LOC118941472


Basic Information

Item Value
gene id LOC118941472
gene name NA
gene type misc
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048583.1
NCBI id CM023237.2
chromosome length 67237266
location 37374388 ~ 37376542 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XR_005037708.1
CTCAACATGGCGGAAGGAGTAAGTGGTGACTTGGGGACAGATAAGAGGAGTTGCATTGTTAGTGTTTTAGCAAGATGAGGAAACAGCAAATTAGTTGGCTAAAGAGACTATAAGACCAACCTATTTACTCTGCAATCAATTCTTAGAAGTAGCCTAGTCTGTTGATATCAAGGACCCCCTTTATACAATGCCATACAGTCTCATTAGACATACTCGTGACTACACTTCAAGGTTCAGAGAGAGCTACGCTAAGCTACATGACATTTGTCACAGTCTATGAGCCAGCTATCAGCCTATCATCACTCTCTGGTAAAGGGAGGTTATCTGACGGTAGTGGTGTGGTATAGGGAGGTTATCTGACGGTAGTGGTGTGGTATAGGGAGGTTATCTAACGGTAGTGGTGTGGTATAGGGAGGTTATCTGACGGTAATGGTGTGGTATAGGGAGGTTATCTGACGGTAGTGGTGTGGTATAGGGAGGTTATCTAACGGTAGTGGTGTGGTATAGGGAGGTTATCTGACGGTAATGGTGTGGTATAGGGAGGTTATCTAATGGTAGTGGTGTGGTACAGGGAGGTTATCTAATGGTAGTGGTGTGGTATAGGGAGGTTATCTGACGGTAGTGGTGTGGTATAGGGAGGTTATCTGACGGTAGTGGTGTGGTATAGGGAGGTtatatgatggtagtggtgtggtatATGGAGGTTATCTAACAGTTGTGGTGTGGTATAGGGAGGTtatatgatggtagtggtgtggtatATGGAGGTTATCTAACAGTTGTGGTGTGGTATAGGGAGGTTATCTAATGGTAGTGGTGTGGTACAGGGAGGTtatatgatggtggtggtgtggtatatggagGTTATCTAACAGTTGTGGTGTGGTATAGGGAGGTTATCTAATGGTAGTGGTGTGGTACAGGGAGGTtatatgatggtagtggtgtggtacAGGGAGGTTATCTAATGGTAGTGGTGTGGTACAGGGAGGTtatatgatggtagtggtgtggtacAGGGAGATTATCTAATGGTAGTGGTGTGGTACAGGGAGGTtatatgatggtagtggtgtggtacAGGGAGGTTATCTAATGGTAGTGGTGTGGTACAGGGAGGTtatatgatggtagtggtgtggtacAGGGAGGTtatatgatggtagtggtgtggtacAGGGAGGTTATCTAATGGCAGTGGTGTGGTATAGGGAGGTTATCTAATGGTAGTGGTGTGGTATAGGGAGGTTATCTGACGGTAGTGGTGTGGTATAGGGAGGTTATCTAACAGTAGTGGTGTGGTACAGGGAGGTTATCTAATGGTAGTGGTGTGGTACAGGCAGGTTATCTAATTGTGTTGTGGTATAGGTAGGTTATCTGATGGTGTGGTACAGGCAGGTTATCTAATTGTGTTGTGGTATAGGTAGGTTATCTGATGGTGCTGTACAGGCAGGTTATCTAATTGTGTTGTGGTATAGGTAGGTTAtctgatggtagtggtgtggtacAGGCAGGTTATCTAATTGTGTTGTGGTATAGGTAGGATATctgatggtgtggtgtggtacagGCAGGTTATCTAATTGTGTTGTGGTATAGGTAGGTTATCTATTTGTGTTGTGGTATAGGTAGGTTAtctgatggtagtggtgtggtacAGGCAGGTTATCtaattgtgttgtggtgtgctaTAGGGAGATTATCTGATGGACGGTAGTCCGGGGTTGCATGTGTGTTTAACACACTCCTGGCAGATAAAGCTTACCTGACAGGAGAAAGCTACctggacacacagtcactctTCAGGAGAAAAGCTCTCCCCCTGTCAGCACAAACAGCCTGTCCACGTGTACTTGATCCAACGCAGCTAACACCTTTTTCTCTTGCCACTCTCACACGCACAAGAGCAGCATCAAATTTATAGGGGCTTGCTTGCtggtttctgtttctctctctctgtctccctctctctctgtctctct
>TU1854129
TGGTAAAGGGAGGTTATCTGACGGTAGTGGTGTGGTATAGGGAGGTTATCTAATGGTAGTGGTGTGGTGTAGTGGTGTGGTATAGGGAGGTTATCTGACGGTAGTGGTGTGGTATAGGGAGGTTATCTAACAGTTGTGGTGTGGTACAGGGAGGTTATCTAATGGTAGTGGTGTGGTACAGGGAGGTtatatgatggtagtggtgtggtacAGGGAGATTATCTAATGGTAGTGGTGTGGTACAGGGAGGTtatatgatggtagtggtgtggtacAGGGAGGTTATCTAATGGTAGTGGTGTGGTACAGGGAGGTtatatgatggtagtggtgtggtacAGGGAGGTtatatgatggtagtggtgtggtacAGGGAGGTTATCTAATGGCAGTGGTGTGGTATAGGGAGGTTATCTAATGGTAGTGGTGTGGTATAGGGAGGTTATCTGACGGTAGTGGTGTGGTATAGGGAGGTTATCTAATGGTAGTGGTGTGGTACAGGCAGGTTATCTAATTGTGTTGTGGTATAGGTAGGTTATCTGATGGTGTGGTACAGGCAGGTTATCTAATTGTGTTGTGGTATAGGTAGGTTATCTGATGGTGCTGTACAGGCAGGTTATCTAATTGTGTTGTGGTATAGGTAGGTTAtctgatggtagtggtg
>TU1854134
TGGTAAAGGGAGGTTATCTGACGGTAGTGGTGTGGTATAGGGAGGTTATCTGACGGTAGTGGTGTGGTATAGGGAGGTTATCTAACGGTAGTGGTGTGGTATAGGGAGGTTATCTAATGGTAGTGGTGTGGTGTAGTGGTGTGGTATAGGGAGGTTATCTGACGGTAGTGGTGTGGTATAGGGAGGTTATCTAATGGTAGTGGTGTGGTGTAGTGGTGTGGTATAGGGAGGTTATCTGACGGTAGTGGTGTGGTATAGGGAGGTTATCTAATGGTAGTGGTGTGGTACAGGCAGGTTATCTAATTGTGTTGTGGTATAGGTAGGTTATCTGATGGTGTGGTACAGGCAGGTTATCTAATTGTGTTGTGGTATAGGTAGGTTATCTGATGGTGCTGTACAGGCAGGTTATCTAATTGTGTTGTGGTATAGGTAGGTTAtctgatggtagtggtg

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XR_005037708.1 False 1982 mRNA 0.45 3 37374388 37376542
TU1854129 False 664 lncRNA 0.46 6 37374695 37376062
TU1854134 True 453 lncRNA 0.46 6 37374695 37376062

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110497754 meis2 coding upstream 226761 37036589 ~ 37147627 (+)
ptpn21 LOC106601406 coding upstream 661655 36683652 ~ 36712733 (+)
LOC118941374 NA coding upstream 741322 36631393 ~ 36633066 (+)
LOC110498339 LOC106600869 coding upstream 748045 36625402 ~ 36626343 (+)
LOC110498338 NA coding upstream 759148 36612415 ~ 36615240 (+)
LOC110497756 LOC106601540 coding downstream 88519 37465061 ~ 37469630 (+)
aqr aqr coding downstream 94190 37470732 ~ 37530388 (+)
LOC110497758 LOC108414322 coding downstream 165105 37541647 ~ 37545944 (+)
LOC110497759 gjd2 coding downstream 174921 37551463 ~ 37556421 (+)
LOC118941375 NA coding downstream 649231 38025773 ~ 38030049 (+)
G1620341 NA non-coding upstream 21196 37352965 ~ 37353192 (+)
G1620083 NA non-coding upstream 185727 37166798 ~ 37188661 (+)
G1620078 NA non-coding upstream 210432 37163701 ~ 37163956 (+)
G1619941 NA non-coding upstream 320150 37053025 ~ 37054238 (+)
G1619927 NA non-coding upstream 340278 37033793 ~ 37034110 (+)
G1620423 NA non-coding downstream 108696 37485238 ~ 37493727 (+)
G1620436 NA non-coding downstream 130703 37507245 ~ 37509070 (+)
G1620437 NA non-coding downstream 131135 37507677 ~ 37583041 (+)
G1620445 NA non-coding downstream 151982 37528524 ~ 37528823 (+)
G1620446 NA non-coding downstream 152295 37528837 ~ 37529308 (+)
G1619944 NA other upstream 304009 37057889 ~ 37070379 (+)
G1619823 NA other upstream 384525 36988205 ~ 36989863 (+)
G1619759 LOC106962828 other upstream 473487 36900618 ~ 36900901 (+)
G1618864 NA other upstream 935000 36438858 ~ 36439388 (+)
G1618036 LOC107396020 other upstream 1712543 35647698 ~ 35661845 (+)
G1621360 NA other downstream 1139131 38515673 ~ 38516780 (+)
commd8 LOC106600549 other downstream 1309544 38686057 ~ 38703559 (+)
G1621909 NA other downstream 1552044 38928586 ~ 38929183 (+)
G1621935 NA other downstream 1616101 38992643 ~ 39020528 (+)

Expression


Co-expression Network