G1614420


Basic Information

Item Value
gene id G1614420
gene name NA
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048583.1
NCBI id CM023237.2
chromosome length 67237266
location 32977518 ~ 32978203 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU1847710
TTCTTgagctgcactgttggttaagggcttgtaaagtaatcatttcacggtaaggtctacactgttggttaagagcttgtaaataatcatttcacggtaaggtctacactgttggttaagggcttgtaagtaatcatttcacggtaaggtctacactgttggttaagggcttgtaagtaaacaattcacggtaaggtctacactgttggttaagggcttgtaagtaaacaattcacggtaaggtctacactgttggttaagggcttgtaagtaaacaattcacggtaaggtctacactgttggttaagggcttgtaagtaaacatttcacggtaaggtctacactgttggttaagggcttgtaagtaaacaattcacggtaaggtctacactgttggttaagggcttgtaagtaaacaattcacggtaaggtctacactgttggttaaggacttgtaagtaaacatttcaaggtaaggtctacacttgttgtattc
>TU1847712
TTCTTgagctgcactgttggttaagggcttgtaaagtaatcatttcacggtaaggtctacactgttggttaagagcttgtaaagtaatcatttcacggtaaggtctacactgttggttaagagcttgtaaagtaatcatttcacggtaaggtctacactgttggttaagggcttgtaagtaatcatttcacggtaaggtctacactgttggttaagggcttgtaagtaaacaattcacggtaaggtctacactgttggttaagggcttgtaagtaaacatttcacggtaaggtctacactgttggttaagggcttgtaagtaaacatttcacggtaaggtctacactgttggttaagggcttgtaagtaaacatttcacggtaaggtctacactgttggttaagggcttgtaagtaaacaattcacggtaaggtctacactgttggttaagggcttgtaagtaaacaattcacggtaaggtctacactgttggttaaggacttgtaagtaaacatttcaaggtaaggtctacacttgttgtattc
>TU1847713
TTCTTgagctgcactgttggttaagggcttgtaaagtaatcatttcacggtaaggtctacactgttggttaagagcttgtaaataatcatttcacggtaaggtctacactgttggttaagggcttgtaagtaatcatttcacggtaaggtctacactgttggttaagggcttgtaagtaaacaattcacggtaaggtctacactgttggttaagggcttgtaagtaaacatttcacggtaaggtctacactgttggttaagggcttgtaagtaaacaattcacggtaaggtctacactgttggttaagggcttgtaagtaaacatttcacggtaaggtctacactgttggttaagggcttgtaagtaaacatttcacggtaaggtctacactgttggttaagggcttgtaagtaaacaattcacggtaaggtctacactgttggttaagggcttgtaagtaaacaattcacggtaaggtctacactgttggttaaggacttgtaagtaaacatttcaaggtaaggtctacacttgttgtattc
>TU1847714
TTCTTgagctgcactgttggttaagggcttgtaaataaacaattcacggtaaggtctacactgttggttaagggcttgtaagtaaacaattcacggtaaggtctacactgttggttaagggcttgtaagtaaacaattcacggtaaggtctacactgttggttaaggacttgtaagtaaacatttcaaggtaaggtctacacttgttgtattc
>TU1847716
TTCTTgagctgcactgttggttaagggcttgtaaataaacaattcacggtaaggtctacactgttggttaagggcttgtaagtaaacaattcacggtaaggtctacactgttggttaagggcttgtaagtaaacaattcacggtaaggtctacactgttggttaaggacttgtaagtaaacatttcaaggtaaggtctacacttgttgtattc
>TU1847717
TTCTTgagctgcactgttggttaagggcttgtaaagtaatcatttcacggtaaggtctacactgttggttaagagcttgtaaataatcatttcacggtaaggtctacactgttggttaagggcttgtaagtaatcatttcacggtaaggtctacactgttggttaagggcttgtaagtaaacaattcacggtaaggtctacactgttggttaagggcttgtaagtaaacatttcacggtaaggtctacactgttggttaagggcttgtaagtaaacaattcacggtaaggtctacactgttggttaagggcttgtaagtaaacaattcacggtaaggtctacactgttggttaagggcttgtaagtaaacaattcacggtaaggtctacactgttggttaagggcttataagtaaacatttcacggtaaggtctacactgttggttaaggacttgtaagtaaacatttcaaggtaaggtctacacttgttgtattc

Function

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU1847710 False 496 lncRNA 0.40 5 32977518 32978203
TU1847712 False 545 lncRNA 0.39 4 32977518 32978203
TU1847713 False 543 lncRNA 0.40 4 32977518 32978203
TU1847714 False 213 lncRNA 0.39 4 32977518 32978203
TU1847716 False 213 lncRNA 0.39 4 32977518 32978203
TU1847717 True 496 lncRNA 0.39 4 32977518 32978203

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110497687 egln3 coding upstream 226571 32707637 ~ 32750947 (+)
LOC110497685 LOC106601994 coding upstream 253799 32715876 ~ 32723719 (+)
LOC110497684 LOC106602024 coding upstream 261834 32699240 ~ 32715684 (+)
cfl2 LOC106602033 coding upstream 284406 32687789 ~ 32693112 (+)
baz1a LOC106602003 coding upstream 289943 32640559 ~ 32687575 (+)
dtd2 dtd2 coding downstream 444074 33422277 ~ 33423351 (+)
heatr5a heatr5a coding downstream 470105 33448308 ~ 33474231 (+)
hectd1 hectd1 coding downstream 498259 33421162 ~ 33504862 (+)
strn3 LOC106601852 coding downstream 530205 33508408 ~ 33536119 (+)
prkd1 prkd1 coding downstream 632689 33610892 ~ 33728505 (+)
G1614415 NA non-coding upstream 5787 32971484 ~ 32971731 (+)
G1614414 NA non-coding upstream 6993 32970303 ~ 32970525 (+)
G1614409 NA non-coding upstream 15543 32961690 ~ 32961975 (+)
G1614367 NA non-coding upstream 24697 32918631 ~ 32952821 (+)
G1614421 NA non-coding downstream 3946 32982149 ~ 32982584 (+)
G1614546 NA non-coding downstream 183926 33162129 ~ 33162339 (+)
G1614551 NA non-coding downstream 191858 33170061 ~ 33171013 (+)
G1614552 NA non-coding downstream 192899 33171102 ~ 33171384 (+)
G1614554 NA non-coding downstream 197357 33175560 ~ 33175874 (+)
G1614241 LOC106602099 other upstream 367101 32602478 ~ 32610417 (+)
timm9 timm9 other upstream 601836 32369230 ~ 32375682 (+)
G1613388 NA other upstream 1242871 31730859 ~ 31780333 (+)
G1613345 LOC106602337 other upstream 1315455 31657491 ~ 31662063 (+)
G1614510 NA other downstream 132058 33110261 ~ 33110861 (+)
G1614550 NA other downstream 189427 33167630 ~ 33168890 (+)
G1614581 akap6 other downstream 233654 33211857 ~ 33215968 (+)
G1614744 NA other downstream 553633 33531836 ~ 33533452 (+)
G1614761 NA other downstream 603809 33582012 ~ 33583350 (+)

Expression


Co-expression Network