LOC110498759


Basic Information

Item Value
gene id LOC110498759
gene name NA
gene type misc
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048584.1
NCBI id CM023238.2
chromosome length 46616863
location 17428615 ~ 17434040 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>LOC110498759
CATCATCTCCTATCatcttcaaataatatttttgcaggaATCTCCTTGCGAATGATTTTGCCGAAGATTGTATCACCGGTGTTGGACTGACAGTCAGAGGAACCCAGGTTCAAGTTCCAGTCAGTTAATTTGCTACAATACTGTTGTCATCTTCAGCTCTAAGTTGATGATGTTATTGTTGATGATTTTGTTTGTGGTATTGtttacagttgacctgggcaggAAGGTACTGGTCTTTCCGTATGAGACAGACTTCAGCTTCATGGTGCTCATCCCCCAAAAGGAAATGGGCCTGCGCACGTTCACTCTGTGCATGCGTGTGGCCACTGAGCTGGAAGTCGAGCGGCAGATCATCCTGTTTGCCTACCGCACCACCGACTACGACGAGCTCAACGTGTGGCACAAGAAAGATGGCCGCATCGCCTTCTACCTGAGCGGCGATAGCGCTTTCTTCCACCTGCCGCCCATCACCACCTTCAAAACAAGTCTCTGCCTCACCTGGGAGTCCCGTACTGGGCTGGCTGCCTTCTGGGTGGACGGCCGCCGCAGCACCTACCAGCTGTACAAGCCGGGGACCGTCCTCTTGGGGCAAGAGCAGACAAACACATTGGAGACCTGGAGGCTTTGCAGAGCTTTGTGGGGGAGGTGACCGACCTCAACATGTGGGACTATGTCTTACCGAGGAGCCAAATCCAAGCCCTGCATTATGGACATAAGCTCACCAAGAGAAACATCTTTGACGGGCCACCATTGAGTACCAGCTGAACGTGAATGTGATTGTGGTGGATGATGATTGACTCGGAGTGGAATCACAAACAAATGCGGATGTGATAcatttgtgtgtctgtgctggACTGCTACTGACCTTTTTGTTTAGTTTGGTGTCTTAGGTTTAGTCACGTTCACACTTTATGCAGTCAATGAACTATGCTCAAACACAAAATATCAGTGGTTCATAGGACAATATGACTTGCATTTTGTGATCATTAAATAGTCTAATGCAGGTCAAAACCAGATCCTTCACCAGACAGGCACCATGTAAACACCATGTATAGCACTATCCTCTTTCAACACAATTCTTCTTTAGACATCCACTATTTATAggatactgtagatacagtatgtccacTCACCTGCTGCATGGATGGTGAGATTAACCATATTTTATAAGCATTGCATTCAAGATGTTAATTTATGAAACAAGATGCCAAAATGTTGACATTTATTTCACAGTGGAAGTTTATTAGTCGCCTTTTGCAACCTGCTAATTATCACAAATATTCAGTACAATTTACGTACAGTATTAAAATTAAGCTGGTGTTTAGTTACAGAGATAATGCATTTTTTGCTCTCAGCATGATTACATTTTTTATGTGGCCTTTTATAAATTTCTCACGTGGCTGATGAGTACTAATTTCAATGGAATGTATTGTTGATGTACCGAATTTAACCACAAGGTGGCAGTATATGCTAGAGTTTTTATTCAGTGAGCGACGAAGAAGACTATTTaatttgtttatttggatccccattagcttttgcaaaggcagtagctactcttcctggggtccacaaaaaacacaacatgacaagtaacaaaacattGATACACTGATatacaaggacagtcacacaaatgtaTAATACAATGATattacaaacaatacaacaaaaatTATTCAAACATTACAACTAAAAAATGTGTGTtagagtttgtttgtgtgtgtcccctCACACAAACATACGAATGGTGTGGCATTCTTATGCTCAAGATTTAAATTGCCTTTGATCCCACTAATGATTCATTATTATACTTCATAATTTAACTGTGCTTTGAGACATACCATTGCCATAATGTTGCCTTTGGTTAGCACACTCTCTCATAAATGGTCTATGTTTAAACTGATGTAAGAATGCTTTTGGGTCTGAAATTTAATCCTGGCATGTGCATAACTAAAGTATGTGTTATTTAAGAGAAAATAGGTATTTGAACTTTTTGAGCATCCTATTTGTATTATAGCCTACCTATAATGCTGGTGAGACCTTCACAATATTAAATATTGTTGTTATATTTTATTCCATTGTTTTAACTTGTATTCTTTTAAATTGTTGTTCTAAAATGAAATTGCCTTTGTACATGTTTATTAGCCTATATGTTGTAAACTCTAAAAGGAACAACACCACAGAAACAGTATAGACTTTTGTTCACTGTGACAAGAAGGGTATAGTCCTGGAATAACTTAATTTACACTTAATGTGTAAATGTAATCTGTTGCTGTATTTTTTGTGTTATCTGTGATggttttgtttgtcttgtttagtttagttttttaatcattgtacctaaactgtatgtgtaaacatgtatatg
>TU1910760
AACGTAGCaaactacagagagatccttgatgaaaacatgctccagagcacttaggacctcagactgggccgaaggttcaccttccaacaggacaacaaccctaagcacacagccaagacaacgcaggagtggcttcgggacaagtctcaatgtccttaagtggcccagccagagtccggacttgaacccgatcgaacatctctggagagacctgaaaagggttaagcagtgacgctccccatccaacctgacagagcttgagaggatctgcaaagaagaatgggagaaactccccaaatacagttgacctgggcaggAAGGTACTGGTCTTTCCGTATGAGACAGACTTCAGCTTCATGGTGCTCATCCCCCAAAAGGAAATGGGCCTGCGCACGTTCACTCTGTGCATGCGTGTGGCCACTGAGCTGGAAGTCGAGCGGCAGATCATCCTGTTTGCCTACCGCACCACCGACTACGACGAGCTCAACGTGTGGCACAAGAAAGATGGCCGCATCGCCTTCTACCTGAGCGGCGATAGCGCTTTCTTCCACCTGCCGCCCATCACCACCTTCAAAACAAGTCTCTGCCTCACCTGGGAGTCCCGTACTGGGCTGGCTGCCTTCTGGGTGGACGGCCGCCGCAGCACCTACCAGCTGTACAAGCCGGGGACCGTCCTCTTGGGGCAAGAGCAGACAAACACATTGGAGACCTGGAGGCTTTGCAGAGCTTTGTGGGGGAGGTGACCGACCTCAACATGTGGGACTATGTCTTACCGAGGAGCCAAATCCAAGCCCTGCATTATGGACATAAGCTCACCAAGAGAAACATCTTTGACGGGCCACCATTGAGTACCAGCTGAACGTGAATGTGATTGTGGTGGATGATGATTGACTCGGAGTGGAATCACAAACAAATGCGGATGTGATAcatttgtgtgtctgtgctggACTGCTACTGACCTTTTTGTTTAGTTTGGTGTCTTAGGTTTAGTCACGTTCACACTTTATGCAGTCAATGAACTATGCTCAAACACAAAATATCAGTGGTTCATAGGACAATATGACTTGCATTTTGTGATCATTAAATAGTCTAATGCAGGTCAAAACCAGATCCTTCACCAGACAGGCACCATGTAAACACCATGTATAGCACTATCCTCTTTCAACACAATTCTTCTTTAGACATCCACTATTTATAggatactgtagatacagtatgtccacTCACCTGCTGCATGGATGGTGAGATTAACCATATTTTATAAGCATTGCATTCAAGATGTTAATTTATGAAACAAGATGCCAAAATGTTGACATTTATTTCACAGTGGAAGTTTATTAGTCGCCTTTTGCAACCTGCTAATTATCACAAATATTCAGTACAATTTACGTACAGTATTAAAATTAAGCTGGTGTTTAGTTACAGAGATAATGCATTTTTTGCTCTCAGCATGATTACATTTTTTATGTGGCAGTATATGCTAGAGTTTTTATTCAGTGAGCGACGAAGAAGACTATTTaatttgtttatttggatccccattagcttttgcaaaggcagtagctactcttcctggggtccacaaaaaacacaacatgacaagtaacaaaacattGATACACTGATatacaaggacagtcacacaaatgtaTAATACAATGATattacaaacaatacaacaaaaatTATTCAAACATTACAACTAAAAAATGTGTGTtagagtttgtttgtgtgtgtcccctCACACAAACATACGAATGGTGTGGCATTCTTATGCTCAAGATTTAAATTGCCTTTGATCCCACTAATGATTCATTATTATACTTCATAATTTAACTGTGCTTTGAGACATACCATTGCCATAATGTTGCCTTTGGTTAGCACACTCTCTCATAAATGGTCTATGTTTAAACTGATGTAAGAATGCTTTTGGGTCTGAAATTTAATCCTGGCATGTGCATAACTAAAGTATGTGTTATTTAAGAGAAAATAGGTATTTGAACTTTTTGAGCATCCTATTTGTATTATAGCCTACCTATAATGCTGGTGAGACCTTCACAATATTAAATATTGTTGTTATATTTTATTCCATTGTTTTAACTTGTATTCTTTTAAATTGTTGTTCTAAAATGAAATTGCCTTTGTACATGTTTATTAGCCTATATGTTGTAAACTCTAAAAGGAACAACACCACAGAAACAGTATAGACTTTTGTTCACTGTGACAAGAAGGGTATAGTCCTGGAATAACTTAATTTACACTTAATGTGTAAATGTAATCTGTTGCTGTATTTTTTGTGTTATCTGTGATggttttgtttgtcttgtttagtttagttttttaatcattgtacctaaactgtatgtgtaaacatgtatatgcagagcccagctgtaaaagagaccttggtctcagtctgtgttccttgttgaaataaaggtataataatagt

Function

NR:

description
PREDICTED: pentraxin fusion protein isoform X1

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
LOC110498759 False 2371 mRNA 0.39 1 17428686 17431056
TU1910760 True 2452 TUCP 0.41 3 17428615 17434040

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110499078 LOC106578245 coding downstream 54371 17367169 ~ 17374315 (-)
LOC118942007 LOC106578245 coding downstream 66088 17359654 ~ 17362598 (-)
LOC118942041 LOC106611593 coding downstream 78226 17346166 ~ 17350460 (-)
LOC110499076 LOC106578246 coding downstream 143416 17274450 ~ 17285270 (-)
LOC110499077 tmem204 coding downstream 175061 17239865 ~ 17254491 (-)
LOC110498760 stub1 coding upstream 11732 17442590 ~ 17452727 (-)
LOC110512504 NA coding upstream 942719 18373775 ~ 18381647 (-)
LOC118942047 NA coding upstream 952809 18383865 ~ 18384458 (-)
LOC110498770 LOC106589258 coding upstream 1323038 18754094 ~ 18887492 (-)
LOC110499157 LOC106589261 coding upstream 1459014 18890070 ~ 19003867 (-)
G1669999 NA non-coding downstream 110682 17317705 ~ 17318004 (-)
G1669997 NA non-coding downstream 114198 17314273 ~ 17314488 (-)
G1669994 NA non-coding downstream 118042 17309976 ~ 17310644 (-)
G1669964 NA non-coding downstream 172668 17255803 ~ 17256018 (-)
G1670038 NA non-coding upstream 18385 17449441 ~ 17451269 (-)
G1670039 NA non-coding upstream 21981 17453037 ~ 17453253 (-)
G1670083 NA non-coding upstream 72595 17503651 ~ 17504005 (-)
G1670089 NA non-coding upstream 140361 17571417 ~ 17571756 (-)
G1670090 NA non-coding upstream 140872 17571928 ~ 17572320 (-)
G1669974 NA other downstream 158538 17269783 ~ 17270148 (-)
G1669343 LOC106589306 other downstream 633431 16754026 ~ 16795255 (-)
LOC110499060 LOC106589322 other downstream 879554 16547347 ~ 16560741 (-)
G1668767 NA other downstream 1090952 16337276 ~ 16337734 (-)
LOC110498751 LOC106589337 other downstream 1783761 15636400 ~ 15680564 (-)
G1670109 LOC105007702 other upstream 165559 17596615 ~ 17625448 (-)
G1670145 NA other upstream 254920 17685976 ~ 17691866 (-)
G1670142 NA other upstream 256679 17687735 ~ 17694584 (-)
G1671478 NA other upstream 591388 18022444 ~ 18032842 (-)

Expression


Co-expression Network