XLOC_003513 (BX649345.2)


Basic Information

Item Value
gene id XLOC_003513
gene name BX649345.2
gene type non-coding
species zebrafish (Danio rerio)
category of species model fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_007122.7
NCBI id CM002895.2
chromosome length 45484837
location 28517562 ~ 28520764 (+)
genome version GRCz11_2017_zebrafish_Genome

Sequence

>TCONS_00006880
ttactaatacaacctttttgtaaagtgttaccgtcttcagaaagacagatactaactaaattaaactaagtaactaacccagccggcacacgaccgaccttcaacgttgaaatatggttgaaataaggtcagatgtgttttgaacgttgaaataatgttgatagaacgtttaatgttgaacggttgaaaaacagcctgcatatgacaaggcttcaacgttgaaatgtggttgaaaatacgtcagttgttgctttaatgttgaaacaatgttgaatgataaatggttgaaaaaagttacagaaatccttgtacaaatcaacgttgacattttttatcatggtctgtatgttgaattaacgtcatggcttcacccaatattcaacatgtttggttaccatggtatcggaggactcggcgcacgcggccacgcgcagcgcttcacttcacttaattactaacacctgacctgcagtgcagcagaattcagagagacgcactcacttgcacagcattgaatggaaaaggctttgtccatgtccagttgagggCATCAAGAACACGCAGATAGCATAAacctgtgtcagcctggacagactgTAGATCTGCTACTCAACGCCAAGGCTTTTGTATGCATGTCTGACTACTACAGTGTTCTTtaaaggttttctggaagctccatttgagggcatcaaggacatactgatggc
>TCONS_00006881
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>TCONS_00006882
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>TCONS_00006883
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>TCONS_00006884
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>TCONS_00006885
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>TCONS_00006886
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>TCONS_00006887
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Function

GO: NA

KEGG: NA

Ensembl:

ensembl_id ENSDARG00000101124

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TCONS_00006880 False 707 lncRNA 0.41 4 28517562 28519901
TCONS_00006881 False 1517 lncRNA 0.38 4 28517638 28520764
TCONS_00006882 False 731 lncRNA 0.43 3 28517975 28520384
TCONS_00006883 False 901 lncRNA 0.39 3 28518001 28520155
TCONS_00006884 False 791 lncRNA 0.41 4 28518006 28520242
TCONS_00006885 False 561 lncRNA 0.34 2 28518340 28519183
TCONS_00006886 False 602 lncRNA 0.41 2 28518405 28520386
TCONS_00006887 True 408 lncRNA 0.41 3 28518432 28520247

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
XLOC_003512 lrrc38b coding upstream 2584 28476298 ~ 28514978 (+)
XLOC_003511 CR450786.1 coding upstream 70129 28442373 ~ 28447433 (+)
XLOC_003510 ephb2b coding upstream 93248 28166165 ~ 28424314 (+)
XLOC_003509 nmur3 coding upstream 391423 28107632 ~ 28126139 (+)
XLOC_003508 alpl coding upstream 507391 27968834 ~ 28010171 (+)
XLOC_003514 NA coding downstream 12460 28533224 ~ 28616959 (+)
XLOC_003515 aadacl4 coding downstream 96800 28617564 ~ 28619811 (+)
XLOC_003516 si:ch211-226m7.4 coding downstream 99919 28620683 ~ 28631342 (+)
XLOC_003517 NA coding downstream 116698 28637462 ~ 28643700 (+)
XLOC_003518 NA coding downstream 142140 28662904 ~ 28663396 (+)
XLOC_003369 CR854846.2 misc upstream 12394480 16122786 ~ 16123082 (+)
XLOC_003318 CR450764.6 misc upstream 15805566 12711700 ~ 12711996 (+)
XLOC_003317 CR450764.16 misc upstream 15823299 12693967 ~ 12694263 (+)
XLOC_003316 CR450764.11 misc upstream 15831963 12685304 ~ 12685599 (+)
XLOC_003315 CR450764.18 misc upstream 15837534 12679732 ~ 12680028 (+)
XLOC_003507 BX601648.2 non-coding upstream 773280 27738489 ~ 27744282 (+)
XLOC_003506 NA non-coding upstream 786387 27729240 ~ 27731175 (+)
XLOC_003505 CR931782.2 non-coding upstream 867903 27625076 ~ 27649659 (+)
XLOC_003503 CR548622.1 non-coding upstream 996989 27520456 ~ 27520573 (+)
XLOC_003519 NA non-coding downstream 276503 28797267 ~ 28836699 (+)
XLOC_003520 NA non-coding downstream 687122 29207886 ~ 29208193 (+)
XLOC_003502 NA non-coding upstream 991001 27513860 ~ 27526561 (+)

Expression


Co-expression Network