XLOC_003381


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_003381
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007122.7
NCBI id CM002895.2
chromosome length 45484837
location 17956841 ~ 17963453 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00008582
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>TCONS_00006629
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>TCONS_00008583
GAGGGATTTGCGCTTGCTGACGCAGTGGGAAGAGATCGCCAGACTGTGGAGGAAGAGAGAGTGAGATCGCTAGATTTGATGATTTAAACTGTGAAATTAGATTATAACTTTGAAACTAGTTTGAGAAACTTACAGAAAGCTTTCATAGAGAAGTATTTGAAGAGGATTCAGTCGTTAAATTGTTCCTGTGACGATCGATGGGAAAATTGCATCATTGTGTTGTTGAGTGAATATATGGACATGgtcaggttttttttctttggtgTTTTTGATTGAAGACTGATTCACATTGATGGCGGGCCAACCTATTCGGACACTAGAAAAGGAAACTGGAAATTCACCCTACTGAACCAGGAGagtactttaatactttttatttttccaGCTCAAGGTAAAAGACTGTTTTTTTCCGTTTCTGGATAGAGACTGTTCGTGTTTTTCCCTGAGAACTGATTAAGAAAAAAGACTAATACCAGCGCACGGACACTTGAAAATCAAACTATTTTCCTTTTGAAGTGAAATGAGAAATACTGAGTTTGTTGATTCTGAACAAGTggttttctttacattttcaatgtaatttcaattgaactttattttgttttattgtgttttaattgttttattgtattttgttaattttattttggggAAAGATCTGCagaaaaatatatctataaacaTTTCAAATACTTACCTATATAGTGGTTTCTGTCATTTTTCAGCAAATGCTCATTACCTCCAGTAGACGAATCCTAGGCTTCTGATGTCCAGATTGATTTGATAGTGTAACCTGTTACAATTACATTTCAATAGTAAAAAATCCTGAATGGTTGAAAGTGGAGAGAggtgtctggatgcagacctagtgcagtgcaatctgagctgcatccaatgctttttaatgcgctcaccaaaccccatccctaaccctacccctcaccgtgatgtcactcactccattgagttcATTGTGTCTGGctttgcatcgctgagtgatgcaatctcagcttgcatcataaaggctgcatccagatactattgaaagtGGAAaactaaaaaagtattttttgtttgttttgtcacaaatatttgtaaaaagtCAGCATAAAGTAGTCTTTGTTTATCAGGAATACATCTTTTATATGACAATAAGACCTATAATCCTTCTGGGCAGCAGTACAGTAAATGTACATTGTACAGCTAATCAATTTTTCTGTATAGGTTATGTATGAAGTTATGATAGCAGAAGTGTAACTTTCAGTAGCATAAAACAATCCAGGAACtctgaaaatataaaactgaaagaaaaaagacattcaaagattactttttattcataccacatttaaccctttgatgcacacgCTATGTAAAACCACTTCTAATGCACAACATGAGTCTAAAATGACCCACATTTCTTATGTAAGTTCATGCTTGGCTGGGATTTGTTTAGTTTCATCTTTTGAAATCAGTTTATCTCAGTATAAAGCTTTCCTTTATAGAAACACTCCCCAATATACcaacaaaacatgcaaataaataagGATTTGTGAAAAACAAGTTATTGAGAAATTCTTGAAATACCAAGTGAAGAAATTGATTTATTTCAAAGATAGAGAAAGTCAGAAATCAGTCGGGGCACTTTAGACACATATGTCCATCAAAGGGTTAATTGGTGCATTTGCTGTGTGAAGGCTTTGCTGCTACTATTTTATTGTCCTCTCAGAAGTGTCAGGTAAAATCAACTGATCACAAGGCCCATAGACATATGCACAATTCCACATCAGTAATATGAACAGAACTGTTTAGTAAATGTCAAGCTGTTTTTATCCTATAGTAGATTGGAATAACTGTATACTGTTTCCAAATTGCTTTACAAATAAAAGTTGGTGGAAAATGATTGTTAATGTTgtgcttttgtatttatttatttttttcagtgttatagTATTGTGTATGCAGAGCTCCACGAAGCACAGAAAGAAACCCTCTGCTTgacaaaaaaagTGGTGCACGAGACTAGGAAGAGCAGAAAAGGACAGCA

Function

GO:

id name namespace
GO:0003712 transcription coregulator activity molecular_function

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000096988

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00008582 False 3431 lncRNA 0.33 4 17956841 17963453
TCONS_00006629 False 3889 lncRNA 0.32 3 17956888 17963453
TCONS_00008583 True 2047 lncRNA 0.35 3 17957279 17960090

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_003380 NA coding upstream 4283 17951563 ~ 17952558 (+)
XLOC_003379 NA coding upstream 24683 17930273 ~ 17932158 (+)
XLOC_003378 CR589944.3 coding upstream 36828 17919143 ~ 17920013 (+)
XLOC_003377 BX571952.1 coding upstream 443209 17440591 ~ 17513632 (+)
XLOC_003376 CR631124.1 coding upstream 628160 17328565 ~ 17328681 (+)
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XLOC_003383 si:ch211-14i3.2 coding downstream 60012 18023465 ~ 18030903 (+)
XLOC_003384 zgc:175135 coding downstream 74276 18037729 ~ 18039583 (+)
XLOC_003385 zgc:175135 coding downstream 89880 18053333 ~ 18055134 (+)
XLOC_003386 zgc:175135 coding downstream 166847 18130300 ~ 18132066 (+)
XLOC_003369 CR854846.2 misc upstream 1833759 16122786 ~ 16123082 (+)
XLOC_003318 CR450764.6 misc upstream 5244845 12711700 ~ 12711996 (+)
XLOC_003317 CR450764.16 misc upstream 5262578 12693967 ~ 12694263 (+)
XLOC_003316 CR450764.11 misc upstream 5271242 12685304 ~ 12685599 (+)
XLOC_003315 CR450764.18 misc upstream 5276813 12679732 ~ 12680028 (+)
XLOC_003392 BX296530.1 non-coding downstream 712989 18676442 ~ 18676557 (+)
XLOC_003393 NA non-coding downstream 738909 18702362 ~ 18708059 (+)
XLOC_003394 NA non-coding downstream 777574 18741027 ~ 18742103 (+)
XLOC_003395 CU207354.2 non-coding downstream 869460 18832913 ~ 18833246 (+)
XLOC_003402 BX276115.1 non-coding downstream 2069613 20033066 ~ 20033185 (+)

Expression


Co-expression Network