G1416304


Basic Information

Item Value
gene id G1416304
gene name NA
gene type unknown
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048581.1
NCBI id CM023235.2
chromosome length 95212422
location 6168395 ~ 6169547 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU1619562
ttcacactctcttcccccttcacactctcttcccccttcacactctctccccccttcacactctcttccccttcacactctcttcccccttcacactctcttcccccttcacactctcttcccccttcacactctcttcccccttcacactctcttcccccttcacactctcttcccccttcacactctcttcccccttcatactcccttcccccttcacactctcttcccccttcacactctcttcccccttcacactctcttcccccttcacactctcttcccccttcacactctcttcccccttcacactctcttcccccttcatactcccttcccccttcacactctcttcccccttcacactctcttcccccttcataCTCTCTTCACGCTTCACGGTTGAGGTCTTTGAATTGTTGAAGCGCCCCTGCAGGACTCGGTCCCGGAACCTCTTGGGGTAGGAGACCTTGTCTCTCGCCAGAAGATTTCCCCAGAGAGCCATGATCTCCTCTATGTGCCTATTAGAGAACCATGCCCCTCCAGCAGCCTCACCAGACTCCTGGCCAGGAGGACCACGTGCTGGTATCCACTAACCCCATCAGGTCCTATGTTCTCCTGGTATCCACTAACCCCATCAGGTCCTATGTACTCCTGGTATCCACTAACCCCATCAGGTCCTATGTACTCCTGGTATCCACTAACCCCATCAGGTCCTATGTACTCCTGGTATCCACTAACCCCATCAGGTCCTATGTTCTCCTGGTATCCACTAACCCCATCAGGTCCTATGTACTCCTGGTATCCACTAACCCCATCAGGTCCTATGTTCTCCTGGTATCCACTAACCCCATCAGGTCCTATG
>TU1619564
ttcacactctcttcccccttcacactctcttcccccttcacactctctccccccttcacactctcttccccttcacactctcttcccccttcacactctcttcccccttcacactctcttcccccttcacactctcttcccccttcacactctcttcccccttcacactctcttcccccttcacactctcttcccccttcatactcccttcccccttcacactctcttcccccttcacactctcttcccccttcacactctcttcccccttcacactctcttcccccttcacactctcttcccccttcacactctcttcccccttcatactcccttcccccttcacactctcttcccccttcacactctcttcccccttcataCTCTCTTCACGCTTCACGGTTGAGGTCTTTGAATTGTTGAAGCGCCCCTGCAGGACTCGGTCCCGGAACCTCTTGGGGTAGGAGACCTTGTCTCTCGCCAGAAGATTTCCCCAGAGAGCCATGATCTCCTCTATGTGCCTATTAGAGAACCATGCCCCTCCAGCAGCCTCACCAGACTCCTGGCCAGGAGGACCACGTGCTGGTATCCACTAACCCCATCAGGTCCTATGTTCTCCTGGTATCCACTAACCCCATCAGGTCCTATGTACTCCTGGTATCCACTAACCCCATCAGGTCCTATGTACTCCTGGTATCCACTAACCCCATCAGGTCCTATGTACTCCTGGTATCCACTAACCCCATCAGGTCCTATGTTCTCCTGGTATCCACTAACCCCATCAGGTCCTATGTACTCCTGGTATCCACTAACCCCATCAGGTCCTATGTACTCCTGGTATCCACTAACCCCATCAGGTCCTATGTACTCCTGGTATCCACTAACCCCATCAGGTCCTATGTTCTCCTGGTATCCACTAACCCCATCAGGTCCTATGTACTCCTGGTATCCACTAACCCCATCAGGTCCTATGTTCTCCTGGTATCCACTAACCCCATCAGGTCCTATG
>TU1619565
ttcacactctcttcccccttcacactctcttcccccttcacactctctccccccttcacactctcttccccttcacactctcttcccccttcacactctcttcccccttcacactctcttcccccttcacactctcttcccccttcacactctcttcccccttcacactctcttcccccttcacactctcttcccccttcatactcccttcccccttcacactctcttcccccttcacactctcttcccccttcacactctcttcccccttcacactctcttcccccttcacactctcttcccccttcacactctcttcccccttcatactcccttcccccttcacactctcttcccccttcacactctcttcccccttcataCTCTCTTCACGCTTCACGGTTGAGGTCTTTGAATTGTTGAAGCGCCCCTGCAGGACTCGGTCCCGGAACCTCTTGGGGTAGGAGACCTTGTCTCTCGCCAGAAGATTTCCCCAGAGAGCCATGATCTCCTCTATGTGCCTATTAGAGAACCATGCCCCTCCAGCAGCCTCACCAGACTCCTGGCCAGGAGGACCACGTGCTGGTATCCACTAACCCCATCAGGTCCTATGTTCTCCTGGTATCCACTAACCCCATCAGGTCCTATGTACTCCTGGTATCCACTAACCCCATCAGGTCCTATGTACTCCTGGTATCCACTAACCCCATCAGGTCCTATGTACTCCTGGTATCCACTAACCCCATCAGGTCCTATGTACTCCTGGTATCCACTAACCCCATCAGGTCCTATGTTCTCCTGGTATCCACTAACCCCATCAGGTCCTATGTACTCCTGGTATCCACTAACCCCATCAGGTCCTATGTTCTCCTGGTATCCACTAACCCCATCAGGTCCTATG
>TU1619568
ttcacactctcttcccccttcacactctcttcccccttcacactctctccccccttcacactctcttccccttcacactctcttcccccttcacactctcttcccccttcacactctcttcccccttcacactctcttcccccttcacactctcttcccccttcacactctcttcccccttcacactctcttcccccttcatactcccttcccccttcacactctcttcccccttcacactctcttcccccttcacactctcttcccccttcacactctcttcccccttcacactctcttcccccttcacactctcttcccccttcatactcccttcccccttcacactctcttcccccttcacactctcttcccccttcataCTCTCTTCACGCTTCACGGTTGAGGTCTTTGAATTGTTGAAGCGCCCCTGCAGGACTCGGTCCCGGAACCTCTTGGGGTAGGAGACCTTGTCTCTCGCCAGAAGATTTCCCCAGAGAGCCATGATCTCCTCTATGTGCCTATTAGAGAACCATGCCCCTCCAGCAGCCTCACCAGACTCCTGGCCAGGAGGACCACGTGCTGGTATCCACTAACCCCATCAGGTCCTATGTTCTCCTGGTATCCACTAACCCCATCAGGTCCTATGTACTCCTGGTATCCACTAACCCCATCAGGTCCTATGTACTCCTGGTATCCACTAACCCCATCAGGTCCTATGTACTCCTGGTATCCACTAACCCCATCAGGTCCTATGTTCTCCTGGTATCCACTAACCCCATCAGGTCCTATGTACTCCTGGTATCCACTAACCCCATCAGGTCCTATGTTCTCCTGGTATCCACTAACCCCATCAGGTCCTATG

Function

NR:

description
PREDICTED: SH3 domain-containing protein 21-like

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU1619562 False 865 TUCP 0.54 3 6168395 6169547
TU1619564 False 1009 TUCP 0.53 3 6168395 6169547
TU1619565 False 901 TUCP 0.54 3 6168395 6169547
TU1619568 True 865 TUCP 0.54 2 6168395 6169547

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC118940646 NA coding upstream 11908 6156382 ~ 6156487 (+)
LOC118940642 NA coding upstream 12871 6155417 ~ 6155524 (+)
LOC118940626 NA coding upstream 13828 6154461 ~ 6154567 (+)
LOC118940636 NA coding upstream 14787 6153502 ~ 6153608 (+)
LOC118940625 NA coding upstream 15747 6152542 ~ 6152648 (+)
LOC110515695 LOC106608468 coding downstream 60522 6230069 ~ 6235946 (+)
LOC118940017 LOC106608468 coding downstream 76804 6246351 ~ 6250968 (+)
LOC118940021 NA coding downstream 87049 6256596 ~ 6262067 (+)
LOC110518718 NA coding downstream 100378 6269925 ~ 6278740 (+)
LOC118940064 LOC106608470 coding downstream 126807 6292497 ~ 6298972 (+)
G1416299 NA non-coding upstream 66397 6093674 ~ 6101998 (+)
G1416153 NA non-coding upstream 83254 6084867 ~ 6085141 (+)
G1416290 NA non-coding upstream 99288 6068763 ~ 6069107 (+)
G1416277 NA non-coding upstream 146841 6019399 ~ 6021554 (+)
G1416270 NA non-coding upstream 156226 6011903 ~ 6012169 (+)
G1416307 NA non-coding downstream 18456 6188003 ~ 6188990 (+)
G1416146 NA non-coding downstream 37889 6207436 ~ 6212444 (+)
G1416327 NA non-coding downstream 93171 6262718 ~ 6279470 (+)
G1416338 NA non-coding downstream 132216 6301763 ~ 6302047 (+)
LOC110493338 LOC106590982 other upstream 102938 6056654 ~ 6066070 (+)
G1415943 NA other upstream 998822 5168936 ~ 5169573 (+)
LOC110514795 LOC106591899 other upstream 1210990 4945436 ~ 4974798 (+)
G1414826 NA other upstream 1315070 4799523 ~ 4853325 (+)
G1414801 NA other upstream 1436151 4729387 ~ 4734664 (+)
G1416180 LOC106594343 other downstream 46672 6216219 ~ 6217253 (+)
LOC118940005 LOC106593103 other downstream 353957 6523504 ~ 6578882 (+)
G1416413 NA other downstream 448636 6618183 ~ 6650197 (+)
G1416452 NA other downstream 550240 6719787 ~ 6720394 (+)
G1416462 NA other downstream 583255 6752802 ~ 6769590 (+)

Expression


Co-expression Network