LOC110499393 (LOC106589819)


Basic Information

Item Value
gene id LOC110499393
gene name LOC106589819
gene type coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048584.1
NCBI id CM023238.2
chromosome length 46616863
location 35312611 ~ 35323282 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XM_021576511.2
CCGTAAAGCAAGCTCACGTGAGAGAGGGAACGCctacttacacagacaggaaCCGTGAACATTTTTTCCAAAGCGTAAACATGAAATCTTTGGCGCTTGTTGTCCTGCTGTGCCTTGGCTGCGGTCTGATGTCTTCCTCATTCGTACTCGCGTCGCCGCATATGTGGAGTAAGTTGATCCTGACTCAACACTGGCCAAGCACATTTTGCAGTATGGAACACTGTGATCCCAAATTTGACTACTGGACTTTGCATGGACTGTGGCCAGATAAAGGCCAGGAATGCAATTCATCTTGGCACTTCAATGTAACTCTAATCCAGGACCTACTTCCAGATATGCAGAAGTGGTGGCCGGATCTTATAACTCCAGCATCCTCTGAATTCTGGCAATATGAATGGCAAAAACATGGAACGTGTGCTGCAAAAGCAGAGTCCCTAAACAGTCAACACAAATACTTTGGCAAAGCCCTGGAGCTGTATCACACGTTAGACCTTGATGGAGTGATGAAGAAATTTAACATTGTGCCCTCGGAGACGTACTACACTTTTGACCACATCGAAGGAATCATTCTCAACTTCTACAGTGTGAAACCAAAGATTCAGTGTATTCACCCAAAGGGTGGGAAGGTGCAAATCTTGGGCCAGATCGAGATCTGCTTCAACTCAGACTTCCAACTTGCCAACTGTGAGCATTCTGAGACAGACACTCTGAGACTAATTGACTTCCTCAATGTTAAGGGTACAGAGTTTAGTGTATGTGACCATGCCACACCTGTCTACTACCCTCCCCTTAAGGGGAAGCCATCAATGTAGTGGCTAGTGAGGTCTGGTTACTCTATAGTCAATTATATCTCACATGGAACACACTCTTCGAAataagggttcttcggctgtctcataggagaaacctttttggttccctTCCTcggtagaaagggttctacatggaactcaaaagggttctttctacctgcaaccaaaaatagttatttaaagggttctactatggggacagctgaagaaccctttaaggttctagatagcacctttttttcctgAGAGTGTAGATACAAGGTTCTACTAAGTGTGAGTTAGCTCAGAAATACTATTCTAAAGTACTAAAAACACAAGTGTTTCCAAATGAATTTGTCTACAACTATTTTCATGTGTTCTGCTTGATTCTTAGAAGCAGGTTGATCATGTTTTAACTCAGGGAATAAATCGGCTTTTAATGATAACACTCCTGAAGGCCTATACTTCCTATATAATGTTTTATAAATCATTTATATGCAAATGGCATACTAAGAGTTATATAAGGTCCTTAAATCTTGTGCTTTGCCAAATGTGTCatacaaatatatttaaaataaaattgtCACATACAACAAAtaggtacagtgaaatgtgttgttttacagggttagCCATAGTTAGATATTTCACCTTGTCGCTTCAggtatttgaaccagcgacctttctgttactggcccaacgctctaactgatCATAATAACCCTAATGCCACCAGTAAAATAGTATGAAATTtgcttttaaattattatttaaattgtttaaagtaTGGTCCTACTTTTTGTCAAACAAAATCTAAAGTTTAATGCACAGTTTATGAAGAAGTCTGTTCACTGCCTCCATTACTCTTGATATATGTTTTGATGTTAAAAGTGTTGAGTAATTAAGATtgtgtatggtggtggttaaaaCGCATTGATTTACATTAGTAATGCCATCTCCATAATTTGATGGAATGATGATCCTGATTTAATCAGATATACTTATTGTATCTGAAACTGATGTTGTTTCTGCTGTTAAGTTAGTTAGATTTAATTTCAGTTGTGGGATACGCTTTGGTTTTAAATGGTGGCTTTGTTTGATATGGTTCCGATCCTCTGTAATTTTTTACTGACAATGAATTAAATACATGTTTCTATTGCA
>XM_021576512.2
tacacagacaggaaCCGTGAACATTTTTTCCAAAGGTAAACTGCCTAACGTAAACATGAAATCTTTGGCGCTTGTTGTCCTGCTGTGCCTTGGCTGCGGTCTGATGTCTTCCTCATTCGTACTCGCGTCGCCGCATATGTGGAGTAAGTTGATCCTGACTCAACACTGGCCAAGCACATTTTGCAGTATGGAACACTGTGATCCCAAATTTGACTACTGGACTTTGCATGGACTGTGGCCAGATAAAGGCCAGGAATGCAATTCATCTTGGCACTTCAATGTAACTCTAATCCAGGACCTACTTCCAGATATGCAGAAGTGGTGGCCGGATCTTATAACTCCAGCATCCTCTGAATTCTGGCAATATGAATGGCAAAAACATGGAACGTGTGCTGCAAAAGCAGAGTCCCTAAACAGTCAACACAAATACTTTGGCAAAGCCCTGGAGCTGTATCACACGTTAGACCTTGATGGAGTGATGAAGAAATTTAACATTGTGCCCTCGGAGACGTACTACACTTTTGACCACATCGAAGGAATCATTCTCAACTTCTACAGTGTGAAACCAAAGATTCAGTGTATTCACCCAAAGGGTGGGAAGGTGCAAATCTTGGGCCAGATCGAGATCTGCTTCAACTCAGACTTCCAACTTGCCAACTGTGAGCATTCTGAGACAGACACTCTGAGACTAATTGACTTCCTCAATGTTAAGGGTACAGAGTTTAGTGTATGTGACCATGCCACACCTGTCTACTACCCTCCCCTTAAGGGGAAGCCATCAATGTAGTGGCTAGTGAGGTCTGGTTACTCTATAGTCAATTATATCTCACATGGAACACACTCTTCGAAataagggttcttcggctgtctcataggagaaacctttttggttccctTCCTcggtagaaagggttctacatggaactcaaaagggttctttctacctgcaaccaaaaatagttatttaaagggttctactatggggacagctgaagaaccctttaaggttctagatagcacctttttttcctgAGAGTGTAGATACAAGGTTCTACTAAGTGTGAGTTAGCTCAGAAATACTATTCTAAAGTACTAAAAACACAAGTGTTTCCAAATGAATTTGTCTACAACTATTTTCATGTGTTCTGCTTGATTCTTAGAAGCAGGTTGATCATGTTTTAACTCAGGGAATAAATCGGCTTTTAATGATAACACTCCTGAAGGCCTATACTTCCTATATAATGTTTTATAAATCATTTATATGCAAATGGCATACTAAGAGTTATATAAGGTCCTTAAATCTTGTGCTTTGCCAAATGTGTCatacaaatatatttaaaataaaattgtCACATACAACAAAtaggtacagtgaaatgtgttgttttacagggttagCCATAGTTAGATATTTCACCTTGTCGCTTCAggtatttgaaccagcgacctttctgttactggcccaacgctctaactgatCATAATAACCCTAATGCCACCAGTAAAATAGTATGAAATTtgcttttaaattattatttaaattgtttaaagtaTGGTCCTACTTTTTGTCAAACAAAATCTAAAGTTTAATGCACAGTTTATGAAGAAGTCTGTTCACTGCCTCCATTACTCTTGATATATGTTTTGATGTTAAAAGTGTTGAGTAATTAAGATtgtgtatggtggtggttaaaaCGCATTGATTTACATTAGTAATGCCATCTCCATAATTTGATGGAATGATGATCCTGATTTAATCAGATATACTTATTGTATCTGAAACTGATGTTGTTTCTGCTGTTAAGTTAGTTAGATTTAATTTCAGTTGTGGGATACGCTTTGGTTTTAAATGGTGGCTTTGTTTGATATGGTTCCGATCCTCTGTAATTTTTTACTGACAATGAATTAAATACATGTTTCTATTGCA
>XM_021576510.2
TAAACTGCCTAAGTAAGacatcttcatttatccaccataTTTTCTACAACCAGACGTCGAATCGTAGTGGCTATCTAACTTTAAACCATAAGTGATACCAGTGAGATGTCATATTGCTAATCtataaaacaatataaatatTTCCTCATCTAAATGGTCTTGGACAAACTTCTAGTTCTGTATACGCCAGGTTACTGTAGCGGGGTTTTACATCGATCCAcaagaacaaaataacaaaacacagCGTAAACATGAAATCTTTGGCGCTTGTTGTCCTGCTGTGCCTTGGCTGCGGTCTGATGTCTTCCTCATTCGTACTCGCGTCGCCGCATATGTGGAGTAAGTTGATCCTGACTCAACACTGGCCAAGCACATTTTGCAGTATGGAACACTGTGATCCCAAATTTGACTACTGGACTTTGCATGGACTGTGGCCAGATAAAGGCCAGGAATGCAATTCATCTTGGCACTTCAATGTAACTCTAATCCAGGACCTACTTCCAGATATGCAGAAGTGGTGGCCGGATCTTATAACTCCAGCATCCTCTGAATTCTGGCAATATGAATGGCAAAAACATGGAACGTGTGCTGCAAAAGCAGAGTCCCTAAACAGTCAACACAAATACTTTGGCAAAGCCCTGGAGCTGTATCACACGTTAGACCTTGATGGAGTGATGAAGAAATTTAACATTGTGCCCTCGGAGACGTACTACACTTTTGACCACATCGAAGGAATCATTCTCAACTTCTACAGTGTGAAACCAAAGATTCAGTGTATTCACCCAAAGGGTGGGAAGGTGCAAATCTTGGGCCAGATCGAGATCTGCTTCAACTCAGACTTCCAACTTGCCAACTGTGAGCATTCTGAGACAGACACTCTGAGACTAATTGACTTCCTCAATGTTAAGGGTACAGAGTTTAGTGTATGTGACCATGCCACACCTGTCTACTACCCTCCCCTTAAGGGGAAGCCATCAATGTAGTGGCTAGTGAGGTCTGGTTACTCTATAGTCAATTATATCTCACATGGAACACACTCTTCGAAataagggttcttcggctgtctcataggagaaacctttttggttccctTCCTcggtagaaagggttctacatggaactcaaaagggttctttctacctgcaaccaaaaatagttatttaaagggttctactatggggacagctgaagaaccctttaaggttctagatagcacctttttttcctgAGAGTGTAGATACAAGGTTCTACTAAGTGTGAGTTAGCTCAGAAATACTATTCTAAAGTACTAAAAACACAAGTGTTTCCAAATGAATTTGTCTACAACTATTTTCATGTGTTCTGCTTGATTCTTAGAAGCAGGTTGATCATGTTTTAACTCAGGGAATAAATCGGCTTTTAATGATAACACTCCTGAAGGCCTATACTTCCTATATAATGTTTTATAAATCATTTATATGCAAATGGCATACTAAGAGTTATATAAGGTCCTTAAATCTTGTGCTTTGCCAAATGTGTCatacaaatatatttaaaataaaattgtCACATACAACAAAtaggtacagtgaaatgtgttgttttacagggttagCCATAGTTAGATATTTCACCTTGTCGCTTCAggtatttgaaccagcgacctttctgttactggcccaacgctctaactgatCATAATAACCCTAATGCCACCAGTAAAATAGTATGAAATTtgcttttaaattattatttaaattgtttaaagtaTGGTCCTACTTTTTGTCAAACAAAATCTAAAGTTTAATGCACAGTTTATGAAGAAGTCTGTTCACTGCCTCCATTACTCTTGATATATGTTTTGATGTTAAAAGTGTTGAGTAATTAAGATtgtgtatggtggtggttaaaaCGCATTGATTTACATTAGTAATGCCATCTCCATAATTTGATGGAATGATGATCCTGATTTAATCAGATATACTTATTGTATCTGAAACTGATGTTGTTTCTGCTGTTAAGTTAGTTAGATTTAATTTCAGTTGTGGGATACGCTTTGGTTTTAAATGGTGGCTTTGTTTGATATGGTTCCGATCCTCTGTAATTTTTTACTGACAATGAATTAAATACATGTTTCTATTGCA
>XM_021576513.2
CATCACCAAATGAAGGTATTTCAAGGCAAATATTAAGGCGTAAAATATGAAGACTGAGTTGTATTATAATGATCCATCCATtgtaaggaccgacgctggagtagagaagcaggtatgggggagtcaaacatttaattgcAACAGACATGGAACAAGACCGGACCAGCGTCAGCACAAGGACATATGACAATCAATGTTGAATCGGGGAACAGACATATATAGcggaggtaatgacagagCGTAAACATGAAATCTTTGGCGCTTGTTGTCCTGCTGTGCCTTGGCTGCGGTCTGATGTCTTCCTCATTCGTACTCGCGTCGCCGCATATGTGGAGTAAGTTGATCCTGACTCAACACTGGCCAAGCACATTTTGCAGTATGGAACACTGTGATCCCAAATTTGACTACTGGACTTTGCATGGACTGTGGCCAGATAAAGGCCAGGAATGCAATTCATCTTGGCACTTCAATGTAACTCTAATCCAGGACCTACTTCCAGATATGCAGAAGTGGTGGCCGGATCTTATAACTCCAGCATCCTCTGAATTCTGGCAATATGAATGGCAAAAACATGGAACGTGTGCTGCAAAAGCAGAGTCCCTAAACAGTCAACACAAATACTTTGGCAAAGCCCTGGAGCTGTATCACACGTTAGACCTTGATGGAGTGATGAAGAAATTTAACATTGTGCCCTCGGAGACGTACTACACTTTTGACCACATCGAAGGAATCATTCTCAACTTCTACAGTGTGAAACCAAAGATTCAGTGTATTCACCCAAAGGGTGGGAAGGTGCAAATCTTGGGCCAGATCGAGATCTGCTTCAACTCAGACTTCCAACTTGCCAACTGTGAGCATTCTGAGACAGACACTCTGAGACTAATTGACTTCCTCAATGTTAAGGGTACAGAGTTTAGTGTATGTGACCATGCCACACCTGTCTACTACCCTCCCCTTAAGGGGAAGCCATCAATGTAGTGGCTAGTGAGGTCTGGTTACTCTATAGTCAATTATATCTCACATGGAACACACTCTTCGAAataagggttcttcggctgtctcataggagaaacctttttggttccctTCCTcggtagaaagggttctacatggaactcaaaagggttctttctacctgcaaccaaaaatagttatttaaagggttctactatggggacagctgaagaaccctttaaggttctagatagcacctttttttcctgAGAGTGTAGATACAAGGTTCTACTAAGTGTGAGTTAGCTCAGAAATACTATTCTAAAGTACTAAAAACACAAGTGTTTCCAAATGAATTTGTCTACAACTATTTTCATGTGTTCTGCTTGATTCTTAGAAGCAGGTTGATCATGTTTTAACTCAGGGAATAAATCGGCTTTTAATGATAACACTCCTGAAGGCCTATACTTCCTATATAATGTTTTATAAATCATTTATATGCAAATGGCATACTAAGAGTTATATAAGGTCCTTAAATCTTGTGCTTTGCCAAATGTGTCatacaaatatatttaaaataaaattgtCACATACAACAAAtaggtacagtgaaatgtgttgttttacagggttagCCATAGTTAGATATTTCACCTTGTCGCTTCAggtatttgaaccagcgacctttctgttactggcccaacgctctaactgatCATAATAACCCTAATGCCACCAGTAAAATAGTATGAAATTtgcttttaaattattatttaaattgtttaaagtaTGGTCCTACTTTTTGTCAAACAAAATCTAAAGTTTAATGCACAGTTTATGAAGAAGTCTGTTCACTGCCTCCATTACTCTTGATATATGTTTTGATGTTAAAAGTGTTGAGTAATTAAGATtgtgtatggtggtggttaaaaCGCATTGATTTACATTAGTAATGCCATCTCCATAATTTGATGGAATGATGATCCTGATTTAATCAGATATACTTATTGTATCTGAAACTGATGTTGTTTCTGCTGTTAAGTTAGTTAGATTTAATTTCAGTTGTGGGATACGCTTTGGTTTTAAATGGTGGCTTTGTTTGATATGGTTCCGATCCTCTGTAATTTTTTACTGACAATGAATTAAATACATGTTTCTATTGCA

Function

NR:

description
ribonuclease T2-like

GO: NA

KEGG:

id description
K01166 RNASET2; ribonuclease T2

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_021576511.2 False 1952 mRNA 0.39 10 35312611 35323282
XM_021576512.2 False 1927 mRNA 0.39 10 35312649 35323282
XM_021576510.2 False 2123 mRNA 0.38 10 35312685 35323282
XM_021576513.2 True 2118 mRNA 0.39 10 35313475 35323282

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110499391 LOC106589815 coding upstream 133219 34766769 ~ 35179392 (+)
LOC110499597 NA coding upstream 627133 34684614 ~ 34685478 (+)
LOC110499390 LOC106589817 coding upstream 641181 34656043 ~ 34671430 (+)
LOC110499387 gsta3 coding upstream 682349 34627219 ~ 34630262 (+)
LOC110499384 LOC106589811 coding upstream 686033 34615700 ~ 34626578 (+)
LOC110499394 LOC106589820 coding downstream 15167 35338449 ~ 35374027 (+)
LOC110499396 LOC106589821 coding downstream 58327 35381609 ~ 35384567 (+)
LOC110499398 m4a15 coding downstream 86957 35410239 ~ 35417932 (+)
LOC110499400 LOC100194728 coding downstream 115698 35438980 ~ 35446541 (+)
kifbp kif1bp coding downstream 142353 35465635 ~ 35468940 (+)
G1689183 NA non-coding upstream 3677 35307182 ~ 35308934 (+)
G1689152 NA non-coding upstream 40122 35272246 ~ 35272489 (+)
G1689132 NA non-coding upstream 51670 35260714 ~ 35260941 (+)
G1689124 NA non-coding upstream 57363 35254999 ~ 35255248 (+)
G1689115 NA non-coding upstream 63469 35248908 ~ 35249142 (+)
G1689192 NA non-coding downstream 7332 35330614 ~ 35330888 (+)
G1689174 NA non-coding downstream 52318 35375600 ~ 35378074 (+)
G1689214 NA non-coding downstream 62983 35386265 ~ 35386597 (+)
G1689215 NA non-coding downstream 64254 35387536 ~ 35387836 (+)
G1687675 NA other upstream 986357 34325837 ~ 34326254 (+)
LOC118942060 LOC106589768 other upstream 2127335 33177293 ~ 33196167 (+)
G1686317 LOC106589755 other upstream 2650963 32654354 ~ 32661648 (+)
LOC110499316 LOC106589729 other upstream 5736053 29572397 ~ 29588171 (+)
lhcgr lhr other upstream 5854690 29437357 ~ 29458499 (+)
G1689347 NA other downstream 358085 35681367 ~ 35682437 (+)
LOC118942012 LOC106589797 other downstream 377938 35701200 ~ 35702156 (+)
G1689671 NA other downstream 558296 35881578 ~ 35881874 (+)
G1689732 LOC106612293 other downstream 797334 36120616 ~ 36125390 (+)

Expression


Co-expression Network