G1447558


Basic Information

Item Value
gene id G1447558
gene name NA
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048581.1
NCBI id CM023235.2
chromosome length 95212422
location 39697218 ~ 39717880 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU1656753
AGTGCTGCGCACCTTGCATCACTTTACTAGAGGGTTACTATCGATTCTTTACACTGAGTATGCCTTCGGCTTCTGGCAAAGAGgaatagctgctgctttggcaaaagctaatggggatccttgtAAACCAATAAAACCAATACACACAGGGCTATTGTCAACCAAACTGACTCCTCCAATCAGGCTTTGCATAGACCGGTGATTGGGGAATACCCTTAATCGATacagcaacccccccccctcccccttatgTTTGTCCAAGTGAGAACATTACCCCTCCCCTTTGATTGCAAATACCCAAGTTGGAAGTAGATTCTTGATTGCATGCGTCCATAAAAGATTATTACTTTTTtgggacattttttatttaattgaatTGCTTTTATCATTGTGATGTTTCTTTTCAGCTGTAGGTTTGCACAACTCAATcttcagattattattattattattattattgttgtttttttgtagCGTTTTTATGATTtgaaagttgttgttttttgtagGGATTGAggcattatttaaaaaataatgcaGCTAAATGAACTCCGGGTCGGTTGGGACTGGGTTACTGGATGTAAGCCTTTTGCCTTGTGACCGCTATTGGTAAGTTATTCTATGGCAGGAAGGAAGTGACGAAATGGGAGAAAAGGTGCATGTAGAAGTGAATTAGTTTTGGTGAGGTCTAAACCAAAAGTAATGTGCAATACTGCTGTCAGATTTAGGCCTGTGAGTCGTATGTCAGGGATATTGGTCTGTTTCTTCTTTTTTGTTTTGTCGGGTTTTTTCCTACTCCAAGCCCATACATTTGTTGATCTTGTCAGGCAAATGTATGTGAGTCATCATTTGAATGGTTTATGCTGTCTGTTCACCGTGCTGTGACAGTCCACTTAACTCTTAAAGAACACTTCTCCAACTATATGGTCATTGTCTTCATCAGCCCCACTACAGTCATCATCAATAGGTTTTGATGCTTGTTTATTTGTTTCTCATTGAACTGTTATACCCATCACTGCACTGAAGTCATGTTAATTTGAATGCACTATATTCTCAAGAATGCTTTTTCCCAGTATCTATCAATGTAACTGTTTTGTTAGTTAGCCAACTCACTGCGTTTAACTCACACAAAAAATTAAAGCACACGAAAGCTATATCCTGAAGGGACCATTCTTTACTATTTAAACATTTTGTCCTTAACAGGATTCATGTCATACACTCAATTTATTTCATCTCACTGTTGCCTATTACGGATTAAAGAATGGATAACTTGCAGATGGAGGTATAGAGTTGAGGAAAGCGAGAGAGTGTaacctactgtatctatctacgtGTGAGCGGAGTGAAGGATAACTTGCTGCTTAGGGAGAGGGCAGAACAGGCCTGAGCTAAGTCTTCCTGACCGTGAGTCACAGCTCGCTGTGTAGTCACGTGAGTCACGCGTTAACCAGGCTACCATCCCAGGAGTTGTGGAAACACTACAATTGACCTGTCCTGGAGTATCTGACCATCACCGTGATCGATGTAAACAGTCAGGCAACTGTTTTGTATGTATATAAATATCTAAGAAAAATGCATATTCCTAGTCAAGTAGTCTATGGTGTATAAAAACCAACCTTGTTGGACTATGTAGCATCTTAATAAATTCAATGAATAAACCCTCTACCAAATtaaaaaaaaaaaaaa
>TU1656754
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>TU1656755
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>TU1656756
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Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU1656753 False 1686 lncRNA 0.39 2 39697218 39717880
TU1656754 False 1678 lncRNA 0.39 2 39697218 39717880
TU1656755 False 1679 lncRNA 0.39 2 39697218 39717880
TU1656756 True 1676 lncRNA 0.39 2 39697218 39717880

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110493884 LOC106565072 coding upstream 1192 39651864 ~ 39696026 (+)
ccndbp1 ccndbp1 coding upstream 175720 39500696 ~ 39521498 (+)
pmepa1 pmepa1 coding upstream 277407 39342991 ~ 39426900 (+)
LOC110493876 NA coding upstream 471494 39220263 ~ 39225724 (+)
asip1 asip coding upstream 513258 39178717 ~ 39183960 (+)
LOC110493887 LOC106565076 coding downstream 188393 39906273 ~ 39917797 (+)
LOC110493888 LOC106565077 coding downstream 230746 39948626 ~ 40269835 (+)
LOC110493889 LOC106565080 coding downstream 594996 40312876 ~ 40367740 (+)
LOC118940425 dnttip1 coding downstream 649877 40367757 ~ 40378949 (+)
LOC118940426 LOC106565291 coding downstream 665305 40383185 ~ 40385420 (+)
G1447563 NA non-coding upstream 89670 39606969 ~ 39607548 (+)
G1447480 NA non-coding upstream 262672 39429976 ~ 39434546 (+)
G1447017 NA non-coding upstream 574250 39122767 ~ 39122968 (+)
G1446992 NA non-coding upstream 606070 39089905 ~ 39091148 (+)
G1446994 NA non-coding upstream 607740 39089269 ~ 39089478 (+)
G1447648 NA non-coding downstream 2917 39720797 ~ 39767245 (+)
G1448007 NA non-coding downstream 88064 39805944 ~ 39806156 (+)
G1448130 NA non-coding downstream 186380 39904260 ~ 39904461 (+)
G1448150 NA non-coding downstream 223045 39940925 ~ 39941301 (+)
G1448174 NA non-coding downstream 269654 39987534 ~ 39988009 (+)
G1446149 NA other upstream 1386354 38309129 ~ 38310864 (+)
rbl1 rbl1 other upstream 2108491 37538220 ~ 37588797 (+)
chd6 NA other upstream 2256806 37406926 ~ 37514061 (+)
G1444933 NA other upstream 2294726 37402197 ~ 37402492 (+)
G1447998 NA other downstream 82056 39799936 ~ 39800236 (+)
LOC110493893 cdh22 other downstream 1231662 40767465 ~ 41084819 (+)
LOC110493897 LOC106565282 other downstream 1924243 41641874 ~ 41706180 (+)
G1450387 NA other downstream 2075003 41792883 ~ 41890515 (+)
G1451948 LOC570405 other downstream 3610706 43328586 ~ 43459832 (+)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
eurasian perch (Perca fluviatilis) G41514 NA non-coding NC_053115.1 CM020912.1 24942816 ~ 24946744 (-)
mexican tetra (Astyanax mexicanus) G110174 NA non-coding NC_035909.1 CM008312.1 9357517 ~ 9388579 (-)