G1475842



Basic Information


Item Value
gene id G1475842
gene name NA
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information


Item Value
chromosome id NC_048581.1
NCBI id CM023235.2
chromosome length 95212422
location 64618731 ~ 64629393 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence


>TU1687819
ccgaatactttcgcaaggcactgtatgtaattctctgacccactggaattgtgatagattatttcacttataagtcactgtctgtaaacaattgctggaaaaaatgacttgtcctaaccgacttgccaaaactatagtttgttgaaaaacgagttaatgactccaacctgtatgtaaacttccgacttcaaCTGCCAGTATATATAAAGCAGTGCGAGGCCTGCCAGTATATATGAAGCAGTGCGAGGCCTGCCAGTATATATGAAGCAGTGCGAGGTCGTGACTCTGCTCTCTGCGGTGTGTAATGGTCTTTTGCCATAACAAAATGTCCTTACTGTAATTCTCTCACTTAGACCAGTATACAGGCAGCCAAATCAGAACAGAACCAAACCACCTCAGTCTCTACCAGAGAAAAACATGCATATTTATGGGACTTATGCATGTGTGATGCTTGGAAGATATTGAATTTATGTATGCAAAAAGGCCCTATGGCTATAGGTCAGTTTATGAGAAGCCATAACCCTTACTGTAACCCCAACCTAAAACCTAGCCTTAACCACATTCCTAACTTATAAACAACCCTGCCGCCTCAGATAGTTGGACAGATTAATATCACCTCCTTTGCCAAATAACTACTAACCTTGTGGAGATTGAGCAAATAAGGATCCTcgccataaactaaccctaaggCTGTGCATTTCTGTTGTGAAGCTATAAGGAAAACATGAAATGTGTGAAGGGAAATCACATCTGGACTCTGATAGAATTGAATTGTTGGATGGCAGAGGAGTTTGTCACTAACCTGTAAGGTTGCGCCATAAGAATCAGCCATGTTAACGTGGTGCCTTAAACCTCTAAAGCCAAACCTGAGGAGTGTGGGAACAGCCATCCCCTCCCCTGTCcactctctaccctcctccccaCTGCCCTGGTCTCCCTGGGCGCAAACTTCAACAGAGCACTACAACAGTATTTGGTGAAGTACTAGAATACAGAGTGTAAGTATTCTAGATTTCTACCAGTCCTTTACTTGTCTAATGTCTGCTCtcctatgtacagtatgtttcctCTCCCATTGAACTAACAGGTGGGGGTGAAACAGCCATTCCCATGACATGGCCAGTGAATAGCCTGGTTGgtgtcagtctgtttctgcttTGCCAACATGTCACCGTGCCAAGACTTTGGGAAGGGCACTGATGTGGCATGGTTGAAGGCATAACcagtctggtacccaggctactgGGAGAAAACCCACACAGGGTGTTCACAAAGTATGACACAAAGCAATATGGTTTGTGACTTAACACATTTTCTTTGTATGATTCATGTTTTAGAACAGGTTTGTATAGTTATTTTGATTTTAATGACAGTTGCCTTAAAGATGGAATCTGTGCCCCTGGCCACACCaccattgttgttgttattctggccgAGCTGAGAAAAAAAATGCAGGACATAGGTCTTCTATCGTGCGTACAATGATGTCCgaggggggaaaaaactgtttgcagtaacttctttgttcTAATATCGCAAACGGACGTGGCTGTTTCACAATTAAGGATTCCAGCAGTATGGAATATCGTCACCCACATTTGCAAGTCCTGTGAATCAGGAAAATGAATGAGGTTTTAATGTACCAGAATCCTGTTTAGAGTGATTCTGCTAAGCTCGATTTTGCACAACTaagacattttccatacacaATCAAAGCTCCctttccctctgtatctgacaaGTAAATAAGACAATCAAATAACACAAGTGTGTATTTACTTCAGCTGAATTCCATTTACCCCCCCGACTGAAttgtaatgtgtttttgtaaCATGGCCAGATGCTAGGCTCAATGCTGTTCTGCAGTCTGTTTTTAACGCTGATGTCTTATTTGATTTTGTTTTTTCCGTGGGTTTTCTTTACTCAGTGTTGGGAAGTGATGATGACATTTGACTATTTGCAAATCAAAGCCTTACagagggaaacttaaatccgtcttTGTTAAGTATTTTGATattgttaaaggcccagtgcagtcagacTTGATTTCATGTGTTTTTATCCATCCATCCAGAGGTTGGAAGAAtaatgaaattgtgaaaatgatattgtgaaaatgataatgccctttctgtttaagagctgtttgaaaagactgcctgaaatttaagcccgttttggtgggatggagttttggccttctaTGGCGACAccatgcggtaaattagttaatagaccaataagaaacaaTTCCAAACCTAACTCCTTTTCggtttccccctccccactcagaccactccctgacagtcctagcaaaattattgattgagATATTGCTATTTTTGTTGCTTTTTGACAAATTTTATTAAACAATCAGTAAGGTAATCGTTGCCCATAAAATATTTGATGTTGAAAAACTGATGCATTGGACtttaatattgtgtgtgtgtgtgtgtcaacattGGCACTTAGAACAATAGGGTACCTGTCGTATTGGAtttgtcctttgttttaaataactttttttcctGTGTTTGAAAAATCTATATTAACCCTAATTATAGTTGTAAACGAATTCTGTACATTTATTTTCCCAAATCAACAGTAAAACTATGCACAAAATACTTTAATATTGCAAATCTAAagattacatttaaaatgtttattctaaGGAAGTGCgtctttaaaggggcaatcagcagttgctacatccatttgaCTTATGAATATGTACCTATTGAGCTTAGTTCAAATCTCCTGGCCAACAGAACCCAgaataagcttgttttactcgtGTTTGAAAAAAAAGTAaacgtaaacaaacactatatagcctcaaaacatgtttaaaactatagttttgataTAGTCCTCGCATCCATCTGAATTTGAGtgcttacatttctccagccccatcctcagctttttaccgaaacaaGGGTGAGTCACCGCTTTATcatttcaactgctgattgcttCATTTAAAATCCTAATGCCTCTTAAAGTGGCAGAGTCCCTTTAGTTAAGCCCTATTACAAATGTGTATTTTCTAAAGAGTTAGATTTGTTAACTTGATACAGTAGTCAGAGTTCTATAATATGACCAGTTTTGATAAAGACAACCTCTGAATAGGCAGCCATATTGTAGGTGTGATCATTCTGATTCAGGTTTCATTCATTCGACCCTATTCAACCCAGCATTACACCTAGTGgatatttctgtaaaaaaaaaatacattttaacaatTGTTTTTATTTGAATCACAATTCAATTATGAAACCAGTACATTTGCTTCT
>TU1687818
agatgtcaagcaaagagtcactgagtttgaaggtaggccttgaaatacatccaattgactcaaattatgtcaattagcctatcagaagcttctaaagccatgacataattttctggaattttccaagctgtttcgaggcacagtcaacttagtgtatgtaattctctgacccactggaattgtgatagattatttcacttataagtcactgtctgtaaacaattgctggaaaaaatgacttgtcctaaccgacttgccaaaactatagtttgttgaaaaacgagttaatgactccaacctgtatgtaaacttccgacttcaaCTGCCAGTATATATAAAGCAGTGCGAGGCCTGCCAGTATATATGAAGCAGTGCGAGGCCTGCCAGTATATATGAAGCAGTGCGAGGTCGTGACTCTGCTCTCTGCGGTGTGTAATGGTCTTTTGCCATAACAAAATGTCCTTACTGTAATTCTCTCACTTAGACCAGTATACAGGCAGCCAAATCAGAACAGAACCAAACCACCTCAGTCTCTACCAGAGAAAAACATGCATATTTATGGGACTTATGCATGTGTGATGCTTGGAAGATATTGAATTTATGTATGCAAAAAGGCCCTATGGCTATAGGTCAGTTTATGAGAAGCCATAACCCTTACTGTAACCCCAACCTAAAACCTAGCCTTAACCACATTCCTAACTTATAAACAACCCTGCCGCCTCAGATAGTTGGACAGATTAATATCACCTCCTTTGCCAAATAACTACTAACCTTGTGGAGATTGAGCAAATAAGGATCCTcgccataaactaaccctaaggCTGTGCATTTCTGTTGTGAAGCTATAAGGAAAACATGAAATGTGTGAAGGGAAATCACATCTGGACTCTGATAGAATTGAATTGTTGGATGGCAGAGGAGTTTGTCACTAACCTGTAAGGTTGCGCCATAAGAATCAGCCATGTTAACGTGGTGCCTTAAACCTCTAAAGCCAAACCTGAGGAGTGTGGGAACAGCCATCCCCTCCCCTGTCcactctctaccctcctccccaCTGCCCTGGTCTCCCTGGGCGCAAACTTCAACAGAGCACTACAACAGTATTTGGTGAAGTACTAGAATACAGAGTGTAAGTATTCTAGATTTCTACCAGTCCTTTACTTGTCTAATGTCTGCTCtcctatgtacagtatgtttcctCTCCCATTGAACTAACAGGTGGGGGTGAAACAGCCATTCCCATGACATGGCCAGTGAATAGCCTGGTTGgtgtcagtctgtttctgcttTGCCAACATGTCACCGTGCCAAGACTTTGGGAAGGGCACTGATGTGGCATGGTTGAAGGCATAACcagtctggtacccaggctactgGGAGAAAACCCACACAGGGTGTTCACAAAGTATGACACAAAGCAATATGGTTTGTGACTTAACACATTTTCTTTGTATGATTCATGTTTTAGAACAGGTTTGTATAGTTATTTTGATTTTAATGACAGTTGCCTTAAAGATGGAATCTGTGCCCCTGGCCACACCaccattgttgttgttattctggccgAGCTGAGAAAAAAAATGCAGGACATAGGTCTTCTATCGTGCGTACAATGATGTCCgaggggggaaaaaactgtttgcagtaacttctttgttcTAATATCGCAAACGGACGTGGCTGTTTCACAATTAAGGATTCCAGCAGTATGGAATATCGTCACCCACATTTGCAAGTCCTGTGAATCAGGAAAATGAATGAGGTTTTAATGTACCAGAATCCTGTTTAGAGTGATTCTGCTAAGCTCGATTTTGCACAACTaagacattttccatacacaATCAAAGCTCCctttccctctgtatctgacaaGTAAATAAGACAATCAAATAACACAAGTGTGTATTTACTTCAGCTGAATTCCATTTACCCCCCCGACTGAAttgtaatgtgtttttgtaaCATGGCCAGATGCTAGGCTCAATGCTGTTCTGCAGTCTGTTTTTAACGCTGATGTCTTATTTGATTTTGTTTTTTCCGTGGGTTTTCTTTACTCAGTGTTGGGAAGTGATGATGACATTTGACTATTTGCAAATCAAAGCCTTACagagggaaacttaaatccgtcttTGTTAAGTATTTTGATattgttaaaggcccagtgcagtcagacTTGATTTCATGTGTTTTTATCCATCCATCCAGAGGTTGGAAGAAtaatgaaattgtgaaaatgatattgtgaaaatgataatgccctttctgtttaagagctgtttgaaaagactgcctgaaatttaagcccgttttggtgggatggagttttggccttctaTGGCGACAccatgcggtaaattagttaatagaccaataagaaacaaTTCCAAACCTAACTCCTTTTCggtttccccctccccactcagaccactccctgacagtcctagcaaaattattgattgagATATTGCTATTTTTGTTGCTTTTTGACAAATTTTATTAAACAATCAGTAAGGTAATCGTTGCCCATAAAATATTTGATGTTGAAAAACTGATGCATTGGACtttaatattgtgtgtgtgtgtgtgtcaacattGGCACTTAGAACAATAGGGTACCTGTCGTATTGGAtttgtcctttgttttaaataactttttttcctGTGTTTGAAAAATCTATATTAACCCTAATTATAGTTGTAAACGAATTCTGTACATTTATTTTCCCAAATCAACAGTAAAACTATGCACAAAATACTTTAATATTGCAAATCTAAagattacatttaaaatgtttattctaaGGAAGTGCgtctttaaaggggcaatcagcagttgctacatccatttgaCTTATGAATATGTACCTATTGAGCTTAGTTCAAATCTCCTGGCCAACAGAACCCAgaataagcttgttttactcgtGTTTGAAAAAAAAGTAaacgtaaacaaacactatatagcctcaaaacatgtttaaaactatagttttgataTAGTCCTCGCATCCATCTGAATTTGAGtgcttacatttctccagccccatcctcagctttttaccgaaacaaGGGTGAGTCACCGCTTTATcatttcaactgctgattgcttCATTTAAAATCCTAATGCCTCTTAAAGTGGCAGAGTCCCTTTAGTTAAGCCCTATTACAAATGTGTATTTTCTAAAGAGTTAGATTTGTTAACTTGATACAGTAGTCAGAGTTCTATAATATGACCAGTTTTGATAAAGACAACCTCTGAATAGGCAGCCATATTGTAGGTGTGATCATTCTGATTCAGGTTTCATTCATTCGACCCTATTCAACCCAGCATTACACCTAGTGgatatttctgtaaaaaaaaaatacattttaacaatTGTTTTTATTTGAATCACAATTCAATTATGAAACCAGTACATTTGCTTCT

Function


NR:

description
unnamed protein product, partial

GO: NA

KEGG: NA

RNA


RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU1687819 False 3296 lncRNA 0.39 4 64618731 64629393
TU1687818 True 3427 lncRNA 0.39 3 64625772 64629393

Neighbor


gene id symbol gene type direction distance location
si:ch211-117k10.3 LOC106565633 coding upstream 28267 64581666 ~ 64590850 (+)
LOC110494383 LOC106565632 coding upstream 37589 64572003 ~ 64581346 (+)
nucks1a LOC106565634 coding upstream 65376 64527073 ~ 64553355 (+)
cldn19 cldn19 coding upstream 338118 64256904 ~ 64280613 (+)
p3h1 p3h1 coding upstream 400054 64210241 ~ 64218677 (+)
LOC110494389 NA coding downstream 126001 64755321 ~ 64780475 (+)
LOC110494390 klhdc8a coding downstream 173517 64802910 ~ 64823080 (+)
LOC110494391 LOC106565625 coding downstream 217575 64846968 ~ 64881151 (+)
LOC110494394 LOC106565623 coding downstream 267470 64896863 ~ 64914194 (+)
LOC110494396 LOC106565619 coding downstream 367189 64996582 ~ 65014790 (+)
G1475836 NA non-coding upstream 20812 64597698 ~ 64597919 (+)
G1475832 NA non-coding upstream 25276 64593226 ~ 64593455 (+)
G1475807 NA non-coding upstream 99559 64518729 ~ 64519172 (+)
G1475997 NA non-coding downstream 84037 64713430 ~ 64713631 (+)
G1476011 NA non-coding downstream 93070 64722463 ~ 64722906 (+)
G1476014 NA non-coding downstream 95374 64724767 ~ 64725095 (+)
G1476020 NA non-coding downstream 100501 64729894 ~ 64730133 (+)
G1475820 NA other upstream 53585 64563374 ~ 64565146 (+)
tmcc2 LOC106565656 other upstream 930641 63684043 ~ 63691033 (+)
srsf3b LOC106565658 other upstream 955477 63658373 ~ 63663255 (+)
G1474159 NA other upstream 1401137 63216948 ~ 63217594 (+)
G1473177 NA other upstream 1907595 62710339 ~ 62711136 (+)
G1476510 NA other downstream 674024 65303417 ~ 65304128 (+)
G1476520 NA other downstream 696484 65325877 ~ 65327163 (+)
G1476569 NA other downstream 788698 65418091 ~ 65466767 (+)
G1476898 NA other downstream 1152386 65781779 ~ 65783335 (+)

Expression



Co-expression Network