G1554213


Basic Information

Item Value
gene id G1554213
gene name NA
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048582.1
NCBI id CM023236.2
chromosome length 74657750
location 46223932 ~ 46286906 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU1778245
gacctacagtacagacatggttagtagaccttcagtacagacatggttagtagaactacagtacagacatggttagtagacctacagacatggttagcagagctACCGTACAGACATGTTTAGTAGACcaacagtacagacatggttagtagacctatagacatggttagtagacctacagtacagacatggttagtagacctacagacatggttagcagagctaccgtacagacatggttagtagaccttcagtacagacatggttagtagacctatagacatggttagtagacctacagtacagacatggtttgtatacctacagtacagacatggttagtatacctcagtacagacatggttagtagacctacagtacagacatggttagtagacatacagtacagatATTGTTAGtttacctacagtacatacaagGTTAGTGGAccttcagtacagacatggttagtagacctacagtacagacatggttagtagacctacagtacagacatggttagtaaacctacagtacagacatggttagtagacctacagtacaggcatggttagtagacctacagtacagacatggttagtagaccttcaGTACGGACagggttagtagacctacagtacagacatggttagtagaactacagtacagacatggttagtagacctacagacatggttagcagagctACCGTACAGACATGTTTAGTAGACcaacagtacagacatggttagtagacctatagacatggttagtagacctacagtacagacatggttagtatacctacagtacagacatggttagtaggccttcagtacagacatggttagtagacctgcAGTACAGatatggttagtagacctacagtacagacatggttagtatacctacagtacatacatggttagtagacctacagacatggctagtagacctacagtacagacatggttagtatacctatagtacagacatggttagtatacttcagtacagacatggttagtagacatacagtacagacatggttagtagacctacagtacagacattgttAGTAGACCtccagtacagacatggttagtagaccttcagtacagacatggttagtagacctacagtacagacatggttagtagacctacagtacagacatggttattagacctacagtacagacatggttagtagaccttcagtacagacatggttagtagaactacagtacagacatggttagtagacctacagacatggttagcagagctACCGTACAGACATGTTTAGTAGACcaacagtacagacatggttagtagacctatagacatAGTTAGTAGAGGATGGGGAAGAG
>TU1778244
gacctacagtacagacatggttagtagaccttcagtacagacatggttagtagaactacagtacagacatggttagtagacctacagacatggttagcagagctACCGTACAGACATGTTTAGTAGACcaacagtacagacatggttagtagacctatagacatggttagtagacctacagtacagacatggttagtagacctacagacatggttagcagagctaccgtacagacatggttagtagaccttcagtacagacatggttagtagacctatagacatggttagtagacctacagtacagacatggtttgtatacctacagtacagacatggttagtatacctcagtacagacatggttagtagacctacagtacagacatggttagtagacatacagtacagatATTGTTAGtttacctacagtacatacaagGTTAGTGGAccttcagtacagacatggttagtagacctacagtacagacatggttagtagacctacagtacagacatggttagtaaacctacagtacagacatggttagtagacctacagtacaggcatggttagtagacctacagtacagacatggttagtagaccttcaGTACGGACagggttagtagacctacagtacagacatggttagtagaactacagtacagacatggttagtagacctacagacatggttagcagagctACCGTACAGACATGTTTAGTAGACcaacagtacagacatggttagtagacctatagacatggttagtagacctacagtacagacatggttagtatacctacagtacagacatggttagtaggccttcagtacagacatggttagtagacctgcAGTACAGatatggttagtagacctacagtacagacatggttagtatacctacagtacatacatggttagtagacctacagacatggctagtagacctacagtacagacatggttagtatacctatagtacagacatggttagtatacttcagtacagacatggttagtagacatacagtacagacatggttagtagacctacagtacagacattgttAGTAGACCtccagtacagacatggttagtagaccttcagtacagacatggttagtagacctacagtacagacatggttagtagacctacagtacagacatggttattagacctacagtacagacatggttagtagaccttcagtacagacatggttagtagaactacagtacagacatggttagtagacctacagacatggttagcagagctACCGTACAGACATGTTTAGTAGACcaacagtacagacatggttagtagacctatagacatggttagtagacctacagtacagacatggctagtagaactacagtacagacatggttagtagacctactgacatggttagcagagctaccgtacagacatggttagttgaccttcagtacagacatggttagtagacctacagtacagacatggttagtagaactacagtacagacatggttagtagaactacagtacagacatggttagtaggcctacagtacagacatgatTAGTAGGccttcagtacagacatggttagtaggcctacagtacagacatggttagtatacctacagtacagacatggttagtagacctacagacatggctagtagacctacagtacagacatggttagtatatctacagtacagacatggttagtatacctcagtacagacatggttagtagacctacagtacagacatggttagtagacctacagtacagacattgttagtagacctacagtacagacatggttagtagaccttctttacagacatggttagtagacctacagtacagacatggttagtagacctacagtacagacatggttagtagacctacagtacagacatggttagtagacctacagtacagacatggttagtagaccttcagtacagacatggttagtagacctacagtacagacatggttagtagaactacagtacagacatggttagtagacctacagacatggttagcagagctaccgtacagacatggttagtagacctacagtacagacatggttagtagacctatagacatggttagtagacctacagtacagacatggttagtagacctacagacatggttagcagagataccgtacagacatggttagtagacctacagtacagacatggttagtagacctacagtacagacatggttagtagacctacagtacagacattgttATTAGACCTatagacatggttagtagaccaatagacatggttagcagagctacagtacagacatggttagtagacctacagtacatacatggttagtagacctacagtacagacatggttattAGACCTatagacatggttagtagacctacagacatggttagcagagctaccatacagacatggttagtagacctacatttcaaacatggttagtagacctacaatACAGACATGGTTATTAGACCTaaagacatggttagtagacctacagacatggttagtagacctacagtacagacatggttagtagatctTCAGTACAGCCATGGTTAGTTTACCTTCGTTACAGCCAGCGCTGTCGTCGACAtgctacagcacacacacaccctcctcgcCCTCTTTTCCCCCATGCAGAATTGGGGTACTGGGTTTTCCCACAGATAAGAAATAATCATATGAAATCAGAATTGCTTACAGGTCTCTGTATCC

Function

NR:

description
zinc-binding protein A33-like

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU1778245 False 1372 lncRNA 0.42 2 46223932 46286906
TU1778244 True 2781 lncRNA 0.42 2 46276105 46286906

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110496379 LOC106588596 coding downstream 81201 46080497 ~ 46142731 (-)
LOC110496378 LOC106588595 coding downstream 149455 46061044 ~ 46074477 (-)
LOC110496377 LOC106588592 coding downstream 166981 46039651 ~ 46056951 (-)
LOC110496375 LOC106588593 coding downstream 195134 45911856 ~ 46028798 (-)
LOC110496374 LOC106570224 coding downstream 333664 45856733 ~ 45890268 (-)
LOC110496382 LOC106588622 coding upstream 290552 46577458 ~ 46640870 (-)
LOC110496383 LOC106588620 coding upstream 385608 46672514 ~ 46756077 (-)
LOC110496384 LOC106588605 coding upstream 492189 46779095 ~ 46822848 (-)
trappc9 trappc9 coding upstream 570555 46857461 ~ 47141015 (-)
LOC110496386 LOC106588618 coding upstream 861386 47148292 ~ 47153777 (-)
G1554172 NA non-coding downstream 5608 46218020 ~ 46218324 (-)
G1554041 NA non-coding downstream 302178 45921443 ~ 45921754 (-)
G1554026 NA non-coding downstream 320394 45903333 ~ 45903538 (-)
G1553990 NA non-coding downstream 372192 45851427 ~ 45851740 (-)
G1553988 NA non-coding downstream 373602 45849984 ~ 45850330 (-)
G1554248 NA non-coding upstream 61 46286967 ~ 46288146 (-)
G1554252 NA non-coding upstream 6480 46293386 ~ 46293594 (-)
G1554262 NA non-coding upstream 12856 46299762 ~ 46299971 (-)
G1554571 NA non-coding upstream 64693 46351599 ~ 46353376 (-)
G1554639 NA non-coding upstream 159315 46446221 ~ 46446427 (-)
G1554091 NA other downstream 115830 46101248 ~ 46108102 (-)
G1553693 LOC106588587 other downstream 420884 45788099 ~ 45803048 (-)
G1553544 NA other downstream 556192 45667361 ~ 45667740 (-)
G1552866 LOC106588536 other downstream 1136146 45047680 ~ 45087786 (-)
G1555168 NA other upstream 625071 46911977 ~ 46912915 (-)
G1555543 NA other upstream 1256654 47543208 ~ 47546614 (-)
LOC110496837 LOC106588626 other upstream 1617933 47890580 ~ 47945574 (-)
LOC110496401 LOC106588640 other upstream 1695977 47982726 ~ 47986560 (-)
G1556577 NA other upstream 2069707 48356613 ~ 48356847 (-)

Expression


Co-expression Network