G1663338


Basic Information

Item Value
gene id G1663338
gene name NA
gene type non-coding
species rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)
category of species economic fish

Chromosome Information

Item Value
chromosome id NC_048584.1
NCBI id CM023238.2
chromosome length 46616863
location 11706730 ~ 11712672 (-)
genome version USDA_OmykA_1.1_2020_rainbow_trout_Genome

Sequence

>TU1903466
tcctagtggtggtcagtagatCCTATTGGTtgtcagtagatcctagtggtggtcagtcgatcctagtggtggtgggttgatcctagtggtggtcagtagatCCTATTGGTtgtcagtagatcctagtggtggtcagtagatcctagtggtggtcagcagatcctagtggtggttggtagatcctagtggtggttAGTAGATCCTAGTGGTGATCAGAAGAGcctagtggtggtcagtagatcctagtggtagtcagtagatcctagtggtggtcagAATATCCTAGTAGGGGTTAGTAGATCCTGGTGGTTATAATATCCTAGTAGGGGTTAGTAGATCCTGGTTGTCAGAATATCCTAGTAGGGGTTAGTAGATCCTGGTGGTCAGAATATCCTAGTGGTAGTGGGTTGATCCTAGTGGTGGTtagtagatcctagtggtggtcagtagatcctagtggtggtgggttgatcctagtggtggtcagtagatcctagtggtggtcagtagatcctagtAGTGGTGGGTTgatcctagtggtggtcagtagatCCTACTGGTtgtcagtagatcctagtggtggtcagtagatcctagtggtggtcagtagatcctagtggtggtcagAATATCCTAGTAGGGGTTAGTAGATCCTGGTGGTCAGAATATCCTAGTGGTAGTGGGTTGATCCTAGTGGTGGTtagtagatcctagtggtggtcagtagatcctagtggtagtctgtagatcctagtggtggtcagAGGATCCTAGTGGTGGTTAGTAGATCCTGATGGTCAGAagatcctagtggtggtcagtaAATCCTAGTGGTGatcagtagatcctagtggtggttAGTAGATCCTAGTGGTTGTCAGTAGATCCTTGTGGTGGTTAGTAGATCATAGTGgtggtcagtagatcctagtggtggttAGTAGATCCTAGTTTTGGTCAGTAGAGCCTAGTGGTGGTGGGTTTTTCCTAGTGGTGGTCATTAGATCTTAGTGGTTGTCAGTAgattctagtggtggtgggttgatcctagtggtggtcagtagatcctagtggtggaGGGTTGATCCTAGTGGTGGTtagtagatcctagtggtggtcagtagatcctagtggtggtgAGTTGATCCTAATGgtggtcagtagatcctagtggtggtcagtagatCCTATTGGAGGTGGGTTgatcctagtggtggtcagtagaGCCCACTGGTTGTCAGTAGATCCTTGCGGGGGTCAGTAGATCCTAGTGTtggtcagtagatcctagtggtagtctgtagatcctagtggtggtcagAGGATCCTAGTGGTGGTTAGTAGATCCTAGTGGTGATCAGAAAATCCTAGTGGTGttcagtagatcctagtggtaGTCTGTAGATACTAGTGGTGGTTAGAGGATCCTAGTAGTGGTTAGTAGATCCTGGTGGTGGTCAGTATATCCTAGTGATGACTTgatcctagtggtggtcagtaTATCCTATTGGTtgtcagtagatcctagtggcGGTGGGTTgatcctagtggtggtcagtagatCCTACTGGTtgtcagtagatcctagtggtggtcagtagatcctagtggtggtcagtagatcctagtggtggttagtagatcctagtggtgtttagtagatcctagtggtggtcagAAGATCCGAGTGgtggtcagtagatcctagtggtagtcagtagatcctagtggtggtcagAAGATCCTAGTAGTGGTTCGTAGATACTGGTGGTAAGAATATCTTAGTGGTAGTGGGTTTATCCTAGTGGTtgtcagtagatcctagtggtggttagtagatcctagtggtggtcagtagatcctagtggtggttAGTAGATCCTAGTGGTAGTCAGTAGATCCTAGTTTTGGTCGGTAGAGCCTAGTGGTGGTGGGTTTATCCTTGTGGTGGTCATTAGATCTTAGTGGTGGTCAGTAGAGcctagtggtggtcagtagagcctagtggtggtgggttgatcctagtggtggtcagtagatCctagtggtggaTGGTTGATCTTAGTGgtggtcagtagatcctagtggtggtgggttgatcctagtggtggtcagtagaGCCTACTGGTTGTCAGTAGATCCTTGTGGGGGTCAGTAGATCCTAGTGTtggtcagtagatcctagtggtggtcagtagatCCTATTGGTAGTCCGTAGATCCTGGTGGTGGTTAGTAGATACTGGTGGTAAGAATATCTTAGTTCTAGTGGGTTTATCCTAGTGGTTGTCATTAGATCCTAGTGGTGGTTAGTAGATCCTAGTGTtggtcagtagatcctagtggtggtcagtagatcctagtTTTGGTCAGTAGAGCCTATTGGTGGTCAGAagatcctagtggtggtcagtagagcctagtggtggtgggtttatcctagtggtggtcagtagatcctagtagtggttagtagatcctagtggtggtcagtagatcctagtggtggttAGTAGATCCTAGTGGTAGTCAGTAGATCCTAGTTTTGGTCAGTAGAGCCTAGTGGTGGTGGGTTTATCCTTGTGGTGGTCTGTAGATCTTAGTGGTGGTCAGTAGAGcctagtggtggtcagtagagcctagtggtggtgggttgatcctagtggtggtcagtagatcctagtggtggaTGGTTGATCTTAGTGGTGGTCAGTAGATCCTATTGGTGGTGGGTTGATCCTAATGgtggtcagtagatcctagtggtggtcagtagatCCTATTGGAGGTGGGTTgatcctagtggtggtcagtagaGCCCACTGGTTGTCAGTAGATCCTTGCGGGG
>TU1903467
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Function

NR:

description
Repetitive proline-rich cell wall protein 2

GO: NA

KEGG: NA

RNA

RNA id representative length rna type GC content exon number start site end site
TU1903466 False 2847 lncRNA 0.48 3 11706730 11712672
TU1903467 True 2885 lncRNA 0.48 2 11706730 11711022
Loading

Neighbor

gene id symbol gene type direction distance location
fshr fshr coding downstream 71917 11624909 ~ 11634813 (-)
LOC110498972 LOC106589404 coding downstream 87158 11603242 ~ 11619572 (-)
LOC110498968 LOC106589406 coding downstream 141806 11555259 ~ 11564924 (-)
LOC110498969 pigf coding downstream 157036 11547443 ~ 11549694 (-)
LOC110498965 LOC106589409 coding downstream 197465 11498540 ~ 11509265 (-)
LOC110498976 LOC106589228 coding upstream 459940 12172612 ~ 12174808 (-)
LOC110498977 LOC106589397 coding upstream 465820 12178492 ~ 12347526 (-)
asah2 asah2 coding upstream 658902 12371574 ~ 12387861 (-)
sgms1 LOC106589394 coding upstream 675711 12388383 ~ 12402840 (-)
LOC110498983 LOC106589392 coding upstream 735075 12447747 ~ 12458329 (-)
G1663319 NA non-coding downstream 47276 11659015 ~ 11659454 (-)
G1663314 NA non-coding downstream 53459 11651964 ~ 11653271 (-)
G1663311 NA non-coding downstream 65323 11641195 ~ 11641407 (-)
G1663266 NA non-coding downstream 161130 11545250 ~ 11545600 (-)
G1663339 NA non-coding upstream 5604 11718276 ~ 11718478 (-)
G1663341 NA non-coding upstream 11530 11724202 ~ 11724554 (-)
G1663346 NA non-coding upstream 18661 11731333 ~ 11731583 (-)
G1663358 NA non-coding upstream 32707 11745379 ~ 11792143 (-)
G1663363 LOC106589401 non-coding upstream 36846 11749518 ~ 11753564 (-)
G1663264 NA other downstream 163639 11542616 ~ 11543091 (-)
LOC110498953 NA other downstream 547954 11121913 ~ 11158776 (-)
G1662039 NA other downstream 1229545 10476963 ~ 10477185 (-)
G1661001 LOC106589450 other downstream 2246615 9422783 ~ 9460115 (-)
G1661023 NA other downstream 2305783 9399117 ~ 9400947 (-)
G1664239 NA other upstream 537478 12250150 ~ 12251106 (-)
G1665402 LOC106589366 other upstream 1688609 13401281 ~ 13407377 (-)
G1666656 LOC106589183 other upstream 2509527 14222199 ~ 14223019 (-)
G1666788 NA other upstream 2712301 14424973 ~ 14425314 (-)
LOC110499033 LOC107708254 other upstream 2911683 14616546 ~ 14647860 (-)

Expression

G1663338 Expression in all Baseline Samples

Bar chart with 20 bars.
The chart has 1 X axis displaying categories.
The chart has 1 Y axis displaying values. Range: 0 to 4.
End of interactive chart.

G1663338 Expression in each Bioproject

Bar chart with 13 bars.
G1663338 Expression in each Sample
The chart has 1 X axis displaying categories.
The chart has 1 Y axis displaying Expression. Range: 0 to 100.
End of interactive chart.

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