G1457826


Basic Information

Item Value
gene id G1457826
gene name NA
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048581.1
NCBI id CM023235.2
chromosome length 95212422
location 48455813 ~ 48472274 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU1667856
tcctattaaattactagagggcGGTTATGTCATTAACCCTCGAAGTTCCAGAATGGAGTGAAAATGGCTGCcatattggtcagggagaaatccaaaccagtctaaaTGGAATGAAAGGCATAATCCTGATTTTACTTATGCATGAAATTAAAACAAAGGCATGTGATgtatcagaaattgtgtaataTAATTATTTTCAACCAAATATGTTATATAAACATAAAAACAGTTTATATGGGTTTTATGCACCTTTTCTGTATAAATAGCCACAAACATATATGTAACCAGACCATAAATGTCAACATTTTTGCTTTCTTGGAAATCTGAGAGTGctattatatgatacaatataagtacttgttgcatttacaacttgtctaagtcCTATCATCTACATATTTCGGCCAGTGAATGGCTGTGGATATTGGCAGTAAAACTGtttggatagctagctaacaaatatACAGTGCAGATACATTTTACAAATCcattattttacacaatatcttatcacagcactggcaaatCATAGTTGACCAACTCCCtaaccaaaatggctgacctttaacacattctagtattctaattcctattTCTATGGGGGCGACCTCCAACCCAGGGGAATTTCCATACTCTCTGTAGGAATACCAGATACCAGCTCACCTTTCCTACTGACCTCACTGTATACATGAGACATCCAGGAAGTGACTTGCCATCAGCCAATCAGATATGACAAGTCACTCAATTACAATGACTGTTAGAAtacagtattagcagtagtacaGTTGAACTTTTTTTCTGCAATTCTCACAGGCTCATGTAGAGCCTTTGTTAAATAGACTGAAGAACACTCAGTTTGGACcatgttttttattattatttatatattattcAAGACAGACTAGACAAAAACCTGATTGTACAAAACATAAAAATAATTGTCTCTTCAAGAATGTGTTTACAAAAGTAAATTAACAAACAAAAATTGTATACATCGAAGCTGCACACCTCAACCCAGTACCCATCCCAGACCATGGGCATTTTAAAGACGAGCATTTTATCTGGGCTTTTCATGATTGATTTGGGGGAATTAAATATTGAAAACAACTCTGTCCACATTATAGGATAACTATTGCTCTTTATACAGTGTGCTATTAACTCTGAAGTCAGTGTTTTAGTTTGGTACGTTTAATTTTTGATATACTTATTGCATGATTTTATGGAACATTTCCAGATTGATGTATAAACTAGTAATAAAAAGTATTTGACATTTCTTTACAGGTGAACGTGAGTAGCCTAAGCACTCTCCCACTCCGTGAGGATTTCCCAATGGGTGCCACCTTACACTTAACTCTGGTCCAGGGCGTCATTCAGCTTTGAGATCGCAGCCAAACAATGTTCTGGACCAGAGTTACCTTACACTATGAGTGTTGTGAGAATCTGATAGGCATGTGGGGGTTTTGGTCGATGACCTCTGATTGACTTTTGAGTATGCTTCATATTACCTGTTATACATTAGGTAATAGCATTGATTGTGAGAATGAACTCAATGGGCAGTTTGTTTATTGCAAAATTTAAAGAACGTTGAATGTTTTTGAAAAATATGGGGGATGGGCATTTTAACTTCAGTTTATTCAAAAAAGCCCGTAACAGCTTTCCTATCGTTTTATTTATTAGGCTATGAAATAATATGAATGTTTAATGTCTTTCTGTACTTTTGGTTTGGTTTGCTGCTATTGTTGTTGTTTGCTTGGGACAGCGTTTCCTCTCCTTGTGCGCAGTCGTCCATGTCACCTCGTGTTTTGTACAGATGACTCAAAGCAGTCAACGGAAGAAGGCCAACTTTGTACAACATTTTGTCTGCTACATGAAAAAAGATTATCTCTAAATGTTTATATATGATATTTGGTGATTAAATGCTATTGATATTTTTCACTTCAGCTCTTTCTGATTTGTGTTCCTTTGATTTAATGCTATTGTGGTGTGCAGTGTATTTGATAACTTCTGTTTTATAGTACTGTGAGTTTTACagcaaggtgtcaaaagcatttgacagtgatgctggtccatgttgactccaatgcttcccacagttgtgtcaagttggctggatgtcctttgggtggtggaccattcttgatacacacgggaaactgttgagcatgaaaaatacagcagcgttgcagttcttgacaaaaacCGGTGcgcatggcacctactaccagaacccattcaaaggcacttactgTAAATAGTTAGTCTTGCCCAttgaccctctgaatggtacacatgcACAATCGGTCTCAATTGTCTtgagacttaaaaatccttctttaatctgtctcctccccgtcagctacactgattgaagtggatttaataagtgacgtcaataagggatgatagctttcacatggattcacctgggcagtctatgtcatggaaagagcaagtgtccttaatgttttgtatactcagtgcatacatacatacatacatacatacatacatacatacatacatacatacatacatacatactcagAATGGCAGACTAAGGCCTAGTTTTCTGTGACATTTTAAAGGCAGAAAGTATGAATAGGAAGGCCCCACTCACACACCCAAGAAAAAGTTTTACTTACACTCACACATGGAGCA
>TU1667855
gggggccgaatactttcgcaaggcactatatatatatatatatgaacaaTACATGTATTGAATTAGATGTATGAACAAACATGCATAGCCTATATGTCAAATGTTATACTCCATTTAAGTTATACTCCATTTGGATGGTTGAAGATGACCTACTGAAGCTTTACCTTGCATCTTGTGCAATGATTTGTCTATGTGATCTGAAAAGCTCATGCATTTGTGTATGCTAACTTCTGGAGAATGTAGCTTATGTATGGGCAGCTTTCAGTGTAAACATTTGATGATGCCACTCTCCGATTCCCTTTGTTGATATTCCCTTCTAGTCCAAGCAGAGCTTTATAGCCCCTGGAAGCCTTTATGAAGAAACACATTTGGGTTATAGAAAAATGAGTAATATTTTTGACACACTTTTTTTGATGAAATATTTGTAAAATGTTTTTTCTTTCATGTCATGCCTGGTGTTCCACCCAGCAGTGCCTTGGTGCACTCCTATTGGATGAGCGGGACTTTAGATCTCAGATCTGGACAGTAGACACTTCTGCTCCAGCCCTGGAGAAAGGCACACTCGACTCTATGGACAGTACTGACTGAAAGGACAGCCCTCAATGGATTTTGTGGGCCATGGGAAATGTTAAGGTGGACTGTGTGAGGTGAAGGGAGATAGGTGTAGTTTAGGATTACATTTCAGACTGCAAGGTATTAGGGATACAGCACAATTGAAACAGCGCCCAGTTACAGTACTTTCCCTTGTAATTTCCCCATGGACACAGAGGCACAGCCATCGTTCAGCCTGCTCCAGTCTGTTTGTGAAAAGGTGCAGTCAACCGTGTGACCAAGAGCTGATCATGGATAAAGGACAGCCTAGATAGCCTGCTTCCCCAGTGCTCAGTGTCATCTCCCTCTACCCTGTAGTTCAGTGGTGTACCGCAGTAtctcatgcaattctacacattttgccatgaggcttaGAGAATTTTGcatttttaaagcaaatttcctgttattctatacattttggcatgaggctgagagataatgttgcagttttacagcaaatttcctgtaaatcattttttttaatgacatgTTCATATCGTAtctggggagggtgggggggaccatagagatcctattaaattactagagggcGGTTATGTCATTAACCCTCGAAGTTCCAGAATGGAGTGAAAATGGCTGCcatattggtcagggagaaatccaaaccagtctaaaTGGAATGAAAGGCATAATCCTGATTTTACTTATGCATGAAATTAAAACAAAGGCATGTGATgtatcagaaattgtgtaataTAATTATTTTCAACCAAATATGTTATATAAACATAAAAACAGTTTATATGGGTTTTATGCACCTTTTCTGTATAAATAGCCACAAACATATATGTAACCAGACCATAAATGTCAACATTTTTGCTTTCTTGGAAATCTGAGAGTGctattatatgatacaatataagtacttgttgcatttacaacttgtctaagtcCTATCATCTACATATTTCGGCCAGTGAATGGCTGTGGATATTGGCAGTAAAACTGtttggatagctagctaacaaatatACAGTGCAGATACATTTTACAAATCcattattttacacaatatcttatcacagcactggcaaatCATAGTTGACCAACTCCCtaaccaaaatggctgacctttaacacattctagtattctaattcctattTCTATGGGGGCGACCTCCAACCCAGGGGAATTTCCATACTCTCTGTAGGAATACCAGATACCAGCTCACCTTTCCTACTGACCTCACTGTATACATGAGACATCCAGGAAGTGACTTGCCATCAGCCAATCAGATATGACAAGTCACTCAATTACAATGACTGTTAGAAtacagtattagcagtagtacaGTTGAACTTTTTTTCTGCAATTCTCACAGGCTCATGTAGAGCCTTTGTTAAATAGACTGAAGAACACTCAGTTTGGACcatgttttttattattatttatatattattcAAGACAGACTAGACAAAAACCTGATTGTACAAAACATAAAAATAATTGTCTCTTCAAGAATGTGTTTACAAAAGTAAATTAACAAACAAAAATTGTATACATCGAAGCTGCACACCTCAACCCAGTACCCATCCCAGACCATGGGCATTTTAAAGACGAGCATTTTATCTGGGCTTTTCATGATTGATTTGGGGGAATTAAATATTGAAAACAACTCTGTCCACATTATAGGATAACTATTGCTCTTTATACAGTGTGCTATTAACTCTGAAGTCAGTGTTTTAGTTTGGTACGTTTAATTTTTGATATACTTATTGCATGATTTTATGGAACATTTCCAGATTGATGTATAAACTAGTAATAAAAAGTATTTGACATTTCTTTACAGGTGAACGTGAGTAGCCTAAGCACTCTCCCACTCCGTGAGGATTTCCCAATGGGTGCCACCTTACACTTAACTCTGGTCCAGGGCGTCATTCAGCTTTGAGATCGCAGCCAAACAATGTTCTGGACCAGAGTTACCTTACACTATGAGTGTTGTGAGAATCTGATAGGCATGTGGGGGTTTTGGTCGATGACCTCTGATTGACTTTTGAGTATGCTTCATATTACCTGTTATACATTAGGTAATAGCATTGATTGTGAGAATGAACTCAATGGGCAGTTTGTTTATTGCAAAATTTAAAGAACGTTGAATGTTTTTGAAAAATATGGGGGATGGGCATTTTAACTTCAGTTTATTCAAAAAAGCCCGTAACAGCTTTCCTATCGTTTTATTTATTAGGCTATGAAATAATATGAATGTTTAATGTCTTTCTGTACTTTTGGTTTGGTTTGCTGCTATTGTTGTTGTTTGCTTGGGACAGCGTTTCCTCTCCTTGTGCGCAGTCGTCCATGTCACCTCGTGTTTTGTACAGATGACTCAAAGCAGTCAACGGAAGAAGGCCAACTTTGTACAACATTTTGTCTGCTACATGAAAAAAGATTATCTCTAAATGTTTATATATGATATTTGGTGATTAAATGCTATTGATATTTTTCACTTCA

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU1667856 False 2658 lncRNA 0.37 2 48455813 48458685
TU1667855 True 3064 lncRNA 0.38 2 48456746 48472274

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC118940473 NA coding downstream 22905 48429388 ~ 48432908 (-)
LOC110494012 LOC106565178 coding downstream 56525 48391438 ~ 48399288 (-)
aqp7 LOC106565180 coding downstream 86480 48352923 ~ 48369333 (-)
LOC118940472 NA coding downstream 121858 48328881 ~ 48333955 (-)
LOC110518894 LOC106565181 coding downstream 164106 48270422 ~ 48291707 (-)
LOC110494017 acy1 coding upstream 83842 48556116 ~ 48571516 (-)
LOC110495175 abhea coding upstream 99607 48571881 ~ 48574784 (-)
LOC110494019 LOC106565174 coding upstream 113141 48585415 ~ 48600139 (-)
tusc2b LOC106565173 coding upstream 135940 48608214 ~ 48613665 (-)
rassf1 LOC106565172 coding upstream 141564 48613838 ~ 48624034 (-)
G1457886 NA non-coding downstream 67294 48388249 ~ 48388519 (-)
G1457876 NA non-coding downstream 81096 48374510 ~ 48374717 (-)
G1457863 NA non-coding downstream 106280 48349109 ~ 48349533 (-)
G1457820 NA non-coding downstream 188080 48267275 ~ 48267733 (-)
G1457908 NA non-coding upstream 855 48473129 ~ 48513508 (-)
G1457941 NA non-coding upstream 55900 48528174 ~ 48528978 (-)
G1458356 LOC106565175 non-coding upstream 108541 48580815 ~ 48582209 (-)
G1458355 NA non-coding upstream 133016 48605290 ~ 48605962 (-)
G1455801 NA other downstream 1859494 46595488 ~ 46596319 (-)
G1455240 NA other downstream 2687942 45766912 ~ 45767871 (-)
G1454487 LOC106572750 other downstream 2883102 45518826 ~ 45572711 (-)
G1454346 NA other downstream 3232741 45222779 ~ 45223072 (-)
LOC110493937 LOC106565242 other downstream 3700648 44752248 ~ 44755352 (-)
G1458499 NA other upstream 392230 48864504 ~ 48865365 (-)
G1459296 NA other upstream 1189277 49661551 ~ 49661921 (-)
G1459333 LOC106584726 other upstream 1255078 49727352 ~ 49766069 (-)
LOC110494969 LOC106584726 other upstream 1484240 49953456 ~ 49964331 (-)
G1459325 LOC106565145 other upstream 1519289 49991563 ~ 50035512 (-)

Expression


Co-expression Network