LOC110499396 (LOC106589821)


Basic Information

Item Value
gene id LOC110499396
gene name LOC106589821
gene type misc
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048584.1
NCBI id CM023238.2
chromosome length 46616863
location 35381609 ~ 35384567 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>XM_021576516.2
CAGAAAGTAGGGGCGGGTCATCACCATGAGGCCGGATATCGTGAGATTGCATAGCAACACCAATGAGAGGCGTCCTAACTGAATAATTGCGACTGTGTCGTAAAAATTATGTTTTGGTGAAGCTCTGTGACCACTGGTGTCCTCTACGCTTAACTGCATTTACCCAGTTTATACATTCCCATAGTTATAATTTCCTCTGCGAACCACCACAATCCGAAGTCATGGCAGGTACTTTGGCACGTAAAGCTGTTGACCACCTTAAAAGCAAGGAGTTCAGAGACTATTTGATGAGCACACACTTCTGGGGACCTGTGGCCAACTGGGGTCTGCCCATTGCTGCCATCAGTGACATGAAGAAAAGCCCTGAGATTATCAGTGGCAGAATGACCTTTGCTTTGACCTGCTATTCCCTCCTGTTTATGAGGTTTGCATACAAAGTTCAGCCAAGGAATTGGCTCCTCTTTGGTTGCCATCTAACCAATGAGACCGCCCAGCTCATTCAAGGATCACGACTTATCAAATACAACATGGAGAAGAAGTCTTCTTAGTGATGGACAAATGCAAAATATATAGTTTCATTAGGAAATCGGCATGGTTTGACCCTATGGTTTTTGTGTGTATGACCATGTTTATCTCATTGCAGACCTATGTAAAACTCTTAACTTAAAAACATGTTAATTTAGATTAAACTGCTGTTGACGATCACCATCCCTGTTTCTTCCGGTATATAAGGTCAATGAATAGATTTGTTTTGCATAATGTTTTTTACGCACAAACTAATTAAATGGAATGGAATCTAGTGAGGCCCTGTTACTGATGGGATTCTTTTAaagagagggtctattacacaAATATTTACTGTTTATGTCCTCATTTTAATAAATGTGTTAGCGATACCAATAACACAATCTTTATCAGAATGTACAGGCAATAAAAGTTGTACGCTGGTGTGTTGCCATGGAAACATTATTCCTGAACATAATGAATAAACCCTTATCTATGTACCATGAATTAAACTTCCTCTTACACTGACCATAATTTATAATAAACTGTCTGATATCCATGAA
>TU1932015
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>TU1932016
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>TU1932017
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>TU1932018
ACTTTGTTGCTCTTTATATTCCTTGTACCTTAAATGTAGTTGTGTACTTCTATTCCAGCACTTCTGGGGACCTGTGGCCAACTGGGGTCTGCCCATTGCTGCCATCAGTGACATGAAGAAAAGCCCTGAGATTATCAGTGGCAGAATGACCTTTGCTTTGACCTGCTATTCCCTCCTGTTTATGAGGTTTGCATACAAAGTTCAGCCAAGGAATTGGCTCCTCTTTGGTTGCCATCTAACCAATGAGACCGCCCAGCTCATTCAAGGATCACGACTTATCAAATACAACATGGAGAAGAAGTCTTCTTAGTGATGGACAAATGCAAAATATATAGTTTCATTAGGAAATCGGCATGGTTTGACCCTATGGTTTTTGTGTGTATGACCATGTTTATCTCATTGCAGACCTATGTAAAACTCTTAACTTAAAAACATGTTAATTTAGATTAAACTGCTGTTGACGATCACCATCCCTGTTTCTTCCGGTATATAAGGTCAATGAATAGATTTGTTTTGCATAATGTTTTTTACGCACAAACTAATTAAATGGAATGGAATCTAGTGAGGCCCTGTTACTGATGGGATTCTTTTAaagagagggtctattacacaAATATTTACTGTTTATGTCCTCATTTTAATAAATGTGTTAGCGATACCAATAACACAATCTTTATCAGAATGTACAGGCAATAAAAGTTGTACGCTGGTGTGTTGCCATGGAAACATTATTCCTGAACATAATGAATAAACCCTTATCTATGTACCATGAATTAAACTTCCTCTTACACTGACCATAATTTATAATAAACTGTCTGATATCCATGA

Function

NR:

description
PREDICTED: mitochondrial pyruvate carrier 1-like

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
XM_021576516.2 False 1067 mRNA 0.40 5 35381609 35384567
TU1932015 False 1435 TUCP 0.39 4 35381709 35384566
TU1932016 False 962 lncRNA 0.38 4 35381709 35384566
TU1932017 False 966 TUCP 0.39 4 35381709 35384566
TU1932018 True 828 lncRNA 0.37 3 35382535 35384566

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110499394 LOC106589820 coding upstream 7582 35338449 ~ 35374027 (+)
LOC110499393 LOC106589819 coding upstream 58327 35312611 ~ 35323282 (+)
LOC110499391 LOC106589815 coding upstream 202217 34766769 ~ 35179392 (+)
LOC110499597 NA coding upstream 696131 34684614 ~ 34685478 (+)
LOC110499390 LOC106589817 coding upstream 710179 34656043 ~ 34671430 (+)
LOC110499398 m4a15 coding downstream 25672 35410239 ~ 35417932 (+)
LOC110499400 LOC100194728 coding downstream 54413 35438980 ~ 35446541 (+)
kifbp kif1bp coding downstream 81068 35465635 ~ 35468940 (+)
LOC110499404 srgn coding downstream 89053 35473620 ~ 35479099 (+)
LOC110499405 LOC106589824 coding downstream 108047 35492614 ~ 35498474 (+)
G1689174 NA non-coding upstream 3535 35375600 ~ 35378074 (+)
G1689192 NA non-coding upstream 50721 35330614 ~ 35330888 (+)
G1689183 NA non-coding upstream 72675 35307182 ~ 35308934 (+)
G1689152 NA non-coding upstream 109120 35272246 ~ 35272489 (+)
G1689132 NA non-coding upstream 120668 35260714 ~ 35260941 (+)
G1689214 NA non-coding downstream 1698 35386265 ~ 35386597 (+)
G1689215 NA non-coding downstream 2969 35387536 ~ 35387836 (+)
G1689229 NA non-coding downstream 16137 35400704 ~ 35405614 (+)
G1689237 NA non-coding downstream 31245 35415812 ~ 35416726 (+)
G1689218 NA non-coding downstream 33481 35418048 ~ 35420255 (+)
G1687675 NA other upstream 1055355 34325837 ~ 34326254 (+)
LOC118942060 LOC106589768 other upstream 2196333 33177293 ~ 33196167 (+)
G1686317 LOC106589755 other upstream 2719961 32654354 ~ 32661648 (+)
LOC110499316 LOC106589729 other upstream 5805051 29572397 ~ 29588171 (+)
lhcgr lhr other upstream 5923688 29437357 ~ 29458499 (+)
G1689347 NA other downstream 296800 35681367 ~ 35682437 (+)
LOC118942012 LOC106589797 other downstream 316653 35701200 ~ 35702156 (+)
G1689671 NA other downstream 497011 35881578 ~ 35881874 (+)
G1689732 LOC106612293 other downstream 736049 36120616 ~ 36125390 (+)
G1690092 NA other downstream 880093 36264660 ~ 36264981 (+)

Expression


Co-expression Network