LOC110498212 (rp1l1)


Basic Information

Item Value
gene id LOC110498212
gene name rp1l1
gene type misc
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048583.1
NCBI id CM023237.2
chromosome length 67237266
location 60311459 ~ 60330337 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XM_036953837.1
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Function

symbol description
rp1l1 Involved in photoreceptor cell maintenance. Predicted to be located in photoreceptor connecting cilium and photoreceptor outer segment. Predicted to be active in axoneme. Implicated in occult macular dystrophy and retinitis pigmentosa 88.

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_036953837.1 False 9517 mRNA 0.54 12 60311459 60328611
TU1882178 False 3848 lncRNA 0.41 5 60323247 60330337
TU1882174 False 3478 lncRNA 0.40 3 60325504 60330337
TU1882176 False 3166 lncRNA 0.39 4 60325504 60330337
TU1882165 False 3298 lncRNA 0.40 2 60326234 60330337
TU1882166 False 3142 lncRNA 0.40 2 60326234 60330337
TU1882169 False 2882 lncRNA 0.40 2 60326234 60330337
TU1882173 True 2960 lncRNA 0.40 2 60326234 60330337

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110498222 LOC106603387 coding upstream 288843 59996525 ~ 60022616 (+)
LOC110510484 LOC106607199 coding upstream 349742 59865592 ~ 59961717 (+)
ankef1b LOC106609265 coding upstream 471603 59814601 ~ 59839856 (+)
LOC110498234 LOC106607246 coding upstream 511872 59773968 ~ 59799587 (+)
LOC110498214 LOC106607310 coding upstream 550744 59739558 ~ 59760715 (+)
fndc4b LOC106604723 coding downstream 29437 60358048 ~ 60375297 (+)
LOC110498402 LOC106604468 coding downstream 54372 60382983 ~ 60392450 (+)
plaat1l LOC106611413 coding downstream 70249 60398860 ~ 60402461 (+)
LOC118941500 NA coding downstream 73848 60402459 ~ 60405097 (+)
chrna2a LOC103467111 coding downstream 134356 60462967 ~ 60475546 (+)
G1645283 cssa01h8orf74 non-coding upstream 28246 60280553 ~ 60283213 (+)
G1645282 NA non-coding upstream 32610 60278615 ~ 60278849 (+)
G1645263 NA non-coding upstream 56514 60254106 ~ 60254945 (+)
G1645217 NA non-coding upstream 127466 60175434 ~ 60183993 (+)
G1645189 NA non-coding upstream 158606 60123169 ~ 60152853 (+)
G1645308 NA non-coding downstream 9555 60338166 ~ 60338669 (+)
G1645311 NA non-coding downstream 25996 60354607 ~ 60355983 (+)
G1645329 LOC106604359 non-coding downstream 39553 60368164 ~ 60446671 (+)
G1645335 NA non-coding downstream 41707 60370318 ~ 60370669 (+)
G1645344 NA non-coding downstream 70896 60399507 ~ 60399947 (+)
G1644651 NA other upstream 563114 59747984 ~ 59748345 (+)
G1644569 NA other upstream 702065 59608600 ~ 59609394 (+)
G1644280 NA other upstream 1114446 59196684 ~ 59197013 (+)
G1644123 NA other upstream 1254236 59054523 ~ 59057223 (+)
LOC110498189 klhdc1 other upstream 2013224 58293310 ~ 58298259 (+)
LOC110498236 LOC106603790 other downstream 213425 60541955 ~ 60546243 (+)
G1645443 NA other downstream 387322 60715933 ~ 60718611 (+)

Expression


Co-expression Network