XLOC_003497


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_003497
gene name NA
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007122.7
NCBI id CM002895.2
chromosome length 45484837
location 26702957 ~ 26709080 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00008619
tttattttgAAATTTGATggtatattgttttatttcatgttCTCAACATGGTCACAGTTATAGTTAAACATCAATAGGGTCTCGTCATCTACTTAGAAACAGAATGCATATTAAAACCATAGTTCTCCTCTCCTCGtttggtaataaaaaaaaaatgaaatgaatgtttgAGTGGAAGGCGGTGAGAGTCATGTAACAGTCGGCTTATTAAAGAAGATCCTATGACAAATTCAAAGTACATTTGGTAGCAGAAGCAGTGTTATTATGAGTCTCTTGAAAGTGGAAAAGGACTACACCGTCGATGCGATGACTgagtgaaaaacaaaaaagtataatACAGGCTATGTACACGCTAAACCCCCTTAGACTTTCCCTTTATCATCCATATTAGATTTATATATGATATGCTTTCTAATTTCTCACATTGGTTTGTGAtatatacagtgattttacatgAGGGAAGAAAGAAATGATCTGTTTTAGGAGGGCAAACAACAAGTGATATACATGCCGAAAATGCTGTGGCACGGTGTAAAATGTAACAGCAAgcttaaatgaaataataaaaccaaccaatcaaacaaacaaacaaacaaacataatattagaaaaaaaataataattaaaagaaagCACATTTCTTCATTtcgtttttttaaataagcttacATTTCAACCAGAGGTGCTAGGCATCAGCTGCATGCAAAAGCTTTGTGACATTTTGACTTGTCCGATACAGTACAAAGCTGAAGCACcacattacatttacaaaaacactgcactgaaatccttaaaaaaaaaaaaaaacaatcaacacaaagttgagaaaaaaaatgtagaaagagACGTACTCATTTGGTTGTTTAGTCAGAAATGGCTTCAGATGATCATACACAGTCTGATTAATGGTGTTCTGTACAAATTACTGGCCTCGGTGTATCTTGGGAACAAGCCAGGTGTTATGAAGTCTGATATAGACACAGATTTATGCTCTAATATCCATAAGCTTCTATTATTATACTAATGTTCTCTGGTGGCGCTTGATTACGATTAGGCTAACGTTGGTTTAAACACTATTTGACGATCGGTATTTGATTTTTAAGCCCAGGTAAACAAACAGATGTGTCCTAATTGAATCTATTTCAGTACGAAACAGGATACAGACGTCTTGAATGAAGAGAAGTctacagattttaatatgatcatcatcatcgtcatcatcactCATTTAACAACGGTCAACTGTAACACTGATAATATCTCTGGAAGTATGCAATATCTAGAGATTATTTTGTACACTATACATGCAAAGAGTACTTTAGTTGACATTCCTGACTGTAGGTTGCAGGTAAAACAGAGACCAACAAAGATGGCGATGGGGGCGAgaaacataaaatgttttttttttatgcatgatattagaaattattaaaaaCGACAAACGAACAAACAGGTTGGTCGCAATTCTGAATTTACAAAACTGAAACATACATATTGCAcatgattaatttaaaaaacgaaacaaaaaggAATCAGAAACAAGAGAAACATCGCACAGCAAATGCCACAAGGGTCTCGTATTAGAGAACGAGCTCATTTCAGCCGTGGTTTCTGTACATTAAGTGAATATTTACAAAGACAAGTGCTGTTCAGAAGCTCTGTGCTTGAGTTAAAAGAGAGCGTCGACACACAAAACTATTACATCGAATCACAGCTCTGTCACCATTGATTTACTTACAGTATAAAACAAGTCAAAAATTGAACCGAGAAAGGGGGatatgtgtgaaaaaaaaaagaacatgtcCAAATCCGTTCCGAGCGAGAACACATCCATCCGACCCACTGCTGCATATTATATGCAGttacattacattagattacattacattagctGTGTTTCTGAGCAAGTGAAAGGCATTCTCACAGGAGGACCGAAGAAAAATGTATCAAATCTACATCATTTCCACGCAGGAGAGGGCACACACGCTCAGCCTGCTGAGAAAAATCAACATCTCTGCACAAACTAACTCTTGAAATATGGGGAGAGAATTCCATCAGATTTCTCCGGACACAAACGCTACGTCAAAATAGCCTTCTCCGCCGCGCGCGCCGGCTTTACCATAAACATCTTCAAATGTACAATTATttcatattgttttattcatctctaaaaaaatagttaaaaaaataaaaccatgtTGCAGCAGTGGCCCGACGAGTCGAGGCCGTGGAGGATCCATCAATGACTTCCTACAGTCCCTGTGATTGGTTTGCGCTACGTGGATCCCCAAAAAGGAGGCGGAGCGAACACAAGCTGGAGATTCGGGAAGAATCTTCCAGCTCCAAAGGCAAccaataatttccatattaatcAATCGGCCACCTACTGAGTGGAAAACTACGTCGAGAGTACACAGAGAATACTgagagttgttttttttctttttctttttttaattctgaggcttcggatcatttttgttctataacaataataataatagctgctaatattattatcattattttacaaaatactaTATGCACGACATACACAAAgcaaatcttttcttttttgaataacTCACTCAACTGCTTTTTAATAATTGGCACGTTATAGTCCCCTAATCTCTATCACAGAAATGTGTGGTCTACAGCTACATTAAATACTGGAACACCACTCGTTGTGACCGAATCCGACAGACCCTGTCGTCTCTGCAAACTAATAAGCAGGCTACTTTTGATAATGCATTTTAGGTAATTAAGTACAAGAAAACAGTTGCCACGGTCTTTTTGCGCATGCTCTTTGCTTCACCGCCAACGTCGAAAGGGTCCAAAGTCTCTAAAATCGAGCCTAAAAGAAGCAGCAGCCGCAGTTTTTGTCTGGGGCTCTACAGCTTGAGCGATGACTTGGTAAGAACTGATGATTTGAGTTCTAGCCGTCCCCCCTGAAGGCCGGTGCTACACAGTGTGGCTCCCCTTCCAGTGGGAAACGGGCGCTGGATGGGTTGAAACGTGAGTCAAGGTGCCCTTTTGTTCGCAGCAACGATCTAAAACAGTCCCATTCCCGAGTGGAAAGAGTTCGTGGAGTGGCTCAAACCACAGTGCTGATGCCGCTGTGTTTGGGCTTGGTGCTGCTGGCCGCGGGTGGAGGCGCTGGAGGCTGGCTGTGGTGGTgtggtgcatgctgggagtgggaCGGGTGGGATGAGTGGGACGGATGCGGACCGTGGCCGTGTTGGCTGTGTGAGTGGCTGTGAGAGGATGAGGGGCCGGGTGGAGGGTGGTACTGGTGGGGTGGGTGTTGGATGTGCGCTGGAGGGTGGTAGTGATGGTGGTGGTGGTACGGAGGGGGATTCTGCATGTGGCAGAATTGAGCGTGGTGCGGGTGCATCTGGGCTTGGGTTTCGGTGACGGTGACGCCGTCGCGGGCCGTGTGGTGCAGGTTAGAAGGGTGAGGGGTGTGAGAGATGAGTGTTGGATGGGAAGGGTGGGACGACTGGGATGGCAGGGAGGGAGATTTGCCTCGTTTGGTGCCGAATAGAGAACCCAGCAGAGAGGAGGAATTGGGGATAGACTGCTGGCGGGAGGGACAGTCGCGGCTGGAAGTGGCTCTTCGCCGTATGTGGGGGCTGCTAATGATGGACCCCTATAAGAggataagagagagagaaaacagtgAAGTTAAACACAAGATATTTACAGCATGCTCAGTGATTCTAGAGCCTTTTCACATTGttcatttaaatgtgatttaaatgttaaaggtttcatgtaaatgtttaatatttaggcTTGGGAAACAATAATTCAGAAAACTACTGGGaaaaaaactatacaaatttttttctaccatattttttgttaattgaCCAGCAAAGTCTAATTTATTACCAAATCACCCTTATAAGCCAGTTTTTTAGTGTATCCTTAAAAGGATTAGTCCTGGACTCAAGAGTTGTTGATTTGAATCAGTCTAATGGCTAACTCAGTCAATTTTATTTTTGACTGAATTAATAATTTTTGTCACGTTTCAATCCACCTTACTGACTAGTTATTCTTAAGATTTGAGTAGTTATATACACAAATTtagaactatttatttaaaataaacaggaaccttaaaatgttagaaaagtccaacatttttaaaggtaaatataaattatttaaaaagaatttaaaggtgctgtatgtaagtttttgactcttctaaagcataaaaatgccaatatgtttgcagatatttaagaaacatgcgaAGTGAACATTCATCTTAAAAACAATGCTGAGGTCAGATATTCAGctctgaaaatgtgttttccgtgccGGAATGCTGTCTttattttggttcttttaacccccccattgccagtttagccaaatatatttcagcaccccaggttgccttgttggaaaacgttgtatttcattaattcagtcaTAAAGGCTCTCAACGCATTGCGTCCATGACCAAAATGCAACcttcggtggacagtagcagactcccgAAAAGAGATGcagatttagagttccacatgaaactattaattagtaaataatataaatattacgtatgtaaacattaggtgagcaggttatattgtaaccgtgtgtcctaacaacacgctacataaaacaatttgcagtgataagcaaatTGGGTGTTTGCACaagacaaaacatgacagaaatttaaatacagctattTAGAAGCATAGAATAGTTCACTTACTGCAAGCGAAAACACGAAACTTGTTAGGTTTAAAATCTAATTAgtacacattaaacctctttaatattattaagtgcacatgctgaatcactgatctGTGTTGGCTTGCAATGATTCGCAGTTCTAAAGATCAATTTCAAAcggtatattttattttcaatatctgagataaactatc

Function

GO: NA

KEGG:

id description
ko03230 Viral genome structure
ko05164 Influenza A
ko03200 Viral proteins

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00008619 True 4913 lncRNA 0.39 2 26702957 26709080

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_003496 si:dkey-57n24.6 coding upstream 19245 26669724 ~ 26683712 (+)
XLOC_003495 dynlrb1 coding upstream 87349 26604224 ~ 26615608 (+)
XLOC_003494 unm_sa1614 coding upstream 140611 26476153 ~ 26562346 (+)
XLOC_003493 fer1l4 coding upstream 235903 26403334 ~ 26467054 (+)
XLOC_003492 cpne1 coding upstream 301283 26375979 ~ 26401674 (+)
XLOC_003498 hdac11 coding downstream 424480 27133560 ~ 27197452 (+)
XLOC_003499 NA coding downstream 498116 27207196 ~ 27208386 (+)
XLOC_003500 fbln2 coding downstream 565275 27274355 ~ 27383732 (+)
XLOC_003501 NA coding downstream 694791 27403871 ~ 27414474 (+)
XLOC_003502 NA coding downstream 804780 27513860 ~ 27526561 (+)
XLOC_003369 CR854846.2 misc upstream 10579875 16122786 ~ 16123082 (+)
XLOC_003318 CR450764.6 misc upstream 13990961 12711700 ~ 12711996 (+)
XLOC_003317 CR450764.16 misc upstream 14008694 12693967 ~ 12694263 (+)
XLOC_003316 CR450764.11 misc upstream 14017358 12685304 ~ 12685599 (+)
XLOC_003315 CR450764.18 misc upstream 14022929 12679732 ~ 12680028 (+)
XLOC_003490 NA non-coding upstream 468888 26226082 ~ 26234069 (+)
XLOC_003489 NA non-coding upstream 506812 26188517 ~ 26196145 (+)
XLOC_003488 CR318604.1 non-coding upstream 624896 26077947 ~ 26078061 (+)
XLOC_003487 NA non-coding upstream 872620 25829370 ~ 25830337 (+)
XLOC_003467 NA non-coding upstream 1436722 25256812 ~ 25266235 (+)
XLOC_003503 CR548622.1 non-coding downstream 811376 27520456 ~ 27520573 (+)
XLOC_003505 CR931782.2 non-coding downstream 915996 27625076 ~ 27649659 (+)

Expression


Co-expression Network