XLOC_003467


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_003467
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007122.7
NCBI id CM002895.2
chromosome length 45484837
location 25256812 ~ 25266235 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00008402
CAGGAAAGACCGAGGCATGCTGAACTCTGAAGTTGATCAGTCCACTCCAGTTACTTTCAGTGATGGAAAAACTAAATCCTCCACTCTCAGATAGTCCCAGAAATGCAACGACGATCCAATCCGTGCTTCTCGTAACGTGAACGCTGATGTGAAATGCACTACAATTAGTGAGcctgtacttatttaaaatagccTGACAGTCTAGTAAGTGGGTTTACGTCCATTTGGACCCGCCCAAAAGAGCAGCCAACAGACATCGCTGTCGTCAGTGTTTCATTTAATTACCCAGCACTTGACTGCTGCCTAGGTGTGAATGTTCCGAAGCGCACTTCGCAGATGTCAGCGTGAGTCTGGAATGAGCTTGGTTTAAGTGGTTCGTGAAAGTACAACTTTGAATTTGGCTCCCCCTTGTGGTGAGTAAGTTATTTTACGTTGTTTTACGTACAAATAAGAGCACtgcattttattcatgtttaagttacaaaaaatacattagcgtgtaagcattaataaataaataattaaaaattagccATTTAACTTTGATAAAGTAATGATTTTGCTTTTCAACATAACAATGGTACAAGTAGCCTACAGCAGTTTGTGTTAGACATTCAGATGCATAAGTGCTTTTGAGcaaaggcaaaaataaaagaaaattgtaAACCAAATTTAGTAAGACACTGAGTActctaaaaaaaataccaagtttGTCTAAATTTAACCTAAAACGTTGTcttgtatttaataaatgtatttttaaattgcatCAGATGTGTTGCTTTTGTCACATCCAGTATGATGATTTAATACgattaaaataacaatttatttcaGTGGTCAGAAGTCAAAATCTAATTAacttttataaatagttttgtatTCATCATAATATTTGtctattaaataaaagtttgtcgTCAATTACATTTGCTAAAAACACTTTTTTCCAtgtaaaaaatacatgtaaaaaaaaaatcacaaattaaaAAGGTATGGTTGCGTGTTAAATTTATTATATCTAATTTCCGGTTAATAAGGTCACATTAATCACTTCAGGCaactaaaatattcattcattcaataattttttttcacatataACCAACTGTCTAACAACCTGGTCACAGGCAAACAAAACAACACTTAAACCCATAGAGTCACtttacaaacaattaaaatacTGGATAAAAAGCCTCTAAGACATCATCAttgtaacattttacaaaaacataaattGTTAAGCTGGAAAAATGTCATTAAGTGTTCAAACATTTGTCTGATGTATAAAATCATTCATGGTCTGTCATCCCCACCTCTCAGTCAGTTTGTAAACGTCAGGAACACACAGAGCAACACGAGGGGCAGCCCGAGGAGACTGTATTGTCCCACTCCAAAAAAGTACTTTTGGTCTGGGTGCCTTTTCAGTTACAGCTGCACAGGAGTGGAATTCTGTCCCTGGCAGCATCAGAGCTATAAAAGCCTTATAtgttcaaaaaacatttaaaagtctgGTTTAATCAGACGTACCATGATTCCTATTAGAATTAACCTAGCATGTTTCCATTTGTGCCATCTTAATgatttgttgtttaaatgtgtttcaactatttttatctctattacaaaatgttggggttttagtttaatttgtatatattattttttatcaacATCTACATAACTATGTATATTTTAGTGCTTCTTAACTATGTTTGATTAATTGTATAATtcttgtattgatttttttttaggtttttcaaggacaacagatgaaaaatagacTTCTGGCTAATTCTG
>TCONS_00006797
GGGTTTACGTCCATTTGGACCCGCCCAAAAGAGCAGCCAACAGACATCGCTGTCGTCAGTGTTTCATTTAATTACCCAGCACTTGACTGCTGCCTAGGTGTGAATGTTCCGAAGCGCACTTCGCAGATGTCAGCGTGAGTCTGGAATGAGCTTGGTTTAAGTGGTTCGTGAAAGTACAACTTTGAATTTGGCTCCCCCTTGTGgtttttcaaggacaacagatgaaaaatagacTTCTGGCTAATTCTGgTCAAACTGCTGAGTTCTGCTCTTCATATCTGCCTGAGAGGAGAAGTTTATACCAACCAAGCTCACCATCAATTATTCAGTACAATCACAAGTAAATTATAACCATGTTTCAACGGCTCACGAATCTGCTGTTCGGAAGCGTGAATGAAACAACTCAGGAACCAACTGTACCAAAACCAGCATCCCCAGAAGTGGACGAAGAGGGCTGGCTATTGGTTAACGCAGCTGATGGAGAGTCATCTGAAACCGGCGAGCTGCAGTTCAAGTTAATAGGAAGCCTGTCAAACACTGAGATTTGTGCTGCCAGCTTGGTCAGCGAGGCGAGCATCGCTGAACCAGAAGTCCCAGTAGCCCGAAGCAGTGGTCGAGTCTCTCAGCGACTGGTCTCTCAGGCTGGAGCTCTGGTCAAAGTCACACAGATGGGCAGAATACAGCGGGCGCAGGCTCGTGCCAACCGCCACAGTCTCGGCCGTAACTGCATTCAGCGGCAGAACAACATCCGTCAGCGTCTTCCACAACACTTCTCTCGCAAACACCGCATGGTCCTTCACCAGCCTGGCCGATGCAACTTTAATCA
>TCONS_00008615
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>TCONS_00006798
aatcaaataaaatgaagtcAGAAAGTTTGGTTCAATATTAAATCAATAGGATTTTTCTGaatatttcagtttagtttgtagAAAACTTAAAGGTGCATCAGTTATAAATTATAGAGCATCCAGAGTAAGAATATTTGAAGGTATATTTGAGTTTGTTTCTATTGTGTATTGacaatttgtaattttaattGATGGCAAGAGGCCACAATATAAGTGTTGTAAGATATCAGCTATTTCCCCCCTTCACGTTCATACATTGGTGAAGTTTCAGTGACAAGCAGTGACATTTGCGTTATATTGATCTGAACTCAACTTCAGTAGTGGCATTtatactaaactaaactgaagagGTTATAATTTCTCTAGAACTATATCAGCATACTACACCACTTCATTCTTCattcttcatctatgttaagctgctttgacacaatctacattgtaaaatgtgctagaaataaagatgaattgatcaTCAGAATTATTCGCTGAAACTAATGTGATATATGTGCTATTAATCACAtcgattaaatatttatttaataatactaaAGACAGAAGTTTTGAAATACCAGCTTGCTTCAGTCACTATATTGATCATCATCAGTGCATCTGTATATTTTAATTGACTGGCGACTGAAGCATTGTGCCTTTTTCAGTGCCCTACAAAAGAAAGCAAGTGATTTTTATGGTGAGTTCATGGAACAGCATGAAGGTGGGTTTATTTTTTCAATGATCTCcccctttaaatgtgttttagtgtCCGTGTATCCGTTGCTGAGGAACATTCTGCAGTTTTCAAATTTTGTTAATACTCCCCCTAACTCGCTTTATTCTCAACTGACCTGGAGTCAGCTGTACTCAAAACCGGCCAATGAGTTTTAAAGTACAATGTTACAACTGTTCCTAGGTCTGTAGTAGCTGTAAAACGGTAAGTGCGCCCCGTTTATATAAGTCTCCGCCTTTCGGTTTGTGTTTGAATCTTATTGGACTAGCCAAAATCAGTGGGCGGGTCTACTTCGCTGggctttttgtttttaatatcagCTGTTCGTCGTGATCTAAACTGCGGTGCtgtgtttttttgtgtaataaaagcataaattacaaaaagaaaagaacaaataTTCCGCATCTACCTCGGATTATACAACCAAAGATTAATTTAATGCGAATTAGACCTACAAGgTCAAACTGCTGAGTTCTGCTCTTCATATCTGCCTGAGAGGAGAAGTTTATACCAACCAAGCTCACCATCAATTATTCAGTACAATCACAAGTAAATTATAACCATGTTTCAACGGCTCACGAATCTGCTGTTCGGAAGCGTGAATGAAACAACTCAGGAACCAACTGTACCAAAACCAGCATCCCCAGAAGTGGACGAAGAGGGCTGGCTATTGGTTAACGCAGCTGATGGAGAGTCATCTGAAACCGGCGAGCTGCAGTTCAAGTTAATAGGAAGCCTGTCAAACACTGAGATTTGTGCTGCCAGCTTGGTCAGCGAGGCGAGCATCGCTGAACCAGAAGTCCCAGTAGCCCGAAGCAGTGGTCGAGTCTCTCAGCGACTGGTCTCTCAGGCTGGAGCTCTGGTCAAAGTCACACAGATGGGCAGAATACAGCGGGCGCAGGCTCGTGCCAACCGCCACAGTCTCGGCCGTAACTGCATTCAGCGGCAGAACAACATCCGTCAGCGTCTTCCACAACACTTCTCTCGCAAACACCGCATGGTCCTTCACCAGCCTGGCCGATGCAACTTTAATCATTAAGATGCAACGAGTACGCAAACGAACAACCAACATGCAAGTACCTTGGTTCAAAGTTAAAGCTTGATATGAAATATTTGAACCAATTTATACTTACATCTAgggtataataaataaatcttgtgGCAGCTGACATTATGCCTCCAAAAACTGTTTCTTTTACATACTAGTGTGCTAGACTGTCATGCAGCAATAAAATGAAGCAAAGGA

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000088178

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00008402 False 1800 lncRNA 0.33 2 25256812 25258997
TCONS_00006797 False 826 mRNA 0.50 6 25257022 25266024
TCONS_00008615 False 1866 lncRNA 0.32 1 25257132 25258997
TCONS_00006798 True 1976 mRNA 0.39 4 25259058 25266235

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_003466 NA coding upstream 28617 25181857 ~ 25228195 (+)
XLOC_003465 trpc4apa coding upstream 76482 25157374 ~ 25180330 (+)
XLOC_003464 ndrg3a coding upstream 101809 25064519 ~ 25155003 (+)
XLOC_003462 phf20a coding upstream 193226 25044082 ~ 25063586 (+)
XLOC_003463 NA coding upstream 196714 25059462 ~ 25060098 (+)
XLOC_003468 cyldb coding downstream 10513 25276748 ~ 25291709 (+)
XLOC_003469 top1l coding downstream 30131 25296366 ~ 25311677 (+)
XLOC_003470 fam83d coding downstream 61964 25328199 ~ 25336921 (+)
XLOC_003471 si:dkeyp-97e7.9 coding downstream 122512 25388747 ~ 25397129 (+)
XLOC_003472 adnpa coding downstream 137326 25403561 ~ 25408636 (+)
XLOC_003369 CR854846.2 misc upstream 9133730 16122786 ~ 16123082 (+)
XLOC_003318 CR450764.6 misc upstream 12544816 12711700 ~ 12711996 (+)
XLOC_003317 CR450764.16 misc upstream 12562549 12693967 ~ 12694263 (+)
XLOC_003316 CR450764.11 misc upstream 12571213 12685304 ~ 12685599 (+)
XLOC_003315 CR450764.18 misc upstream 12576784 12679732 ~ 12680028 (+)
XLOC_003447 BX072564.1 non-coding upstream 675698 24580579 ~ 24581114 (+)
XLOC_003442 NA non-coding upstream 946167 24120291 ~ 24310645 (+)
XLOC_003487 NA non-coding downstream 563135 25829370 ~ 25830337 (+)
XLOC_003488 CR318604.1 non-coding downstream 811712 26077947 ~ 26078061 (+)
XLOC_003489 NA non-coding downstream 922282 26188517 ~ 26196145 (+)
XLOC_003490 NA non-coding downstream 959847 26226082 ~ 26234069 (+)
XLOC_003497 NA non-coding downstream 1436722 26702957 ~ 26709080 (+)

Expression


Co-expression Network

Homologous

species gene id symbol gene type chromosome NCBI id location
grasscarp (Ctenopharyngodon idella) CI01000306_02974291_02976718 TP53INP2 misc CI01000306 null 2973156 ~ 2979157 (+)
rainbow trout (Oncorhynchus mykiss) G436792 NA non-coding NC_048569.1 CM023223.2 72526893 ~ 72527149 (-)