G1543125 (LOC106588245)


Basic Information

Item Value
gene id G1543125
gene name LOC106588245
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048582.1
NCBI id CM023236.2
chromosome length 74657750
location 35478835 ~ 35502036 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU1765938
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>TU1765940
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>TU1765939
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>TU1765937
CGGATAGGTCCAACAGTTCACCCTCAGCCAAACAGGGTTGCACTGTTTCTCCAATAGTAAGGCTTTACCGCTGCTCCAACGGTAAAGCAAATGTGTTCGATGAAGCTGCCTTCCAAGCCCAGAGGCAAAAAGGCAAGAGAAAGTCTGTGAACGCTGATTATACAGCGTATGATTCAGAGGAGGAAAATGAAGATACACAGAGAAATGAGGATGAAGTCTTTTCTCTAGTAGAAGATGACAAAGAAGAGGAAATTAAACCACGCGATCGTCATGGCAAGGCTAGTAAACCTGGTAAGGTAGTGGCAGCTATTAAGAAAAAAGAAGTGGTTGTTCCTAAGAGGGGGGGCAGAAAGCCTGGCTCAATCAAAAAGGTTGTAAAGTAAAAGGAACCTGGGCGGAGCAGACTGAACGAGTATCAGTAGCATCTTGTAAGatgtttttttaacattttattatcTCTTACCCAGCTCTTTCTTGCTTTCTCAACTAACCTATGTGTCTGTTTGCTCTTGCTGTTATTTTTTATGGTTTGATGCCTTCGTGGAAACCTTGTGGAAAAGAAAAGTACTTTTTGTACTTGTACTTGGTCATCTACTTGGTCATCTATAGCTTGAATGATGTGAAGACAATTTCATTGACAGTTGTTAATCTTGTATTATTCTGTTCAGACTTATCCCATTTAGATTTTTTCACTGGTACTGTCATTGATACAGTTTCTAATTCCATACACATCCTATAGTTGATTATATTCTCATTGAGGTTTGTTAATCTTGTATTGGTCTGTGCAGATTTGTCCAAATAAGCTCAAATGGTTTAAATCAATTGAATTAGttaagtattttgttttttgttttttatctctcctctttatctctctgtagtTTTCGAATTGCTAATGTCTTCTAATTTTATTTGCCTGAATTGCCAAAGCTTTGAATGTAACAACTTCCCCGTCCCAGCTATCTTTGTTTCGATATAGATGTTGTTAGTATCACTATCATGGCACCCTTttacctataaagtgcactacttttgaccaaagccccatggaccctggtcaaaagtaatgcactataaggggaatatggtgccattt

Function

NR:

description
protein ENL-like isoform X3

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU1765938 False 1711 lncRNA 0.37 4 35478835 35502036
TU1765940 False 2108 lncRNA 0.37 3 35485606 35502036
TU1765939 False 686 lncRNA 0.35 2 35493596 35501432
TU1765937 True 1096 lncRNA 0.38 2 35493790 35502036

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC118941143 LOC106588245 coding downstream 2729 35471584 ~ 35476106 (-)
LOC118941145 LOC106588245 coding downstream 9803 35464507 ~ 35469032 (-)
LOC118941142 LOC106588245 coding downstream 14615 35457434 ~ 35464220 (-)
LOC118941144 LOC106588245 coding downstream 23950 35450350 ~ 35454885 (-)
LOC118941146 LOC106588245 coding downstream 31840 35443262 ~ 35446995 (-)
LOC118941150 NA coding upstream 18087 35519535 ~ 35679900 (-)
LOC110496097 LOC105009768 coding upstream 215919 35717955 ~ 35721190 (-)
LOC110496098 LOC106588247 coding upstream 239316 35741352 ~ 35808050 (-)
LOC110496099 LOC106588248 coding upstream 306930 35808966 ~ 35816670 (-)
LOC110496100 LOC106588520 coding upstream 369649 35871685 ~ 35882464 (-)
G1543155 NA non-coding downstream 6825 35422332 ~ 35472010 (-)
G1543124 NA non-coding downstream 69890 35400728 ~ 35408945 (-)
G1543122 NA non-coding downstream 78343 35400254 ~ 35400492 (-)
G1543118 NA non-coding downstream 82194 35396366 ~ 35396641 (-)
G1543096 NA non-coding downstream 102042 35375431 ~ 35376793 (-)
G1543154 NA non-coding upstream 9436 35511472 ~ 35511985 (-)
G1543148 NA non-coding upstream 15103 35517139 ~ 35517936 (-)
G1543265 NA non-coding upstream 249995 35752031 ~ 35752372 (-)
G1543285 NA non-coding upstream 341141 35843177 ~ 35843412 (-)
LOC110496085 NA other downstream 129173 35346895 ~ 35351655 (-)
LOC110496081 LOC106588241 other downstream 298807 35151351 ~ 35203984 (-)
G1542988 sast other downstream 340281 35137637 ~ 35138554 (-)
atp9b atp9b other downstream 739196 34735374 ~ 34794929 (-)
G1541318 NA other downstream 1316377 34161927 ~ 34162458 (-)
G1543346 LOC106588513 other upstream 508951 36010987 ~ 36012686 (-)
G1544806 NA other upstream 1799472 37301508 ~ 37302174 (-)
ppt1 LOC106588481 other upstream 2420119 37922153 ~ 37930745 (-)
LOC110496154 LOC106588291 other upstream 2645554 38121576 ~ 38152320 (-)
G1546053 NA other upstream 2663214 38165250 ~ 38214049 (-)

Expression


Co-expression Network