G1634011


Basic Information

Item Value
gene id G1634011
gene name NA
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048583.1
NCBI id CM023237.2
chromosome length 67237266
location 49592498 ~ 49596634 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU1869499
CACACTCAGCTCTCACACTCAGCTCTCACACTCAGCTCTCACACTcagctctcactcacacacacacactcagctctcaCACACTCAGCTCTCACACACTCAGgtctttcacacacaaacacactcagctctcactcacacacacacacacactcagctctcactcagctctcacacacacagctctcacacactcagctctcacgcacacacactcagctctcacgcacacacactcagctctcacgcacacacactcagctcccacgcacacacacacactcagctcccacgcgcacacacacattcagctcCCACGCGCACTCAGCTCCCACGCACACattcagctcacacacacactcagctcacacacacgcacacactccgctcacacacacagctcacacatacgcacgcactcagctcacacacacgcacactcagctcgcccacacgcacacactcagctCGCCCACACGCACACTCAGCTcgcccacacgcacacactcagctcacacacacacagctcacacacacacgcacgcacgcactcagcTCacacacacacacacagctctctcacacacacacacacccagctcacacacacacccagctctcacacacacacacacacacacacactcagctcacacacacacactcagctcacacacacacacacacacagctctctcacacacacacagctcccacacacacacattcagctctcacacacacactcagctctcacacacacactcagctctctctcacacacacactcagctctctctcacacacacactcagctctctcacacacacacactcagctctctcacacacacacactcagctctctcacacacactcagctctctctcacacacactcagctctctctcacacacactcagctctctctcacacacactcagctctctctctcacacactcagctctctcacacacacactcggctctctctctcacacagctcacacacacagctctctcacacacacacactcagctctcatacacacacacacactcagctctcacacacacacacaccacacacacacacacacacacacacctctctctctctcacacacagctctcacacacacagctctcacacacacagctcccacacacacacaccacactctccTGCAGTTTTCTaatattttctctccctctctctatactctctcaCCCTCgttcttgctctccctctccactcctcctctctctcaatttctctccaGCGCTTTGGTGTTACCGGAGCAATCGATAGAAAGGTGATTATTATTCCTCTAGcagagcccacacacacacacaacttgacctccctccctctctcaccatctctctgtaATGATACTGAGTGTACAGTGGGGGTATAGCAGATAATGTACGGATATGAATGTGGCTTTAAGGTCAATGTTGGTAGTGGGTGGATAGGTGGAATCGGTGTGGGGGTGATAACCTATCCACTCATCCAGATGAGGTATTCTGTTACTTATCTTTGGTCTGTCCAGTTTGGGTGGGGTTTGGTAGGAGCATCACATTGAGCCTTAGTGTAACCACCAAATAAGGACCACATTTAATACTAGAACTCATTGTTTTCTAATACTAATGACTAAAAGTATAGTTATTCTACTACATAGTTCAGTACTACAGGACTATGAATAAGTTGTTGTTCAGAACATAATGGCTGAATACAGTTAGTATGTACCAATACCTCATGGTACGGTGTCCCAGCCTCTGATGGCTGTGTCGTTGGCTGAATACAGTTAGTATGTACCAATACCTCATGGTACGAGGTCCCAGCCTCTGATGGCTGTGTCGTTGGCTGAATACAGTTAGTATGTACCAATACCTCATGGTACGGAGGTCCCAGCCTCTGATGGCTGTGTCGTTGGCTGTGGCCAGCTGGGTACAGTTGTGATGTGGACTCCACTTCCCAGCCGTGAACTTCAGTTGACCTTTACCCTCTAAGGTGGCACTGCTAGAGATCTGGAAGGGAAAGGGTTAACGATTActacacctgaacacacacatgTCAATCATGGGGTATGGAGAGGTAAGAGTTAATGTATTGATGGATCTGTATAGACAGGCCTTCCCTAGTGTACTGTATAGCTAGCTATACCTCACCCTCCTTCACACAGCAGTCAATGACGGGTTCATGTTTACATTGTGAATATCTATATACTGTTACTCATGGATCACCA
>TU1869502
acacactcagctctctctctcgcacacacacacacacataaacacacacacttagctctctcatacacacacacacagttcacacacacacagctcacacacacacacacacacacatacacacacagctctctcacacacacacagctcccacacacacacattcagctctcacacacacactcagctctcacacacacactcagctctctctcacacacacactcagctctctctcacacacacactcagctctctcacacacacacactcagctctctcacacacacacactcagctctctcacacacactcagctctctctcacacacactcagctctctctcacacacactcagctctctctcacacacactcagctctctctctcacacactcagctctctcacacacacactcggctctctctctcacacagctcacacacacagctctctcacacacacacactcagctctcatacacacacacacactcagctctcacacacacacacaccacacacacacacacacacacacacctctctctctctcacacacagctctcacacacacagctctcacacacacagctcccacacacacacaccacactctccTGCAGTTTTCTaatattttctctccctctctctatactctctcaCCCTCgttcttgctctccctctccactcctcctctctctcaatttctctccaGCGCTTTGGTGTTACCGGAGCAATCGATAGAAAGGTGATTATTATTCCTCTAGcagagcccacacacacacacaacttgacctccctccctctctcaccatctctctgtaATGATACTGAGTGTACAGTGGGGGTATAGCAGATAATGTACGGATATGAATGTGGCTTTAAGGTCAATGTTGGTAGTGGGTGGATAGGTGGAATCGGTGTGGGGGTGATAACCTATCCACTCATCCAGATGAGGTATTCTGTTACTTATCTTTGGTCTGTCCAGTTTGGGTGGGGTTTGGTAGGAGCATCACATTGAGCCTTAGTGTAACCACCAAATAAGGACCACATTTAATACTAGAACTCATTGTTTTCTAATACTAATGACTAAAAGTATAGTTATTCTACTACATAGTTCAGTACTACAGGACTATGAATAAGTTGTTGTTCAGAACATAATGGCTGAATACAGTTAGTATGTACCAATACCTCATGGTACGGTGTCCCAGCCTCTGATGGCTGTGTCGTTGGCTGAATACAGTTAGTATGTACCAATACCTCATGGTACGAGGTCCCAGCCTCTGATGGCTGTGTCGTTGGCTGAATACAGTTAGTATGTACCAATACCTCATGGTACGGAGGTCCCAGCCTCTGATGGCTGTGTCGTTGGCTGTGGCCAGCTGGGTACAGTTGTGATGTGGACTCCACTTCCCAGCCGTGAACTTCAGTTGACCTTTACCCTCTAAGGTGGCACTGCTAGAGATCTGGAAGGGAAAGGGTTAACGATTActacacctgaacacacacatgTCAATCATGGGGTATGGAGAGGTAAGAGTTAATGTATTGATGGATCTGTATAGACAGGCCTTCCCTAGTGTACTGTATAGCTAGCTATACCTCACCCTCCTTCACACAGCAGTCAATGACGGGTTCATGTTTACATTGTGAATATCTATATACTGTTACTCATGGATCACCA

Function

NR:

description
PREDICTED: protein TSSC1 isoform X3

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU1869499 False 2251 lncRNA 0.50 8 49592498 49596634
TU1869502 True 1688 lncRNA 0.47 5 49592498 49595599

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110498062 NA coding downstream 26721 49534488 ~ 49565777 (-)
LOC118941488 NA coding downstream 60221 49530925 ~ 49532277 (-)
LOC110498061 LOC106573499 coding downstream 69133 49475673 ~ 49523365 (-)
LOC110498060 LOC106573624 coding downstream 122509 49465157 ~ 49469989 (-)
LOC110498059 LOC106573685 coding downstream 131738 49457082 ~ 49460760 (-)
LOC110498070 LOC106572824 coding upstream 475896 50072530 ~ 50100878 (-)
LOC110498073 NA coding upstream 594023 50190657 ~ 50193142 (-)
LOC110498074 NA coding upstream 603245 50199879 ~ 50201465 (-)
LOC110498075 LOC106572210 coding upstream 623563 50220197 ~ 50243409 (-)
LOC110498378 LOC106572116 coding upstream 738648 50335282 ~ 50342425 (-)
G1633988 NA non-coding downstream 40265 49551866 ~ 49552233 (-)
G1633987 NA non-coding downstream 40763 49550970 ~ 49551735 (-)
G1633963 NA non-coding downstream 62578 49529128 ~ 49529920 (-)
G1633975 NA non-coding downstream 85841 49506375 ~ 49506657 (-)
G1633967 NA non-coding downstream 107842 49484367 ~ 49484656 (-)
G1634017 tssc1 non-coding upstream 11453 49608087 ~ 49610909 (-)
G1634063 NA non-coding upstream 99569 49696203 ~ 49720611 (-)
G1634068 NA non-coding upstream 105324 49701958 ~ 49702397 (-)
G1634373 NA non-coding upstream 132819 49729453 ~ 49729695 (-)
G1634376 NA non-coding upstream 135994 49732628 ~ 49733040 (-)
G1633961 NA other downstream 32367 49559037 ~ 49560131 (-)
LOC110498375 dlgap2 other downstream 696532 48812312 ~ 48896302 (-)
LOC110498045 LOC106575475 other downstream 1445328 48111907 ~ 48147170 (-)
G1632192 LOC106575636 other downstream 1612032 47916295 ~ 47980466 (-)
G1634391 NA other upstream 159077 49755711 ~ 49827902 (-)
G1634769 LOC106571989 other upstream 713076 50309710 ~ 50309971 (-)
LOC110498079 LOC106571863 other upstream 839170 50378118 ~ 50465911 (-)
LOC118941489 LOC106571589 other upstream 981025 50577645 ~ 50582403 (-)

Expression


Co-expression Network