G1662371


Basic Information

Item Value
gene id G1662371
gene name NA
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048584.1
NCBI id CM023238.2
chromosome length 46616863
location 10990451 ~ 10994307 (+)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU1902330
ttagcactaactgaagtttatttagtgctttatctgggtagccggaaagtagagcattgcagtagtctaatctagaagtgataaaagcatggattaatatttctgcatcatttttggacagaaagtttctgatttttgcaatgttacgtagatggaaaaaagctgtccttgaaatggtcttgatatgttcttcaaaagagagatcagggtccagagtaacaccgaggtccttcacagttttctttgagacgactgtacaaccattaagattaattgtcagattcaacagaagatctctttgtttcttgggacctagaacaagcatctctgttttgtccgactttaaaagtagaaagtttgcagccatccacttccttatgtctgaaacacattcttctagcaagggcaattttggggcttcaccatgtttcattgaaatgtacagctgtgtgtcatccgcagtgaaagttaacattatgttttcgaataacatccccaagaggtaaaatatatagtgaaaacaatagtggtcctaaaacggaaccttgaggaacaccgaaatgtacagttgatttgtagctgtgtgtgtgtgttacgctagctgtgggttgtgtgtgttaCGCTAgctgtgggttgtgtgtgtgttacgctagttgtgggttgtgtgtgtgttacgctaGCTGTGGGTTGCGTGTGTTACGCTAGCTGTGGGTTGCGTACGTGTTACGCTagctgtggggtgtgtgtgttacactagctgtgtgtgtgttacgctagctgtgggttgtgtgtgttaCGCTagctgtggggtgtgtgtgttacgctagctgtggtgtgtgtgtgttacgctagctctgggttgtgtgtgtgctaCGCTagctgtggggtgtgtgtgttatgctagctgtgggttgtgtgtgtgttaccctagctgtggggtgtgtgtgtgttacactagCTGTGGGGTGTGTGTATGTTCAGCTAGCTGTCGGGTGTGTGTGTTTCGctagctgtggtgtgtgtgtgttacgctagctgtgtggtgtttgtgtgttacgctagctgtagtgtgtgtgtgtttaatgctagctgtagtgtgtgtgttatgctagctgtggtttgtgtgtgttacGCTagctgtggggtgtgtgtgtttgtgtgagtgttacGCTagctgtggggtgtgtgtgttactctagctgtggtgtgtgtgtgtgaagctggctgtgtggtgtgtgttacgCTAGCTCTGGGTTTTGTGTGTGTTACGTTagctgtggggtgtgtgtgttatgctagctatgggttgtgtgtgtgtttccctagCAGTGGGTTGTATGTGTGTTACGCtagctgtggggtgtgtgtgttatgctagctatgggtggtgtgtgtgttaccctagctgtgggttgtgtgtgtgttacgctagctgtggcgtgtgtgtgtgttacgctagctgtggagtgtgtgtgttatgctaGCTGTGGGGTGTGTGTATGTTAAGCTAGCTGTGTGCTGTTTGTGTGTTACGctagctgtgctgtgtgtgtgtgtgtgttaagctaGCTGTGGGTTGTGTGTTTAACGctagctgtggtgtgtgtgtgtgtgtgtttgttatgctagctgtggtttgtgtgtgttatgctagctgtggtgtgtgtgttatgctatttgtggtttgtgtgtgttacGCTTGGTTTCGGGGTGTGTGTTTAACCCTagctgtggtgtgtgtctgtgttatgcTAGCTGTggggtgtatgtttgtgtgtctgtgttaagctaggtgggggtgtgtgtgtgatatgctagctgtggggtgtgtgtgtttatgtgagtgtTACGCTagctgtggggtgtgtgtgttactctagctgtggtgtgtgtgtgttatgctagctgtggtgtgtgtgtgttttgctagCTGTGGGGTGTGTATGTTAAGCTGGCTGTGGGGTGTGTATGTTACGCTAGctctgggttgtgtgtgtgttacgctagctgtggggtgtgtgtgtgttatgctagctttgggttgtgtgtgtgttaagctagctgtggggtgtgtgtgttacacgagctgtggtgtgtgtgtgtgtgttacgttagttgtggggtgtgtgtgttatgctggctgtggtgtgtgtttgtgtgttatgttaactgtggggtgtgtttgttacgCTAgctgtggtgtgggtgtgtgtgttatgttagctgtggggtgtgtgtgtgatatgctagttgtggggtgtgtgtgtgttacactagctgtgggggtgtgtgtgttacactaGCTGTGGGGGTGTGTTAGTTATGCTAGCTGTGGGGGGGGTTACGCTagctgtggtggtgtgtgtgttacgctagctgtagggtgtgtgtgttacactaACTGTGGGGTGTGTGCGCGTATGGGtgccatatgtgtgtgtgtggaggggaggTGGGATCCTATATTGATCATGTTTAGACAACATGTTTTTTCTCTGACAGTGGGGTTGGCTTTTTTATGGTTGGTCTTATGATGCCCTATTTAAATGTAAAGTCCATCCAGACTGATTGGTTATTCCTTAACCagtcgtaaaaaaaaaaaatgctgttcTTCAAAAGCTGTTCTGGACCATCTAATACCACGGTTGTATTTCTGAAGATGCTATTTAATTTACCTGGTAAATGGACTGGACTTTCTCTTCTTTCGAATGTGAACTGGAcaactcttcttctctcctttcaaaTAAACTGGCCATTCTTGGGGGCTTAAAGCCGGACTCTTTGGGGAACAGCAGTTAAGCCTTGAAGTGTGGGCCAGTAACCTGAGCTTAATGGTTCCAGTTCCCAGATTGCATCTGccgctgtgcccttgagcaagacactttaCTGTTAGATCAAATTGCTCCAGGGATTCTGCACTGTGGCATACCCTGTGCCTCTCAACCGCACTGCAACATCACAAAAAAAGGACAATACAATTGTatgctactgtactctactctgttctactcctAATGTACTAtgttcttctctctcctgtcaaagCCATAGAGCCAAGGGATAGATGGATCATATTCATTATTTTCTACTGATCTCCCTGAACTGTTCTAGTTGTTAACATTGTCTGTAAATAGTTCTGATTGTTTGTGTGTTGCATTAATTATTGTCTTATTCcgatggccaaacagttcgaCTTCCTGTAGTTGAATGTTCCTGTCTCTATTCTCTGAGCGAATGTGTGTGATCTAACCAGTAGACGGCTATGTTGTCGTATATTCAGAGCCATAATTTATCGTACGCTTGAGGGAGAAGTTGTCCCTAACCaccgatctaggatcagattagccAACTCCAAAGCTTAGCCATTGGGGAGGATACAAAAAGATATGACCCAGGAGCAGTGGTTAGGGACAATGGCTCCCAACCCCAGACAGTATATGACCATGATTGTTTTCTGTTCTTGTTTTTTACTGGATGGACTTCCTCATTTGTGTGCTGTGTCCTGGTGTTGTGTAGCGTATTGTATTCTATAACTAATTGTTTTTCTCAAACAGGAAATGCTCCTATGCCTCTTTTTTGAATCCTCTACAGACgcctacctatccagtaacatgATGTGGTATATACTATATAATCGTTTCATGAGACTCCTCCCTGATGCTTGAATAAAACACTGTCCAGAGAATCATATTAAGTCAATGTAAATACAGTATTTCCATAGCTGGACATATTCCACCAAACCCGCATTGCATACTGTACACAGTGTCTGTGCGCACATAGGCAGCAGTCGTTTGTAAACGCAGGCAC

Function

NR:

description
ORF2 protein

GO: NA

KEGG:

id description

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU1902330 True 3807 lncRNA 0.45 2 10990451 10994307

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
LOC110498948 LOC106589430 coding upstream 2618 10948832 ~ 10987833 (+)
syt15 LOC106589230 coding upstream 95088 10891813 ~ 10895363 (+)
LOC110498943 LOC106589437 coding upstream 116158 10871100 ~ 10874293 (+)
LOC110498940 LOC106589438 coding upstream 123456 10850770 ~ 10866995 (+)
LOC110498939 LOC106589440 coding upstream 153338 10829218 ~ 10837113 (+)
gdh03 gdh03 coding downstream 92815 11087122 ~ 11231541 (+)
LOC118942035 NA coding downstream 211116 11205423 ~ 11207593 (+)
LOC118941993 LOC106589416 coding downstream 251893 11246200 ~ 11247516 (+)
LOC118941994 LOC106589416 coding downstream 268968 11263275 ~ 11264589 (+)
LOC110498741 LOC106589412 coding downstream 378418 11372725 ~ 11404820 (+)
G1662385 NA non-coding upstream 106187 10882572 ~ 10884264 (+)
G1662363 rgs9 non-coding upstream 221580 10767434 ~ 10768871 (+)
G1662362 NA non-coding upstream 225425 10758977 ~ 10765026 (+)
G1662359 NA non-coding upstream 242107 10732103 ~ 10748344 (+)
G1662358 NA non-coding upstream 259629 10730565 ~ 10730822 (+)
G1662391 NA non-coding downstream 74581 11068888 ~ 11069323 (+)
G1662383 NA non-coding downstream 75197 11069504 ~ 11070255 (+)
G1662518 NA non-coding downstream 76495 11070802 ~ 11113378 (+)
G1662519 NA non-coding downstream 76868 11071175 ~ 11071533 (+)
G1662524 NA non-coding downstream 127759 11122066 ~ 11123704 (+)
LOC110499585 NA other upstream 185200 10802684 ~ 10805251 (+)
G1662037 NA other upstream 513762 10476167 ~ 10476689 (+)
G1661477 NA other upstream 938362 10051622 ~ 10052089 (+)
LOC110498922 cssa28h17orf62 other upstream 2462931 8524125 ~ 8527761 (+)
G1662536 LOC106589414 other downstream 310503 11304810 ~ 11306183 (+)
LOC110498970 cript other downstream 555489 11549728 ~ 11553514 (+)
LOC110498999 LOC106589380 other downstream 1827372 12816635 ~ 12836089 (+)
LOC110499000 hecd2 other downstream 1888650 12861668 ~ 12895798 (+)

Expression


Co-expression Network