LOC118941193



Basic Information


Item Value
gene id LOC118941193
gene name NA
gene type misc
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information


Item Value
chromosome id NC_048582.1
NCBI id CM023236.2
chromosome length 74657750
location 58378682 ~ 58383251 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence


>XR_005037517.1
gtgtattgaccagatagacagatgttgtccAGGGCGTCTGTATTGACATGTTAGagagatgttgtccaggtgtattgaccagatagacagatgatgtccaggtgtattgacatGTTAGACAGATGTTTTCCAGGTGTATTGACATGTTAGagagatgttgtccaggtgtattgacatgttagagagatgttgtccaggtgtattgacatgttagacagatgttgtccaggtgtattgacatgttagacagatgttgtccaggtgtattgacatGTTAGACAGATGTTTTCCAGgtgtattgacatGTTAGACAGATGTTTTCCAGGTGTATTGACATGTTAGagagatgttgtccaggtgtattgaccagatagacagatgttgtccaggtgtattgacatgttagagagatgttgtccaggtgtattgacatGTTAGACAGATGTTGcccaggtgtattgaccagatagacagatgttgtccaggtgtatt
>XR_005037519.1
tgaccagatagaaagatgttgtccaggtgtattgaccagatagacagatgttgtccaggtgtattgacatGATAGACAGATGTTGTCCAGGGCGTCTGTATTGACATGTTAGAGAGATGTTGcccaggtgtattgaccagatagacagatgatgtccaggtgtattgacatGTTAGACAGATGTTTTCCAGGTGTATTGACATGTTAGagagatgttgtccaggtgtattgacatgttagagagatgttgtccaggtgtattgacatgttagacagatgttgtccaggtgtattgacatgttagacagatgttgtccaggtgtattgacatGTTAGACAGATGTTTTCCAGgtgtattgacatGTTAGACAGATGTTTTCCAGGTGTATTGACATGTTAGagagatgttgtccaggtgtattgaccagatagacagatgttgtccaggtgtattgacatgttagagagatgttgtccaggtgtattgacatGTTAGACAGATGTTGcccaggtgtattgaccagatagacagatgttgtccaggtgtatt
>XR_005037518.1
ATTGACATGTTAGagagatgttgtccaggtgtattgacatGTTAGACAGATGTTTTCCAGGTGTATTGACATGTTAGagagatgttgtccaggtgtattgacatgttagagagatgttgtccaggtgtattgacatgttagacagatgttgtccaggtgtattgacatgttagacagatgttgtccaggtgtattgacatGTTAGACAGATGTTTTCCAGgtgtattgacatGTTAGACAGATGTTTTCCAGGTGTATTGACATGTTAGagagatgttgtccaggtgtattgaccagatagacagatgttgtccaggtgtattgacatgttagagagatgttgtccaggtgtattgacatGTTAGACAGATGTTGcccaggtgtattgaccagatagacagatgttgtccaggtgta
>TU1792119
agatgttgtccaggtgtattgaccagatagacagatgttgtccAGGGCGTCTGTATTGACATGTTAGagagatgttgtccaggtgtattgaccagatagacagatgatgtccaggtgtattgacatGTTAGACAGATGTTTTCCAGGTGTATTGACATGTTAGagagatgttgtccaggtgtattgacatgttagagagatgttgtccaggtgtattgacatgttagacagatgttgtccaggtgtattgacatgttagacagatgttgtccaggtgtattgacatGTTAGACAGATGTTTTCCAGGTGTATTGACAAGTTAGagagatgttgtccaggtgtattgaccagatagacagatgttgaccaggtgtattgaccagatagaca
>TU1792121
ggtgtattgaccagatagacagatgttgtccaggtgtattgaccagatagacagatgttgtccAGGGCGTCTGTATTGACATGTTAGAGAGATGTTGcccaggtgtattgaccagatagacagatgatgtccaggtgtattgacatGTTAGACAGATGTTTTCCAGGTGTATTGACATGTTAGagagatgttgtccaggtgtattgacatgttagagagatgttgtccaggtgtattgacatgttagacagatgttgtccaggtgtattgacatgttagacagatgttgtccaggtgtattgacatGTTAGACAGATGTTTTCCAGGTGTATTGACAAGTTAGagagatgttgtccaggtgtattgaccagatagacagatgttgaccaggtgtattgaccagatagaca
>TU1792120
ccaggtgtattgaccagatagacagatgttgcccaggtgtattgaccagatagacagatgttgcccagGTGTATTGGccagatagacagatgttgtccaggtgtattgacatgttagagagatgttgtccaggtgtattgacatgttagacagatgttgtccaggtgtattgacatgttagacagatgttgtccaggtgtattgacatGTTAGACAGATGTTTTCCAGGTGTATTGACATGTTAgacagatgttgtccaggtgtattgacatGTTAGACAGATGTTTTCCAGGTG

Function


GO: NA

KEGG: NA

RNA


RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XR_005037517.1 False 492 mRNA 0.41 5 58378695 58383251
XR_005037519.1 False 550 mRNA 0.41 5 58380353 58383251
XR_005037518.1 False 417 mRNA 0.41 5 58380649 58383249
TU1792119 False 390 lncRNA 0.42 2 58378682 58380984
TU1792121 False 410 lncRNA 0.42 2 58379472 58380984
TU1792120 True 295 lncRNA 0.43 4 58379858 58381649

Neighbor


gene id symbol gene type direction distance location
LOC110496954 LOC106588892 coding upstream 40619 58326130 ~ 58338076 (+)
LOC110496595 LOC106588888 coding upstream 166137 58188792 ~ 58212558 (+)
LOC110496594 LOC106588886 coding upstream 190911 58182477 ~ 58187784 (+)
LOC110496868 LOC106588864 coding upstream 238076 58065484 ~ 58140619 (+)
LOC110496592 LOC106588883 coding upstream 443398 57893854 ~ 57935297 (+)
LOC118941195 NA coding downstream 64 58383315 ~ 58384050 (+)
LOC118941196 NA coding downstream 852 58384103 ~ 58384651 (+)
LOC118941194 NA coding downstream 2045 58379624 ~ 58386065 (+)
LOC110496610 aunip coding downstream 354098 58737349 ~ 58739567 (+)
nanos2 LOC106588910 coding downstream 439951 58823202 ~ 58823929 (+)
G1566443 NA non-coding upstream 26214 58349530 ~ 58352481 (+)
G1566440 NA non-coding upstream 34754 58343656 ~ 58343941 (+)
G1566439 NA non-coding upstream 35987 58342440 ~ 58342708 (+)
G1566416 NA non-coding upstream 69816 58307177 ~ 58308879 (+)
G1566362 NA non-coding upstream 211492 58166996 ~ 58167203 (+)
G1567094 NA non-coding downstream 54466 58437717 ~ 58438457 (+)
G1567095 NA non-coding downstream 58651 58441902 ~ 58445013 (+)
G1567083 NA non-coding downstream 83655 58466906 ~ 58467555 (+)
G1567160 NA non-coding downstream 162833 58546084 ~ 58549151 (+)
G1567178 NA non-coding downstream 194583 58577834 ~ 58578151 (+)
G1566445 LOC106588893 other upstream 1689 58364256 ~ 58377006 (+)
G1566224 tbc1d5 other upstream 431932 57941097 ~ 57946763 (+)
LOC110496591 LOC106588881 other upstream 515649 57851179 ~ 57870361 (+)
LOC110496571 hoxa7aa other upstream 1266732 57109128 ~ 57112335 (+)
LOC110496618 LOC106588914 other downstream 487648 58864013 ~ 58873692 (+)
dlx5a dlx5 other downstream 573870 58957121 ~ 58959671 (+)
sem1 shfm1 other downstream 641729 59024919 ~ 59035388 (+)
G1567716 asb4 other downstream 926733 59309984 ~ 59312723 (+)
G1567804 col1a2 other downstream 1117922 59501173 ~ 59585317 (+)

Expression



Co-expression Network