAACCTTCAGACACATGGACTTGAAAGGAAAAGAGACCATATTGAAATATGATATATGAACTGACTGAAAAAGATTGACATGAACATGTATAACCTAATGGAATTTAGATTGTACCAAATAAAAGATGGGAA

Function

symbol description
arhgef3 Predicted to enable guanyl-nucleotide exchange factor activity. Acts upstream of or within myeloid cell development. Predicted to be located in cytoplasm. Orthologous to human ARHGEF3 (Rho guanine nucleotide exchange factor 3).

NR:

description
rho guanine nucleotide exchange factor 3-like

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_036950798.1 False 5310 mRNA 0.47 12 83704163 83809312
XM_036950800.1 False 5263 mRNA 0.48 11 83736497 83809312
XM_036950799.1 False 5185 mRNA 0.48 10 83777074 83809312
TU1712576 False 521 lncRNA 0.43 3 83704219 83748099
TU1712578 False 285 lncRNA 0.54 1 83804931 83805215
TU1712575 True 2664 lncRNA 0.42 3 83805918 83809307

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110494741 il17rd coding upstream 2240 83642445 ~ 83701923 (+)
LOC110494740 LOC106566091 coding upstream 73306 83629188 ~ 83630857 (+)
irak1bp1 irak1bp1 coding upstream 95275 83603639 ~ 83608888 (+)
hesx1 LOC106582615 coding upstream 108622 83592762 ~ 83595541 (+)
LOC110494736 appl1 coding upstream 111544 83576027 ~ 83592619 (+)
LOC110494743 LOC106566086 coding downstream 1446 83810758 ~ 83837755 (+)
LOC110494746 LOC106566088 coding downstream 41153 83850465 ~ 83860051 (+)
LOC110494747 LOC106566085 coding downstream 54506 83863818 ~ 83868195 (+)
LOC110494749 LOC106566083 coding downstream 70493 83879805 ~ 83890067 (+)
LOC110494750 LOC106566084 coding downstream 81011 83890323 ~ 83892616 (+)
G1497989 NA non-coding upstream 1353 83702466 ~ 83702810 (+)
G1498007 NA non-coding upstream 14805 83687666 ~ 83689358 (+)
G1497978 NA non-coding upstream 81555 83618856 ~ 83622608 (+)
G1497977 NA non-coding upstream 95955 83607724 ~ 83608208 (+)
G1498212 NA non-coding downstream 18924 83828236 ~ 83828475 (+)
G1498185 NA non-coding downstream 28616 83837928 ~ 83839104 (+)
G1498215 ccdc66 non-coding downstream 34728 83844040 ~ 83844970 (+)
G1498233 NA non-coding downstream 105591 83914903 ~ 83915105 (+)
G1498238 NA non-coding downstream 110078 83919390 ~ 83919689 (+)
G1497918 NA other upstream 69668 83614265 ~ 83634495 (+)
G1496351 LOC106566032 other upstream 1534413 82163138 ~ 82169750 (+)
LOC110494698 LOC106566043 other upstream 1871062 81828571 ~ 81847540 (+)
LOC110494696 LOC106582736 other upstream 2102006 81432188 ~ 81602161 (+)
G1495362 NA other upstream 2366000 81337017 ~ 81338163 (+)
G1498583 NA other downstream 316525 84125837 ~ 84174177 (+)
G1498913 NA other downstream 686617 84495929 ~ 84497398 (+)
G1498912 NA other downstream 706805 84516117 ~ 84567678 (+)
LOC110493280 LOC106566113 other downstream 868228 84379789 ~ 84685383 (+)

Expression


Co-expression Network